Ο Άνγκους Μαγκάιβερ και ο Τζακ Ντάλτον, ειδικοί πράκτορες του Τμήματος Εξωτερικών Υπηρεσιών, ενώνουν τις δυνάμεις τους για να εντοπίσουν ένα βιολογικό όπλο, μια σταγόνα του οποίου μπορεί να εξολοθρεύσει χιλιάδες ανθρώπους.

Ο Άνγκους Μαγκάιβερ και η ομάδα του ταξιδεύουν στη Βενεζουέλα για να εντοπίσουν τη Σάρα, πρώην φίλη και συνάδελφο του Τζακ στη CIA, η οποία εξαφανίστηκε μόλις ανακάλυψε σημαντικά στοιχεία που ενοχοποιούν έναν διεθνή έμπορο όπλων.

Η ομάδα ταξιδεύει στη Μαλαισία για να εντοπίσει έναν μεγιστάνα που χρηματοδοτεί κρυφά μια τρομοκρατική οργάνωση. Όταν ο άνδρας τραυματίζεται, ο Μαγκάιβερ πρέπει να τον κρατήσει στη ζωή αν θέλει να μάθει τα σχέδια των τρομοκρατών.

Ο Μαγκάιβερ κι ο Τζακ γνωρίζουν τις ρώσικες εκδοχές του εαυτού τους, έναν προγραμματιστή και έναν χειριστή εκρηκτικού μηχανισμού, όταν ταξιδεύουν στη Μόσχα για να απενεργοποιήσουν μια εκρηκτική κεφαλή από την εποχή της ΕΣΣΔ.

Χρησιμοποιώντας ένα μπράτσο πολυθρόνας, ένα κουρτινόξυλο και μια οδοντογλυφίδα, ο Μαγκάιβερ επισκευάζει ένα τρένο ώστε να προστατέψει μια πληροφοριοδότη, που έχει αποδείξεις ότι το αφεντικό της πουλά όπλα σε εχθρούς των Η.Π.Α.

Χρησιμοποιώντας ένα κλειδί κι ένα σχοινί, ο Μαγκάιβερ πρέπει να απενεργοποιήσει μια βόμβα, που έχει τοποθετηθεί κοντά στο κτίριο των Ηνωμένων Εθνών από τη νέμεσή του, το 'Φάντασμα', έναν εγκληματία που δολοφόνησε τον μέντορά του.

Ο Μαγκάιβερ μπαίνει σαν κρατούμενος σε μια φυλακή υψίστης ασφαλείας για να φυγαδεύσει έναν διαβόητο έμπορο ναρκωτικών, χρησιμοποιώντας μόνο μπαταρίες κι αλάτι. Απώτερος στόχος του, να τον οδηγήσει ο εγκληματίας στο κρησφύγετό του.

Όταν ένας διαβόητος εκτελεστής προσλαμβάνεται για να σκοτώσει τον Μαγκάιβερ, ο μυστικός πράκτορας αναγκάζεται να υπερασπιστεί τον εαυτό του και τον Μπόουζερ, έχοντας στη διάθεσή του μόνο ένα τιρμπουσόν και χαρτί κουζίνας.

Χρησιμοποιώντας μόνο μια σμίλη κι ένα κουτί σπίρτα, ο Μαγκάιβερ πρέπει να υπερασπιστεί τους υπαλλήλους της αμερικανικής πρεσβείας στη Λετονία εναντίον μιας ομάδας εξτρεμιστών, η οποία προσπαθεί να απελευθερώσει τον αρχηγό της.

Στη διάρκεια μιας επίσκεψης στη γενέτειρά του, ο Μαγκάιβερ γνωρίζει ένα κορίτσι-θαύμα, με το οποίο φαίνεται να μοιράζονται πολλά. Όταν η έφηβη πέφτει θύμα απαγωγής, ο πράκτορας καλείται να τη σώσει χρησιμοποιώντας μόνο μια πένσα.

