ある日、三門市で異世界への“門(ゲート)”が開いた。その“門”から、後にネイバーと呼ばれる侵略者が現れ街を蹂躙、人々は恐怖に包まれた。しかし突如現れた謎の一団が侵略者を撃退し、こう言った｢こいつらのことは任せてほしい。我々はこの日のためにずっと備えてきた｣と。

大型ネイバー出現を受けて駆けつけた三輪隊は、すでに何者かに撃破され、凄まじい有様になった残骸を目撃。三輪隊が困惑する一方、三雲修は自らネイバーを名乗る空閑遊真に振り回されていた。遊真が無防備に百万円の札束を取り出したせいで、不良グループに囲まれてしまうが…。

基地内誘導装置がゲートの開く位置を基地周辺に限定しているにもかかわらず、警戒区域外の三雲修たちのいる学校にゲートが開き、戦闘用のトリオン兵が襲撃を開始する。修は止める遊真を振りきり、生徒たちを救うため、自らの非力を承知で戦闘用トリオン兵モールモッドと戦おうとするが…。

ネイバーである空閑遊真をかばうため、トリオン兵モールモッドを倒したのは三雲修ということになった。C級隊員である修は、訓練以外でのトリガー使用を認められていない。A級隊員の木虎にルール違反を批判されてしまう。冷ややかな態度とは裏腹にエリート意識の強い木虎は、修がモールモッドを倒したのを信じられず…。

市街地上空をゆっくり旋回しつつ爆弾を投下する、新種のトリオン兵イルガー。果敢にイルガーの大きな背中に乗りこむ木虎。イルガーの口部分上下の歯が突然噛み合い閉じた途端、その背の左右脇に不気味な突起物が現れて光りだす。イルガーは自爆モードに入り市街地へ向かう。想定外の事態に直面した木虎は…。

イレギュラーゲートの原因究明を指示された迅。修は自分の処遇を上層部にかけあってくれた迅の存在を心強く思いつつ、時間が無いミッションに不安を隠しきれずにいた。一方、遊真はレプリカの助言に従い、深夜の学校で、イレギュラーゲートの原因を調べてまわっていた。翌朝、三人は引き寄せられるように出会う。

修によると、千佳はネイバーを引き寄せる人間らしい。彼女は他人を巻き込みたくない思いが強く、これまで誰にも頼れずにいたのだ。遊真から何故ネイバーがこっちの世界にくるのか、どんな人間が狙われるか、理由を知らされる千佳と修。その時、人型ネイバーを追っていたA級隊員の三輪と米屋に見つかってしまう。

問答無用で遊真を攻撃する三輪と米屋。スナイパー2人も加わり、遊真は4人と同時に戦うことになる。A級7位の部隊である三輪隊の攻撃は凄まじく、遊真が苦戦しているとみた修は、迅に連絡して助けを求める。だが、迅は｢遊真は特別｣だから安心して見ていろと答えるだけ。その時、三輪隊が…！

三輪隊を一人で撃破した遊真のブラックトリガーを巡って、ボーダー上層部の意見は割れる。｢そのネイバーを始末して、ブラックトリガーを回収しろ｣と、迅にブラックトリガーの捕獲を命じる城戸司令。遊真と迅の衝突を案じる修。そして遊真は…隠された謎が次第に明らかになっていく。

ネイバーである遊真をボーダーに入れる、それも玉狛支部へ来ないかと誘う迅。遊真は修と千佳が一緒ならと、前向きな答えを返す。迅に率いられて三人は水上に建つ玉狛支部へ案内される。隊員全員が実力者揃い、少数精鋭の集団である玉狛支部に緊張を隠せない修だったが…。

異世界からこちら側に来た理由を明かした遊真。向こう側の世界に兄と友人を捜しに行くため、ボーダー入隊の意思を固めた千佳。遊真に隠された秘密と千佳の真意を知った修が取った行動とは…。

玉狛支部に加わった修、遊真、千佳は、遠征部隊に選ばれるためA級昇格を目指すことになった。しかし昇格のためには、ボーダー内部で行われるランク戦を勝ち抜かねばならない。迅の取りなしで、玉狛支部の先輩であるA級隊員・木崎レイジ、烏丸京介、小南桐絵を師匠に、厳しいトレーニングが始まる。

