Τρεις μήνες μετά την παραίτησή του από τον Οργανισμό και τη μετακόμισή του στη Νιγηρία ο Άνγκους Μαγκάιβερ επιστρέφει... Με όπλο την εφευρετικότητά του πασχίζει να σώσει τον Τζακ, που βρίσκεται στο στόχαστρο ενός βίαιου δικτάτορα.

Ενώ βρίσκεται εκτός συνόρων, ένας παλιός φίλος του Τζακ από την ομάδα Δέλτα κατηγορείται για τρομοκρατία. Ο Μαγκάιβερ και ο Τζακ δεν αργούν να συγκεντρώσουν την υπόλοιπη ομάδα και να οργανώσουν μια ανεπίσημη επιχείρηση διάσωσης.

Ο Μαγκάιβερ και η ομάδα καλούνται να ανακαλύψουν έναν μυστικό πράκτορα, που στρατολογεί φοιτητές για την εκτέλεση φονικών επιθέσεων σε ολόκληρο τον κόσμο. Στο μεταξύ, ο Τζακ ενώνει τις δυνάμεις του με έναν κυνηγό επικηρυγμένων.

Ο Μαγκάιβερ και η Ράιλι, με τη βοήθεια ενός απελπισμένου πατέρα, καλούνται να διασχίσουν μια κατεχόμενη από αντάρτες περιοχή, προκειμένου να παραδώσουν ένα φορτίο υγρού οξυγόνου σε ένα νοσοκομείο παίδων πριν να είναι πολύ αργά.

Όταν η προσπάθεια του Όβερσαϊτ να συλλάβει τον επικεφαλής ενός καρτέλ ναρκωτικών αποτυγχάνει, ο Μαγκάιβερ και ο Τζακ σπεύδουν στο Μεξικό για να σώσουν τον αρχηγό τους και πέφτουν πάνω στους εορτασμούς για την Ημέρα των Νεκρών.

Όταν ο γιος του πέφτει στα χέρια ενός αδίστακτου απαγωγέα, ο Μέρντοκ αποφασίζει να απαγάγει τη σύντροφο του Μαγκάιβερ, προκειμένου να εξαναγκάσει τον εφευρετικό πράκτορα να τον βοηθήσει στον εντοπισμό και τη διάσωσή του.

Η Μάτι στέλνει τον Μαγκάιβερ στην Γκάνα για να ανακτήσει έναν σκληρό δίσκο από έναν 'επικίνδυνο' χώρο υγειονομικής ταφής. Αν και αρνείται να αποκαλύψει το περιεχόμενο του δίσκου, η ομάδα εικάζει τους λόγους της ανησυχίας της.

Η ομάδα αναλαμβάνει μια επικίνδυνη αποστολή, όταν ένας αξιωματικός της ιρλανδικής στρατιωτικής υπηρεσίας πληροφοριών τούς αποκαλύπτει την κρυψώνα του 'Φαντάσματος'... του διαβόητου τρομοκράτη που επί χρόνια κυνηγά ο Μαγκάιβερ.

Όταν ένα φιαλίδιο με θανατηφόρο ιό κλέβεται από το Κέντρο Ελέγχου και Πρόληψης Νοσημάτων στην Ατλάντα, ο εφευρετικός πράκτορας Μαγκάιβερ και η ομάδα του σπεύδουν να το εντοπίσουν πριν ξεσπάσει παγκόσμια πανδημία.

Η Μάτι αποκαλύπτει ένα μεγάλο μυστικό: είναι παντρεμένη με έναν πράκτορα της CIA που πριν οκτώ έτη εισχώρησε μυστικά σε μια εγκληματική οργάνωση. Μα η ταυτότητά του έχει γίνει πλέον γνωστή και μόνο ο Μαγκάιβερ μπορεί να βοηθήσει.

