미카도에 사는, 경계 방위 기관 보더의 훈련생 미쿠모 오사무는 전학생 쿠가 유마와 가까워진다. 자신이 네이버라고 하는 쿠가. 이 소년은 앳된 외모 속에 무서운 힘과 지식을 숨기고 있었다.

三门市，人口28万人。某一天，通往异世界的门在这里打开了。从异世界而来的侵略者“近界民”，任意蹂躏门附近的地区，让整座都市陷入恐惧之中。 就在每个人都认为都市毁灭只是早晚的问题时，突然出现一个神秘的团体击退了近界民。 被称为境界防卫组织“BORDER”的他们，在这边的世界建立了巨大的基地，以对抗陆续来袭的近界民。四年后，近界民空闲游真从异世界来到日本寻找父亲的熟人，并认识了三云修。 修为了解近界民的真相，决定指引及监视人生路不熟的游真，两人的故事随着“BORDER”与“近界民”的战斗展开。

在三門市， BORDER 的隊員三雲修結識了「近界民」空閑遊真，這個少年童稚的外表下隱藏著令人畏懼的知識和力量。

三門市。人口28万人。ある日この町に異世界への門が開いた。｢近界民(ネイバー)｣後にそう呼ばれる異次元からの侵略者が門付近の地域を蹂躙、街は恐怖に包まれた。近界民に地球上の兵器は効果が薄く、都市の壊滅は時間の問題と思われた。しかし、その時突如現れた謎の一団が近界民を撃退。近界民の技術を独自に研究し、｢こちら側｣の世界を守るため戦う組織、界境防衛器官｢ボーダー｣。彼らはわずかな期間で巨大な基地を作り上げ、近界民に対する防衛体制を整えた。それから4年。門は依然として開いているにも拘わらず、三門市を出て行く人間は驚くほど少ない。中学生の三雲修もまた、ボーダーに所属していた。ある日、修のクラスに転校生がやってきた。空閑遊真と名乗った少年は、何故かボーダーの人間にのみ携帯を許される｢トリガー｣と呼ばれる武器を持っていた。修に問いただされた遊真は言う。『俺は門の向こうの世界から来た。お前らが言うとこの｢近界民｣ってやつだ』遊真と修、二人の物語が動き始める。

Yûma Kuga est un étudiant étranger qui vient d’arriver dans la ville de Mikado. Osamu Mikumo, un autre élève de sa classe est chargé de s’occuper du nouveau venu, mais le premier jour à la sortie des cours, ils assistent à l’ouverture d’une brèche dans la réalité, et à l’apparition d’un Neighbor, race d’envahisseur qui vient d’un autre monde. Osamu intervient et utilise une arme issue de la technologie ennemie, le Trigger, qui lui permet de faire appel à des pouvoirs spéciaux. Ce jeune étudiant à l'allure docile se révèle être un membre du Border, l'organisation de soldats d'élite qui contient l'invasion des Navers. Mais peu aguerri, Osamu se retrouve en fâcheuse posture et est alors sauvé par le chétif Kuga, lui aussi en possession d'un Trigger… mais d'une puissance sans commune mesure avec celui d'Osamu… Quelle est la véritable identité de Kuga ? Quelle est la raison de sa présence dans la ville de Mikado ?