Rodina Waynových zrovna odchází z divadla, kde byli na poměrně nudném představení. To, co bude následovat, rozhodně nuda nebude. Při průchodu temnou uličkou je přepadne lupič a následně zastřelí rodiče, Thomase a Marthu. Jejich syn Bruce se tak stává sirotkem a jediný, kdo mu na světě zbyl, je jeho sluha Alfred. Tohoto případu se ujímají dva detektivové - osvědčený dlouholetý policista Harvey Bullock a nováček James Gordon, který zatím netuší, jak temný Gotham vlastně je...

V ulicích Gothamu řádí obchodníci s lidským masem, kteří dětem pod příslibem jídla vpíchnou látku, která je utlumí, a následně je převezou do úkrytu. Případu se ujímají detektivové Gordon a Bullock. Bruce Wayne mezitím dále bojuje se svým strachem a Penguin se usadí na venkově...

Detektivové Gordon a Bullock začnou pracovat na případu člověka, který se zaměřuje na zkorumpované policisty, i když poněkud netradičním způsobem. Všechny je totiž posílá k nebi za pomocí meteorologických balónů, díky čemuž ho noviny začnou přezdívat Muž s balónky. Detektiv Gordon mezitím pokračuje na vyšetřování vraždy Wayneových za pomocí mladé svědkyně Seliny Kyle, která údajně viděla jejich vraha.

Oswald se vrátil do Gothamu a jeho první zastávka je u Jima Gordona. Ten z jeho návštěvy nemá vůbec radost, ale alespoň se dozvídá, že v blížící se válce sehraje důležitou roli Arkham, jediný zanedbaný okrsek v celém Gothamu. Krom toho se Jim s Harveym chopí dalšího případu, tentokrát jde o dvojnásobnou vraždu radního Jenkinse a jeho poradce.

Zatímco Maroni chystá odplatu Falconemu za jeho nedávné přepadení v jeho restauraci, Bruce dál pátrá po vrahovi svých rodičů, při čemž si začne uvědomovat, jak je vlastně Gotham zkažený. V ulicích města začíná řádit nová droga, která sice způsobuje obrovskou sílu, ale pokud není do několika hodin vzata další dávka, člověk začne umírat neskutečnou bolestí...

Vrátí se sériový vrah, na kterém Bullock pracoval, když začínal u policie. Tehdy vraha chytil, je tedy zajímavé, že tentýž vrah s naprosto stejnými postupy, opět řádí v ulicích Gothamu. Tentokrát na to má Bullock i Gordona a čerstvý pohled na případ se vždycky hodí...

Richard Sionis vede v Gothamu nezvyklé pracovní pohovory. Kandidáty o místo v jeho firmě se musí poprat na život a na smrt a ten, kdo přežije, získá práci. Na Sionise si posvítí detektivové Bullock a Gordon a zanedlouho začne jít opravdu do tuhého. Bruce se mezitím vrací do školy, kde ho čekají nelehké chvíle a Fish Mooney plánuje další krok v získání tolik chtěné pozice...

Gordonovi se podaří dostat na svou stranu mladého právníka z kanceláře návladního, Harveyho Denta, který má, stejně jako Gordon, za cíl udělat z Gothamu lepší místo. Selina je jako korunní svědek ve vraždě Waynových uschována do panství Waynů, kde začíná bydlet u Bruce a Alfreda. Mezitím se při převozu do léčebny podaří skupince Rusů unést Iana Hargrova, který je velmi zdatný s bombami...

Na Waynovo panství vtrhnou nájemní vrazi, před kterými Bruce se Selinou naštěstí včas utečou, zatímco Alfred jednoho z nich zneškodňuje. Do všeho se ihned zapojí policie, při čemž se Bullock dozvídá o pár věcech, které před ním Gordon tajil. Bruce mezitím okusuje krutou realitu života v gothamských ulicích...

Jim teď pracuje v Arkhamu a nemá to tam vůbec lehké. Kromě podivných vězňů teď bude muset čelit někomu, kdo ostatním vězňům poškozuje mozek pomocí elektřiny, někdy až smrtelně. Jeho nadřízený Gerry Lang ho tlačí do rychlého a hlavně tichého prošetření, naštěstí na to nebude Jim sám, protože si vyžádá pomoc od policie, konkrétně od Bullocka. Fish mezitím promýšlí svůj plán o nahrazení Falcona, jenže jeho místo by ráda zaujala nejen ona, ale také Saviano...

Jim má v úmyslu získat zpět své místo detektiva, a tak nabídne komisaři, že vyřeší případ týkající se Grubera výměnou za jeho odznak. Komisař nakonec souhlasí, ale dá jemu a Harveymu pouhých 24 hodin na vyřešení a pokud se jim to nepodaří, oba budou do smrti pracovat v Arkhamu. Začíná závod s časem. Fish svůj plán na převzetí Falconova místa hodlá završit fingováním únosu Lizy, kterou mu vrátí jedině tehdy, pokud se vzdá své pozice. Jenže Penguin ví, že je Liza jen nastraženou figurkou Fishina plánu, jenže Falcone to zatím netuší...

