青年‧风见雄二步行了175公里的长距离，背着一个后背包，搬到了三岛崎。这么不通世俗的他的愿望──就是“想要进普通的学园，过普通的学生生活”。这个愿望在熟人‧橘千鹤的协助下实现了，雄二于是进了她担任校长的私立美滨学园。来到被高耸的围墙包围、学生人数只有五人的这间“普通学校”的雄二，遇到的是一群难以应付的少女。

莳菜一开始害怕雄二，总是躲在天音背后，但渐渐地，她敞开心房，开始亲近雄二。在班上同学都慢慢跟雄二变熟的时候，只有一个人，就是由美子，依然对他有戒心。由美子有时会用美工刀刺向雄二，虽然他凭着天生的身体能力轻易就躲开了，他开玩笑说要跟由美子拉近距离，反而激怒了她。为什么由美子会这么仇视自己？为了解开这个疑惑，雄二去找千鹤。

在跟同班同学说说笑笑地度过的某一天，天音在上体育课时扭伤了脚。因为美滨学园没有保健医师驻校，也因为雄二在之前的学校学过应急救护的关系，便由雄二来帮她治疗。在雄二替天音治疗时，她突然向他告白，说“做我的男朋友”。面对这突如其来的告白，雄二判断天音是在捉弄他，然而天音看雄二这个态度，又对他说“如果男朋友不行的话，我就当你姐姐吧”。

雄二在进行例行的晨跑时，看到满走在通往一个将海景一览无遗的高地路上。突然在意起满的雄二尾随着她，到那里他看到的是，跟平常聒噪的样子截然不同、一脸倦怠的满，被满问到“人死后会怎么样？”的问题。对这句话一直耿耿于怀的雄二，又再度在那个高地发现满。在那里遇到的满让雄二有种莫名的突兀感，雄二于是问她说，“你是谁？”。

失去了喵美尔、希望能逃离现实的满，冲动地采取行动。但是，因为雄二很快就找到了满，让她得以幸免于难。第二天早上，昨天的事仿佛一场空似地，眼前的满又是十分开朗。恢复一如往常傲娇又傻里傻气的满……。然而，只有雄二一个人察觉到，在满表面的言行下藏着不对劲。就在这时候，幸找雄二商量要怎么处理一个盒子。据幸所说，满前阵子将这盒子寄放在她这里，之后就不准她归还，也不准她谈起这盒子。对内容物好奇的雄二会……

任何愿望都能帮人实现、身穿女仆装的同班同学“幸”。不过，她为了达成目的会不择手段──学园里的大家知道幸还有这样危险的一面，都小心不对她轻率发言。但是，暑假即将来临的某一天，为期末考做准备的满，忍不住对幸脱口而出“让考试消失吧”。把这句话当真的幸，默默地开始一项任务。在考试一分一秒逼近的时候，幸的“测试对策”也一步步地要准备完毕了。

雄二突然宣布说“我要当莳菜的爸爸”。两个当事人不管周遭人一脸困惑，很认真地像“父女”般互动，到了学期末的时候，雄二已经完全逐渐变成一个实行斯巴达教育的父亲了。雄二想将格斗技跟射击等等自己所有的技术，灌输给莳菜。他在一对一的特训中，回想起同样将一切都教给自己的“师傅”的存在。之后暑假的某一天，天音他们因为回老家而不在宿舍，雄二听到“爸爸不回老家吗？”这句话后，决定要去替师傅扫墓。雄二顺道开始对莳菜说起，他的童年时代以及跟师傅之间的回忆。

雄二在JB的紧急召唤下，来到“总公司”，而等着他的是，要暗杀入巢莳菜的命令。莳菜身为暗地里操纵这个国家的入巢家长女，知道家族见不得人的秘密。因为这样的她存在而备感威胁的一群人──在这些人的冷静跟绝对的意志之前，在组织最基层的雄二的想法什么的，只遭到漠视。要雄二杀死他说好要以“父亲”的身份全力守护的莳菜──。JB明知雄二与莳菜的关系，却下达这么残酷的命令，对此，雄二虽然立正站好答应要接下任务，却──。

从雄二转学来的第一天开始，天音就径自对理应是初次见面的他抱持好感。尽管他们才认识没几天，她却经常尽心尽力要奉献，雄二见状，总是估计她之所以这样，除了“一见钟情”之外应该还有更确切的原因。然而，开始喜欢上天音的雄二，终于逼问她“是什么原因让你这么做的”。面对雄二的质问，天音流着泪娓娓道来，说出她跟雄二的姐姐“一姬”的死有关的过去──“泷园学园小巴士翻复事故”那不愉快的回忆。

勉强在巴士翻复意外中幸存的泷园学园篮球社社员，被留在没人救得了、宛如世界最底层的地方。在这死亡如影随形的绝望情况下，天音邂逅了一个自称“风见一姬”的少女。该少女凭着天才般的判断力，与近乎冷酷的冷静态度，引导、救助社员们的样子，让只能呆立在一旁的天音留下了强烈的印象。冷静到底的一姬与优柔寡断又羞怯的天音。截然不同的两个人，共度让人沮丧万分的每一天，在过程中逐渐建立起深刻友情，将他们紧紧系住。

仿佛坠落到地狱底层的这群少女，几天后随着手边的食物逐渐消耗，连相信自己会获救的意志力也快要消磨殆尽，开始缓慢而确实地崩溃了。因为在意外中受伤而染病的人、饥饿难耐不断受折磨的人，就在大家因为令人沮丧的世界而渐渐失常的时候……天音和一姬努力互相鼓励，勉强得以保持理智。每天都只是苟延残喘地活着。就在令人绝望的每一天中，终于有人掉队时，天音将目睹“这世上的地狱”。

有雄二的鼓励，更让天音下定决心要面对自己的过去。然而，天音的话里有一点让雄二很怀疑——那就是“究竟一姬是否真的死了”。雄二为了弄清楚这个疑问，便在天音的带领下前往事故现场。但是，即使他们知道那些社员的下场，关于最重要的一姬的结局终究还是不知道。但即便无法得知真相，天音也因为终于能面对事实，而松了一大口气。就在这时候，这起可怕的事故埋下的祸端，又将带给她新的灾难，悄悄地慢慢接近。