ブラックトリガーを持つ遊真と迅が手を握る…城戸司令は、玉狛支部に力が集まる事を危惧。遠征より帰還したボーダー本部の精鋭部隊に、遊真のブラックトリガー奪取を命じる。襲撃を試みる彼らの前に、実力派エリート・迅悠一が立ちはだかる！

太刀川率いるA級揃いの襲撃部隊と迅悠一の、戦いの火ぶたが切って落とされた！持久戦に持ち込もうとする迅。襲撃部隊の一人・菊地原が迅を避け、直接玉狛を襲撃しようとしたその時、迅のブラックトリガーが発動する！

迅のブラックトリガー・風刃がついにそのベールを脱いだ。太刀川、風間らとの戦いが苛烈を極める中、救援に駆けつけた嵐山隊と三輪隊の、チーム同士の戦いも激しさを増していく。勝利するのは、果たして…？

嵐山隊の救援もあり、迅悠一は太刀川率いるA級揃いの襲撃部隊を退けた。トップチーム潰走の報を受けたボーダー本部に緊張が走る。その時、会議室に迅が現れ、城戸司令にある取引を持ちかける。

遊真と千佳のボーダー正式入隊日がやってきた。付き添いをすると言ってやって来た修の緊張をよそに、遊真と千佳は周囲の注目を集める。その時、A級3位部隊の隊長・風間蒼也が修に戦いを申し入れる…！

A級3位・風間蒼也との模擬戦に臨む修。圧倒的な強さを見せる風間に、修は一度たりとも攻撃を当てる事ができない。実力の差に愕然とする修。しかし、模擬戦を終えようとした時に風間の放った一言が、修の心に火をつけた！

A級3位の風間蒼也と引き分けた男という話がひとり歩きしてしまい、困惑する修。そんな彼に、正隊員同士のランク戦を申し入れてきた者がいた。多くの観客を集める中、ランク戦がスタートするが…。

遊真と緑川のランク外対戦10本勝負が始まった。緑川が意図的に大勢の観客の前で修を叩きのめしたことを察し、静かな怒りを燃やす遊真。一方、ボーダー最高責任者の城戸は、予想されるネイバーによる大規模侵攻に備えるため、会議を招集する。

レプリカが語りはじめたネイバーの世界・ネイバーフッド。ボーダー上層部は、その情報をもとに対策を練る。一方、未来予知のサイドエフェクトにより、近い将来の修の危機を察した迅は、三輪に助けを求める。

ネイバーの大規模侵攻が遂に始まった。市街地に攻め入ろうとするトリオン兵の大集団に対し、防衛作戦が展開される。戦況がボーダー優位に傾きかけたその時、倒したはずのバムスターの中から、新型トリオン兵・ラービットが姿を現す！

新型トリオン兵・ラービットの出現で、対策に追われるボーダー。修と共にトリオン兵の市街地への侵入を阻止すべく交戦中だった遊真は、B級19位の茶野隊に、敵の人型ネイバーに間違えられて狙撃されてしまう！

三門市の各所に現れるアフトクラトルのトリオン兵。数が多く、ボーダーは戦力を分散して対応せざるを得ない。警戒区域ではボーダーの正隊員が連携して防衛に当たるが、一般市民の避難を誘導していた千佳たちC級隊員がトリオン兵に襲われてしまう！

木虎の活躍により、アフトクラトルの狙いがC級隊員であることが判明。これに対し、アフトクラトルの隊長・ハイレインは、ボーダーの戦力を分断するため、人型ネイバー・エネドラとランバネインを投入する。激しさを増していく戦局。C級隊員を逃がすべく、奮戦する修だったが…。

遂にベールを脱いだ、アフトクラトルの人型ネイバー。｢角付き｣と呼ばれる彼らは、それぞれが独自の強化トリガーを持ち、すさまじい力でボーダー隊員たちを圧倒していく！エネドラと相対したA級3位の風間隊は、菊地原のサイドエフェクトを利用した巧みな連携で、戦いを優位に進めていくが…。

