Gordon je krátce po degradaci na strážníka propuštěn za napadení kolegy, přesto trvá na tom, že Loeb musí ze hry. Zato Bullock už boj vzdal a přijal práci barmana. I přes Leslieino doporučení se Gordon rozhodne obejít zákon, aby se opět vrátil k policii. Proto se vydává za Penguinem, který si mezitím zvyká na pozici, již nedávno zastával Falcone. Barbara je umístěna do Arkhamu, kde si jí ihned všímá Jerome. Chce ji na své straně, a tak jí nabídne svůj kontakt, který jí dokáže zajistit vše, na co si jenom vzpomene. Nygma stále zápasí se svou temnou stránkou, která prahne po slečně Kringleové. Bruce s Alfredem mezitím přemýšlí, jak naložit s nalezenou skrýší Bruceova otce.

Bruce má v úmyslu prohledat materiály v otcově počítači, jenže Alfred ho před ním rozbije, což vyústí v jeho vyhazov. Theo unese starostu a udělá z Jeromea hlavu skupiny uprchlíků, kteří si začnou říkat Maniaci. Jim se snaží dostat Bullocka zpět k policii, ale jeho snoubenka je vehementně proti.

Policie se dál snaží vzpamatovat z posledního útoku Šílenců a Gordon s Bullockem se vydávají hledat Jeromea, přesněji k jeho otci. Theo odhaluje další část svého plánu, který zahrnuje pomstu těm, kteří si připsali zásluhy za stvoření Gothamu. Zároveň se chystá galavečer s nečekaným zvratem.

Gothamská policie vítá svého nového kapitána jménem Nathaniel Barnes, který dá hned v úvodu několika zkorumpovaným policistům výpověď. V této očistě hodlá i pokračovat, a to s pomocí Gordona, z kterého udělá velitele nové jednotky složené z nováčků v policejních řadách. Theo pokračuje ve svém plánu, který zahrnuje vydírání Penguina a Nygma se odhodlává k pozvání slečny Kringleové na rande.

Butch přiměje Selinu, aby ho spojila se zločineckými bratry Pikeovými, a to v rámci úkolu, který musí Penguin pro Thea zařídit. Theo zároveň požádá Gordona, aby podpořil jeho kampaň, jenže ten odmítne. Díky starému noži se Penguinovi podaří zjistit důležitý dílek skládačky.

Bridgit se opět ocitá v rukách svých násilnických bratrů, kteří ji chtějí potrestat za její pokus utéct z města. Jenže té se podaří je přechytračit a následně i zabít, čímž započne série dalších útoků. Theo se dál snaží obalamutit Bruce, což se mu úspěšně daří. Nygma se mezitím snaží více otevřít slečně Kringleové.

Penguin se setkává se svou matkou, jenže na místě, kde ji vězní, ho překvapí Theo s Tabithou. Butch ho zradí a jeho matku zabije, po čemž si Penguin stanoví za cíl zničit Thea a překazit jeho plány. Gordon začíná věřit, že se Theo nějak podílel na nedávných událostech, Nygma se snaží najít tělo své mrtvé přítelkyně a Selina se snaží přesvědčit Bruce, že Silver má nekalé úmysly.

Theo dává Barbaře svolení zabít Gordona a zároveň učiní Bruceovi nabídku. Chce, aby mu prodal svůj podíl Wayne Enterprises, a to výměnou za informace o vrahovi jeho rodičů. Nygma se mezitím vydává do lesa zakopat tělo slečny Kringleové.

Tabitha se rozhodne využít služeb agentury zabývající se nájemnými vraždami, aby se mohla zbavit Gordona, který způsobuje čím dál větší potíže. Bruce se snaží dostat ze Silver informace o vrahovi jeho rodičů, avšak Alfred mu v tom zabrání. Nygma se mezitím sbližuje s Penguinem.

Silver se stane obětí únosu a Bruce se k ní musí přidat, aby ji únosci na místě nezabili. Alfred brzy pojme podezření a vydá se do Theova sídla, kde narazí na Tabithu. Theo čeká na svůj soud, který bude mít překvapivý verdikt. Nygma si musí před Leslie vymyslet, kam zmizela slečna Kringleová.

Gordon se probouzí v Nygmově bytě, kde mu Penguin prozradí, že ho policie považuje za uprchlíka, a to kvůli napadení Thea bez čelení následkům. Bruce mezitím čeká na rituál, v jehož důsledku by měl zemřít, při čemž se sblíží se Silver. Gordon spolu s Penguinem, Bullockem, Alfredem, Selinou a dalšími se vydají na jeho záchranu.

