Nach der Flucht aus der CIA-Haft nimmt das Team Jane wieder gefangen und überzeugt sie, eine Dreifach-Agentin innerhalb ihrer alten Terrororganisation zu werden, wo sie einige wichtige Geheimnisse aus ihrer Vergangenheit aufdeckt, während der jüngste Verrat von beiden Seiten droht, sie und das Team für immer auseinander zu reißen.

Das Team versucht, einen korrupten DEA-Agenten daran zu hindern, Stinger-Raketen an ein Drogenkartell zu verkaufen, während Weller darum kämpft, alle unter dem zunehmenden Eindruck von Jane's Vertrauensbruch mit den anderen und dem Neuzugang Nas als Co-Anführerin zusammenzuhalten.

Weller und das Team sind in einem Wettlauf gegen die Zeit, um eine Reihe von Bombenanschlägen in New York City zu stoppen, während Jane gezwungen ist, auf eine Attentatsmission zu gehen, um ihre Loyalität zu beweisen oder die Konsequenzen zu tragen.

Nas und Weller nähern sich als Co-Leader einander an auf der Jagd nach einer Museumsgala-Attentäterin, die sich als ein dunkles Geheimnis herausstellt. Jane beginnt, eine weichere Seite ihrer alten Organisation zu sehen.

Nachdem ein prominenter Politiker bei einer Kundgebung fast getötet wird, müssen Weller und das Team mit U.S. Marshal Allie Knight zusammenarbeiten, um einen Mafiaführer zu Fall zu bringen.

Während Weller und Nas einen flüchtigen Informanten in Bulgarien jagen, geht Jane mit Roman auf eine Sandstorm-Mission. Reade und Zapata müssen sich mit einer dringenden Angelegenheit befassen.

Rich DotCom kehrt zum FBI zurück, weil er Hilfe bei einem dringenden Problem benötigt.

Während Weller und Jane bei einer Undercover-Operation vermisst werden, muss der Rest des Teams zwei Kriminelle verhören, die Informationen haben, um sie zu finden. Auch Weitz kehrt mit einer Vendetta gegen das Team zurück.

Nachdem Jane entdeckt hat, dass Sandstorm sich auf einen bevorstehenden Angriff vorbereitet, riskiert sie alles, um insgeheim eine Warnung an ihr FBI-Team zu schicken.

Patterson wird vermisst und ein frisch amnesialer Roman ist auf freiem Fuß. Jane und Weller müssen gegen Shepherd - und die Uhr - antreten, um sie zu finden, bevor es zu spät ist.

Nachdem einer der meistgesuchten Terroristen der Welt aus unbekannten Gründen in New York auftaucht, muss das Team mit der CIA zusammenarbeiten, um einen tödlichen Bombenangriff zu stoppen.

Als ein ungewöhnliches Tattoo auf Roman hinweist, muss das Team entscheiden, ob es ihn ins Feld schickt, um verdeckt in einer gefährlichen Biker-Bande zu ermitteln.

Das Team erzielt einen großen Durchbruch im Fall Sandstorm, als sie Shepherds wahre Identität entdecken und eine jahrzehntelange Verbindung zwischen ihr und Weller bekannt wird.

Ein Tattoo führt das Team zu einer mächtigen geheimen Bruderschaft, aber sie können sie nicht ohne die Hilfe eines ihrer Absolventen infiltrieren - Rich DotCom.

Nachdem eine Reihe von Tattoos mehrere Hinweise hervorgebracht haben, teilt sich das Team in Paare auf, um einen tödlichen Unterweltkurier zu verfolgen.

Mit Nas's Hilfe kommen Weller und Jane schließlich in Kontakt mit Nas' Insider-Quelle in Sandstorm und stellen sich einem alten Feind.

Jane und ihre neue Flamme Oliver befinden sich in einer gefährlichen Situation, die die Geheimnisse ans Licht bringt, die sie beide gehütet haben. Unsicher, ob sie einander vertrauen können, muss das Paar am Leben bleiben, während Weller und das Team versuchen, sie zu retten.

Ausgespäht von einem alten Rivalen, kämpft das Team darum, sich zu verteidigen. In der Zwischenzeit führt ein Tattoo sie zu einem mysteriösen Tod in einer Pflegefamilie.

Jane und Weller gehen verdeckt auf eine hochkarätige Schnitzeljagd, die von mächtigen Hackern durchgeführt wird. Shepherd reist nach Thailand, um eine gefährliche Waffe zu beschaffen.

Zapata's Übertretungen holen sie ein und bringen sie zusammen mit einem potenziell mächtigen Sandstorm-Anhänger namens Devon ins Gefängnis. Weller und das Team müssen außergewöhnliche Anstrengungen unternehmen, um Zapata zu helfen.

Das Team knackt schließlich ein Mitglied von Sandstorm, was zu einem großen Durchbruch bei der Aufdeckung der zweiten Phase führt.

Während das FBI mit einer Tragödie fertig werden muss, findet sich Weller im Zentrum eines überraschenden Ereignisses wieder. Jane sieht einer ungewissen Zukunft entgegen.