市街地では、木崎、烏丸、小南の玉狛第一が、修と千佳を逃すためアフトクラトルの人型ネイバー・ヒュース、ヴィザと交戦。一方、米屋、出水、緑川、東を中心とした合同チームは、茶野隊を軽々と撃破したランバネインと戦闘を開始する。迅の予知する｢最悪の未来｣を回避することはできるのか…？

ヒュースのトリガー・ランビリスの正体を見抜いた玉狛第一の隊長・木崎レイジ。烏丸京介と小南桐絵にも戦線を離脱して市街地を守るように指示を出し、自身は単身でヴィザとヒュースの足止めを図る。類稀な戦闘能力と戦術を駆使するレイジを強敵と認めたヴィザは、遂にアフトクラトルの国宝に手をかける…！

千佳をつけ狙うヴィザとヒュース。駆けつけた遊真と迅が、その行く手を阻む！遊真はヴィザと、迅はヒュースと戦闘を開始。千佳たちC級隊員を避難させるべく、修と鳥丸はボーダー本部基地を目指す。ところが、ボーダー本部基地は、暴走するエネドラの侵入によって大混乱のさなかにあった！

基地を襲撃したエネドラを仮想戦闘訓練室内に閉じ込め、巧みに戦う諏訪隊。戦況を冷静に見つめていた忍田本部長も援護に向かい、ボーダーは一気に反撃に転じる。一方、遊真とヴィザ、迅とヒュースの戦いが激しさ増す中、本部基地への避難を急ぐ修たち。その前に、ミラの送り込んだラービット7体が立ちはだかる！

ハイレインの攻撃によって、キューブにされてしまった千佳。ミスから千佳を窮地に追いやった自分を責め、呆然とする修。だが、共に戦うボーダーの仲間たちの想いに奮い立ち、千佳を救うべくボーダー本部基地を目指して走り出す！そのボーダー本部基地では、侵入したエネドラと諏訪たちが激闘を繰り広げていた。

ボーダー本部の仮想戦闘訓練室で、エネドラを追い詰める忍田本部長。しかし、エネドラのブラックトリガーによる反撃は凄まじく、複数のボーダー隊員の連携攻撃を相手にしても、一歩も退く様子はない。予断を許さぬまま一進一退の攻防が繰り広げられる中、ついに戦局が動く…！

千佳のキューブを持った修が基地に辿り着くまでの時間を稼ぐため、烏丸は玉狛のトリガー・ガイストを起動する。ガイストは凄まじい力を発揮する代償に、わずか200秒で強制的に緊急脱出(ベイルアウト)させてしまう諸刃の剣。烏丸は、迅の予知を受け、全開での戦闘をハイレインとの戦いにとっておいたのだ。

三輪は上級者向けのトリガー・鉛弾(レッドバレット)を巧みに操り、ハイレインに対して互角以上の戦いを繰り広げる。一方、遊真とヴィザの戦いは最終局面を迎えようとしていた。ヴィザの操るオルガノンを前に劣勢を強いられる遊真。彼の脳裏に去来するのは、父・有吾の遺した教えだった…。

ヴィザを倒すも、遊真のトリオンは残りわずか。三輪もあと一歩のところで戦場から引き離され、修はボーダー本部基地を目前にしてハイレインに追い付かれてしまう。絶体絶命のその時、遊真、そしてブラックトリガー・風刃を起動した三輪が、敵将ハイレインに対して、渾身の一撃を放つ！

激戦の末、アフトクラトルは撤退、第二次大規模侵攻は終結した。しかし、傷跡は決して浅くはなかった。三門市の復旧に追われるボーダー、行方の分からなくなったレプリカを探す遊真、そして、意識の戻らない修…。修は夢の中で思い出していた。なぜボーダーに入ったのか、なぜそこまでして千佳を守るのかを。

病院のベッドで修が目を覚ますと、母・香澄と千佳がそこにいた。眠っていた一週間もの間に起きた出来事を母や栞に聞かされ、修はただ驚くばかり。病院にはボーダー上層部の唐沢も現れ、修を外に連れ出す。到着したのは、ボーダーによる記者会見の会場。今回の大規模侵攻についての発表が始まろうとしていた…。

ボーダー幹部の根付が記者会見に工作をしたのは、先の大規模侵攻によってもたらされた被害の責任が組織全体に及ぶのを避けるため、修個人をスケープゴートに仕立てるためだった。しかし、修は集まった記者たちを前に迷いの無い自分の想いを語り、場の空気を一変させる。そして、新たな戦いの幕が上がる…！

