결혼 후에 콜로라도에서 살고 있던 커트와 제인의 집에 암살자들이 찾아온다. 가족의 안전을 위해 멀리 떠났던 제인은 새 문신과 함께 나타나 옛 친구들을 구하기 위해 목숨을 건 도박을 한다.

새로운 문신을 분석해 찾아간 곳에 위성이 추락하고, 정체 모를 용병들이 나타나 일행을 공격한다. 사라진 위성의 블랙박스와 관련된 더 큰 음모가 드러나고, 제인은 피하고 싶은 과거와 마주한다.

로만은 팀원들의 비밀을 폭로해 분열을 일으키려고 하고, 패터슨과 리치는 함께 화이트 해커로 활동했던 옛 동료를 만나 위기에 처한다.

20년 전 죽은 줄로만 알았던 테러범이 다시 등장하고, 패터슨과 타샤는 스튜어트의 죽음을 둘러싼 비밀을 파헤친다. 한편 제인은 과거의 지인을 통해 충격적인 사실을 알게 된다.

팀원들은 유명 할리우드 배우를 이용해 미국 내 테러 공격을 감행하려는 범죄 조직을 막기 위해 동분서주하고, 리드는 허스트 국장에게서 수상함을 느낀다.

치명적인 바이러스가 뉴욕을 위협하고, 반 고흐의 정체가 밝혀지면서 스튜어트의 죽음에 관한 비밀이 드러난다.

모든 진실이 밝혀졌지만, 오히려 패터슨이 범인으로 지목되면서 팀원들은 위기에 봉착한다. 로만은 블레이크의 아버지를 만나고, 웰러는 제인에게 충격적인 고백을 한다.

테러 집단이 뉴욕에 숨겨져 있던 핵탄두를 훔치는 사건이 발생하고, 웰러는 인명 피해를 막기 위해 목숨을 건다. 한편 제인은 배신감에 웰러를 멀리한다.

난민 캠프 출신의 수단인 삼 남매가 메건에게 연락하면서 폭탄 테러 계획이 드러난다. 팀원들이 피해를 막기 위해 노력하는 가운데, 제인은 용병 시절의 옛 동료를 만난다.

에이버리가 납치되자 제인은 클렘, 커트와 함께 베를린으로 향한다. 패터슨과 남은 팀원들은 위저드빌을 해킹한 범인과 마주한다.

행크의 지시를 받은 무장 집단이 재무부의 비밀 벙커를 공격하고, 커트는 사이가 멀어졌던 옛 파트너와 오랜만에 다시 손을 잡는다.

국가 안보국에서 제작한 치명적인 컴퓨터 바이러스가 도난당한다. 다크웹에서 실마리를 찾은 팀원들은 리치 닷컴과 옛 동료 나즈의 도움을 받아 바이러스를 회수하기 위해 노력한다.

팀은 제인의 문신 중 숫자 배열 문신이 미 해병 부검 보고서 번호와 일치한다는 사실을 알아낸다. 그런데 사망자 유골을 다시 검사하던 중 기계가 폭발하면서 패터슨이 중태에 빠진다.

블랙 사이트 수용자를 태운 CIA 수송기가 이스트강에 추락하는 사고가 발생한다. 같은 시각 케이드가 제인과 커트를 찾아와 뉴욕에서 벌어질 테러를 경고하며 새로운 거래를 제안한다.

잠자리 문신의 단서였던 메시지 창에 메시지가 떴다가 사라진 일을 계기로 수사팀은 보든이 살아 있다는 사실과 타샤가 이를 숨겼다는 사실을 알게 된다. FBI는 테러범 고로비치의 공격을 막기 위해 조직원으로 위장했던 보든을 이용한다.

수사팀은 로만이 보낸 자선 행사 초대장을 단서로 행사에 위장 잠입해 크로퍼드, 브뤼예르, 로만을 한꺼번에 체포할 계획을 세운다.

크로퍼드 편으로 완전히 돌아선 로만은 암살범 여럿에게 FBI 수사팀 암살을 의뢰하고, 이틀 넘게 야근하며 로만을 쫓다가 잠시 일상으로 돌아간 팀원들은 위험에 처한다.

문신 데이터베이스에서 딱정벌레 문신의 단서가 포착된다. FBI는 문신과 똑같이 생긴 그림을 표지로 써 책을 출판한 작가를 소환한다. 작가 대시는 마이클 갠즈먼이라는 인물이 정신을 조종하는 무기를 만들었다는 황당한 가설을 주장한다.

로만의 공격으로 문신 데이터베이스가 고장 난 사이 새키츠항에서 총상으로 사망한 밥 드랍킨의 시신이 발견된다. 한편 에이버리는 대모로부터 아버지 유산을 상속받으려면 서류에 서명해야 한다는 연락을 받는다.

수사팀은 크로퍼드가 리넷에게 받은 보안 코드로 무슨 짓을 하려는지 알아내려 고군분투한다. 제인은 샌드스톰 시절 로만이 폭발물을 구하기 위해 세웠던 계획을 떠올린다.

패터슨과 리치는 로만이 보낸 영상 메시지를 단서로 로만의 위치를 알아낸다. 로만은 이 모든 일을 끝내기 위해 모든 게 시작된 곳으로 제인을 부른다.