Penguin is nu de baas in Gotham, na een incident op het Gotham politiebureau zet Gordon al zijn moraal opzij door Penguin om hulp te vragen.

Gordon onderzoekt een ontsnapping van een Patiënt uit Arkham Asylum. Intussen plant Galavan zijn volgende stap en Bruce' queeste leidt tot een ontmoeting met een oude vriend.

Gordon en Bullock jagen op een aartsvijand uit het verleden, wat leidt tussen een impasse tussen Jerome en Gordon. Een goochellaarsshow in het Gotham kinderziekenhuis loot uit op een gijzeling.

Barnes vormt een elite team met hulp van Gordon. Intussen wordt Penguin beziggehouden om een gunst voor Galavan te vervullen en vraagt Nygma Kringle mee uit.

Gavalan en Penguin sluiten een verbond met een gevaarlijke familie in Gotham. Als de rivaliteit tussen de Wayne familie en de Galavans uit de hand loopt, worstelt Gordon om de situatie in de hand te houden in Gotham.

Nadat Bridgit Pike ontvoerd wordt door haar broers, laait er in haar een vuur op en doet haar besluiten de controle over haar eigen toekomst te nemen. De relatie tussen Nygma en Kringle gaat een stapje verder en Penguin en Galavans strijd om de heerschappij over de Gotham onderwereld gaat verder.

Butch brengt Penguin en zijn mannen naar de loods waar Gertrude gevangen wordt gehouden. Penguin plant een wraakactie op Galavan voor het ontvoeren van zijn moeder.

Galavan stuur Barbara achter Jim Gordon aan terwijl hij een zakendeal met Bruce Wayne probeert te maken. Barnes en Bullock zijn op hun beurt weer Barbara op het spoor. Nygma loopt toevallig een bekende tegen het lijf.

Gordon komt oog in oog te staan met een huurling genaamd Eduardo Flamingo. Nygma en Penguin's paden kruisen elkaar weer.

Gordon confronteert een verdachte die banden heeft met Galavan, maar schiet tekort in het verzamelen van informatie. Bruce Wayne komt een stukje dichterbij om te ontdekken wie zij ouders heeft vermoord.

James Gordon moet de hulp inroepen van gevaarlijke bondgenoten wanneer Bruce Wayne wordt ontvoerd.

Penguin bezorgt Gordon problemen rond de moord op Galavan. Ondertussen onderzoeken Gordon en Bullock een hoog aantal vermiste personen, die een link hebben met Victor Fries, een gevaarlijke wetenschapper.

Gordon en Bullock moeten in hun zoektoch naar Victor Fries de hulp in roepen van zijn vrouw, Nora. Penguin ontmoet Hugo Strange en Alfred onthult cruciale informatie aan Bruce over de moord op zijn ouders.

Alfred en Selina helpen Bruce in de zoektoch naar zijn ouders moordenaar. Gordon vraagt Nygma of hij weet waar Kringle is en Hugo Strange gaat verder met zijn behandeling om Penguins agressie te verminderen.

Jim en Harvey proberen een terrorist op te sporen die raadselachtige misdaden pleegt. Ondertussen bezoekt Oswald oude vrienden en komt daar ook zijn vader en familie tegen die hij nooit heeft gekend.

Gordon moet op zijn hoede zijn wanneer er gevaar dreigt binnen de muren van de gevangenis. Om te overleven is hij op een oude vriend aangewezen. Ondertussen versterkt de band tussen Penguin en zijn vader, terwijl zijn stiefmoeder en stiefzusjes hun eigen plannen hebben voor de familie.

In een poging om zijn naam te zuiveren steelt Gordon zijn dossier en vraagt Nygma om hulp. Ondertussen ontdekt Penguin de rol van zijn stieffamilie bij het overlijden van zijn vader.

Nadat ze Arkham Asylum heeft verlaten, legt Barbara het bij met Gordon. Bruce en Alfred achtervolgen een oude vriend van Thomas Wayne van het Project Chimera, maar Hugo Strange dwarsboomt hun plannen.

Hugo vindt een manier om de wedergeboren Theo onder controle te krijgen en stuurt hem aan als... Azrael. Jim probeert ondertussen Barnes te overtuigen van het feit dat Hugo verantwoordelijk is voor het creëren van monsters.

Bruce overtuigt Selina om in te breken in Arkham en haar vriend Bridgit te redden. Op weg daarnaartoe komt Selina een ontsnappende Edward tegen. De jacht op Azrael gaat ook nog gewoon door en Tabitha gaat akkoord om Jim en Harvey te helpen om haar broer te vinden.

Hugo krijgt de opdracht om Arkham te vernietigen om de aanvallen te verbergen, maar Fish haar ontsnapping verandert de zaak. Basil leidt Harvey af van het onderzoek naar Arkham en Bruce en Lucius slagen er niet in om Edwards quiz te halen.