18 Monate nach der Trennung unter mysteriösen Umständen wird das FBI-Team durch eine neue Krise wieder zusammengeführt.

Während sich das Team auf die neue Situation - und die neuen Tattoos - einstellt, kämpfen sie gegen eine gefährliche fremde Macht, die versucht, einen Satelliten zu kapern.

Während Jane und Weller eine Gruppe gefährlicher Computerhacker zur Strecke bringen, müssen Patterson und Rich DotCom zusammenarbeiten, um ein explosives Geheimnis aus ihrer Vergangenheit zu verbergen.

Während das Team einen tödlichen Bomber jagt, der Manhattan terrorisiert, lüftet Jane ein erschütterndes Geheimnis aus ihrer Jugend.

Während Jane mit einem Geheimnis aus ihrer Vergangenheit kämpft, arbeitet das Team daran eine internationale Krise zu verhindern.

Das Team geht verdeckt auf ein Filmset, um eine terroristische Verschwörung und deren Hintermänner zu stoppen. Roman erpresst Weller mit einem schrecklichen Geheimnis über Jane.

Angesichts einer Bedrohung innerhalb des FBI ist das Team gezwungen, eine verdeckte Operation von Jane und Wellers Wohnung aus durchzuführen. Ein Tattoo führt zu einem Arzt mit einem tödlichen Geheimnis.

Das Team muss zusammenarbeiten um ihren bislang mächtigsten Feind zur Strecke zu bringen. Jane und Weller werden mit einem schrecklichen Geheimnis konfrontiert, das sie auseinander zu reißen droht.

Nach einigen persönlichen Auseinandersetzungen muss das Team zusammen finden, um vermisste Nuklearsprengköpfe aufzuspüren.

Das Team tut alles, um mit Hilfe von Reades Journalisten-Freundin einen tödlichen Terroristenplan zu vereiteln.

Während sich Jane und Weller mit einem mysteriösen Mann aus Janes Vergangenheit zusammentun, um eine vermisste Person zu finden, versucht das Team einen Waffenhandel zu stoppen.

Ein Tattoo führt Weller wieder mit seinem ehemaligen FBI-Partner zusammen auf eine gefährliche Undercover-Mission, während Zapata einen früheren Gegner verhört.

Ein überraschender Besuch von Nas veranlasst das Team, ein gefährliches Stück Technologie zu untersuchen, das von der NSA gestohlen wurde. Roman und Blake kommen sich bei einem Pokerspiel mit hohen Einsätzen näher.

Das Team muss entscheiden, ob es einem Gefangenen vertrauen soll, der es vor einer gefährlichen Verschwörung warnt. Zapata ist zwischen dem FBI und der CIA gefangen. Roman und Crawford streiten darüber, wie sie mit einer unbeständigen Situation umgehen sollen.

Eine CIA-Quelle droht, das Team auseinander zu reißen. Richs Platz im FBI wird in Frage gestellt. Roman und Crawford verbringen einen Tag unter seltsamen Umständen zusammen.

Das FBI-Team und Avery nehmen an einer Gala teil, die von ihrer Zielperson Hank Crawford ausgerichtet wird, in der Hoffnung, ihn zu verhaften. Roman kommt den Crawfords näher.

Jane und ihr Team müssen um ihr Leben kämpfen, als Roman sie mit tödlichen Attentätern verfolgt. Währenddessen hat Patterson ein Date, Reade streitet sich mit dem O.P.R. Inquisitor, Jane und Weller gehen zum Abendessen und Zapata nimmt an einer Beerdigung teil.

Das Team muss sich mit einem seltsamen Verschwörungstheoretiker zusammentun, um Crawford davon abzuhalten, sich eine tödliche Waffe zu beschaffen. Roman kämpft darum, sein Privatleben mit Blake aufrechtzuerhalten, während er eine Reihe geheimer Missionen erfüllt.

Nachdem sie schockierende Nachrichten über Averys Vater erhalten haben, müssen Jane und Weller einen schwer fassbaren Kriminellen zur Strecke bringen. In der Zwischenzeit hilft Pattersons Vater dem Team im Labor.

Jane ist gezwungen, jemanden aus ihrer Vergangenheit zu rekrutieren, um eine gefährliche Allianz auszuschalten.

Jane und Weller jagen Roman dorthin zurück, wo alles begann, und versuchen, ihn aufzuhalten.