Ο Μαγκάιβερ και ο Ντάλτον αποφασίζουν να επισκεφτούν το Λας Βέγκας για ένα Σαββατοκύριακο χαλάρωσης. Όμως, το ολιγοήμερο ταξίδι τους διακόπτεται απότομα όταν ένα άτομο από το παρελθόν τους εμφανίζεται και απειλεί τη ζωή τους.

Την ημέρα, αφοσιωμένη μητέρα... τη νύχτα, αυθεντία στις ληστείες. Αυτή είναι η νέα συνεργάτιδα του ιδρύματος Φίνιξ. Στόχος όλων είναι η σύλληψη ενός διαβόητου εγκληματία που την προσέλαβε προκειμένου να κλέψει μια 'βρόμικη βόμβα'.

Ο Μαγκάιβερ, η Ράιλι κι ο Μπόουζερ ταξιδεύουν στην άγρια φύση για ένα Σαββατοκύριακο επιβίωσης. Η κατάσταση όμως βγαίνει εκτός ελέγχου όταν έρχονται αντιμέτωποι με μια ομάδα βίαιων εγκληματιών, που αναζητούν έναν κρυμμένο θησαυρό.

Ένας από τους πλέον διαβόητους αρχηγούς του διεθνούς εγκλήματος δέχεται να παραδοθεί, υπό την προϋπόθεση να επιτραπεί η επιστροφή του στις Η.Π.Α. προκειμένου να παρευρεθεί στον γάμο της κόρης του. Άραγε θα τηρήσει τον λόγο του;

Η ομάδα καλείται να προστατεύσει έναν επικηρυγμένο σκύλο της Διεύθυνσης Αλκοόλ, Καπνού, Όπλων και Εκρηκτικών. Σύντομα, όμως, θα ανακαλύψουν ότι δεν είναι οι μόνοι που ενδιαφέρονται για τη δοσοληψία μεταξύ των λαθρεμπόρων όπλων.

Το ίδρυμα Φίνιξ καλείται να εντοπίσει και να ανασύρει τη σορό ενός πιλότου, το αεροπλάνο του οποίου συνετρίβη κατά τη διάρκεια δοκιμής ενός πειραματικού συστήματος χαρτογράφησης σχεδιασμένου από τον Μαγκάιβερ.

Όταν ένας από τους εργαζομένους σε μια υψίστης ασφαλείας παγκόσμια αποθήκη σπόρων εξαφανίζεται ξαφνικά, ο ειδικός πράκτορας Μαγκάιβερ και η ικανή ομάδα του καλούνται να εξιχνιάσουν το μυστήριο.

Όταν ο Νίκολας Χέλμαν εμφανίζεται στο προσκήνιο προκειμένου να φέρει εις πέρας μια σειρά από εκτελέσεις, το ίδρυμα Φίνιξ αναγκάζεται να ζητήσει βοήθεια από τον άνθρωπο που τον γνωρίζει καλύτερα... τον προστατευόμενό του Μέρντοκ.

Όταν μια ομάδα προσφύγων από τη Συρία καταδιώκεται από επικίνδυνους δουλεμπόρους, ο Μαγκάιβερ και η Ντέσι σπεύδουν να βοηθήσουν. Στο μεταξύ στο Λος Άντζελες, ο Μπόουζερ έχει παγιδευτεί σε ένα αυτοκίνητο που πρόκειται να εκραγεί...

Όταν μια εγκληματική οργάνωση απάγει τη σύζυγο και την κόρη του, ο πρώην άντρας της Μάτι ζητά τη βοήθειά της. Είναι όμως διατεθειμένη να διαπράξει προδοσία για να τις σώσει; Στο μεταξύ, η Ράιλι αναλαμβάνει μια αποστολή στο Παρίσι.

Φινάλε 3ου κύκλου. Ο Μαγκάιβερ έρχεται αντιμέτωπος με ένα πανούργο πρόσωπο και καλείται να κάνει μια δύσκολη επιλογή: να σώσει τη ζωή ενός φίλου ή εκατοντάδες αθώους ανθρώπους; Αργότερα, η σχέση του με τον πατέρα του δοκιμάζεται.