Sept ans plus tard, Son Gohan a maintenant 16 ans. Il est inscrit dans l'école de la ville de Satan City où il rencontre ses camarades de classe mais une fille, nommée Videl, attire son attention. Son Gohan sauve la vie de personnes sous la menace de voleurs. Ces mêmes personnes le nommeront le « guerrier doré ». Plus tard, lorsqu'il décide d'agir comme un super héros, il demande à Bulma de lui fabriquer un costume et devient Great Saiyaman.

Gohan joue les justiciers à Satan City, mais ne veut pas être démasqué. Il demande donc conseil à Bulma, qui lui fabrique un costume de super-héros. Videl est appelée en renfort lors d'une prise d'otages dans un bus, et Gohan, déguisé en Great Saiyaman, compte bien aider lui aussi...

Son Gohan va finalement apprendre à Videl et à Son Goten à voler. Sachant déjà que son petit frère est capable de libérer son énergie, ce dernier décide de prendre la formation de Videl en main et lui montre comment libérer son énergie et la contrôler. Ayant du mal au début, la jeune fille parvient finalement à faire sortir son énergie. Lors de la leçon de vol, elle arrive à canaliser son énergie et à décoller du sol, mais pas suffisamment haut. Son Gohan conseille à Videl de se faire couper les cheveux pour éviter d'être gênée lors des combats, mais celle-ci s'énerve, lui expliquant que ses cheveux ne regardent qu'elle. Pendant ce temps, Vegeta découvre lui aussi avec stupéfaction que son fils arrive à se transformer facilement en Super Saïyen. Videl revient le lendemain à l'entraînement, mais avec une nouvelle coiffure...

Grâce à l'enseignement de Son Gohan, Videl progresse et arrive, tout comme Son Goten, à voler comme un oiseau en peu de temps. Toute la Team Dragon se prépare pour le championnat d'arts martiaux. Le premier jour du tournoi, Son Goku effectue enfin son retour sur Terre et retrouve ses amis ainsi que sa famille. Il fait d'ailleurs la rencontre de son deuxième fils Son Goten, qui n'a jamais vu son père depuis sa naissance et le courant passe ben entre eux. Baba la voyante rappelle à Goku qu'il ne dispose que de 24h. Ce dernier est surpris en découvrant que Krilin s'est marié avec C-18 et ont eu ensemble une fille, Maron. De nouvelles règles étant établies, Goten et Trunks sont contraints d'être inscrits à la section "Juniors". L'épreuve de qualification va commencer...

Le tournoi "Juniors" a enfin commencé. Trunks et Son Goten battent facilement tous leurs adversaires et se retrouvent, sans surprise, opposés l'un à l'autre lors de la grande finale. Le combat s'équilibre entre les deux jeunes garçons et le public apprécie beaucoup le spectacle.

Trunks bat facilement M. Satan en un seul coup de poing, mais ce dernier a fait exprès de perdre afin de laisser le jeune garçon gagner. La Team Dragon profite de la pause de 30 minutes pour aller se restaurer, puis fait la rencontre de Shin et de Kibito, deux étranges individus. Le tirage au sort a lieu et les combats sont les suivants : Krilin contre Punta, Shin contre Piccolo, Videl contre Spopovitch, Kibito contre Great Saiyaman, C-18 contre M. Satan, Son Goku contre Vegeta, Mighty Mask (Trunks et Son Goten) contre Kila et Yamu contre Jewel.

Krilin ouvre le bal pour son premier combat contre Punta et bat facilement son adversaire en quelques secondes. Lors du second combat qui oppose Shin à Piccolo, le Namek reste complètement paralysé devant la puissance de ce dernier et abandonne le combat sans raison apparente.

Spopovitch, profitant de la fatigue de Videl, reprend l'avantage. Il s'amuse à la rouer de coups violents et à la torturer. Mais la jeune fille refuse d'abandonner, voulant gagner à tout prix. Fou de colère en voyant Videl souffrir sous ses yeux, Son Gohan se transforme en Super Saïyen et tente de sauver sa camarade. Mais Yamu intervient et ordonne à Spopovitch d'arrêter ses bêtises et de terminer rapidement son combat. Spopovitch envoie Videl en dehors du ring et gagne le combat. Son Gohan conduit la jeune fille à l'infirmerie pendant que son père part chercher des haricots magiques pour la guérir...

