人を喰らう怪人“喰種（グール）”が潜む東京。 好戦的な喰種集団「アオギリの樹（キ）」のアジトでは、アオギリと「ＣＣＧ（喰種対策局）」、そして「あんていく」の面々が激戦を繰り広げていた。ＣＣＧの篠原幸紀（シノハラ　ユキノリ）、黒磐　巌（クロイワ　イワオ）らはSSSレートの喰種「梟（フクロウ）」と戦い苦戦。また、あんていく側のウタ、四方蓮示（ヨモ　レンジ）、月山　習（ツキヤマ　シュウ）の３人はアオギリの幹部・ノロと対決。

一方、自らの弟・絢都（アヤト）と対峙する霧嶋董香（キリシマ　トーカ）は、アヤトの圧倒的な力の前に追い込まれていた。 そして、最後の一撃がトーカを襲おうとしたその時…。

アオギリとの戦いを終え、半喰種の青年・金木 研（カネキ　ケン）は「あんていく」から去っていった。 トーカは現実を忘れようと受験勉強に打ち込み始める。 その頃、アオギリ戦で大きな損害を出したＣＣＧは、「アオギリの樹」を完全に殲滅するため、再び動き出していた。 その最中、１０年前の対「梟」戦を経験している黒磐は、アオギリ戦での「梟」の違和感に気づく。

ＣＣＧの護送車が、「アオギリの樹」に襲撃された。「あんていく」のトーカと笛口雛実（フエグチ　ヒナミ）は、その襲撃事件にカネキが関わっている事を知り、それぞれに心を痛めていた。 そんな中、ヒナミはカネキも愛読していた作家・高槻 泉（タカツキ セン）のサイン会に、トーカに迷惑をかけまいと一人で出かけていく。一方、トーカは志望校の「上井大学」を見学に訪れ、そこでカネキの親友・永近英良（ナガチカ ヒデヨシ）と再会する。

「梟」の情報を得るため、ＣＣＧの亜門鋼太朗（アモン コウタロウ）とそのパートナーで、かつての上司・真戸呉緒（マド クレオ）の娘である真戸 暁（マド アキラ）は、生きたまま捕獲された喰種の収容所・コクリアを訪れていた。23区にあるこの施設には、かつて孤児院で亜門の父親代わりだったＳＳレートの喰種、ドナート・ポルポラが収容されている。彼から情報を聞き出そうとする亜門たち。しかしその時、コクリアに「アオギリの樹」が急襲してくる。

安久（ヤスヒサ）クロナとナシロ、そして鈴屋什造（スズヤ ジュウゾウ）は、かつては共にＣＣＧの児童養護施設で暮らしていた。その後、嘉納（カノウ）教授の手で半喰種となったクロナとナシロ、ＣＣＧの二等捜査官となった什造は、コクリアで敵として対峙する。だが、什造の躊躇のない一方的な攻撃に、クロナとナシロは追い詰められて行き…。一方、自身の父「アラタ」をクインケとして装着した篠原と戦うアヤトもまた、苦戦を強いられていた。

アオギリによるコクリア襲撃から数週間。「眼帯」ことカネキは、共喰いを繰り返し「半赫者（はんかくじゃ）」となっていた。コクリアでのアオギリとの戦いでカネキと交戦し、苦戦を強いられた篠原は、カネキを「キケンだ」と感じ、亜門にそのことを告げる。一方、その頃、アオギリのアジトに戻ったカネキは……。

かつて功善（クゼン）という名の喰種がいた。人を、喰種を殺し続けた功善は、孤独な日々を過ごしていた。やがてその能力を買われ、ある組織と手を組むようになるが、孤独感は癒えないままだった。そんな時、功善は通っていた古い喫茶店で憂那（ウキナ）というひとりの人間の女性と出会う。ふたりはやがて愛し合うようになるが…。

ＣＣＧ・和修常吉（ワシュウ　ツネヨシ）総議長より「梟討伐作戦」の決行の断が下された。対象の居所は…「あんていく」。大規模な作戦になることから、選ばれたＣＣＧの捜査官たちは遺書を書かされ、それぞれが死と向き合う。そしてついに２０区がＣＣＧによって封鎖。「あんていく」は梟討伐部隊に包囲される。その一報を耳にしたカネキ、そしてトーカは…。

「あんていく」とＣＣＧの激しい攻防は続いていた。芳村は篠原・黒磐と、「魔猿（まえん）」こと古間円児（コマ エンジ）は田中丸望元（タナカマル モウガン）特等捜査官と戦う。一方、鉢川忠（ハチカワ チュウ）准特等捜査官たちと戦う入見（イリミ）カヤは、逃げ遅れた老婆を庇って負傷。民間人を巻き添えにしてでも攻撃をしかけてくる鉢川たちの前に、ついに死を覚悟するが…。

梟の攻撃から什造を庇って、篠原が倒れた。時を同じくして、アオギリがＣＣＧとの戦いに乱入、アオギリ兵たちの猛攻にＣＣＧは次第に形勢不利となっていく。一方、カネキはあんていくへの道を封鎖する亜門と対峙していた。互いに一歩も譲らない戦いの中、ついに決着の時が訪れる…。

アオギリ兵たちが撤退し、「あんていく」での激しい戦いは終焉を迎えようとしていた。その最中、カネキたちの身を案じて「あんていく」への道をひた走るトーカ。人間と喰種、それぞれの想いが交錯する中、崩壊間近のあんていく店内でカネキが選んだ答えは…。