Leon Winkler byl svědkem jedné vraždy na veřejnosti a Jim ho předvede k výslechu. Jenže ve výslechové místnosti ho někdo navštíví a zabije ho. Vše se brzy zamotá, díky čemuž Gordon zkříží cestu s Arnoldem Flassem, jedním zkorumpovaným policistou, který vede jakýsi obchod s drogami. Fish Mooney má být mučena a vyslýchána na neznámém místě a Tučňák mezitím převezme její noční klub. Jenže Fish uteče a Tučňák se tak dlouho radovat nebude...

Fish se ozve Maronimu a poví mu, že mu Tučňák lhal o její smrti. Maroni se ho tedy rozhodne vzít na menší výlet na venkov, kde z něj hodlá vytáhnout vše, co mu celou tu dobu tajil. Gordon s Bullockem mezitím pracují na pátrání po vrahovi, který své oběti zabíjí pomocí jejich největších strachů...

Gerald Crane si vyhlédne další oběť a detektivové Gordon a Bullock budou mít co dělat, aby ho včas dostali za mříže. Crane učil biologii, jeho žena uhořela při požáru a po návštěvě školy, ve které vyučoval, přichází na to, že se Crane pokoušel vyvinout sérum, které by člověka zbavilo veškerého strachu. Fish se ocitá v podivné věznici a pokouší se zjistit, jak to tam chodí a co bude následovat. Bruce se vydává na menší výlet do přírody, a Tučňák má plné ruce práce s otevřením svého nového klubu, který převzal po Fish...

Jim s Leslie si vyrazí do jednoho cirkusu, aby se trochu odreagovali. Jenže v manéži dojde k potyčce a Jim musí zasáhnout, čímž odpočinková idylka končí. Po malém vyšetřování jde odhalen skutečný zločin, a sice vraždy Lily Valeské, která v cirkuse tančila s hady. Barbara se vrací do města a ve svém bytě naráží na Selinu s Ivy. Bruce pokračuje ve vyšetřování vraždy svých rodičů, což ho přivádí k prověření rodinné firmy. Fish má plán, jak utéct spolu s dalšími vězni z podivného vězení...

Gordon s Bullockem pracují na případu skupinky zlodějů, kteří vykrádají banky a následně uloupené peníze házejí do davu. Brzy se jim podaří vysledovat Guse Floyde, který zjevně celou záležitost s rozhazováním peněz inicioval, jenže ho najdou mrtvého a nacpaného v mrazáku. Po něm následují další členové skupiny a všichni si vždy nasadí rudou kuklu. Alfredův starý kamarád z dob vojny, Reginald Payne, přijíždí na nečekanou návštěvu, a Bruce má tak možnost dozvědět se něco málo z minulosti svého komorníka. Fish se dozvídá, kdo velí zařízení, v jehož sklepě se ocitla, a má v plánu opět nad věcí převzít kontrolu. Tučňák má mezitím potíže se svým nedávno nabytým klubem...

Komisař Loeb z nenadání propouští detektiva Flasse a Gordon má v plánu zakročit. Dozvídá se ovšem, že jeho osvobození způsobil jeho vlastní parťák. Alfred je v nemocnici a bojuje se svými zraněními. Když se Gordon staví na návštěvu, Alfred z nějakého důvodu nechce prozradit, že ho pobodal Payne. Bruce po delší době navštíví Selina...

Jim se v rámci kolegiální laskavosti rozhodne prověřit jeden případ vraždy, ale zatím netuší, že se jedná o práci sériového vraha přezdívaného Ogre, který vraždí mladé ženy napříč městem. Fish se snaží promyslet plán útěku z ostrova a chce s sebou vzít i své přátele ze sklepení, aby dodržela své slovo. Bruce se vydává za Selinou, aby společně našli Reginalda a zjistili, proč bodl Alfreda a pro koho pracuje.

Gordon s Bullockem pokračují ve vyšetřování Ogra, který zkontaktuje Gordona s výhrůžkou, že jestli neukončí své pátrání, zabije někoho jemu blízkého. Bruce a Selina se mezitím vydávají na charitativní ples, kde plánují podniknout další krok k odhalení zkorumpovaného zaměstnance Wayne Enterprises.

Ogre se poté, co Barbaře sdělí své skutečné úmysly, rozhodne držet ji jako rukojmí a zároveň ji přinutí, aby mu zvolila jeho další oběť. Gordon s Bullockem nezahálejí a dále se snaží Ogra najít. Nygma se musí zbavit těla strážníka Doughertyho a přijmout své nové já. Penguin podniká kroky, které později vyústí ve válku, a Bruce je čím dál blíže ke zjištění pravdy o Wayne Enterprises.

Ve městě začíná válka gangů. Falcone je zraněn a ocitá se v nemocnici, kde ho Penguin s Butchem poctí svou návštěvou s úmyslem jednou provždy se ho zbavit. Zanedlouho se ohlásí i Fish Mooney se svým novým gangem, mezi jehož členy je i Selina. Barbara po nedávných tragických událostech prožívá trauma, se kterým se jí snaží pomoct Leslie. A Bruce je mezitím čím dál blíže odhalení tajemství svého otce.