Χρησιμοποιώντας μόνο έναν φούρνο μικροκυμάτων και μια μπαλαντέζα, ο Μαγκάιβερ κι ο Τζακ αναζητούν τη Ράιλι, η οποία εξαφανίστηκε μόλις θεωρήθηκε ύποπτη για την κλοπή ενός κυβερνο-όπλου, ικανού να ξεκινήσει τον Γ’ Παγκόσμιο Πόλεμο.

Χρησιμοποιώντας ένα κατσαβίδι κι ένα εντομοκτόνο, ο Μαγκάιβερ πρέπει να εντοπίσει τον χαφιέ που διαρρέει απόρρητες κρατικές πληροφορίες. Στο μεταξύ, η Νίκι επανεμφανίζεται κι η Σάρα επιστρέφει για να βοηθήσει στη δύσκολη αποστολή.

Το ελικόπτερο του Μαγκάιβερ συντρίβεται στο Καζακστάν τραυματίζοντας τον πιλότο κι έναν αιχμάλωτο εγκληματία πολέμου. Χρησιμοποιώντας μόνο μια λεπίδα κι ένα μπουκάλι νερό, ο πράκτορας πρέπει να καλέσει βοήθεια πριν να είναι αργά.

Με ένα εργαλείο καθαρισμού ψαριών και μια πετονιά, ο Μαγκάιβερ κι ο Τζακ αναζητούν έναν διεφθαρμένο πράκτορα του FBI, που έχει παγιδεύσει έναν αθώο για φόνο. Στο μεταξύ, η ομάδα περιμένει με τρόμο την αξιολόγηση της νέας αρχηγού.

Ενώ αναζητούν έναν βίαιο φυγά, ο Μαγκάιβερ κι ο Τζακ συνειδητοποιούν ότι ο 'στόχος' τους έχει απαχθεί από τους κυνηγούς κεφαλών Κόλτον. Τώρα, ο Μακ πρέπει να βρει έναν τρόπο ώστε να πάρει τον εγκληματία από την οικογένεια Κόλτον.

Η πρώτη αποστολή του Μπόουζερ στο εξωτερικό πάει στραβά και η ομάδα κατηγορείται για τρομοκρατική επίθεση. Με έναν χάρακα και λάδι καρύδας, τα μέλη της ομάδας πρέπει να αποφύγουν τις Αρχές και να 'καθαρίσουν' το όνομά τους.

Όταν ένας ισχυρός σεισμός πλήττει τη Χαβάη, ο Μαγκάιβερ και η ομάδα του σπεύδουν να βοηθήσουν. Σε συνεργασία με τον Τσιν Χο και την Κόνο, προσπαθούν να διασώσουν μια ομάδα επιστημόνων που έχει παγιδευτεί σε ένα ετοιμόρροπο κτίριο.

Μια στενή φίλη του Μαγκάιβερ από το Μ.Ι.Τ. προσποιείται ότι είναι νεκρή για να γλιτώσει από έναν ασυνείδητο δολοφόνο, που δε θέλει να γίνουν γνωστά τα συμπεράσματα της επιστημονικής της έρευνας. Θα καταφέρει ο Μακ να τη βοηθήσει;

Μετά την υποκλοπή του μηνύματος μιας τρομοκρατικής οργάνωσης προς τον Μέρντοκ, ο Μαγκάιβερ παριστάνει τον ψυχοπαθή δολοφόνο προκειμένου να σώσει το υποψήφιο 'θύμα' και να ανακαλύψει γιατί οι τρομοκράτες επιθυμούν το θάνατό του.

Φινάλε πρώτου κύκλου. Αποφασισμένος να εκδικηθεί τον Μαγκάιβερ, ο Μέρντοκ στρατολογεί τον πρώην συγκρατούμενό του προκειμένου να εισχωρήσει στα γραφεία του Ιδρύματος Φίνιξ και να σκοτώσει όλους τους πράκτορες.