Een diverse groep rekruten arriveert bij de FBI-basis Quantico voor de opleiding. Deze jongvolwassenen worden hevig op de proef gesteld en de klas daalt geleidelijk in omvang, totdat enkel de beste kandidaten overblijven. Alex Parrish wordt geteisterd door vragen over haar overleden vader en zijn mysterieuze carrière als geheim agent, en hoopt bij de FBI antwoorden te vinden. Andere rekruten zijn de ex-militair Ryan Booth, de wees Shelby Wyatt, de Mormoon Eric Packer die een duister verleden herbergt, de eerste openlijk homoseksuele rekruut Simon Asher, de oplettende moslim Nimah Amin die een dubbelleven leidt en Caleb Haas, die in de voetsporen van zijn familie treedt. Een van hen wordt er van verdacht een aanslag op New York City te hebben gepleegd.

Alex is op de vlucht en zal Liam en zijn team te slim af moeten zijn, zodat zij in haar appartement kan komen en kijken of ze iets kan vinden om haar naam te zuiveren. Ondertussen krijgen de rekruten in een flashback een uitdagende opdracht waarbij ze moeten zoeken naar een speld in een hooiberg.

In Quantico ontvangt Alex eindelijk informatie over haar vader en zijn FBI-verleden, maar in de toekomst is het haar moeder Sita die een belangrijke rol speelt. Zij is door Liam overtuigd te participeren in een persconferentie en verzoekt Alex zichzelf aan te geven. Ondertussen leren de rekruten de kunst van profilering.

In Quantico worden de rekruten belast met een oefening waarbij ze een gijzelaar moeten redden. De oefening valt zwaar bij Alex, wat ervoor zorgt dat ze twijfelt aan haar bekwaamheid en of ze het trainingsprogramma wel moet voortzetten. In de toekomst blijft Alex zoeken naar aanwijzingen en stuit op een aanwijzing die vraagtekens zet bij de onschuld van een van haar klasgenoten, een klasgenote waar ze een goede band mee heeft.

De rekruten verlaten de campus voor de eerste maal wanneer ze een undercover-opdracht ondergaan. In een avond vol onvoorspelbare gebeurtenissen groeien Alex en Ryan dichter naar elkaar toe, terwijl de vaardigheden van de rekruten op de proef worden gesteld. In de toekomst besluit Alex haar kant van het verhaal te vertellen in een publiekelijk interview.

De rekruten leren de kunst van surveillance door het in de praktijk te brengen met Miranda en haar geteisterde zoon, Charlie. Shelby probeert Caleb op afstand te houden, maar Raina opent de deur naar een nauwere relatie met Simon. In de toekomst krijgt Alex hulp wanneer ze een FBI-computer poogt te hacken.

Het is tijd voor tussentijdse examens in Quantico, waar de rekruten een verbijsterende opdracht krijgen, waardoor velen voorgoed afdruipen. In de toekomst blijft Alex aan de haal met het zuiveren van haar naam en vindt zij Nimah en Raina, die meer vragen dan antwoorden bieden.

In de toekomst wordt het FBI-computersysteem gehackt en worden vertrouwelijke bestanden blootgelegd, hetgeen bij Alex de indruk wekt dat er ergens in New York City een tweede bom in het spel is. In Quantico krijgen de rekruten individuele opdrachten, enkel om zich te realiseren dat ze allemaal met elkaar verbonden zijn.

Quantico. de NATS nemen deel aan een klas met een gastspreker, Dr. Susan Langdon. Dr Langdon is een voormalig agent en profiler die over de schouders meekijkt van stagiairs in seriemoordenaars-zaken.

In Quantico zorgt een crisis disciplinaire hoorzitting er voor dat geheimen aan het licht komen, terwijl in de toekomst Alex in het geheim met haar team werkt om de echte dader van de bomaanslag te vinden vooraleer het te laat is.

In Quantico krijgen de NAT's enkele dagen vrij voor oudejaarsavond. Alex, Natalie, Shelby en Nimah, die allemaal vluchten voor hun familieproblemen, proberen het weekend door te brengen met behulp van drank en het herbekijken van 'cold cases'. In het heden ontdekken Alex, Nimah en Natalie dat Simon is ontvoerd en weldra vinden ze Simon met een detonator vastgeplakt aan zijn hand in het hotel waar de delegatie van de democratic's logeert.

