Jane stikker af fra CIA, men bliver straks indhentet af teamet, som overbeviser hende om at blive trippel agent i hendes gamle terrororganisation.

Teamet arbejder hurtigt for at stoppe en korrupt narko-agent fra at sælge stingermissiler til et narkokartel. Weller forsøger at holde gruppen samlet.

Weller og holdet kæmper mod tiden for at stoppe en serie af bombninger i New York City, mens Jane tvinges til at tage ud på en snigmords-opgave for at bevise sin loyalitet.

Nas og Weller forsøger at finde dynamikken som fælles ledere under teamets jagt på en snigmorder ved en galla på et museum, som viser sig at bygge på en dyster hemmelighed.

En prominent politiker er tæt på at blive slået ihjel under en demonstration. Weller og holdet må samarbejde med US Marshal Allie Knight for at fælde lederen af den irske mafia.

Mens Weller og Nas jagter en flygtet informant i Bulgarien, tager Jane på en mission for Sandstorm sammen med Roman.

Rich Dotcom vender tilbage til FBI, da han får brug for hjælp med et problem, som skal løses hurtigt.

Jane og Weller forsvinder på en mission, hvor de arbejder under dække. Teamet bringer to kriminelle i forhør for at finde ud af, hvor Jane og Weller er.

Jane får at vide, at Sandstorm opruster til et kommende angreb. Hun risikerer alt ved at forsøge at hjælpe FBI teamet.

Patterson er savnet og Roman, som netop har fået slettet hukommelsen er på flugt. Jane og Weller skal nu kæmpe både mod Shepard og tiden for at finde dem, før det er for sent.

En af verdens mest eftersøgte terrorister dukker op på radaren i New York af ukendte grunde, og teamet samarbejder med CIA for at stoppe et bombeangreb.

Da en usædvanlig tatovering fører til Roman, skal teamet bestemme sig for, om de vil sende Roman under dække hos en farlig motorcykelklub.

Teamet får et stort gennembrud i Sandstorm-sagen, da de opdager Shepards sande identitet og hendes kobling til Weller.

En tatovering peger mod en mægtig og hemmelig orden, men teamet kan ikke infiltrere den uden hjælp fra en af ordenens medlemmer: Rich Dotcom.

Da flere sammenfaldende tatoveringer giver flere ledetråde, deler teamet sig op og nye konstellationer skabes for at jagte en dødelig kurerer i underverdenen.

Weller og Jane finder endelig ud af hvem Nas' kilde i Sandstorm er og møder en gammel fjende.

En farlig situation afslører hemmelighederne, som både Jane og Oliver har holdt skjult fra hinanden. Tør de vise hinanden tillid igen?

Teamet kæmper med at forsvare sig selv, da de efterforskes af en tidligere modstander. Samtidig fører en tatovering dem til et mystisk dødsfald hos en plejefamilie.

Jane og Weller går under dække på en risikabel jagt efter hemmelighedsstemplede dokumenter, som er kommet i hænderne på magtfulde hackere.

Zapata må nu stå til ansvar for sine handlinger og havner i fængsel sammen med en potentiel farlig Sandstorm-allieret, Devon.

Mens FBI skal håndtere en tragedie, befinder Weller sig i centrum af en overraskende hændelse. Janes fremtid er usikker.