Shin raconte à Son Goku et ses amis l'histoire de la création de Boo, une créature invincible créée par Bibidi, un sorcier. Après avoir vaincu ce dernier, il a appris que Bibidi a eu un fils : Babidi. Kibito soigne Son Gohan, affaibli, et le remet sur pied. Videl accompagne Son Gohan et Kibito, mais n'arrive pas à les suivre. Son Gohan lui conseille de retourner au stade, mais Videl est triste de ne pas pouvoir rester avec lui. C'est à ce moment-là que Videl tombe amoureuse de Son Gohan et réciproquement. Kibito et Gohan parviennent à rattraper Shin et les autres. Ils finissent par retrouver le vaisseau de Babidi et sont surpris de découvrir que Dabra, le prince des ténèbres, a rejoint les rangs du sorcier.

Dabra et Babidi font leur apparition à l'extérieur du vaisseau. Le sorcier se débarrasse de Spopovitch et Buibui, un des fidèles de celui-ci, élimine Yamu. Dabra repère l'énergie de Son Goku et ses amis, élimine Kibito, transforme Krilin et Piccolo en statues de pierre en leur crachant dessus et tente d'attirer les trois Saïyens à bord du vaisseau. Goku, Gohan et Vegeta n'eurent d'autres choix que de le suivre, accompagnés de Shin. Buibui est le gardien du premier sous-sol et c'est Vegeta qui gagne le droit de l'affronter.

Vegeta élimine facilement Buibui sans avoir besoin de se transformer en Super Saïyen, malgré l'avantage qu'a donné Babidi à son subordonné. Le sorcier décide d'envoyer Yakon pour garder le deuxième sous-sol et c'est Son Goku qui sera son adversaire. Bien que Yakon soit avantagé dans le noir, Son Goku n'éprouve aucune difficulté et se transforme en Super Saïyen pour le voir. Mais le monstre est un grand friand de lumière et absorbe son énergie. Son Goku se retransforme, mais fait en sorte que le monstre absorbe trop d'énergie pour le faire exploser. C'est à cet instant que Vegeta se rend compte de la puissance de son rival et élabore secrètement un plan pour l'affronter plus tard...

Les trois Saïyens et Shin accèdent au troisième sous-sol et attendent leur nouvel adversaire. Ce sera, cette fois, au tour de Gohan de se battre. Dabra se dévoue pour garder le troisième sous-sol, mais se rend d'abord en salle de méditation afin de préparer son combat. Pendant ce temps, au championnat d'arts martiaux, M. Satan propose aux jurés de disqualifier les participants qui ont fui et propose une bataille générale avec les quatre participants restants. Ces derniers approuvent son idée. Alors que la bataille générale vient à peine de commencer, Kila et Jewel sont déjà éliminés par C-18 et Mighty Mask (Goten et Trunks). Les deux garçons affrontent la femme de Krilin tandis que M. Satan ne peut que regarder le combat du sol...

Après avoir été transportés sur une autre planète grâce à Babidi, Gohan et Dabra commencent leur combat. Réalisant la puissance du Démon, Gohan décide de se transformer en Super Saïyen. Cependant, ce dernier, ne s'étant pas assez entraîné à cause de ses études, n'est malheureusement pas de taille face à son adversaire et commet beaucoup d'erreurs. Le jeune Saïyen résiste comme il le peut et Vegeta commence à s'impatienter...

Agacé par le combat entre Gohan et Dabra, Vegeta laisse volontairement exploser sa colère. Le Démon se rend compte que le Saïyen n'a pas le cœur pur et transmet cette information à son maître par télépathie. Babidi se sert alors de ses pouvoirs magiques pour prendre le contrôle de Vegeta et le ranger de son côté. Mais le sorcier ne le contrôle pas totalement, car Vegeta refuse d'obéir à ses ordres et n'est intéressé que par son combat contre Goku.

Goku, Gohan, Shin et Vegeta se retrouvent téléportés au championnat d'arts martiaux par Babidi. Pour obliger Goku à l'affronter, Vegeta détruit deux parties des tribunes et tue des innocents. Goku accepte le combat, mais demande au sorcier de les téléporter ailleurs. Shin veut empêcher l'affrontement, mais renonce. Gohan et Shin se rendent dans le vaisseau de Babidi pour empêcher l'arrivée de Boo pendant que Goku, transformé en Super Saïyen 2, et Vegeta, avec ses nouveaux pouvoirs, s'apprêtent à livrer leur combat...

