“ヒト”と変わらぬ姿をしながら“ヒト”の肉を喰らうことでしか生きながらえることができない存在“喰種（グール）”――。　彼らの脅威から人々を守るために設立された［ＣＣＧ］（喰種対策局）で、“クインクス”と呼ばれるチームが結成された。彼らは特殊な施術により喰種の能力を持つようになったヒトで構成されており、メンターとしてチームを率いる佐々木琲世（ささき はいせ）には、なぜか２年前までの記憶がない。そして彼には、［ＣＣＧ］内ではよく知られた秘密があった。

クインクスが結成されてまもなく、女性ばかりを狙い、その胴体のみを捕食する喰種“トルソー”がらみの事件が頻発する。［ＣＣＧ］が捜査に乗り出す中、クインクスの班長・瓜江久生（うりえ くき）が独自の捜査を開始し、これに同じくメンバーの不知吟士（しらず　ぎんし）が便乗。そんな二人に掘ちえ（ホリチエ）と名乗るフリーカメラマンが情報提供者として接触してくるが、彼女は彼らに関係する“変わったもの”を報酬として要求する。

クインクスのメンバー、六月透（むつき とおる）の捨て身の追跡により、駆けつけた瓜江、不知に追い詰められたトルソー。だがそこに“オロチ”と呼ばれる喰種が現れ形勢は逆転する。遅れて援護に入った琲世が単独でオロチに立ち向かうが、非常に危険度の高い「Ｓ～（Ｓ以上）レート」に指定されるオロチの強さに苦戦。部下たちを守るため、琲世は全力で戦う決意をするが、それは、あまりに強大すぎるがゆえに、彼自身にも制御が難しい“喰種の力”を解放することとなり、己を見失う危険を孕んだ行為だった。

[CCG]内での出世に執着する瓜江は、さらなる力を得るため、上官である琲世の許可を偽って自らの赫子の稼動レベルを引き上げる施術を受ける。一方クインクス班は、エース捜査官である鈴屋什造（すずや　じゅうぞう）率いる鈴屋班と、“ナッツクラッカー”と呼ばれる喰種の合同捜査を行うことに。ナッツクラッカーがＳＳレート喰種“ビッグマダム”の関与するオークションに出品するため、若い女性を中心にヒト攫いを行っていることを知り……。

ナッツクラッカーから首尾よく情報を引き出した六月によって、次回オークションの概要が判明した。[CCG]ではこの機会に大掛かりな喰種掃討作戦を行うことになり、六月と自ら志願した什造が“商品”として会場に潜入することに。当日――会場は、出品者や客、ビッグマダムがボディガードとして雇った“アオギリの樹（き）”構成員など多数の喰種で賑わっていた。什造と引き離され、外部との連絡も絶たれてしまった六月は、動揺を隠せないままオークションにかけられ……。

什造の奇襲により混乱するオークション会場。に、待機していた[CCG]の部隊がなだれ込む。大乱戦の中、六月は何とか逃げ出すことに成功するが、月山家に仕える喰種、カナエ＝フォン・ロゼヴァルトに執拗に追いかけられ窮地に陥っていた。そんな六月のもとに琲世たちクインクス班が駆けつけるが…!?

一方、掃討作戦決行中の[CCG]捜査官たちは、報告されているレート以上の戦力を見せつけるナッツクラッカーや、アオギリの樹の構成員で“オウル”と呼ばれる“半喰種（はんグール）”を相手に思いがけず苦戦を強いられることになる。

戦線離脱した六月と護衛の瓜江が、抜け道を使って逃走を図る多数の喰種を発見。別ルートでたどり着いた什造とともに戦いに突入する。彼らの前に立ちはだかるのは、什造と浅からぬ縁があるビッグマダム。