Alex zit middenin een hoorzitting om te getuigen over de terroristische bomaanslagen. Overtuigd dat Elias het niet alleen heeft gedaan, is ze vastberaden om antwoorden en de waarheid te vinden. Een tijd geleden bij Quantico, er komt een nieuwe groep NATS bij Alex en haar klasgenoten. Dit veroorzaakt spanning en competitie tussen de groep.

Deze week leren de NATS hoe ze informatie moeten ontfutselen van zelfverzekerde informanten, maar wanneer ze hun vaardigheden in de echte wereld testen, realiseren ze zich snel dat agent zijn niet zo makkelijk is als dat het lijkt. In het heden bevinden Alex en Natalie zich in een leven of dood situatie wanneer ze geforceerd worden om geclassificeerde informatie te ontfutselen dat kan resulteren in dodelijke gevolgen.

De NATS maken teams voor defensieve rijlessen, terwijl de spanning tussen Liam en Drew explodeert, wat resulteert in schokkende bekentenissen en consequenties. In het heden worstelt Simon met zijn nieuwe realiteit in de nasleep van wat er is gebeurd. Hoewel zijn vrienden hem proberen te helpen, is het niet zeker of hij ooit nog de oude wordt.

Een terreurgroep probeert Quantico te infiltreren, waardoor Miranda en Liam gedwongen worden om een dodelijke prijs te betalen. Ondertussen probeert Alex in de toekomst instructies te krijgen van een terrorist, maar deze keer is het Claire Haas wiens leven gevaar loopt.

De NATS krijgen een training bij Quantico en Shelby heeft het daar moeilijk mee. Ondertussen krijgt Alex in de toekomst hulp van Hannah, die alles uit de kast wil halen om de terrorist te stoppen voor hij wederom toeslaat.

De volgende opdracht van de NATS bij Quantico is om meer te weten te komen over het smokkelen van mensen. Liam en Miranda dagen hen uit om de grens tussen de Verenigde Staten en Canada over te steken zonder paspoorten. In de toekomst blijft Simon Alex helpen om de terrorist te vinden.

Bij Quantico onderzoeken de NATs elkaars achtergrond om te bepalen wie de hooggeplaatste veiligheidsmachtiging krijgt. Tijdens het proces leren Alex, Shelby en Iris verrassende dingen over Drew, Will en Caleb. In het heden zoekt Alex contact met Claire Haas om haar vermiste vrienden te zoeken en is geschokt wanneer ze ontdekt wat er met Caleb is gebeurd.

Het is carrière dag op Quantico. De NATs ontmoeten vertegenwoordigers van verschillende FBI afdelingen. Zij proberen hen te helpen hun pad te kiezen voor de toekomst. In het heden blijft Alex zoeken naar de terrorist. Tijdens het proces ziet ze enkele bekende gezichten, inclusief iemand die het eindspel van de terrorist kent.

Met nog enkele weken te gaan voor de diplomering, worden de NATs naar verschillende kantoren gestuurd, waar Alex en Ryan samen aan een zaak werken. Ondertussen in het heden, Shelby en Calebs relatie neemt een wending en Alex weet niet wie ze moet vertrouwen.

De NATS zijn enthousiast dat de diplomering dichtbij is. Ze zijn zich aan het voorbereiden op het vertrek uit Quantico en het echte leven te gaan verkennen als FBI Agent. In het heden leert Alex dat iemand om wie zij gaf op Quantico niet is wie ze dacht. Alex vindt haarzelf in het hart van een mogelijk nieuwe aanval.

Het is tijd voor de diplomering van de NATS van Quantico. In het heden stellen Alex en haar team alles in het werk om de terrorist te pakken.

Terwijl Alex in training is bij de CIA, komt ze terecht in een wereld van dodelijke complotten dat oneindig veel mensen in gevaar brengt.

De nieuwe CIA-rekruten beginnen een counter-surveillance oefening, terwijl Alex en Ryan hun nieuwe relatie in stand proberen te houden. In het heden proberen Ryan en Raina het plan van de terroristen te dwarsbomen. Vertrouwen wordt een dodelijk wapen en niet iedereen is wie hij lijkt.