Gohan et Shin atterrissent au premier sous-sol du vaisseau de Babidi et le Saïyen bat facilement les soldats de celui-ci. Arrivés au dernier sous-sol, ils tombent nez à nez avec le sorcier et Dabra, ainsi que la boule dans laquelle est enfermé Boo. Le combat entre Goku et Vegeta se poursuit et devient plus violent. Le prince des Saïyens explique à son rival les raisons pour lesquelles il s'est laissé manipuler par le sorcier...

Alors que le combat entre Goku et Vegeta se poursuit, la boule dans laquelle est enfermé Boo atteint rapidement sa pleine puissance. Shin, se sentant responsable de cet échec, recommande à Gohan de fuir, mais celui-ci refuse. Le jeune Saiyan tente par tous les moyens d'empêcher l'arrivée de Boo, allant même jusqu'à essayer de détruire la boule. Croyant réussir, les fumées se dégageant de la boule prennent forme et Boo fait enfin son apparition...

Boo ressemble à un monstre rose et joufflu. Bien qu'il ait la mentalité d'un enfant, ce monstre est plus dangereux qu'il n'en a l'air. Il bat d'abord facilement Dabra en deux coups, puis plonge Gohan dans le coma tout en battant facilement Shin. Goku, sentant l'énergie de Boo se manifester, interrompt son combat avec Vegeta. Ce dernier en profite pour l'assommer alors qu'il allait lui donner un Haricot magique, le mange et décide d'aller affronter Boo seul.

Goten et Trunks, partis à la rencontre de Boo et Babidi, arrivent sur les lieux et découvrent les statues de Krilin et Piccolo. Malheureusement, Trunks casse accidentellement la statue du Namek. Alors que Boo est sur le point d'achever Shin, Dabra le transperce avec sa lance. Le monstre s'attaque à nouveau au roi Démon, le transforme en biscuit et le mange. Grâce à cela, Krilin et Piccolo sont libérés du maléfice de Dabra et retrouvent leur apparence normale. Mais alors que Boo s'apprête à faire la même chose à Shin, le vaisseau de Babidi explose...

Vegeta, qui a détruit le vaisseau de Babidi, arrive sur le lieu du combat et se prépare à affronter Boo. Il reproche au monstre d'avoir tué Gohan et Piccolo l'entend. Grâce à ses nouveaux pouvoirs, le Saiyan prend le dessus sur le monstre, tout en sachant que ses coups ne le blessent pas. Cependant, au fur et à mesure de l'affrontement, Vegeta provoque la colère de Boo et celui-ci utilise une puissante vague explosive, ce qui a pour conséquence de neutraliser le prince des Saiyans tout en lui infligeant des blessures.

Vegeta est en mauvaise posture dans son combat contre Boo et le monstre prend l'avantage en l'emprisonnant avec un morceau de son corps, puis en le torturant avec des coups violents. Trunks, ne supportant plus cette situation, vole à la rescousse de son père, accompagné de Goten. De son côté, Piccolo se débarrasse du sorcier en le découpant en deux. Vivant ses derniers instants, Vegeta prend son fils dans ses bras pour la première fois de sa vie et l'assomme, ainsi que Goten. Il demande à Piccolo de les emmener à l'abri afin d'éviter d'être pris dans son attaque. C'est également la première fois que le prince des Saiyans se bat pour quelqu'un d'autre que lui-même. Comprenant qu'il ne lui reste qu'une seule solution, Vegeta choisit de se sacrifier pour anéantir Boo...

Après le sacrifice de Vegeta, Piccolo se rend sur le lieu du combat. Il s'aperçoit que le sorcier Babidi a survécu à son attaque et que les morceaux de Boo sont dispersés. Le monstre se régénère sous ses yeux, comprenant que le Saiyan s'est sacrifié en vain. Goten et Trunks sont donc le dernier espoir des Terriens. De son côté, Goku reprend conscience. Ne sentant plus les énergies de Vegeta et Gohan, mais celles de Krilin et Piccolo, il se rend chez Dendé pour se renseigner sur ce qui se passe. Soigné par Boo, Babidi jure de se venger du Namek et des deux petits. Shin, de son côté, affaibli par son combat, continue sa route vers Gohan, persuadé qu'il est toujours en vie...

