A recruta Alex Parrish esconde seu passado durante seu treinamento em Quantico. Só que depois de nove meses, ela se torna a principal suspeita de um ataque terrorista.

Os recrutas recebem a missão de descobrir ameaças à segurança nacional. Foragida, Alex precisa conseguir despistar Liam e sua equipe para conseguir entrar em sua casa.

Alex descobre coisas sobre o passado do pai no FBI enquanto os outros aprendem a arte de analisar o perfil de criminosos. A mãe de Alex implora para ela se entregar.

Alex passa a duvidar de suas habilidades após um exercício tenso de resgate. Uma pista a leva a questionar a inocência de uma colega do FBI.

Os recrutas deixam o campus pela primeira vez para executar uma missão de espionagem. Alex decide contar sua versão dos fatos durante uma entrevista pública.

Os recrutas aprendem técnicas de vigilância praticando os exercícios em Miranda e seu filho, Charlie. Alex recebe ajuda para hackear um dos computadores do FBI.

Não é todo mundo que consegue passar nos exames do meio do semestre. Para tentar limpar sua barra, Alex encontra Nimah e Raina, que acabam deixando-a ainda mais confusa.

Os recrutas percebem que suas missões individuais estão interligadas. Arquivos confidenciais do FBI vazam e levam Alex a desconfiar de que existe mais uma bomba.

Um convidado especial designa os recrutas para casos de serial killers, e Simon descobre algo perturbador. Alex é interrogada por um time de especialistas.

Um feriado acaba sendo uma completa decepção para alguns recrutas. Os terroristas responsáveis por plantar a bomba na Grand Central Station são desmascarados.

Um novo grupo de recrutas se junta a Alex e sua turma, causando brigas e competição. No Congresso, Alex depõe sobre os ataques terroristas.

Os recrutas recebem a missão de selecionar e treinar informantes na vida real. Alex e uma colega agente são obrigadas a revelar informações confidenciais.

Os recrutas aprendem técnicas de direção defensiva. Alex visita Simon em Vermont, onde ele está tendo muita dificuldade para se acostumar com sua nova realidade.

Shelby descobre algo perturbador. Miranda sofre as consequências quando os agentes são atacados por terroristas. Alex recebe uma nova missão.

Enquanto um conselho especial do FBI analisa o ataque terrorista, um exercício de sequestro deixa Shelby desnorteada. Alex descobre uma aliada em quem menos esperava.

Liam e Miranda escolhem recrutas para cruzar uma fronteira internacional sem identificação. Simon arrisca a própria vida para ajudar Alex a encontrar o terrorista.

Os recrutas descobrem coisas surpreendentes uns sobre os outros durante um exercício de investigação do passado. Alex fala com Claire Haas para saber mais sobre Caleb.

Os recrutas são apresentados a várias divisões do FBI para planejarem a carreira. A busca de Alex para encontrar o terrorista a coloca cara a cara com alguém conhecido.

Um pouco antes da formatura, Alex e Ryan estão envolvidos em um novo caso. Depois de descobrir novos fatos sobre alguém que ama, Alex não sabe mais em quem pode confiar.

Os recrutas se preparam para se formar e deixar Quantico com suas primeiras missões embaixo do braço. Alex descobre que ela está no centro de um novo ataque terrorista.

Nem todos estão comemorando a chegada da formatura. Alex e sua turma descobrem a verdadeira identidade da mente por trás dos ataques terroristas.