Os agentes especiais Angus Macgyver e Jack Dalton unem forças para recuperar uma arma biológica desaparecida, capaz de matar dezenas de pessoas de uma só vez.

Depois que a antiga parceira de Jack é capturada em uma missão para prender um traficante na Venezuela, MacGyver e Riley o ajudam no resgate.

MacGyver e sua equipe vão para a Malásia visando à obtenção de informações a respeito de Ralph, um gestor de finanças de uma organização terrorista.

MacGyver e sua equipe precisam achar e desarmar uma antiga bomba soviética antes que um oficial russo da Guerra Fria a use para explodir uma base do exército americano.

MacGyver precisa reparar um trem sabotado para proteger uma delatora que contém provas de que o seu chefe está vendendo armas para inimigos dos Estados Unidos.

Usando apenas uma chave inglesa e uma corda, MacGyver precisa desarmar uma bomba que foi armada em uma conferência das Nações Unidas por seu antigo rival.

MacGyver se disfarça como prisioneiro em uma prisão de segurança máxima para escapar de El Noche, um notório chefe do narcotráfico.

MacGyver fica frente a frente com Murdoc enquanto precisa proteger Bozer e a si mesmo usando uma apenas um abridor de garrafas e papel higiênico.

MacGyver e Bozer voltam à sua cidade natal e tentam resgatar uma criança prodígio que foi sequestrada.

Riley desaparece depois que uma arma cibernética foi roubada da NSA e o governo acha que a hacker é a culpada.

Nikki reaparece e ajuda MacGyver e sua equipe a acharem um espião no governo americano que trabalha para a misteriosa Organização.

O helicóptero de Mac e Jack cai depois dos agentes capturarem um criminoso de guerra, e eles precisam se livrar de ameaças para fugir.

MacGyver e Jack precisam achar um agente corrupto do FBI que incriminou um homem por assassinato.

MacGyver e sua equipe suspeitam que o Assassino do Zodíaco voltou quando a afilhada de Matilda e seu namorado são mortos em um parque em São Francisco.

Mac e Jack vão para Louisiana para capturar um fugitivo quando uma família de caçadores de recompensas chega nele primeiro. Riley e Bozer hackeam o arquivo da CIA de Jack.

A equipe vai para Amsterdã para uma missão supostamente fácil. No entanto, as coisas começam a dar errado quando eles são incriminados de fazer um atentado terrorista.

A equipe vai para o Havaí quando um terremoto atinge a cidade de Hilo e resgatam um grupo de cientistas do governo que estão presos em um prédio que está prestes a cair.

Uma amiga de Mac morre em um incêndio e ele e Jack começam a investigar o caso, quando descobrem que não foi um acidente e que alguém queria ela morta.

A equipe intercepta uma mensagem de um grupo terrorista destinado a Murdoc, Mac então substitui Murdoc para salvá-lo e entender por que a organização quer matá-lo.

A chegada de um novo cientista encoraja um ataque da Organização para recuperar um vírus e controlar todos os agentes da Fundação Phoenix.