Det er 1962, USA har tapt andre verdenskrig; øst er Stor-naziriket og vest De japanske stillehavsstater. Midt i undertrykkelsen er det nytt håp - filmer som ser ut til å vise en annen verden. Når søstera hennes gir henne en film og så blir drept, begynner en kvinne å tro at filmene inneholder nøkkelen til friheten og blir besatt av å finne deres mystiske vokter, Mannen i den høye borgen.

Franks skjebne henger i en tynn tråd når han blir fanget av det japanske militærpolitiet. I mellomtida tar Juliana kontakt med en mystisk mann som gir henne en nøkkel til filmene, og obergruppenführer Smith overraskes av en uheldig endring i situasjonen.

Joe og Juliana må handle raskt idet en ond dusørjeger kjent som marshalen ankommer Canon City. Tagomi legger planer med Wegener om å overlevere verdifulle hemmeligheter fra Riket, og Frank planlegger hevn mot japanerne.

Joe slites i stadig større grad mellom pliktfølelse og sterke følelser for Juliana. Mens Ed prøver å hindre Frank i å ta et ugjenkallelig valg. Smiths etterforskning forstyrres når han mister vitnet sitt, og Tagomis plan mislykkes idet utviklingen tar en dramatisk dreining under kronprinsens tale.

Juliana vender tilbake og finner ny informasjon som leder henne nærmere avsløringen av mysteriet bak filmene. I mellomtida får Joe en tøff debriefing ved nazihovedkvarteret. Kido begynner etterforskningen av hendelsene rundt kronprinsens tale, mens Tagomi og Wegener gjør et siste forsøk på å fullføre sin hemmelige overføring.

Joe feirer veterandagen og bruker det som en mulighet til å finne ut mer om filmene. Juliana aksepterer en jobb for Tagomi mens hun fortsetter å lete etter svar. Mens Smith inviterer en gammel venn til å bli med i feiringene med et overraskende resultat.

Juliana gjør en oppsiktsvekkende oppdagelse om søsteras død. Frank reflekterer rundt nylige hendelser og tar et viktig valg for framtida si, og Tagomi får større innsikt i Julianas fortid.

Idet nettet snører seg sammen, planlegger Frank å flykte fra det japanske militærpolitiets grep, for så å bli dratt inn i fare igjen av Joe når han forsøker å få tak i en ny film. I mellomtida settes Smiths lojalitet på prøve når han gjør en oppsiktsvekkende familieoppdagelse, og Childan planlegger å hevne seg ved å svindle Kasoura-paret.

Mens tida løper ut, tvinges en desperat Frank å settet livet på spill for å redde Joe. Brikkene faller omsider på plass for Smith når han oppdager hvem som sto bak drapsforsøket på ham. Tagomi blir sønderknust når han konfronteres med konsekvensene av renkene sine, og Kinos etterforskning tar en dramatisk vending når han gjør en viktig oppdagelse om skytingen.

Den ene åpenbaringen følger den andre, og Juliana tvinges til å ta det viktigste beslutningen i sitt liv. Wegener vender tilbake til Tyskland for å utføre sitt hemmelige selvmordsoppdrag. Smith risikerer å selv bli byttet når han går på jakt med personen som prøvde å drepe ham, og Kido prøver desperat å avslutte saken før tida renner ut.

Juliana fanges av motstandsbevegelsen og konfronterer konsekvensene av sitt svik. Hun får svarene hun har søkt om fortida, men de fører til enda mer urovekkende spørsmål om framtida - og det er ikke bare hennes egen som trues. John kommer seg til New York, men reisen får ham til å stille spørsmål ved alt han har stolt på. Frank prøver å få Ed ut av en umulig situasjon - men til hvilken pris?

Etter å ha så vidt unnsluppet døden oppdager Juliana en familiehemmelighet som kan ha globale implikasjoner - og fører til et valg som forandrer livet hennes… Kido, Tagomi og Frank tar alle farlige sjanser, mens Joe i New York havner i en normal rutine, for så å få den snudd opp ned når Smith gir ham muligheten han har ventet på hele livet.

Mens hun prøver å akklimatisere seg til det nazistiske New Yorks forunderlige verden, oppsøker hun den ene hun tror hun kan stole på: Joe Blake. Joe er sint og trassig etter Julianas avskjed, og trekkes mot motstandsbevegelsen og dens karismatiske leder. Joe konfronterer sin egen identitet idet han omsider møter sin far.

Juliana oppdager at hun er langt fra trygg fra motstandsbevegelsen i Riket. Smith konfronterer hvor langt han er villig til å gå for å beskytte sønnen sin. Og en annen far - Joes - forsøker å overtale ham til å gi Berlin en sjanse. Frank har også et valg han må ta: hvor langt er han forberedt på å gå for å hjelpe motstandsbevegelsens sak?