Après avoir été soigné par Dendé, Goku apprend par Piccolo les morts de Vegeta et Gohan, mais que les deux petits sont sains et saufs. Il fait part à ses amis d'une idée surprenante : la fusion. Deux combattants ayant une force et une taille équivalente deviennent un être puissant en fusionnant. Mr Popo propose à Goku d'enseigner cette technique à Goten et Trunks. Bulma et ses camarades, partis à la recherche des Dragon Balls pour ressusciter les personnes tuées par Vegeta au tournoi d'arts martiaux, trouvent la dernière dans un nid d'oiseaux. Grâce à l'aide de Tortue Géniale (le dragon ayant avalé la Dragon Ball, il l'asphyxie en lui lâchant une flatulence dessus et lui fait recracher la boule), ils réussissent à la récupérer. De son côté, Boo continue de semer la pagaille sur Terre.

Bulma invoque Shenron et lui demande de ressusciter les personnes tuées. Kibito, ramené à la vie, retrouve son maître inconscient mais vivant. Il le soigne et celui-ci lui demande de l'accompagner pour retrouver Son Gohan de toute urgence. Les deux dieux Kaio conduisent le jeune Saiyan sur leur planète pour le soigner. Goku arrive trop tard pour empêcher Bulma d'exaucer un vœu, mais remercie le dragon afin de garder deux autres voeux pour plus tard, les Dragon Balls pouvant être réutilisables dans quatre mois. Goku amène ses amis chez Dendé et leur annonce la triste nouvelle.

Babidi communique avec tous les habitants de la Terre par télépathie et leur montre les dégâts que Boo cause à une ville en transformant les Terriens en bonbons et en détruisant les bâtiments. Il détruira la Terre dans 5 jours si Piccolo, Goten et Trunks ne se rendent pas. Alors que Goku apprend aux deux enfants la technique de la fusion, Gohan, de son côté, est soigné par Kibito sur la planète des dieux Kaio. Shin souhaiterait que Gohan utilise la Z-Sword, une épée légendaire qui peut vaincre Boo.

Sur la planète des dieux Kaio, Son Gohan tente une première fois de retirer la Z-Sword, mais échoue lamentablement. Il décide de se transformer en Super Saiyan et retente sa chance. Cette fois, le jeune Saiyan réussit à retirer l'épée. Cependant, cette arme se révèle plus lourde qu'il ne le pensait. De son côté, Goku tente d'enseigner à Goten et Trunks la fusion, mais les deux petits ne semblent pas décider à suivre son enseignement, lui reprochant de s'être évanoui pendant que Gohan et Vegeta se font tuer par Boo. Babidi et Boo attaquent une nouvelle ville, Trunks et Goten les voyant par télépathie. Les deux garçons communiquent avec le sorcier en lui disant qu'ils les affronteront une fois prêts et se décident finalement à apprendre la fusion. Alors que Babidi et Boo continuent de s'en prendre aux Terriens, l'une d'entre eux les informe que Trunks vit dans la capitale de l'Ouest.

Babidi, informé grâce à une Terrienne que Trunks vit dans la capitale de l'Ouest, décide de s'y rendre avec Boo. Goku envoie Trunks aller chercher le Dragon radar chez lui pendant que celui-ci va essayer de retenir les deux antagonistes. Pour gagner du temps, Goku donne à Boo et Babidi un cours sur les Saiyans et, sous leurs yeux ébahis ainsi que ceux de ses amis, dévoile sa nouvelle transformation : le Super Saiyan 3. Cette transformation le rend encore plus puissant et lui permet de tenir tête au monstre.

Grâce à sa nouvelle transformation en Super Saiyan 3, Goku résiste aux attaques de Boo et arrive même à épater ses amis, voyant le combat par télépathie. Pour permettre à Trunks de trouver le Dragon radar, il tente de gagner du temps par tous les moyens possibles. Grâce à l'aide de ses grands-parents, et de sa mère Bulma, Trunks finit par trouver l'objet et retourne en vitesse chez Dendé. Sentant l'énergie de Trunks en train de s'éloigner de la capitale de l'Ouest avec le radar, Goku retrouve son apparence normale et est contraint d'arrêter le combat, n'ayant plus beaucoup de temps à rester sur Terre. Agacé par l'irrespect de son maître Babidi à son égard, Boo se révolte et se débarrasse du sorcier.

