Deux criminels décident d’abattre Mr Satan afin d’affaiblir Boo. Choqué, Boo le soigne de justesse mais il est envahi par une grande colère et ne pouvant s'empêcher de réagir, il se dédouble, laissant apparaître un être avec une totale noirceur...

L'autre Boo est en faite toute la partie maléfique, cruelle et mauvaise de Boo. Ne pouvant laisser cette partie dans la nature, Boo décide de l’affronter. Mr Satan lui ne comprend pas bien ce qu’il se passe. Hélas, le « gentil » Boo n’est pas de taille face à son double et celui-ci l’avale !

Boo, avide de combat, part immédiatement à la recherche de nos amis. Il ne tarde pas à découvrir le palais de Dendé. Il souhaite rencontrer au plus vite cet adversaire d’une grande puissance promis par Son Goku. Hélas, les deux jeunes héros sont loin d’être prêts et ne sont pas en état de combattre Boo...

Piccolo continue de gagner du temps, afin de permettre à Trunks et Goten de parfaire leur entrainement dans la Salle de l'Esprit et du Temps. Cependant, la rencontre s'avère imminente...

Super Buu et Gotenks commencent à se battre, et Gotenks décide d'utiliser certains de ses nouveaux mouvements spéciaux. Le problème, c'est que ces coups, bien que tape-à-l'œil, sont inefficaces contre Buu, sans compter qu'ils portent des noms ridicules.

Hystériquement contrarié à l'idée d'être piégé dans la Chambre temporelle hyperbolique pour toujours, sans rien à détruire et sans bonbons à manger, Super Buu se met à hurler. À la surprise générale, y compris la sienne, ses cris deviennent si puissants qu'ils créent un trou dans la barrière entre les dimensions de la chambre et la Terre.

Gotenks et Super Buu commencent à se battre, et les dommages collatéraux de la bataille commencent à détruire le Lookout. Buu fait tomber Gotenks à travers le Lookout lui-même. Sur terre, Gotenks tente une nouvelle attaque, mais elle échoue une fois de plus.

Gotenks et Buu poursuivent leur combat. Gotenks semble épuiser Buu, et il a maintenant le dessus dans le combat. Alors qu'il est sur le point de frapper Buu avec son dernier coup, Gotenks revient inopinément à son état normal depuis sa forme Super Saiyan 3. La puissance était trop élevée pour qu'il puisse la supporter.

Gohan arrive sur les lieux, et tout le monde est choqué par sa puissance. Après que Gohan l'ait réduit en bouillie de façon experte, Buu se soigne et augmente l'intensité, mais Gohan a toujours le dessus. Il met facilement Buu en pièces. Réalisant qu'il est totalement dépassé, Buu décide de s'autodétruire, espérant emmener Gohan avec lui.

À l'insu des autres, Buu sépare secrètement deux morceaux de son dos, et les deux blobs roses se faufilent derrière les autres. Dès que Goten et Trunks fusionnent, l'un des blobs enveloppe Gotenks.

Gohan n'est pas de taille face au nouveau Super Buu. Buu possède désormais de nouvelles compétences qu'il utilise tous deux sur Gohan.

Old Kai dit à Supreme Kai et Kibito de tenter une fusion avec leurs boucles d'oreilles, mais seulement après qu'ils aient fusionné ensemble, il révèle qu'il s'agit d'une fusion permanente. Dende guérit les blessures de Gohan, et pour éviter que cela ne se reproduise, Buu crée une boule d'énergie géante et la dirige vers Dende.

Le nouvel être se nomme Vegito et commence à combattre Buu. Il est clairement supérieur au nouveau Super Buu. Dans l'Autre Monde, Bulma, Videl, Chi Chi et Dabura sont à la recherche de Gohan, qu'ils croient mort. Lorsque Dabura arrive à la station d'enregistrement, il résiste aux tentatives des gardes de maîtriser son comportement agressif, et sachant que Dabura apprécierait d'être envoyé en enfer, le Roi Yemma le transforme en bon.

Vegito et Buu continuent de se battre, mais Vegito est toujours bien plus puissant que son adversaire. Il domine Buu à plusieurs reprises, ce qui rend Buu de plus en plus furieux. Vegito ne fait que jouer avec lui. Buu élabore un plan et appelle Vegito à sortir. Vegito s'approche et Buu le transforme en bonbon.