Joe får vite en sannhet om fortida si som får ham til stille spørsmål ved alt. Spliden mellom Frank og Ed blir større idet Frank trekkes lenger inn i motstandsbevegelsen. For å forsikre seg om sikkerhetens sin, må Juliana forråde en som står henne nær.

Nicole introduserer Joe for en uventet side ved Berlin som leder i en ny retning. På oppdraget sitt får Juliana innpass i Smiths indre sirkel. Tagomi er omsider forent med familien sin, for så å risikere å miste dem igjen.

Ettersom Juliana kommer seg nærmere Smith-paret, oppdager hun en farlig hemmelighet. Childan og Ed havner i en vanskelig situasjon når de prøver å slette Yakuza-gjelden. På et oppdrag for motstandsbevegelsen avdekker Frank en japansk plan som kan virkeliggjøre hans verste mareritt.

Juliana samler etterretning for motstandsbevegelsen som kan utløse tredje verdenskrig. Når den politiske situasjonen i Berlin blir utrygg må Joe ta et valg som kan sette livet hans i fare. Frank får vite sannheten om Juliana, noe som får ham til å stille spørsmål ved sin nye motstandsbevegelse-familie.

Tagomi konfronterer et dilemma: bli hos familien eller vende tilbake til den verden han forlot. Desperat etter å unnslippe Riket, gjør Juliana en siste farlig avtale med motstandsbevegelsen. Når Ed åpenbarer en hemmelighet som setter motstandsbevegelse-planen i fare, må Frank avgjøre hvordan han på best vis skal håndtere sin beste venns svik.

Tagomi får med Kido i et bedrag for å redde Japan fra tilintetgjørelsen. Idet Smiths liv går i oppløsning rundt ham, gjør han et dristig grep for å holde fast ved makten. Joe prøver å gjøre det rette, men rammes av det ultimate sviket. Juliana må ta et hjerteskjærende valg som vil forme verdens framtid.

Juliana Crain skaper nytt bekjentskap i den nøytrale sonen – en irsk fikser ved navn Wyatt – og finner seg snart på rømmen og søker Tagomos hjelp. Japan tester en atombombe. Joe Blake sendes på en diplomatisk reise til San Francisco. Kido ansetter en ny sersjant. Nicole Dormer kommer til New York for å lede en ny propagandakampanje. Smiths sliter med etterdyrelsen av Thomas sin død.

Juliana innser at hennes og Tagomos skjebne er sammenflettet. Tagomi og admiral Inokuchi innser at riket pålegger en skjult oljeembargo på Stillehavet. Reichsmarschall Rockwell og J. Edgar Hoover plotter i mot John Smith. Helen starter behandling for å takle sorgen sin over Thomas, og tar drastiske tiltak for å beskytte familien hennes. Kido og Tagomi krangler over Juliana.

Juliana and Tagomi forfølger filmens mysterier og Juliana gjenforenes med en gammel venn. Childan er ivrig etter å komme tilbake til San Francisco nå, da represalier har stopper, men en potensiell ny romantikk gjør Ed motvillig til å forlate. Kido mottar intelligens som setter han på en ny sti. Smith finner seg feiret av nazistiske høyt samfunn på en visning av Nicoles nye film om Thomas.

Samfunnet kjemper for overlevelse i den nøytrale sonen. Juliana og Joe blir kjent igjen, mens Joe fortsetter sitt undercoverarbeid for Himmler. Wyatt besøker Juliana i San Francisco. Smiths fortid kommer tilbake for å hjemsøke han. Ed og Childan står overfor en utfordring på vei hjem til San Francisco. Mens spenningen mellom riket og imperiet stiger, finner Tagomi ut at livet hans kan være i fare.

Mens Reichsführer fortsetter å provosere det japanske Stillehavet, unngår Juliana knapt en dødelig situasjon og oppdager et kammer av nazistiske hemmeligheter. John Smith krangler med sin politiske motstander. Nazistene forbereder seg på ‘’År null’’. Joe og Juliana kommer til et vendepunkt i forholdet deres.

Med Wyatts hjelp, rømmer Juliana fra San Francisco med stjålte nazi-hemmeligheter. Childan kan endelig returnere hjem igjen og Ed bestemmer seg for å bli i den nøytrale sonen. Tagomi kommer med avsløringer til Kido som endrer Kidos perspektiv. John Smiths karriere tar en vending.