De retour au palais du Tout-Puissant, Goku discute un peu avec Piccolo, mais est complètement épuisé suite à sa transformation en Super Saiyan 3. Malheureusement, Baba la voyante vient le voir en lui disant qu'il ne lui reste qu'une demi-heure à passer sur Terre avant de repartir pour l'autre monde. Il profite du temps qu'il lui reste pour enseigner la fusion à Trunks et Goten qui, cette fois, acceptent de l'écouter sans discuter. De son côté, ayant récemment acquis sa nouvelle liberté, Boo continue de poursuivre son carnage sanglant.

Trunks et Goten demandent à Goku de leur faire une démonstration de sa transformation en Super Saiyan 3. Le Saiyan accepte, à condition que les deux garçons travaillent durs pour la fusion. Goku se transforme sous les yeux des deux garçons et Piccolo qui restent ébahis par sa nouvelle apparence, mais épuisé par son dernier combat, se fatigue vite. Ayant complètement gaspillé son énergie, Goku est contraint de repartir dans l'autre monde plus vite que prévu. Il dit au revoir à ses amis, ainsi qu'à Chichi et Goten (prenant son fils dans ses bras, à sa demande). Boo poursuit le massacre des Terriens et les destructions de villes.

Reparti dans l'autre monde, Goku rend visite au roi Enma et apprend que Gohan est toujours vivant. Il retrouve ce dernier dans le monde des dieux Kaio. Pendant ce temps, Boo, fatigué, construit sa maison avec de l'argile et en profite pour s'accorder quelques secondes de repos bien méritées. En repartant tuer des Terriens, il croise le chemin d'un enfant aveugle. Il le soigne, lui permettant de recouvrer la vue, puis lui rapporte du lait. Piccolo continue d'enseigner la fusion à Goten et Trunks, afin de les préparer à utiliser cette technique très prochainement...

Piccolo pense que le moment est venu pour Goten et Trunks d'essayer la technique de la fusion. Les deux premières tentatives échouent, mais la troisième est la bonne et de la fusion de Goten et Trunks naît Gotenks. Hélas, ce nouveau personnage, devenu très arrogant, part affronter Boo. Le monstre bat sans difficulté son nouvel adversaire. Vaincu, Gotenks retourne au palais de Dendé, complètement amoché. Dans le monde des dieux Kaio, Goku est surpris par les progrès de Gohan qui a réussi à maîtriser la Z-Sword. Il lui propose de tester l'épée en lançant un rocher, que Gohan découpe sans problème. Shin fait tester à nouveau l'épée avec le métal le plus dur de l'univers : le Katchintite. Hélas, l'objet casse l'épée et un mystérieux individu fait son apparition : il s'agit d'un ancien dieu Kaio de quinze générations.

L'ancien dieu Kaio raconte son histoire à Shin, Kibito et aux deux Saiyans. Ce dernier, comprenant que c'est Gohan qui a retiré l'épée, prend la décision d'utiliser son pouvoir pour réveiller le véritable potentiel du jeune homme, mais cette initiation prend énormément de temps. Alors que Boo continue à faire des victimes, les survivants apprennent que M. Satan est sorti de sa tanière pour éliminer le monstre. Le champion du monde s'infiltre chez Boo, mais celui-ci le découvre. Pour l'amadouer, M. Satan lui offre des chocolats et un jeu vidéo. Boo, appréciant l'humain, décide de le garder comme esclave.

Après leur défaite face à Boo, Goten et Trunks retentent la fusion, mais en Super Saiyan. Les deux garçons maîtrisent parfaitement la technique et Gotenks réapparaît en Super Saiyan. Il fait une démonstration de sa force, mais aussi de sa vitesse à l'extérieur du palais. Alors qu'il s'apprête à aller affronter à nouveau Boo, la fusion s'annule, les deux garçons retrouvant leur apparence initiale. De son côté, Boo repart tuer des Terriens et alors que Mr Satan lui prépare un piège, Boo revient avec un petit chien blessé. Après l'avoir soigné, Boo s'aperçoit que le petit chien s'est attaché à lui et décide de l'adopter. Mr Satan parvient à adoucir le monstre en lui faisant prendre conscience que ces actes menés jusqu'à aujourd'hui étaient mauvais, et lui faisant comprendre la différence entre le bien et le mal. Alors que Boo commence à faire preuve d'humanité, deux gangsters tuent son chien sous ses yeux.