로만이 죽기 전에 남긴 네 번째 데이터 캐시에 ‬ZIP 약물의 부작용에 관한 자료가 담겼다. 이미 환각에 사로잡히기 시작한 제인은 FBI 팀원들 몰래 샌드스톰의 재기를 계획한다.

FBI 건물의 벽화에 담긴 사건 단서의 끝에 러시아 출신의 요원이 설치한 함정이 있다. 팀원들이 러시아 요원의 정체를 파헤치는 사이, 제인은 셰퍼드를 찾기 위해 비밀스럽게 움직인다.

매들린 버크가 FBI를 찾아와 협력을 제안한다. 그가 전달한 하드에는 테러 공격에 관한 단서가 들었다. 팀원들은 폭탄 테러로 인한 대량 살상을 막고자 목숨이 위험한 상황에서도 폭파범을 뒤쫓는 데 열을 올린다.

버려진 병원에서 발견한 인형을 조사하던 중 끔찍한 무기가 숨겨졌다는 사실을 발견하고 이 틈을 타 제인은 셰퍼드의 위치를 알아본다. 한편, 저파타는 클로디아와 리드의 집에 침입한다.

저파타와 클로디아가 리드를 납치해 FBI 서버 접근 권한을 확보하는 동안 팀원들은 암살 작전을 수행하는 환경 운동 단체를 추적하는데, 리치가 과거에 이 단체에 큰 영향을 끼쳤다는 사실을 발견한다.

한 의원이 자택에서 살해당한 채 발견되는데 시신 옆에는 대규모 로비 조직의 이름이 쓰여 있다. 매슈 와이츠가 로비 조직으로부터 자금을 지원받았다는 사실이 드러나고, 팀원들은 거짓말로 둘러대는 와이츠를 수상하게 여긴다.

제인이 웰러에게 계략을 들키기 직전에 범죄자들이 들이닥쳐 두 사람을 납치한다. 패터슨과 리치는 FBI 건물에 숨겨진 미스테리한 단서를 찾고, 와이츠는 리드와 수사를 벌이던 중에 매들린과 비밀스러운 만남을 갖는다.

핵무기가 날아온다는 속보가 발표되자 뉴욕시 전체가 대혼란에 휩싸이고, FBI 팀원들은 보스턴이 서버를 해킹해 허위 경보를 내보냈다는 사실을 알아낸다. 웰러와 패터슨, 리치가 레미가 된 제인을 쫓는 동안 리드와 와이츠는 멕시코에서 저파타를 추격한다.

팀원들은 제인을 되찾기 위해 위험천만한 치료법을 감행한다. 제인은 기억을 되돌릴 수도, 목숨을 잃을 수도 있다. 모두가 불안정한 실험을 숨죽여 지켜보는 가운데, 제인은 자신을 찾기 위한 힘겨운 싸움에 돌입한다.

제인은 기억을 되찾았음에도 고통으로 힘들어한다. 팀원들은 영구 치료를 위해 ZIP 개발자를 추적하지만, 그가 사망했다는 소식을 듣고 절망에 빠진다. 한편, FBI에 구금된 저파타는 드디어 리드에게 자신의 사정을 털어놓는다.

현실 범죄를 다룬 소설 시리즈로 유명한 작가가 살해당한다. 팀은 작가가 고발하려던 연쇄 살인 사건의 진범을 쫓는다. 한편, 제인은 ZIP 중독이 진행되어 점점 상태가 나빠진다.

제인의 중독증을 치료할 줄기세포를 지닌 대부호가 교환 조건으로 비밀의 책을 요구한다. 패터슨과 리치는 티격태격대면서도 제인을 구하기 위해 한 마음으로 페루에서 환상의 비서를 찾아 헤맨다.

매들린이 신형 항법 장치를 해킹해 비행기를 떨어뜨리려 한다. 표적도, 예정 시각도 모르는 절체절명의 상황에 국장인 와이츠는 어디 있는 걸까? 한편 타샤와 보스턴은 매들린의 코밑에서 위험한 작전을 속행한다.

팀이 뿔뿔이 흩어졌던 2년 전의 이야기가 수면에 올라온다. 당시 리드가 체포한 연쇄 폭파범이 누명을 썼다는 것. 팀의 누군가가 실적을 위해 증거를 조작했다는 의혹이 불거진다.

방산 업체의 플루토늄이 누군가에게 도난당한다. 팀은 핵 테러를 막기 위해 영화 같은 작전에 도전한다. 마침내 범인과 조우한 제인은 피할 수 없는 과거를 마주하게 된다.

과거의 자신이 저지른 잘못에 괴로워하던 제인은 특별한 상담사를 찾는다. 카르텔의 암살자가 매들린의 관련자들을 노리고, 팀은 국외로 도피하려는 매들린을 체포하기 위해 비장의 작전을 시도한다.

제인은 도미닉에게 납치되어 모처의 땅속에 생매장당한다. 도미닉은 제인을 인질로 매들린을 출국시키려 하고, 팀은 제인의 목숨과 수사 원칙 사이에서 갈등한다.

하루아침에 수십 명이 복어 독으로 알려진 테트로도톡신에 중독되는 사건이 발생한다. 수사팀은 한 연구 농장에서 재배한 멜론에 테트로도톡신이 들었다는 사실을 알아낸 뒤 해당 연구소로 들이닥친다. 그리고 그곳에서 의외의 인물을 만난다.

한 연구 기관 기념행사에서 문신과 관련된 기밀 정보가 도난되는 사건이 발생한다. 한편 감옥에 갔던 캐시가 가석방으로 나오자마자 은행을 해킹하자, 패터슨과 리치는 마음을 졸인다.

FBI 시스템을 신형으로 교체하는 날, 쿡 연방 교도소에 잡혀 있던 쇼히드 악타르가 중요한 제보를 하겠다며 협상을 요구한다. 리드는 부족한 일손을 채우기 위해 FBI 직원 브리애나에게 도움을 요청한다.

수사팀은 배리 월리스가 있는 것으로 파악된 가정집을 급습했다가 의외의 인물과 맞닥뜨린다. 한편 리드는 웰러와 와이츠 사이에 자신이 모르는 비밀이 있음을 눈치채고 마음이 영 불편하다.

패터슨은 대규모 정전 사태를 일으킨 장본인을 알아내고 즉시 위치를 파악해 팀원들과 떠난다. 한편 매들린의 변호사가 내시와 함께 FBI에 도착하면서 팀원들은 엄청난 음모에 빠진다.