De nieuwe CIA-rekruten blijven trainen bij The Farm. In het heden dringt Alex binnen bij de terroristische groep die iedereen gegijzeld houdt. Ze is geschokt wanneer ze ontdekt dat niet iedereen een onbekende is.

De trainees krijgen een training dat hun stresslevel detecteert, terwijl Alex informatie los probeert te krijgen bij Owen. In het heden eisen de terroristen een ruil. Shelby komt tot een schokkende ontdekking.

Bij The Farm is Harry nog steeds achterdochtig omtrent Alex en Ryan en is vastbesloten om meer te leren over hun plan. Leon krijgt een speciale opdracht toegewezen door Owen. In het heden blijft Alex wegrennen voor de terroristen, maar ze krijgt te maken met haar zwaarste uitdaging tot nu toe.

Bij The Farm komen de trainees erachter dat ze moeten beslissen of een drone zal toeslaan of niet, waardoor Alex herinneringen krijgt over Simons offer. Shelby en Leons relatie begint meer vorm te krijgen. Nimah adviseert Alex en Ryan dat ze Harry niet moeten vertrouwen. In het heden betwijfelt Alex of ze Lydia kan vertrouwen, wat leidt tot een gevecht tussen hen.

Bij de Farm leert Owen de trainees over technieken die gebruikt kunnen worden bij een ondervraging, hij draait de rollen om en laat de studenten hem ondervragen. Shelby gaat undercover. In het heden wordt een nieuwe president beëdigd en Miranda maakt een moeilijke beslissing.

Bij de Farm leren Lydia en Owen de groep het belang van liegen en het breken met relaties. Een perfecte timing voor Alex, aangezien haar gevoelens voor Ryan niet meer hetzelfde zijn. In het heden proberen Alex en haar gezelschap het biologische wapen te vernietigen.

De recruiten leren hoe ze mensen moeten verleiden, wat Alex als een perfecte gelegenheid ziet om dichter bij Owen te komen, maar zal dat haar relatie met Ryan beïnvloeden? In het heden krijgt Alex eindelijk de antwoorden waar ze naar zocht over wie de terroristen zijn en wat ze aan het doen zijn.

Owen leert de recruiten het belang van verraad, met de missie om de Venezolaanse Gabriel Carrera tegen zijn land op te zetten. In het heden wordt Alex verplicht om met Miranda samen te werken om de gijzelaars te redden. President Claire Haas heeft een plan om de crisis voor eens en altijd te eindigen.

Alex probeert Owen te overtuigen van de verrader onder hen. De recruiten moeten een doelwit uit Duitsland zien te krijgen, maar hun doelwit heeft een doodswens. In het heden proberen de terroristen een nieuwe tactiek om informatie te krijgen van de gijzelaars.

De recruiten breken in bij de NSA tijdens een missie om al hun eigen persoonlijke informatie te verwijderen, maar de AIC heeft andere plannen. In het heden zetten de gijzelaars een plan op om de terroristen zichzelf te laten onthullen.

De recruiten leren hoe ze alles moeten vernietigen als ze worden ontmaskerd. Een mysterieuze dood leidt tot een FBI-onderzoek bij The Farm. In het heden gaat Alex terug naar de crisiszone en onthult de ware verrader binnen de CIA.

In de nasleep van de G20 gijzelingscrisis, zet president Claire Haas een illegale en geheime groep bij elkaar om een wereldwijde samenzwering te ontmaskeren. Dit brengt Alex en haar vrienden van zowel de FBI als de CIA bij elkaar.

Terwijl hun nieuwe leider (Hunter Parrish) de groep agenten beter leert kennen, leidt Owen een onderzoek naar de vreemde wereld van nepnieuws. Het opjagen van de uitgevers van een nepverhaal kan echter leiden tot dodelijke consequenties.

Wanneer Clay geforceerd wordt om zijn verloofde te betrekken bij een missie, denkt het hele team na over hun eigen persoonlijke connectie, of eigenlijk meer aan het gebrek daarvan. Er vindt een onverwachte wending plaats tijdens de missie. Harry heeft moeite met zijn plek te vinden binnen het nieuwe team.

