Gordon teme que Jonathan Crane ainda esteja vivo e de volta a Gotham, quando o modus operandi do Espantalho aparece em uma série de assaltos.

Gordon viaja para Miami na tentativa de persuadir Carmine Falcone a ajudar na luta contra o Pinguim. Lá, ele conhece a filha de Carmine, Sofia, que acompanha Gordon de volta a Gotham.

Bruce Wayne coloca as vidas do historiador do Museu de História Natural de Gotham, Niles Winthrop, e seu neto, Alex, em perigo em uma tentativa de descobrir o significado por trás da valiosa faca do leilão.

Nygma fica cara a cara com Butch Gilzean, mas ele não é quem costumava ser. Na tentativa de recuperar o poder e a identidade, Nygma decide colocar as habilidades de seu ex-parceiro à prova.

Gordon e Bullock perseguem um serial killer que está assassinando policiais e colocando suas vítimas junto a cabeças cortadas de porcos.

Com o Professor Pyg provocando o medo em Gotham, Gordon e Bullock vão para Narrows em busca de pistas. Bruce Wayne encontra uma antiga amiga, Grace, que o convence a ir para uma noite com velhos colegas de classe.

Grundy e Nygma tornam-se as atrações principais no Cherry's Place em Narrows. Pinguim quer vingança quando ouve Nygma zombando dele no palco e recruta as Sereias para ajudar.

Professor Pyg continua a atormentar a cidade de Gotham, envolvendo Jim Gordon sempre que possível. Sofia e Pinguim se preparam para um evento de arrecadação de fundos para o orfanato, mas as coisas não vão como planejado quando o Professor Pyg aparece como o chef.

Gordon tenta negociar um acordo com o Pinguim que envolve Sofia. Enquanto isso, Alfred tenta tirar Bruce de sua rebeldia adolescente. E Lee Thompkins ganha mais controle sobre Narrows.

As coisas se complicam para Gordon, Sophia e Pinguim quando Carmine Falcone vem para a cidade.

Gordon é chamado quando o Toy Maker é contratado para assassinar um dos médicos de Gotham. Lee Thompkins começa a tentar reconstruir o Narrows, com Nygma como seu parceiro.

Ivy rastreia um projeto secreto no qual a Wayne Enterprises está trabalhando e começa a perseguir qualquer pessoa que possa dar informações.

Ivy escolhe seu próximo alvo, levando Gordon e Lucius de volta a um velho amigo, enquanto Selina tenta resolver o problema com suas próprias mãos. Sofia quer o controle total de Gotham e procura Lee para tratar de Narrows.

Bullock e Gordon tentam rastrear alguém que é fundamental para o controle de Sofia sobre Gotham.

A “elite” de Arkham dá trabalho para Gordon e Bullock, enquanto os criminosos planejam escapar do asilo.

Gordon e Bullock tentam ficar um passo à frente quando Jerome se aproxima do seu próximo alvo.

Os prisioneiros de Arkham ainda estão livres pela cidade e ficando cada vez mais difíceis de capturar. Gordon desenvolve um plano, mas tem que procurar a ajuda de Bruce, mesmo que relutantemente.

Gordon e Bullock tentam descobrir quem é o esperto ladrão por trás dos vários roubos de banco em Gotham; Barbara é colocada em perigo, forçando Tabitha a pedir ajuda.

O caos se instaura no Departamento de Polícia de Gotham, forçando Gordon a procurar o culpado por trás disso; um amigo de Bruce fica paranoico, deixando-o com um comportamento perigoso.

Gotham cai em completa anarquia, então uma equipe de heróis improváveis se aproxima para salvá-la. Bullock assume cargo de lideranç. Os limites psicológicos de Bruce são testados quando pessoas próximas a ele são colocadas em perigo.

No último episódio da temporada, Jeremiah alerta Gordon sobre a destruição que está por vir. Enquanto isso, Barbara reúne uma equipe e Bruce se entende com o futuro.