Gordon vai para as ruas de Gotham como caçador de recompensa para encontrar o perverso Hugo Strange e sua capanga ressuscitada Fish Mooney.

O professor Strange continua foragido, mas Fish está à sua caça. Enquanto isso, Gordon e a jornalista Valerie Vale procuram por Fish.

Recém-chegado a Gotham, Jervis Tetch, o Chapeleiro Louco, contrata Gordon para encontrar a sua irmã. O Pinguim se prepara para concorrer à Prefeitura.

O Pinguim está prestes a se tornar o prefeito. Bruce Wayne e Alfred vasculham a cidade em busca do sósia que assumiu a identidade de Bruce.

Bruce Wayne procura Ivy. Recém-eleito prefeito, Cobblepot enfrenta a cobrança do cumprimento das promessas de campanha e um nível de crimes sem precedentes.

Sádico, o Chapeleiro Louco obriga Gordon a fazer uma escolha dramática. Fã de charadas, Edward “Ed” Nygma reencontra um rosto do seu passado.

Após lutar com o Chapeleiro Louco, Gordon embarca em uma viagem psicodélica enlouquecedora. O Pinguim não engole o relacionamento entre Nygma e Isabella.

Cada vez mais alterado, Barnes avança rumo à insanidade. Nygma sofre com sua relação com Isabella. Falcone oferece uma festa de noivado para Lee e Mario.

Para evitar uma guerra no submundo de Gotham, Gordon tenta deter uma ameaça contra Mario. Bruce descobre um segredo envolvendo a Corte das Corujas.

O vírus começa a se espalhar pela cidade e o laboratório de Gotham fica cada mais longe de encontrar a cura. Gordon e Mario se enfrentam antes do casamento.

Gordon e Bullock descobrem um plano de ressuscitar um criminoso impiedoso. Selina encara o retorno de sua mãe à Gotham. O Pinguim vai à TV no horário nobre.

Ao anunciar a volta de Jerome do mundo dos mortos, Dwight leva os seguidores do criminoso à loucura.

Jerome sai em busca de Bruce. O tio de Gordon faz uma visita inesperada. E o Pinguim e Nygma se enfrentam cara a cara.

Gotham descobre um novo vilão quando Nygma apresenta o “Charada”. Gordon fica sabendo de detalhes chocantes sobre a morte de seu pai.

Uma arma terrível ameaça a cidade. Bruce Wayne começa seu treinamento no templo. E Gordon descobre mais segredos do passado da família.

Enquanto o Charada avança sobre a cidade, o Pinguim reúne alguns dos vilões mais temidos de Gotham, incluindo o Senhor Frio.

Gordon faz descobertas assustadoras e pressiona Kathryn por um lugar à mesa da Corte das Corujas. Bruce Wayne intensifica seu treinamento.

Gordon e Bullock fazem uma descoberta sobre segredos do submundo de Gotham. Bruce fica sabendo de sua real missão. O Pinguim e o Charada têm de trabalhar juntos.

Os vilões mais sinistros da cidade juntam forças, e Gotham enfrenta a ameaça de um vírus destruidor. O jovem Bruce tem de encarar o seu destino.

O vírus se espalha, e Gotham corre contra o tempo em busca de um antídoto. Três vilões fazem planos. Bruce luta para se libertar do passado.

Com o vírus mortal se espalhando por toda a cidade, a busca pelo antídoto continua, enquanto Fish Mooney, O Charada e O Pinguim revelam seus próprios planos.