Gordon vreest dat Jonathan Crane nog steeds in leven is en is teruggekeerd naar Gotham City. Scarecrows teken wordt gebruikt in een reeks overvallen. De nieuwe Iceberg Lounge heeft een grootse opening.

Gordon staat onder druk om te bewijzen dat de GCPD nog steeds relevant en machtig is. Om dit te bewijzen, probeert hij Jonathan Crane op te pakken. Hij worstelt zich echter in een gevaarlijke situatie in Arkham.

Gordon neemt het heft in eigen handen wanneer hij naar Miami reist om Carmine Falcone ervan te overtuigen om hem te helpen Penguin te bestrijden. Hier ontmoet hij Cermines dochter, Sofia, die hem onverwachts naar Gotham volgt.

Bruce Wayne brengt het gevaar van de Gotham Natural History Museum historicus Niles Winthrop in gevaar wanneer hij meer te weten wil komen over een mysterieus mes. Ra's Al Ghul bewijst dat hij erg ver gaat om zijn doel te bereiken.

Nygma gaat de confrontatie aan met Butch Gilzean, maar hij is niet wie hij ooit was. In een poging om weer aan de macht te komen besluit Nygma om de kwaliteiten van zijn voormalige partner op de proef te stellen.

Gordon en Bullock komen steeds meer te weten over een seriemoordenaar, die het voorzien heeft op agenten en zijn slachtoffers decoreert met varkenshoofden. Sofia probeert Penguin voor zich te winnen.

Nu Professor Pyg angst zaait in Gotham City, bezoeken Gordon en Bullock de Narrows om nieuwe aanwijzingen te vinden. Bruce Wayne heeft een ontmoeting met Grace, een oude bekende.

Grundy en Nygma zijn een topattractie bij Cherry's Place in de Narrows. Penguin is uit op wraak wanneer hij hoort dat Nygma hem op het podium belachelijk maakt. Hij vraagt hulp aan The Siren.

Professor Pyg blijft paniek zaaien in Gotham City en probeert Jim Gordon daar zo vaak mogelijk in te betrekken. Sofia en Penguin zijn klaar voor de veiling voor het weeshuis. Het gedrag van Bruce staat zijn relatie met Alfred in de weg.

Gordon probeert een deal, die met Sofia te maken heeft, te sluiten met Penguin. Ondertussen probeert Alfred om Bruce uit een neerwaartse spiraal te krijgen, aangezien Lee Thomkins steeds meer macht weet te krijgen in de Narrows.

Er ontstaan complicaties voor Gordon, Sofia en Penguin wanneer Carmine Falcone terugkeert naar Gotham City. Alfred probeert voor eens en voor altijd door te dringen bij Bruce, terwijl Nygma worstelt met zijn Riddler alter-ego.

Gordon moet op de plaats delict verschijnen wanneer The Toy Maker het voorzien heeft op de doktoren van Gotham City. Lee Thompkins probeert de Narrows opnieuw op te bouwen, met Nygma als zijn partner.

Ivy heeft her voorzien op een geheim project waar Wayne Enterprises aan werkt en bedreigt iedereen die haar informatie kan geven. Ondertussen raakt Jerome geobsedeerd met Penguin in Arkham.

Ivy kiest haar volgende slachtoffer uit, waardoor Gordon en Lucius bij een oude vriend uitkomen. Selina probeert het heft in eigen handen te nemen. Sofia wil de controle over Gotham verkrijgen.

Bullock en Gordon proberen iemand op te sporten die belangrijk is voor Sofia's macht over Gotham City. Ondertussen krijgen Penguin, Lee en Nygma er een verrassende bondgenoot bij.

Arkhams meest beruchte patiënten maken Gordon en Bullock het leven zuur wanneer ze proberen te ontsnappen. Bruce verzint zelf een plan om dit te stoppen. Barbara krijgt een interessant aanbod.

Gordon en Bullock proberen Jerome telkens een stap voor te zijn. Nygma organiseert een puzzelspel in de Narrows en neemt het op tegen zijn lastigste uitdager ooit.

De patiënten van Arkham lopen nog steeds vrij rond in Gotham en worden steeds lastiger om in te rekenen. Gordon verzint een plan, maar moet Bruce om hulp vragen. Barbara ontdekt hoe ver haar nieuwe vrienden voor haar willen gaan.

Gordon en Bullock proberen te achterhalen wie de slimme dief is, die achter een reeks overvallen op verschillende banken in Gotham zit. Barbara loopt gevaar, waardoor Tabotha genoodzaakt is om te helpen.

Er breekt chaos uit bij de GCPD, waardoor Gordon als een kip zonder kop op zoek moet gaan naar de boosdoeners. Ondertussen begint een vriend van Bruce paranoïde te raken.

Er breekt complete anarchie uit in Gotham City. Een team van helden moet de stad zien te redden. Bullock neemt bij de GCPD de leiding over.

Jeremiah waarschuwt een sceptische Gordon over de aankomende vernietigingen in Gotham City. Gordon is genoodzaakt om drastische maatregelen te nemen. Barbara stelt een team samen om haar positie veilig te stellen.