一方、不知たちとナッツクラッカーの駆逐に当たる琲世だったが、作戦の指揮を執る准特等捜査官・和修政（わしゅう　まつり）の命令で、行く手を阻むオウルに独り立ち向かうことに。オウルは、琲世の上司である真戸暁（まど　あきら）のかつての同僚、滝澤政道（たきざわ　せいどう）が喰種化手術を受けさせられた姿だった。彼は自分と似た境遇の琲世への対抗意識を露にし、激しい攻撃で追い詰める。

オークション会場を狙った喰種掃討作戦と、同時進行していたＣＣＧの移送車両の護衛作戦が終了した。捜査官にも喰種にも多数の死傷者が出る中、ハイセは“過去の自分”を知る喰種の少女、笛口雛実（フエグチ　ヒナミ）の“所有権”を申し入れる。今回の作戦で働きを認められたクインクスは、同じく功績を認められたほかの捜査官たちとともにメンバー全員の昇進が決まり、ハイセは上司の暁や、親交のある特等捜査官、有馬貴将（ありま　きしょう）を招いて、メンバーの昇進を祝うホームパーティを企画。だが、パーティ当日、ハイセの中にいるもうひとりの人格“カネキ　ケン”を知る何者かから、“奇妙な贈り物”が届く。

[CCG]で、大量誘拐犯の喰種集団“ロゼ”の捜査が始まった。だが組織的に訓練され、痕跡をほとんど残さない彼らを追い詰める有効な手立ては見つからない。捜査が遅々として進まない中、琲世は自分宛に届いた“マスク”からヒントを得て、ある策を思いつく。

一方、先日のオークションで六月を狙ったカナエは、大きな喪失感から心を病んだ主、月山習（つきやま　しゅう）の姿に心を痛めていた。そんなカナエに、月山の友人ホリチエが、彼を助けるための作戦を持ちかける。

ホリチエから琲世の写真を見せられた月山は、“金木研”が生きていたことを知り喜々として会いに行く。だが“カネキ”としての記憶を失った琲世には、月山のことがわからない。そんな中、[CCG]准特等捜査官キジマ式が、ロゼの一件で捕らえた月山家の使用人、ユウマの拷問映像をＳＮＳ上に流す。それは月山家はもちろん、[CCG]内部でも反発がおきるほどショッキングなものだった。月山は何とかしてユウマを救い出そうと、捜査官である琲世に協力を頼もうと考えるが……。

いまだ全容がつかめないロゼの捜査に、クインクスの特性を生かした琲世考案の“マスク作戦”が導入された。だが捜査を進める中で琲世は、喰種にすら畏れられる“眼帯の喰種”の存在を知り、“彼”の調査を始める。そして[CCG]の資料室で、殉職した捜査官、亜門鋼太朗（あもん　こうたろう）が遺したレポートを見つけ……!?　そんな中、キジマが仕掛けた新たな策から、ロゼの捜査が大きく進展する。

[CCG]に屋敷に踏み込まれ、父・観母（みるも）や使用人たちが投降する中、側近の松前（まつまえ）とともに逃げのびた月山は、彼を生かすために命を賭した者たちのことを想い、“当主”となる責任を噛み締める。その月山の前に喰種捜査官として立ちふさがる琲世。一方、“月山家駆逐作戦”で伊東倉元（いとう　くらもと）率いる伊東班と合流したクインクスは、“ノロ”と呼ばれる喰種と遭遇。脅威の再生力を持つノロを相手に迷いを断ち切った不知が、ナッツクラッカーの赫子から作り出したクインケで応戦するが……!?

ノロを相手に次々と仲間が倒されてゆく中、踏みとどまって戦う不知。その姿を目にし、必死で立ち上がる瓜江。ふたりの渾身の攻撃がノロを捉える。一方、月山の窮地に駆けつけ、怒涛の攻撃を仕掛けるカナエだったが、“カネキ”の記憶を取り戻し始めた琲世の反撃に瀕死の重傷を負う。そこに“隻眼の梟（せきがんのフクロウ）”と呼ばれる半喰種、エトが現れ悪意を振りまく。最後の力を振り絞るカナエだが……。そして、琲世がついに、“カネキ”として完全に覚醒し――。