マクガイバーとジャックはキューバで拷問に遭っていた。2人はマクガイバーの父親を捜す旅に出たものの、その姿はどこにもなく父親が大事にしていた時計だけが見つかる。そんな時、プロの殺し屋マードックが刑務所から脱出したと知らされ、情報を追ってキューバ入りしたのだ。

マクガイバーはジャック、ライリーとともに敵の軍用機で危機を迎えていた。敵の1人が今にも強力な電磁波を発生させようとしているのだ。発生させれば軍用機のエンジンはたちまち止まってしまう。敵が装置に手をかけた時、ライリーは銃を掴んで警告するが体が固まって動けない。ある事件で人を撃ち殺してしまった傷が、いまだ癒えていないのだ。

マクガイバーとジャックは新しい任務を受ける。サマンサが大物戦犯を尋問し、テロ攻撃に関する情報を得たのだ。どうやら「赤い拳」なるテロ集団が、ダイヤ強盗を繰り返しているらしい。連中の目的は盗んだダイヤで大量破壊兵器を購入し、大規模テロを引き起こすことだった。

幼い頃に母親を亡くし、さらに自分の誕生日の当日に父親が出て行くという悲劇に見舞われたマクガイバー。ジャックの薦めで父親を捜すようになったものの、これ以上ジャックに手伝ってもらうのも心苦しく、マクガイバーは1人、祖父から譲り受けたアーミーナイフとともにフランスで捜索を続けていた。ところが突然、目の前にジャックが現れる。

CIAの戦術部隊が犯罪者を移送する最中、乗っていた航空機が墜落。その部隊を率いるリーダーは副大統領の息子、バイロン・ウィーラーだった。CIAは事を公にできないため、フェニックス財団に出番がまわってくる。しかし墜落地点を見たジャックは凍り付く。そこは「魔の海域」で有名なバミューダ・トライアングルだったのだ。

内戦寸前のナイジェリアで油井が爆破された。犯人は反乱軍デミーサ。フェニックス財団の精鋭たちが消火活動のため飛行機を手に入れるべく飛行場へ向かっていると、突如武装した集団に囲まれてしまう。反乱軍かと思いきや、彼らは避難せずに残っていた村人たちだった。

エクアドルで現大統領が辞任したことでディエゴ・ザラテ大佐が動き、独裁政治を敷こうとしている。そんな大佐に唯一対抗できる国民の人気者がヘクター・リヨン。ヘクターは大統領選で戦い、民主主義を守ろうとしているが、それを阻もうとするザラテに命を狙われている。しかも彼にはもう1つ命の心配があった。重い心臓の病を抱えていたのだ。

マクガイバーたちはマティからある任務を言い渡される。それは闇の美術商エンゾ・ルメールを拘束すること。ルメールは盗品を扱っているうえにその利益をテロ集団にもたらすというとんでもない男だ。各機関が執拗に追っているが、用心深いルメールはすべての取引をポーンと呼ばれる男を通して行うため、現場には姿を現さないのだ。

マティに呼び出された一同は、今回の任務を聞かされ凍り付く。なんと米軍が確保し処分予定だったVXガス1缶が行方知れずだという。ガスが暴露すれば被害は甚大だ。だが幸い、犯人もガスの隠し場所も判明している。ライリーはフェニックスでサポートに務め、マクガイバー、ジャック、サマンサはガスを回収すべく現場へと向かう。

マクガイバーたちはある任務を任される。北極海で大学の調査船が座礁してしまったのだ。発電機は壊れてしまい船内は暗く異常に寒い。このままでは大学院生で教員のゾーイや生徒31名の命が奪われてしまう。幸い、指令室と船内は映像でつながっていたため、マクガイバーはゾーイとともに船内にある道具を確認し、一緒に間に合わせのものを作りながら問題を解決していく。

クリスマスを共に過ごすため、マクガイバーの自宅にはいつもの仲間たち、ジャック、サマンサ、ライリーが集まっていた。マティも訪ねてきてパーティーはスタートかと思いきや、マティは浮かない顔だ。マクガイバーは任務に駆り出されるのかと構えるが、事態は深刻だった。なんとマクガイバーに殺人容疑がかかっているという。

