Ein Banküberfall! Täter sind drei Senioren. Blossom hält ihre Schwestern davon ab, die älteren Herrn festzunehmen, schließlich soll man Respekt vorm Alter haben. Doch es stellt sich heraus, dass es sich bei den betagten Jungs um die ‚Brüder des Bösen‘ handelt. Und die holen sich noch zwei weitere Rentner zur Verstärkung. Jetzt stehen die Powerpuff Girls dumm da, denn eigentlich müssten sie die Stadt vor den gefährlichen Senioren schützen.

Ein dummer Fehler des Professors richtet ein heilloses Chaos in Townsville an. Alle Bürger stecken plötzlich in fremden Körpern. Blossom in dem von Miss Bellum, Buttercup wird zum Professor und auch alle Verbrecher tauschen ihr Äußeres. Zum Glück können die Powerpuff Girls Mojo Jojo ausfindig machen. Und es gelingt ihnen auch, das Chaos, das ihr Professor angerichtet hat, wieder rückgängig zu machen.

Weil Bubbles neuerdings eine Brille tragen muss, machen sich ihre Schwestern lustig über sie. Das verunsichert Bubbles, und so zieht sie die Sehhilfe nicht an. Als jedoch eine Riesenameise ihre Schwestern bedroht, kann sie nicht anders: die Brille muss auf die Nase. Und plötzlich sind Buttercup und Blossom glücklich über das Gestell.

Die Kindergartenlehrerin beauftragt den brutalen Mitch damit, sich übers Wochenende um den Schulhamster Twiggy zu kümmern. Die Powerpuff Girls ahnen Übles. Tatsächlich quält der Junge das arme Tier. Zum Glück gelingt es den Mädchen, Twiggy zu retten.

Ein Dieb versteckt seine Beute vor den Powerpuff Girls in einem Karton mit Frühstücksflocken. Ausgerechnet diese Packung landet bei den drei Mädchen auf dem Tisch. Jetzt muss er die Flocken in seinen Besitz bringen. Ein schweres Unterfangen, denn die Powerpuff Girls riechen den Braten.

Ein Monster bedroht Townsville. Als die Powerpuff Girls es angreifen, können sie sich nicht einigen: Sollen sie auf Blossoms Cleverness bauen oder sich auf Buttercups Muskeln verlassen? Erst als Bubbles das Monster ganz lieb bittet, Townsville zu verlassen, werden sie es tatsächlich los.

Das hätte der Bürgermeister besser nicht tun sollen. Zur Belohnung für ihre Arbeit schenkt er den Powerpuff Girls Bonbons. Die drei Mädchen werden regelrecht süchtig nach der süßen Nascherei und täuschen sogar Verbrechen vor, um noch mehr Bonbons abzusahnen. Doch schon bald müssen sie erkennen, welche üblen Folgen das Naschen hat.

Der Bürgermeister hat genug davon, immer auf die Hilfe der Powerpuff Girls angewiesen zu sein. Er beschließt, die Verbrecherjagd selbst zu übernehmen. In seinem Heißluftballon schwebt er über Townsville und schlägt dummerweise nicht nur Verbrecher zusammen, sondern auch unschuldige Bewohner der Stadt. Bubbles, Blossom und Buttercup merken schon bald, dass irgend etwas nicht stimmt. Sie versuchen, Townsville vor dem verrückt gewordenen Bürgermeister zu retten, was ihnen auch gelingt.

Bubbles bringt den Professor mit ihrer Tierliebe fast zur Verzweiflung. Ständig versucht er ihr klarzumachen, dass Tiere ihre Freiheit brauchen. Aber immer wieder findet Bubbles einen Grund, einem armen Tier zu helfen und es zu Hause zu verstecken.

Urplötzlich ist Professor Utonium der Meinung, dass das Powerpuff-Dasein für seine drei Mädchen viel zu gefährlich ist. Also beschließt er, sich in den Superhelden ‚Powerprof‘ zu verwandeln. Ab sofort geht er mit den Mädchen zusammen auf Verbrecherjagd. Aber schon bald muss er feststellen, dass er für diesen Job nicht geeignet ist. Reumütig kehrt er in sein Labor zurück und die drei Mädels sind heilfroh, dass sie wieder alleine für Ordnung sorgen können.

Townsville wird von einem fiesen Verbrecher heimgesucht, der seinen Opfern wichtige Informationen aus dem Kopf saugt. Mit Hilfe dieser Kenntnisse gelingt es ihm dann, Banken auszurauben, Museen zu bestehlen und Leute zu überfallen. Doch er hat nicht mit den Powerpuff Girls gerechnet. Sie machen den Bürgermeister zum Lockvogel, und als der Klausauger beim Bürgermeister keine Informationen finden kann, verzweifelt er. So schaffen es Bubbles, Buttercup und Blossom, den Verbrecher zur Strecke zu bringen.

Als Buttercup Bubbles aus Versehen einen Zahn ausschlägt und Bubbles daraufhin von der Zahnfee einen Dollar bekommt, ist Buttercup begeistert. Sie hat sofort eine Idee, wie sie daraus Kapital schlagen kann. Jedesmal wenn die Mädchen jetzt einen Einsatz haben, schlägt Buttercup den Verbrechern die Zähne aus und legt ihre Beute für die Zahnfee unters Kopfkissen. Tatsächlich bekommt sie auch jedesmal Geld. Aber schon bald rächen sich die Verbrecher an ihr, und nun muss sie mit dem ganzen ersparten Geld ihre Zahnarztrechnung begleichen.

When the Mayor rewards the Powerpuff Girls with candy for saving the day the girls ask Mojo to commit more crimes, so they can get more candy.

An unbeatable slime monster comes to Townsville.

The Mayor gets sick and tired of the Powerpuff Girls saving the day so he decides to save the day by himself.

The Professor sleepwalks and steals toys at the same time. When the girls' find this out they have fun taking advantage of the situation.

A new villain steals valuable information from smart people in Townsville, so the Powerpuff Girls use the Mayor as his new target.

A female villain named Femme Fatale teaches the girls' to be sexist, so she can get away with crimes.

The Professor tries to spend time with his daughters, but they fight crime to much. To solve the problem the Professor creates a power suit, so he could fight crime and spend time with the girls'.

After receiving a dollar from the Professor, Buttercup gets hooked and steals other people's teeth for the tooth fairy.

Mojo Jojo, Princess Morebucks, Fuzzy Lumpkins, and Him all team up as The Beat Alls to defeat the Powerpuff Girls. All is going well until Mojo Jojo falls in love with Moko Jono who breaks up the Beat Alls.

Bubbles loves animals and the Professor is sick of her bringing them home, but when she brings home a baby whale the girls try to hide him before the Professor comes home.

The Gang Green Gang raids a mini mart eating all types of foods. When the Powerpuff Girls arrive they use their heat vision which causes a chain reaction which gives the Gang Green Gang super powers.