B級ランク戦に、鮮烈な勝利でデビューした三雲隊。次の対戦相手は、大規模侵攻の際にアフトクラトルと死闘を演じた、B級8位の諏訪隊、そして同10位の全員がスナイパーで構成される荒船隊だ。戦いに備え、玉狛支部で作戦を考える修だが、あらゆる可能性が考えられるため、なかなか結論を出すことができない。

ボーダーB級ランク戦のラウンド2が始まる。ケガの直った修も合流し、遊真、千佳と共に揃いの隊服に身を包む。玉狛第二こと、三雲隊の本格始動だ。諏訪隊と荒船隊に立ち向かうため、ステージ選択権のある修が選んだ戦いの舞台は、高低差のある市街地ステージだった。修の導き出した作戦とは一体…？

B級ランク戦の第2回戦は、諏訪隊と荒船隊によって戦端が開かれた。新たなオプショントリガーを身につけた遊真も参戦。スナイパー有利のステージにもかかわらず、三雲隊と諏訪隊の挟撃によって、荒船隊は次第に追い詰められてゆく。遊真と対峙した荒船は、アタッカー用トリガー・弧月に手をかける！

修の作戦が功を奏し、ランク戦第2回戦で勝利を収めた玉狛第二は8位に浮上。次なる対戦相手は、13位の那須隊と9位の鈴鳴第一・来馬隊だ。鈴鳴第一のエース、アタッカー個人ランキング4位の村上鋼と鉢合わせた遊真は、個人ランク戦を申し入れる。戦いの中で、村上の隠された能力が明らかになる！

遊真は鈴鳴第一の村上に、個人ランク戦で逆転負けを喫してしまった。玉狛第二は、村上のサイドエフェクト・強化睡眠記憶への対策を急ぐ。一方、那須隊も次の戦いへの準備を進めていた。彼らが選んだステージとは…？メンバー編成が同じ三チームによる、混戦必至のラウンド3が始まる！

玉狛第二、鈴鳴第一、そして那須隊の戦いが始まった。暴風雨のなか、隊員の合流を急ぐ玉狛第二と鈴鳴第一に対し、運も味方につけた那須隊は狙い通りに作戦を遂行していく。那須隊有利に見えたその時、千佳のアイビスが炸裂する！修の率いる玉狛第二は、勝利を掴むことが出来るのか！？

千佳が橋を落としたことで、戦闘中の隊員たちは東西に分断された。東側で得点を狙う修に対し、西側では遊真と鈴鳴第一の村上、そして那須隊の熊谷が、アタッカー同士の三つ巴の激戦を繰り広げる。それぞれの、この一戦に懸ける想いが交錯する中、戦いの行方は果たして…！？

来馬隊の村上鋼と三雲隊の空閑遊真が、西岸で激突！村上の持つNO.4アタッカーの称号、遊真が背負う過去…エースとして絶大な戦闘力を誇る二人が、チームの勝利のために激しくぶつかり合う。アタッカー同士の対決は、どちらに軍配が上がるのか！？

B級ランク戦の第三戦は、いよいよ最終局面へ！西岸では、遊真が村上鋼を撃破。東岸では、三人の隊長が激しい火花を散らす。修は戦況に変化をもたらすため、那須に来馬をぶつけようと試みる。三つ巴の激戦が、ついに決着の時を迎える！

那須隊、来馬隊との激闘を制し、B級上位グループ入りを果たした玉狛第二。A級昇格への試金石ともなるB級トップチームとの戦いを控え、修はひとり、自力では戦闘で1点もあげられていない現状に苦悩していた。迷いの中で修が見い出した答えとは…？

ボーダー本部のある三門市に未知のトリオン兵が出現！迅と太刀川が応戦する。一方、玉狛第2はB級ランク戦のスケジュールを縫って、チームの強化合宿を決行。遊真、修、千佳、そして栞は、合宿所のある四塚(しづか)市を訪れる。そこに突如、未知のトリオン兵を操る少年と謎の少女が現れる。