マクガイバーとジャック、2人の出会いは数年前にさかのぼる。当時2人は陸軍に所属していた。ジャックはスナイパー、マクガイバーは爆発物処理の専門として中東に派遣されていた。だが殴り合いという最悪なかたちでの挨拶となり、さらに上官から一緒に組むよう命じられてしまい、お互いに面白くない。

任務中に愛用のアーミーナイフを猿に奪われたマクガイバー。仲間の命を救うためだったと心に言い聞かせる。だが、どこか落ち着かない。サマンサはリハビリするまでに復活したとはいえマードックは依然として行方知れず、父親から届いた資料を調べようにもマティを頼るわけにいかず苦戦中と、悩みがつきないせいでもあった。

マクガイバーとジャックが指令室へと入ると深刻な顔のマティが待っていた。デューク・ジャコビーなる男が再びニューオーリンズに現れたという。それを聞いたジャックは凍り付くが、マクガイバー、ライリー、ボーザーは初めて聞く名前だ。マティたちの反応から相当な悪党かと構えるが、状況説明で画面に映し出されたのは……。

マクガイバーはいつもの仲間達、ジャック、ボーザー、マティ、ライリー、ライリーの母親ダイアンと楽しい夜を過ごしていた。ジャックも久しぶりにダイアンと再会し、いい雰囲気である。ところが、ある訪問者によってせっかくの夜が途端に台無しになってしまう。なんとあのヘンリー・フレッチャーが現れたのだ。

フェニックス財団の今回の対象はインターポールが長年追っているセルビアの戦犯、ボリス・ミトロヴィッチ。一度は拘束寸前まで追い詰めるも、ボリスの長男マルコの殺害騒動の最中に見失って以来、行方が掴めずにいた。だがマティによると、ボリスの次男オマールがSNSの女王ミアと結婚したことで、ボリス逮捕のチャンスが巡ってきたという。

ジャックが見つけた資料から、行方不明の父親のことでマティにウソをつかれていたことが決定的となる。このことで頭を悩ませるマクガイバー。ジャック、ボーザー、ライリーはマクガイバーに全面協力するもマティの意図が読めず困惑していた。マクガイバーはもう一度マティに疑問をぶつけようとするが、そこへマティから連絡が入る。新たな任務が決まったのだ。

父親から届いたと思われるドイツの書類を前に途方に暮れるマクガイバー。そんな中マティから任務の連絡が入る。今回の対象は長年追っているエミール・ベック。政府のＩＴエンジニアだった彼は大量の機密データを盗み国外へ逃亡していたが、アーカンソー州で警官殺害事件が発生、その犯人がベックだったことから大がかりな追跡が再開されたのだ。

いつものように命の危機に見舞われ、何とか回避して家に帰ってきたジャック。玄関のカギをあけようとするが、なぜかドアが開いている。またしても空き巣かとウンザリするが、中にいたのはなんとドーンだった。家の物を盗まれて以来、久しぶりの再会とあって文句をつけようとするジャックだったが、ドーンは参った様子でジャックに助けを求める。

ライリーは以前、現場で銃を握った際に射殺した感覚が蘇って引き金を引けず、EMP発生装置を奪われ取り逃がしたことがあった。その装置が売りに出されるという。あの時のミスに心を痛めていたライリーは、挽回するチャンスが巡ってきたと1人やる気をみなぎらせる。一同は韓国へと飛ぶ。

ある任務でライリーとともにダイナーの冷凍室に閉じ込められてしまったマクガイバー。現場にジャックがいないことで、精神的に不安定になったものの、最後は無事に生還する。身も心もクタクタになってしまったマクガイバーは休暇を取り、いつもの仲間を誘ってプエルトリコへと向かう。

ネバダ上空を駆け抜けていた謎の球体が墜落し軍によって回収された。ハーマン博士が分析しているが一向に謎が解けないという。そこで技術顧問としてマクガイバーとライリーが派遣されることになった。マティと同じレベルの機密取扱権限を得たマクガイバーたちは、早速博士のもとを訪ねるが……。

マティと自分の父親に接点があったことを示す確証を掴んだマクガイバー。改めてマティと対峙し、なぜ行方不明の父親について知らないフリをしたか問いただす。しかしマティは戸惑った表情を浮かべるだけではっきりと答えようとしない。信用ならない人と組むことができないマクガイバーはマティに辞職を宣言する。