Der neue Detective James Gordon und sein erfahrener Partner Harvey Bullock untersuchen den Mord an den steinreichen Eltern des 12-jährigen Bruce Wayne.

Gordon und Bullock sind Entführern auf der Spur, die es auf Straßenkinder wie Selina abgesehen haben. Pinguin begibt sich allmählich auf den Weg zurück nach Gotham.

Die Detectives Gordon und Bullock spüren einen selbsternannten Ordnungshüter auf, der korrupte Bewohner von Gotham tötet, indem er sie an Wetterballons fesselt.

In Anbetracht der herannahenden Abstimmung des Stadtrates über die Zukunft des Stadtteils Arkham sind Politiker beider Lager in Gefahr.

Gordon und Bullock suchen nach dem Ursprung einer neuen Droge, die erst Euphorie auslöst und dann zum Tod führt. Cobblepot dringt allmählich in Maronis inneren Kreis vor.

Ein Killer hat es auf die Erstgeborenen von Gothams Elite abgesehen. Bullock hat indes mit den traumatischen Erinnerungen an einen vergangenen Fall zu kämpfen.

Pinguin enthüllt ein weiteres Element seiner Manipulationsstrategie; nun hat Gordon mit den Folgen seiner Entscheidung zu kämpfen, Pinguin zu verschonen.

Ein Bewohner von Gotham wird zu Tode geprügelt. Das Motiv weckt Gordons und Bullocks Neugierde; Bruce geht wieder zur Schule, findet jedoch nur schwer Freunde.

Um den Mordfall Wayne abzuschließen, will Harvey Dent Gordon zur Zusammenarbeit mit Bürgermeister James bewegen; Pinguin setzt sich mit Mooneys Geheimwaffe in Verbindung.

Um den Mördern, die ihr auf der Spur sind, zu entkommen, flieht Selina mit einem neuen Freund nach Gotham. Gordon wird nach einem Fehltritt nach Arkham versetzt.

Gordon stößt bei seinem Einsatz in Arkham gleich zu Beginn auf Probleme, als der Mord an einem Aufseher Ermittlungen nach sich zieht, die ihn zu Dr. Thompkins führen.

Um seinen Job zurückzubekommen, möchte Gordon Jack Gruber – ein gestörtes Elektronik-Genie, das aus Arkham geflohen ist – zu fassen bekommen.

Ein wichtiger Zeuge wird auf dem Polizeirevier ermordet. Gordon vermutet daher einen Verräter unter ihnen und wendet sich an einen alten Freund.

Fish enthüllt ein Geheimnis von Oswald Cobblepot, was Maroni zu einem Treuetest veranlasst. Gordon und Bullock jagen einen Serienkiller, der Menschen mit Phobien tötet.

Gordon und Bullock suchen nach einem Biologielehrer, der es auf die Drüsen seiner Mordopfer abgesehen hat. Um an Einfluss zu gewinnen, führt Mooney ihre Intrigen fort.

Gordon nimmt Dr. Leslie Thompkins mit in den Zirkus, der jedoch unter Beschuss gerät. Falcone beauftragt Butch Gilzean, Pinguin mit dem Nachtclub zu helfen.

Im Anschluss an mehrere Bankraube ermitteln Gordon und Bullock gegen die Red Hood Gang. Selina Kyle und Barbara kommen sich indes immer näher.

Gordon und Bullock widmen sich einem ungelösten Fall über einen Serientäter, der es auf junge Frauen abgesehen hat; Fish plant ihre Flucht vor dem Puppenmacher.

Gordon und Bullock ermitteln weiter im Fall des Serienmörders Ogre, der nun Gordons Umfeld ins Visier genommen hat. Bruce und Selina enthüllen einen Korruptionsskandal.

Serienkiller Ogre hat Barbara weiterhin in seiner Gewalt, doch Gordon und Bullock tun alles, um ihn zu finden; Pinguin entfacht mit einem Massaker einen legendären Krieg.

Während Gothams Bandenkrieg weiter eskaliert, liefert sich Fish Mooney ein Kopf-an-Kopf-Rennen mit Maroni und Pinguin, um die Kontrolle über die Stadt zurückzuerlangen.