Juliana begynner på et oppdrag for å stoppe nazistene – et oppdrag som gjenforener henne med de gamle vennene. Thelma og Nicole kommer nærmere hverandre, til tross for risikoen. Smith lærer mer om nazistenes innsats i alt-verdensreiser. Kido krever at Tagomi tilstår om filmene og hans evne til å rise. Kido overtaler Childan for å motta viktig intelligens.

Juliana innser at tiden løper ut, men å rekruttere tilhengere er fortsatt en utfordring. Tagomi finner seg i en farlig kamp for liv og død. I terapi krysser Helen Smith en linje. Kido forfølger sitt mål i den nøytrale sonen.

Juliana og Wyatts oppdrag tar dem lengre øst og farlig nært sentrum av et topphemmelig nazistisk prosjekt. Forsøk på å forbedre forholdet mellom sine sider, når Tagomi ut til Smith. Smith gjør en viktig oppdagelse. Kido finner en avslutning.

Julianas forsøk på å stoppe nazistene får henne i en usikker stilling. Himmler og John Smith fører en overdådig feiring av År Null. Midt i en rekke suksesser møter Smith et tilbakeslag. Kido vender tilbake til San Fancisco med en premie og utfører en akt av vennlighet for en venn. Tagomi tar en vanskelig beslutning. Ed kommer tilbake til San Francisco og gjenoppretter forbindelsen med Childan.

Juliana Crain er i en ny verden. Etter et angrep mot handelsminister Tagomi slår førstebetjent Kido ned på de mistenkte: Det svarte kommunistopprøret. John Smith fører et militærangrep i Den nøytrale sonen for å fange Wyatt Price og hans motstandshær. Helen Smiths nye uavhengighet settes på prøve når John vil hente døtrene sine.

John Smith får viktig etterretning fra offiserene sine ved Die Nebenwelt-anlegget, men hjemme sliter han med en familiedynamikk i endring. Bell Mallory og SKO allierer seg med Wyatt Prices motstandsgruppe. Kido vil knytte bånd med sin bortstøtte sønn, Toru. Childan og hans japanske assistent knytter bånd. Juliana oppdager at en fiende i én verden kan være en venn i en annen.

Wyatts motstandsgruppe og SKO slår seg sammen for å angripe Tokyos elite under Robert Childans auksjon. Helen kommer tilbake til Riket for å beskytte barna sine. Kido får en uventet telefon fra yakuzaen. Smith sender en snikmorder for å drepe Juliana.

John og Helen tar imot Himmler og kona hans på middag, sammen med en ny, farlig trussel fra Berlin: obergruppenführer Goertzmann. Juliana vender tilbake til høyborgverdenen, og ankommer ruinene som nå kalles "kontaminasjonsdistriktet". Generalen tvinger Kido til å vende seg mot kronprinsessen. Hawthorne Abendsen deler nye historier fra høyborgen i fangenskap.

John Smith må se valgene sine i hvitøyet. Keiserriket prøver på hemmelige fredssamtaler med SKO. Kido arresterer en forræder som truer med å vende Japan mot seg selv. Helen får en ny livvakt. Juliana gjenforenes med Wyatt for å planlegge Det amerikanske rikets fall.

John Smith oppdager at man kan gå seg vill på veien man ikke valgte. Juliana prøver å avdekke skjulte budskap fra Abendsen. Bell legger en ny strategi for SKO mens kritikken hagler. Kido må velge hvor lojaliteten hans ligger, selv om det koster ham keiserriket.

SKO utfører et stort angrep over hele JSS, og skjebnen til keiserriket havner i Kidos hender. Childan tas til fange av Kempeitai. Helen vil hjelpe mannen sin ved å tre inn i det offentlige liv igjen. Juliana og Wyatt ankommer New York for å planlegge en vågal ny strategi mot Smith.

Julianas instinkter om Helen settes på prøve. Mens San Francisco blir evakuert, leter Kido etter sønnen sin, men blir tatt til fange. Det kommer et brev som endrer livene til Childan og Yukiko. SKO mottar et uventet tilbud om hjelp fra yakuzaen. Abendsen dømmer Smith med sin siste forutsigelse.

Smith og Helens ekte lojaliteter settes på prøve av en gammel fiende. SKO kjemper for å bevare orden i JSS. Kido må se sine misgjerninger i hvitøyet. Lovløse bander truer Childan og Yukiko.

På randen av en uunngåelig nazistinvasjon stålsetter SKO seg klar for angrepet, mens Kido er i et kappløp mot klokka for å finne sønnen sin. Childan tilbyr alt han har for å komme seg tilbake til Yukiko. Helen må velge om hun vil forråde mannen sin mens hun og Smith reiser med høyhastighetstog til portalen - mens Juliana og Wyatt ligger på lur.