Een diverse groep rekruten arriveert bij de FBI-basis Quantico voor de opleiding. Deze jongvolwassenen worden hevig op de proef gesteld en de klas daalt geleidelijk in omvang, totdat enkel de beste kandidaten overblijven. Alex Parrish wordt geteisterd door vragen over haar overleden vader en zijn mysterieuze carrière als geheim agent, en hoopt bij de FBI antwoorden te vinden. Andere rekruten zijn de ex-militair Ryan Booth, de wees Shelby Wyatt, de Mormoon Eric Packer die een duister verleden herbergt, de eerste openlijk homoseksuele rekruut Simon Asher, de oplettende moslim Nimah Amin die een dubbelleven leidt en Caleb Haas, die in de voetsporen van zijn familie treedt. Een van hen wordt er van verdacht een aanslag op New York City te hebben gepleegd.

Alex is op de vlucht en zal Liam en zijn team te slim af moeten zijn, zodat zij in haar appartement kan komen en kijken of ze iets kan vinden om haar naam te zuiveren. Ondertussen krijgen de rekruten in een flashback een uitdagende opdracht waarbij ze moeten zoeken naar een speld in een hooiberg.

In Quantico ontvangt Alex eindelijk informatie over haar vader en zijn FBI-verleden, maar in de toekomst is het haar moeder Sita die een belangrijke rol speelt. Zij is door Liam overtuigd te participeren in een persconferentie en verzoekt Alex zichzelf aan te geven. Ondertussen leren de rekruten de kunst van profilering.

In Quantico worden de rekruten belast met een oefening waarbij ze een gijzelaar moeten redden. De oefening valt zwaar bij Alex, wat ervoor zorgt dat ze twijfelt aan haar bekwaamheid en of ze het trainingsprogramma wel moet voortzetten. In de toekomst blijft Alex zoeken naar aanwijzingen en stuit op een aanwijzing die vraagtekens zet bij de onschuld van een van haar klasgenoten, een klasgenote waar ze een goede band mee heeft.

De rekruten verlaten de campus voor de eerste maal wanneer ze een undercover-opdracht ondergaan. In een avond vol onvoorspelbare gebeurtenissen groeien Alex en Ryan dichter naar elkaar toe, terwijl de vaardigheden van de rekruten op de proef worden gesteld. In de toekomst besluit Alex haar kant van het verhaal te vertellen in een publiekelijk interview.

De rekruten leren de kunst van surveillance door het in de praktijk te brengen met Miranda en haar geteisterde zoon, Charlie. Shelby probeert Caleb op afstand te houden, maar Raina opent de deur naar een nauwere relatie met Simon. In de toekomst krijgt Alex hulp wanneer ze een FBI-computer poogt te hacken.

Het is tijd voor tussentijdse examens in Quantico, waar de rekruten een verbijsterende opdracht krijgen, waardoor velen voorgoed afdruipen. In de toekomst blijft Alex aan de haal met het zuiveren van haar naam en vindt zij Nimah en Raina, die meer vragen dan antwoorden bieden.

In de toekomst wordt het FBI-computersysteem gehackt en worden vertrouwelijke bestanden blootgelegd, hetgeen bij Alex de indruk wekt dat er ergens in New York City een tweede bom in het spel is. In Quantico krijgen de rekruten individuele opdrachten, enkel om zich te realiseren dat ze allemaal met elkaar verbonden zijn.

Quantico. de NATS nemen deel aan een klas met een gastspreker, Dr. Susan Langdon. Dr Langdon is een voormalig agent en profiler die over de schouders meekijkt van stagiairs in seriemoordenaars-zaken.

In Quantico zorgt een crisis disciplinaire hoorzitting er voor dat geheimen aan het licht komen, terwijl in de toekomst Alex in het geheim met haar team werkt om de echte dader van de bomaanslag te vinden vooraleer het te laat is.

In Quantico krijgen de NAT's enkele dagen vrij voor oudejaarsavond. Alex, Natalie, Shelby en Nimah, die allemaal vluchten voor hun familieproblemen, proberen het weekend door te brengen met behulp van drank en het herbekijken van 'cold cases'. In het heden ontdekken Alex, Nimah en Natalie dat Simon is ontvoerd en weldra vinden ze Simon met een detonator vastgeplakt aan zijn hand in het hotel waar de delegatie van de democratic's logeert.

Alex zit middenin een hoorzitting om te getuigen over de terroristische bomaanslagen. Overtuigd dat Elias het niet alleen heeft gedaan, is ze vastberaden om antwoorden en de waarheid te vinden. Een tijd geleden bij Quantico, er komt een nieuwe groep NATS bij Alex en haar klasgenoten. Dit veroorzaakt spanning en competitie tussen de groep.

Deze week leren de NATS hoe ze informatie moeten ontfutselen van zelfverzekerde informanten, maar wanneer ze hun vaardigheden in de echte wereld testen, realiseren ze zich snel dat agent zijn niet zo makkelijk is als dat het lijkt. In het heden bevinden Alex en Natalie zich in een leven of dood situatie wanneer ze geforceerd worden om geclassificeerde informatie te ontfutselen dat kan resulteren in dodelijke gevolgen.

De NATS maken teams voor defensieve rijlessen, terwijl de spanning tussen Liam en Drew explodeert, wat resulteert in schokkende bekentenissen en consequenties. In het heden worstelt Simon met zijn nieuwe realiteit in de nasleep van wat er is gebeurd. Hoewel zijn vrienden hem proberen te helpen, is het niet zeker of hij ooit nog de oude wordt.

Een terreurgroep probeert Quantico te infiltreren, waardoor Miranda en Liam gedwongen worden om een dodelijke prijs te betalen. Ondertussen probeert Alex in de toekomst instructies te krijgen van een terrorist, maar deze keer is het Claire Haas wiens leven gevaar loopt.

De NATS krijgen een training bij Quantico en Shelby heeft het daar moeilijk mee. Ondertussen krijgt Alex in de toekomst hulp van Hannah, die alles uit de kast wil halen om de terrorist te stoppen voor hij wederom toeslaat.

De volgende opdracht van de NATS bij Quantico is om meer te weten te komen over het smokkelen van mensen. Liam en Miranda dagen hen uit om de grens tussen de Verenigde Staten en Canada over te steken zonder paspoorten. In de toekomst blijft Simon Alex helpen om de terrorist te vinden.

Bij Quantico onderzoeken de NATs elkaars achtergrond om te bepalen wie de hooggeplaatste veiligheidsmachtiging krijgt. Tijdens het proces leren Alex, Shelby en Iris verrassende dingen over Drew, Will en Caleb. In het heden zoekt Alex contact met Claire Haas om haar vermiste vrienden te zoeken en is geschokt wanneer ze ontdekt wat er met Caleb is gebeurd.

Het is carrière dag op Quantico. De NATs ontmoeten vertegenwoordigers van verschillende FBI afdelingen. Zij proberen hen te helpen hun pad te kiezen voor de toekomst. In het heden blijft Alex zoeken naar de terrorist. Tijdens het proces ziet ze enkele bekende gezichten, inclusief iemand die het eindspel van de terrorist kent.

Met nog enkele weken te gaan voor de diplomering, worden de NATs naar verschillende kantoren gestuurd, waar Alex en Ryan samen aan een zaak werken. Ondertussen in het heden, Shelby en Calebs relatie neemt een wending en Alex weet niet wie ze moet vertrouwen.

Het is tijd voor de diplomering van de NATS van Quantico. In het heden stellen Alex en haar team alles in het werk om de terrorist te pakken.