乱星国家エルガテスから逃れてきたネイバー・ゼノと、謎の美少女・リリス。二人は、こちら側の世界にいる間だけ匿って欲しいと遊真と修に頼む。千佳を人質に取られているため、やむなく行動を共にすることに。一同は四塚市の合宿所に戻り、小南や烏丸と合流。そこに、姿なき敵が攻撃をしかけてくる！

ゼノとリリスの到来に呼応するかのように、三門市とは別の都市・五島市に、多数の新型トリオン兵が襲来。A級3位風間隊が戦闘を開始する一方、修たちはゼノやリリス達と少しづつ親交を深めていた。ゼノは修に、自分の過去を話す条件として、一対一の闘いを提案する。

こちら側の世界では居場所がないリリス。時折寂しそうな顔を覗かせる彼女を気の毒に思う千佳と修は、監視に来ていた木虎と緑川の協力を得て一計を案じる。だが、喜ばせようと奮闘している最中、カロンとギーヴが特殊な能力を持つトリオン兵を率いて、再びの魔の手を伸ばしてくる！

三門市の隣町にある超高層ビル・タマガタワーで、三輪、米屋、古寺の三人が学業に勤しんでいる。幼い姉弟のふれあいを眺め、自分の過去に想いを巡らせる三輪。だが、平穏な日常を破壊するように、ギーヴの放ったクモ型トリオン兵が襲来！市民がタワーの中に囚われてしまう。

リリスとの絆を深めたのも束の間、修はゼノに怒りを覚える。リリスを大切に想うが故とはいえ、遊真や千佳を道具のように扱おうとするからだ。そんな中、超巨大トリオン兵が襲来！遊真たちは、木虎と共に迎え撃つことに。だが、ギーヴたちの策略により、修やゼノと分断されてしまう。

続々とボーダーの精鋭たちが集結！遊真たちとB級ランク戦で激闘を演じた荒船と村上も駆けつけ、怒涛の進撃でギーヴのトリオン兵を殲滅していく。それでも、超巨大トリオン兵を駆使し四塚市を爆破するという、ギーヴの作戦は着実に実行されていく。必死に対抗しようとする修は、ある作戦を思いつく。

ギーヴとカロンによる四塚市爆破計画を切り抜けた遊真、修、千佳たちは、栞に連れられ、ゼノたちと共に四塚マリンワールドで束の間の休息をとる。だが、そんな平穏も束の間、ギーヴが強力なトリオン兵を放った。窮地に追い込まれていく修、そしてゼノ。絶対絶命の状況の中、リリスの身に異変が起きようとしていた。

ゼノと遊真たちの危機を救うため、リリスは秘められていた真の能力を発動させる。その力でギーヴとカロンを退けるが、換装が解けてしまった修は連れ去られてしまう。力を使い果たしたリリスが深い眠りに落ちている間、ゼノの口から語られるリリスの出会い。そして、エルガテスからの逃亡の理由とは……？

囚われの修を救い出すため、ギーヴとカロンの待つ砕石場へと向かう遊真、千佳、ゼノ。だが、ギーヴの巧妙な罠により、彼らは二手に分断されてしまう。一人になった遊真は、ギーヴとの一騎討ちに挑むことに。生み出された謎の仮想空間に取り込まれてしまった遊真は、そこで驚くべき敵と対峙する…！

ゼノと千佳は、捕われの修を発見。一方の採石場では、遊真とギーヴ、二つのブラックトリガー同士の戦闘が始まった。ギーヴのブラックトリガーから呼び出された黒いトリオン兵。カロンとの巧みな連携に、遊真は苦戦を強いられる。ゼノ、修、千佳にも、新たなトリオン兵の魔の手が迫っていて…。

林藤陽太郎は、四塚市に向かった小南たちを追いかけ、雷神丸と共に出動。辿り着いた街で、心愛(ここあ)という少女と出会う。次第に心愛と交流を深めていく陽太郎だったが、街では折しもボーダー隊員とトリオン兵による激しい戦闘が繰り広げられていた。玉狛支部・林藤陽太郎の戦いが今、始まる！

追いつめられたギーヴとカロンは、遊真たちに決死の攻撃を仕掛ける。玉狛第一のレイジ、小南、烏丸によるサポートを受け、迎え撃つ遊真たち。ゼノとリリスが玄界から別の星へと旅立つまで、残り一日。二人を守り切ることができるのか！そして、迅悠一が予知した未来が訪れたその時…！