Après avoir absorbé Vegito, Buu remarque qu'il n'a pris aucune de ses caractéristiques. Il suppose que c'est parce qu'il n'a pas encore digéré Vegito. À l'intérieur de Buu, Vegito existe toujours, intact et séparé de Buu. Il s'avère que Vegito avait prévu cela, en mettant une barrière pendant l'absorption, et en se laissant rétrécir par le processus d'absorption de la magie de Buu, mais sans l'incorporer à son être.

Goku sauve Vegeta de l'absorption. Pendant que Vegeta récupère, Goku continue de combattre la forme pensée de Super Buu. Goku perd rapidement de l'énergie et, alors que Super Buu est sur le point de vaincre Goku, Vegeta coupe la capsule contenant le gros Majin Buu.

Kai Suprême explique à Old Kai qu'il y avait autrefois cinq Kais Suprêmes. Il était l'un des quatre qui régnaient chacun sur un quadrant de l'univers, et le cinquième était leur chef. Il dit que cette dernière version enfantine (Kid Buu) est l'original, le vrai Majin Buu, et de loin le plus puissant d'entre eux.

Kid Buu est détruit par l'explosion, mais il se reforme après la destruction de la Terre et se déchaîne dans toute la galaxie. Il va de planète en planète, à la recherche de Goku et Vegeta, puis détruit chaque planète lorsqu'il ne les trouve pas. Il se rend sur la planète du Grand Kai et commence à jouer avec tout le monde.

Goku et Kid Buu continuent de se battre, chacun prenant de puissants coups l'un de l'autre. Kid Buu se replie à nouveau en boule et frappe Goku durement.

Goku continue de combattre Buu, et il semble avoir le dessus. Il inflige beaucoup de dégâts à Buu, mais au fur et à mesure que le combat se poursuit, ses coups deviennent de plus en plus faibles jusqu'à ce qu'ils n'aient pratiquement aucun effet. Il dit à Vegeta que c'est son tour, mais Vegeta refuse, décidant qu'il n'est pas à la hauteur de Buu. Il dit à Goku que Buu est trop puissant pour lui et que Goku a de bien meilleures chances de le détruire.

Fat Majin Buu entre dans le combat, sauvant Vegeta de la mort. Cependant, il n'est pas à la hauteur de Kid Buu, qui commence à le battre sévèrement. Hercule essaie d'aider Fat Buu, mais est inefficace. Vegeta propose soudainement un plan. Il communique avec Dende, lui disant d'aller à New Namek et de rassembler les Dragon Balls.

Les habitants de la Terre reviennent à la vie, y compris les Z Fighters et leurs amis. Goku se met en position pour créer la bombe spirituelle, et avec l'aide du roi Kai, Vegeta parle à toute la population de la terre. Il leur dit ce qui se passe et que pour vaincre Buu, ils doivent lever la main et offrir leur énergie.

Vegeta continue de plaider avec les gens de la terre, mais personne ne l'écoutera. Fat Buu a finalement perdu toute son énergie, alors Vegeta est obligé de combattre Kid Buu. Il n'est pas à la hauteur de lui et est sévèrement battu. Maintenant, Goku demande aux terriens de lever les bras et de donner une partie de leur énergie, et de petites poches de personnes qui reconnaissent sa voix ou tout simplement comme le son le font, mais la grande majorité reste indifférente. Piccolo, Gohan, Goten et Trunks se sont dispersés dans la ville, espérant convaincre les gens de lever les bras. Hercule en a finalement eu assez, et il parle aux gens de la terre. Lorsqu'ils entendent la voix familière du "Champion du Monde", tous les habitants de la terre lèvent les bras et offrent leur énergie. La Spirit Bomb est enfin prête.

Goku est prêt à lancer la bombe spirituelle, mais Vegeta est sur le chemin et, malgré les supplications de Vegeta, il refuse d'éliminer Vegeta avec Buu. Soudain, Fat Buu se lève et maintient Kid Buu assez longtemps pour qu'Hercule puisse mettre Vegeta en sécurité.

Dix ans ont passé et beaucoup de choses ont changé. Gohan est devenu un érudit, et Trunks et Goten sont à la fin de leur adolescence. Goku s'entraîne avec Goten lorsque Bulma et Vegeta, qui ont une nouvelle fille, Bulla, se présentent après ne pas l'avoir vu depuis cinq ans. Goku dit que lui et Goten participeront au tournoi mondial d'arts martiaux, alors Vegeta dit que lui et Trunks feront de même

Goku et Uub commencent à se battre, et il est clair qu'Uub ne sait pas grand-chose sur le combat.