Ο Άνγκους Μαγκάιβερ επιστρέφει... Χρησιμοποιώντας ένα κινητό τηλέφωνο και μία μπάλα ποδοσφαίρου, ο Μακ αναζητά έναν πεζοναύτη του αμερικανικού ναυτικού, που, σύμφωνα με βάσιμες πληροφορίες, κρατείται αιχμάλωτος στη Μέση Ανατολή.

Όταν η πρώτη αποστολή της Ράιλι με μια ομάδα επικίνδυνων χάκερ βγαίνει εκτός ελέγχου, ο δαιμόνιος πράκτορας Μαγκάιβερ προσπαθεί να την εντοπίσει χρησιμοποιώντας αποκλειστικά ένα κολιέ και έναν πομπό μικροκυμάτων.

Με τη βοήθεια ενός καλωδίου, ο Μακ προσπαθεί να κλέψει τα πολύτιμα διαμάντια που φυλάσσονται στο χρηματοκιβώτιο ενός καζίνου, προκειμένου να μη χρησιμοποιηθούν από μια τρομοκρατική ομάδα για την αγορά όπλων μαζικής καταστροφής.

Όταν ο Μέρντοκ απάγει τον Μαγκάιβερ, ο δαιμόνιος πράκτορας χρησιμοποιεί μια βελόνα και τα δόντια του για να δραπετεύσει και να γυρίσει στην ομάδα του. Τώρα, η αποστολή τους είναι να διασώσουν το επόμενο θύμα του ψυχοπαθούς δολοφόνου.

Ο Μαγκάιβερ κι η ομάδα καλούνται να μεταβούν στο Τρίγωνο των Βερμούδων, προκειμένου να εντοπίσουν τον γιο του Αντιπροέδρου, όταν το αεροσκάφος του, στο οποίο επιβαίνει κι ένας μυστηριώδης κρατούμενος, χάνεται στη θαλάσσια περιοχή.

Στην προσπάθειά της να ανατρέψει την κυβέρνηση της Νιγηρίας καταστρέφοντας έναν από τους πλέον πολύτιμους πόρους της χώρας, μια ομάδα αναρτών βάζει φωτιά σε πετρελαιοπηγή. Θα καταφέρει ο Μαγκάιβερ να σώσει την κατάσταση;

Όταν μια ομάδα ανταρτών επιχειρεί να σαμποτάρει την παράδοση ενός μοσχεύματος καρδιάς, που χρειάζεται απεγνωσμένα ένας σημαντικός προεδρικός υποψήφιος στο Εκουαδόρ, ο Μαγκάιβερ καλείται να δώσει τη λύση και να του σώσει τη ζωή.

Ο Μαγκάιβερ 'κλέβει' έναν ανεκτίμητο πίνακα, προκειμένου να εξαναγκάσει έναν έμπορο έργων τέχνης να εμφανιστεί στο προσκήνιο. Αυτό, όμως, που δεν περιμένει είναι ότι η ομάδα του διαβόητου εμπόρου θα καταφέρει να τον εξαπατήσει.

Ο Μαγκάιβερ και η ομάδα του προσπαθούν να εντοπίσουν τον επικίνδυνο αρχηγό μιας οργάνωσης Ινδονήσιων μισθοφόρων, που μεταφέρει φονική ποσότητα ενός κλεμμένου νευροπαραλυτικού αερίου. Επίσης, ο Τζακ μιλά στον Έλγουντ για τη Ράιλι.

Όταν 32 φοιτητές εγκλωβίζονται σε ένα ερευνητικό σκάφος στον Αρκτικό, ο Μαγκάιβερ, μέσω βιντεοκλήσης, προσπαθεί να τους βοηθήσει να μείνουν ζωντανοί. Στο μεταξύ, ο Τζακ απάγει τον Έλγουντ προκειμένου να μάθει την επόμενη απάτη του.

Όταν ένα πτώμα ανακαλύπτεται σε κτίριο που καταστράφηκε από βόμβα του Μαγκάιβερ, η αστυνομία του Λος Άντζελες διακόπτει τη χριστουγεννιάτικη γιορτή της ομάδας, προκειμένου να συλλάβει τον ειδικό πράκτορα για τρομοκρατία.