Wanneer één van Alex' vrienden erin wordt geluisd voor een terroristische aanslag, proberen ze haar te helpen. Met de opkomende stemming voor een register voor Moslims, realiseert de groep zich dat de aanslag geen toeval was. Het team probeert enkele congresmannen over te halen om 'nee' te stemmen. Alex en Owen sporen een moordenaar op.

Een aangeslagen Clay gaat in gesprek met zijn moeder over de toekomst van de groep, maar hij wordt gestoord door bezoek van zijn broer. Alex leidt een operatie om om het plan van de medewerkers te onthullen, waarbij zij de reputatie van de President willen schaden. Tevens leert ze Owen om op zijn gevoel te vertrouwen.

Met alle medewerkers onthuld, gebruikt het team Clay en Maxine's verlovingsfeest om ze allemaal op één plek te krijgen. Hun missie: ze tegen elkaar opzetten. Terwijl iedereen hun leven riskeert, is er één teamlid dat een verrassende keuze maakt.

Alex werkt met Alex om binnen te dringen bij de werknemers. Wanneer ze haar loyaliteit testen, realiseert Alex zich dat ze een pion in hun plan is om de President en het team kapot te maken.

Nadat er een onmogelijke keuze is gemaakt, komen er nieuwe dingen aan het licht over het einddoel van de medewerkers. De groep krijgt hulp van enkele oude vrienden wanneer ze ervoor willen zorgen dat de medewerkers geen terroristische aanslag kunnen plegen.

Alex en het team vechten voor de laatste keer tegen de medewerkers tijdens het congres over de Grondwet, waar een nieuw amendement aan de Grondwet de vrijheid van iedere Amerikaan bedreigt.

Ryan en Alex halen Owen en Harry over om hen te helpen om een vriend te redden en De Weduwe te verslaan. Om hen te helpen, brengt Owen voormalig agente Jocelyn Turner binnen te groep, die haar eigen donkere verleden met De Weduwe kent.

Terwijl het team op zoek gaat naar de oorsprong van een dodelijk soort tuberculose dat donkere Amerikanen bedreigt, moet Ryan undercover infiltreren bij een groep witte racisten. Ondertussen moeten Alex en Harry het tegengif beschermen.

Het team moet een ex-CIA agent beschermen om een kartel neer te kunnen halen. De opdracht brengt alle levens in gevaar.

Alex en McQuigg moeten een prins beschermen die bedreigd wordt. Het team realiseert zich al snel dat de moordenaar dichterbij is dan ze eerst dachten.

Wanneer een natuurkundedocent op een grote universiteit een een grote hoeveelheid uranium steelt, doet het team er alles aan om de docent en het uranium te vinden. Met het uranium wil een groep een terroristische aanslag plegen tijdens een topconferentie in New York City.

Jocelyn deelt een persoonlijk verhaal over haar gehoorverlies toen ze in een bomexplosie terecht kwam dat haar leven veranderde. Ondertussen werkt het team samen om degene die daar verantwoordelijk voor is neer te halen en infiltreren in een illegale, ondergrondse operatie waar niet iedereen levend uitkomt.

Het team moet een wetenschapper beschermer die een dodelijk wapen heeft gecreëerd die, in de verkeerde handen, verwoestende consequenties voor de mensheid kan hebben. Ryan en Shelby stuiten op iets persoonlijks van Alex.

Het team gaat undercover bij een Amerikaanse militaire aannemer, die verdacht wordt een dodelijke deal te hebben gesloten met een ander land. Alex' leven loopt tijdens de operatie gevaar.

Levens zijn in gevaar terwijl het team Shelby beschermt wanneer ze een weerzien met iemand uit haar verleden heeft. Het weerzien brengt dodelijke gevolgen met zich mee.

Wanneer Owen en McQuigg hartverscheurend nieuws over familieleden te horen krijgen gaat het team op scherp en komen ze er al snel achter dat het nergens veilig is.

Conor Devlin heeft plannen voor zichzelf wanneer hij wraak neemt en terugkeert naar zijn thuisland, Ierland, Ondertussen is het team onbewust een pion in zijn plannen.

Conor Devlin blijft wraak zoeken als iemand uit het verleden van Alex terugkomt in haar leven.

Het team is in Ierland en wanneer ze eindelijk face-to-face met Conor Devlin staan, brengt niet iedereen het er levend vanaf. Alex maakt een levensveranderende beslissing over de toekomst.