Gordon werkt in Gotham als een premiejager en gaat op zoek naar antwoorden over de ontsnapten van Indian Hill en waarom hun krachten hun ondergaan lijken te zijn. De dubbelganger van Bruce maakt ondertussen de straten onveilig.

Fish Mooney neemt het heft in eigen handen en spoort Hugo Strange op waardoor Gordon met tegenzin samen moet werken met de journaliste Valerie Vale. Penguin wordt steeds populairder en Ivy Pepper keert terug naar Gotham City.

De hypnotiseur Jervis Tetch, ook bekend als Mad Matter, komt aan in Gotham om zijn zus Alice te vinden. Hij huurt Gordon in om hem te helpen. Penguin besluit zich kandidaat te stellen om burgemeester te worden.

Penguin wordt alsmaar krachtiger en het lijkt erop dat hij de nieuwe burgemeester van Gotham City wordt. Gordon brengt Alice ondertussen binnen voor de beloning.

De misdaadcijfers in Gotham zijn nog nooit zo hoog geweest en Pinguin kan maar lastig zijn belofte aan de bewoners waarmaken. Butch bewandelt ondertussen een duister pad met de Red Hood bende.

Mad Hatter heeft zijn volgende slachtoffer gevonden waardoor Jim Gordon lastige beslissingen moet maken. De relatie tussen Penguin en Nygma komt tot een nieuwe hoogte en een oude bekende van Nygma duikt op.

Jim Gordon ondergaat een psychedelische trip nadat hij in aanraking is gekomen met een goedje van de Mad Hatter. Hij moet zijn verleden confronteren maar ook zijn heden en toekomst. Penguin heeft moeite met de nieuwe relatie van Nygma.

Barnes krijgt last van de nasleep van een recent ongeluk en draait langzaam door. Nygma heeft problemen binnen zijn relatie met Isabelle en Carmine Falcone organiseert een feestje voor Lee en Mario.

Gordon en Bullock beginnen Barnes te verdenken en onderzoeken het bewijsmateriaal van de moord tijdens het feestje van Lee en Mario. Nygma gaat naar Penguin nadat hij niets meer van Isabelle heeft gehoord.

Op de avond van hun generale repetitie voor hun huwelijksdiner wordt een nieuwe dreiging voor Mario en Lee duidelijk. Falcone heeft de hulp van Gordon nodig. Nygma is op zoek naar wraak en Bruce leert meer over de Court of Owls.

Het virus begint zich te verspreiden over Gotham en het laboratorium dat het tegengif maakt is in gevaar. Mario en Gordon komen lijnrecht tegenover elkaar te staan, vlak voor het huwelijk. Barbara heeft informatie over Isabelle.

Falcone looft een beloning uit voor degene die Gordon vermoordt nadat ze erachter komt dat Gorden Mario heeft neergeschoten. Gordon en Bullock ontdekken een volgeling van Jerome die hem weer tot leven wil wekken. Penguin verliest ondertussen alle controle.

Dwight is op de vlucht voor Gordon en Bullock en probeert Jerome tot leven te wekken. De plannen die de moeder van Selina heeft voor Gotham worden duidelijk en het spelletje tussen Penguin en Nygma escaleert.

Jerome is op vrije voeten en hij heeft een duidelijk plan. Bruce en Alfred verkeren hierdoor in gevaar. Frank, de oom van Gordon, brengt zijn neef een bezoekje. Nygma en Penguin moeten hun issues confronteren.

Nygma overtuigt zichzelf ervan dat hij Penguin niet nodig heeft en introduceert zichzelf aan het volk als The Riddler. Bullock en Lucius Fox raken betrokken bij de spelletjes die Nygma speelt en Gordon ontdekt iets over de dood van zijn vader.

De Court of Owls bedenkt een nieuw plan met betrekking tot de toekomst van Gotham en Gordon ontdekt informatie over het verleden van zijn vader en oom. Bruce wordt ondertussen wakker in een tempel.

Een aantal van de meest gestoorde slechteriken uit Gotham besluiten samen te gaan werken terwijl The Riddle de stad probeert over te nemen. Gordon zoekt naar antwoorden en Alfred merkt dat Bruce aan het veranderen is.

Gordon ontdekt het wapen van de Court of Owls waarmee zij van plan zijn Gotham te vernielen. Hij gaat naar het wapen op zoek maar bewandelt hierdoor een gevaarlijk pad. Ivy redt Selina en Kathryn en Temple Shaman onthullen hun volgende stap.

Temple Shaman onthult de volgende fase in de training. Gordon en Bullock komen in gevaar wanneer ze achter het best bewaarde geheim van de onderwereld van Gotham komen. Nygma en Penguin moeten samenwerken.

Gordon moet de stad zien te redden van het Alice Tetch virus wanneer Lee Thompkins haar eigen plan besluit in te zetten. Alfred ziet een grote verandering in Bruce na zijn werk met de Shaman.

Nu het dodelijke virus door de stad heen trekt, wordt er naarstig naar het tegengif gezocht. Fish Mooney, The Riddler en Penguin hebben ondertussen hun eigen plannetjes. Bruce ontmoet Ra's Al Ghul en begint met de laatste fase van de training.

Gordon doet er alles aan om Lee terug te winnen. Ondertussen worden een aantal oude samenwerkingsverbanden uit Gotham verbroken, terwijl volledig nieuwe gesmeed worden.