Όταν το Φάντασμα παγιδεύει το σπίτι του Μαγκάιβερ με εκρηκτικά, ο πολυμήχανος πράκτορας συνειδητοποιεί ότι η συγκεκριμένη βόμβα είναι ένας απλός αντιπερισπασμός, προκειμένου να αποσπαστεί η προσοχή του από μια πιο ολέθρια επίθεση.

Ο Μαγκάιβερ σπεύδει να βοηθήσει τη μεγαλύτερη ανταγωνίστριά του στο πρόγραμμα για τη δημιουργία ρομποτικών μαχητικών μηχανών, όταν κάποιοι χακάρουν το όχημά της. Στο μεταξύ, ο Τζακ πηγαίνει σε μια συνάντηση παλιών συμμαθητών.

Η ζωή του Τζακ μπαίνει σε κίνδυνο όταν η ομάδα ταξιδεύει στην Νέα Ορλεάνη, προκειμένου να εντοπίσει μια επιτήδεια γυναίκα που παριστάνει τη σύζυγο ενός ανύπαρκτου άντρα από το παρελθόν του ειδικού πράκτορα.

Η ομάδα είναι αναγκασμένη να προστατεύσει τον Μέρντοκ από τον πρώην μέντορά του, που θα έκανε τα πάντα για να τον δει νεκρό. Στο μεταξύ, ο Τζακ συνειδητοποιεί ότι συνεχίζει να έχει αισθήματα για τη μητέρα της Ράιλι.

Ο Μαγκάιβερ, η Λιάνα, η Ράιλι και ο Μπόουζερ παριστάνουν τα ζευγάρια, προκειμένου να αποσπάσουν πληροφορίες για έναν Σέρβο εγκληματία πολέμου. Στο μεταξύ, ο Μπόουζερ αναρωτιέται εάν η Μάτι γνωρίζει για τη σχέση του με τη Λιάνα.

Ένας πρώην γκάγκστερ και νυν πληροφοριοδότης των Αρχών απάγεται από έναν διαβόητο αρχηγό του οργανωμένου εγκλήματος, προκειμένου να κρατήσει το στόμα του κλειστό. Θα καταφέρει ο Μαγκάιβερ να τον εντοπίσει πριν να είναι πολύ αργά;

Στην προσπάθειά της να εντοπίσει έναν πρώην κυβερνητικό πράκτορα που έχει κλέψει απόρρητες πληροφορίες, η ομάδα ξανασυναντά την οικογένεια Κόλτον, τους κυνηγούς επικηρυγμένων που αναζητούν το ίδιο πρόσωπο για διαφορετικούς λόγους.

Στην προσπάθειά τους να εξιχνιάσουν έναν μυστηριώδη θάνατο στη CIA, ο Μαγκάιβερ και η ομάδα ανακαλύπτουν μια υπόθεση διαφθοράς στο εσωτερικό της Κεντρικής Υπηρεσίας Πληροφοριών, καθώς και ένα οργανωμένο κύκλωμα παραχαρακτών.

Όταν ένας πρώην πεζοναύτης απάγει τον γιο ενός γνωστού δισεκατομμυριούχου χρησιμοποιώντας ένα ηλεκτρομαγνητικό όπλο τελευταίας τεχνολογίας, ο Μαγκάιβερ κι ο Τζακ καλούνται να εντοπίσουν τον νεαρό κληρονόμο πριν να είναι πολύ αργά.

Ενώ βρίσκεται στο Πουέρτο Ρίκο για να βοηθήσει έναν φίλο να επισκευάσει το σπίτι του, ο Μαγκάιβερ πιάνεται όμηρος από μια ομάδα ληστών, που επιχειρεί να αποσπάσει δύο εκατομμύρια δολάρια από την τράπεζα που διευθύνει ο φίλος του.

Όταν αναλαμβάνουν να εξετάσουν ένα μυστηριώδες αντικείμενο που προσγειώθηκε στην έρημο της Νεβάδα, ο Μαγκάιβερ και η Ράιλι δέχονται επίθεση από μασκοφόρους. Επίσης, η Ράιλι ανακαλύπτει νέα στοιχεία για τον πατέρα του Μαγκάιβερ.

Στο τελευταίο επεισόδιο του δεύτερου κύκλου, μια απροσδόκητη έκπληξη περιμένει τον πράκτορα Άνγκους Μαγκάιβερ, όταν επιχειρεί να ανακοινώσει στη Μάτι πως σκοπεύει να παραιτηθεί από τον Οργανισμό.