ギーヴの隠された真実が、ついに明らかとなった。彼はリリスと同じく、ラミアによって生み出された人型トリオン兵だったのだ。その頃、カロンの暗躍により、四塚市は市民全員が人質となる最悪の事態に。太刀川慶や風間蒼也などのA級ボーダー隊員も四塚市に集結し、激闘の火蓋が切って落とされる！

異世界からの逃亡者ゼノそしてリリスとの別れの後、遊真、修、千佳は玉狛支部へ帰ってきた。彼らは昇格を目指し、休む暇もなくB級上位とのランク戦に向けて準備を始める。一方、大規模侵攻の際に捕虜となっていたヒュースが、本部基地へと連行される。城戸指令たちボーダー上層部の、ある狙いに基づくものだった。

死んだはずのアフトクラトルのブラックトリガー使い・エネドラが生きていた！？姿を変えたエネドラの口から、大規模侵攻、そして雨取千佳が狙われた真の意味が明らかとなる。一方、玉狛支部には、B級1位チームの隊長を務めるNo.1シューター二宮匡貴が遊真達の前に姿を現していた。

B級上位チームとのランク戦に向け、玉狛第二のメンバーはレベルアップを目指した訓練を開始する。嵐山からシューターの戦術を教わるため、嵐山隊作戦室を訪れる修。千佳はスナイパーの合同訓練中に一人の少年と出会う。遊真の前には、凶暴な空気をまとう実力者・影浦雅人が現れ…。

B級2位チームの隊長・影浦雅人と対峙した遊真は、彼が底知れぬ実力者であることを瞬時に見抜く。一方、嵐山と出水からシューターの訓練を受けた修は、次の戦いに向けて自分がチームに貢献できるという手ごたえを感じる。A級昇格が現実味を帯びる中、トップチームとのB級ランク戦が始まろうとしていた…。

上位とのB級ランク戦の火蓋が切って落とされた。二宮隊、影浦隊、東隊そして三雲隊の四チームが激突！序盤から緊張感が高まっていく状況の中、各隊が修に狙いを定めて動き始める。B級の2強、二宮匡貴と影浦雅人が戦況を掌握していく中、実力者たちの猛攻にさらされる遊真、修、千佳は…。

修がベイルアウト！開始早々、かつてはA級1位チームを率いた実力者・東春秋によって落とされてしまったのだ。厳しい戦況の中、｢人が撃てない｣弱点を克服しようとする千佳だったが、狙撃したことで逆に居場所を知られ、窮地に立たされてしまう。遊真は戦況を左右するアタッカー5人による乱戦に単独で挑み…。

影浦雅人とのアタッカー対決に挑む遊真。それを好機と見た二宮匡貴による両攻撃追尾弾が、二人に襲い掛かる！エース同士が激突する雪上の決戦に、終わりの時が近づこうとしていた。ランク戦の後、敗北に打ちひしがれる修。風間の提言を受けた彼が、チームのために下した決断とは…？

忍田本部長の口から新たな惑星国家の襲来が明かされた。迅の予知を軸に、太刀川隊、風間隊ら、ボーダートップチームが対応に当たることとなる。一方、三雲隊のさらなるレベルアップを目指す修は、玉狛第2に加入する可能性のある、もう一人の｢適任者｣を探していた。その正体は予想外のもので…。

B級上位とのランク戦を終え、レベルアップの必要を感じて動き出す三雲隊。雨取千佳は影浦隊の狙撃手・絵馬ユズルから、弱点を克服するためのヒントを手に入れる。修がエネドラッドからヒュースに関する情報を収集する中、遊真を引き抜こうとするA級チームの隊長が現れる。

自らの目標を達成するため修は木虎に教えを請い、ワイヤーを使うトリガー｢スパイダー｣の使い方を教わる。そしてついに、ガロプラの侵攻が開始。ボーダー隊員が迎え撃つ！玉狛支部から抜け出し、ガロプラと接触を試みるヒュース。何も知らない遊真、修、千佳は、新たな決意を胸にB級ランク戦に挑む！