Od smrti Thea Galavana uplynulo několik měsíců. Gordon byl vyslechnut, ale Barnes nevěří, že se do vraždy nezapojil. Zanedlouho je nalezen Penguin, který se nějakou dobu skrýval, a Gordon je tak opět v ohrožení, protože Galavanovu smrt hodil právě na Penguina. Ve městě mezitím řádí nový padouch, jenž si říká Mr. Freeze.

Profesor Strange zahajuje léčbu Penguina a jeho agresivních sklonů. Fries se dozvídá, že Nora má být převezena do Arkhamu, a přestože ví, že jde o léčku, vydává se pro ni, než bude příliš pozdě. Bruce se dozvídá, kdo je vrahem jeho rodičů, a Alfred se ho snaží přesvědčit, aby ho nezabíjel.

Bruce díky Selině získává zbraň, kterou hodlá zabít Malonea, před Alfredem však musí lhát o svých pravých úmyslech. Společně se vydávají do ulic, aby hledaného vraha našli. Strange úspěšně pokračuje v Penguinově léčbě a Leslie požádá Gordona, aby zjistil, kam zmizela Kringleová.

Nygma se pouští do série zločinů propojených hádankami, aby si zahrál menší psychologickou hru s Gordonem. Penguin je propuštěn z blázince a vydává se po různých místech, aby se omluvil za své předchozí činy. Bruce si zvyká na život na ulici se Selinou.

Gordon se musí přizpůsobit podmínkám věznice Blackgate, kde si má odsedět svůj trest. I přes své dobré chování je však převeden do křídla F, kde je mnoho zločinců, které Gordon dostal za mříže. Bullock nenechává svého přítele na holičkách a spojí síly s nečekaným spojencem, aby Gordona dostal na svobodu. Penguin se mezitím sbližuje se svým otcem, zbytek Dahlových ale kuje nepěkné pikle.

Gordon se dál snaží očistit své jméno, s čímž mu pomáhá Bullock. Poté, co se dostane k nahrávce, na níž ho někdo udává ze zabití Galavana, se vydává za Nygmou, aby mu pomohl zjistit identitu onoho práskače. To však netuší, že Nygma je tím, koho celou tu dobu hledá. Penguin je zdrcen smrtí svého otce, ale nadále zůstává v rodinném domě, kde se stává terčem posměchu. Zanedlouho zjistí, že jeho otec byl zavražděn, a rozhodne se proto jeho smrt pomstít. Bruce si užívá život se Selinou, žádná radost však netrvá věčně.

Bruce, Alfred a Lucius prohledávají tajné soubory na Thomasově počítači a podaří se jim nalézt stopu, která by konečně mohla celou záležitost nadobro uzavřít. Barbara tvrdí Gordonovi, že je psychicky zdravá a chce mu pomoct, Gordon je však na pochybách. Strange pokračuje ve svých experimentech a je velmi blízko oživení někoho mrtvého.

Gordon jde vyslechnout Strange ohledně projektu v Pinewoodských farmách a během rozhovoru si potvrdí své podezření, že Strange je Filozofem. Ten mezitím posílá do ulic vzkříšeného Thea Galavana, jenž si nyní říká Azrael. Nygma se snaží na vlastní pěst zjistit, co za tajemství Strange skrývá.

Gordon s Bullockem se vydávají prohledat Strangeovu kancelář, ten je však o krok napřed a díky jeho připravenosti se nepodaří nic nalézt. Nygma si uvědomí, že musí utéct, než bude příliš pozdě. Tabitha je zděšena návratem svého bratra a chce mu utéct, zatímco Penguin mu jde naproti, aby se mu konečně pomstil.

Selina se marně snaží porazit Firefly, proto se jí zkusí manipulovat. Bruce se dozvídá, že Selina je v nebezpečí, a tak povolá Gordona a Foxe, aby s ním jeli do Arkhamu. Strange mezitím dál pokračuje ve svém projektu a úspěšně se mu podaří oživit první osobu, které se zachovají i vzpomínky, a tou osobou je Fish Mooney.

Basil se v Gordonově kůži vydává ven, aby odlákal policii, a přestože si Bullock není zcela jistý chováním svého partnera, nedá své podezření najevo. Pravý Gordon mezitím čelí doktoru Strangeovi, který z něj chce dostat vše, co ví o Indian Hill. Bruce a Lucius jsou vězněni Nygmou, Fish využije své nově získané schopnosti a Strange zapojí bombu, která má odpálit celý komplex Indian Hill.