Him has given the girls a set of nine riddles to solve in a time limit. The various tasks test both the girls' physical and mental faculties. However, if they fail to complete them all on time, Him promises them that "the Professor will pay".

Die drei Powerpuff Girls bekommen ein tolles Angebot: Bernie Bernstein, ein berühmter Hollywood-Produzent, möchte einen Film mit ihnen drehen. Natürlich sind die Mädchen begeistert, nur der Professor hat seine Zweifel. Und es stellt sich auch schnell heraus, dass sie nicht unbegründet sind. Denn Bernie ist in Wirklichkeit ein Gauner, der nur die Bank von Townsville ausrauben möchte. Es dauert seine Zeit, bis der Professor die Powerpuff Girls überzeugen kann, dass es besser sei, einen Bogen um Bernie zu machen.

Bubbles und ihre Schwester Buttercup streiten sich, weil Bubbles ständig auf dem Spielplatz mit Kreide herummalt. Traurig zieht sich Bubbles in den Wald zurück, wo sie einem wunderschönen Schmetterling begegnet. Der schenkt ihr eine Zauberkreide. Damit malt Bubbles so allerhand Wesen, auch Monster. Dumm nur, dass die zum Leben erweckt werden und die Kids von Townsville tyrannisieren. Buttercup und Blossom sind rund um die Uhr im Einsatz, bis Bubbles ein Licht aufgeht. Nur sie kann den Kreidefluch rückgängig machen …

Mojo Jojo wird zufällig Zeuge, wie der Professor einer Schulklasse seine Zeitmaschine präsentiert. Mit ihrer Hilfe versucht der Schuft sofort in die Vergangenheit zu reisen und den Professor daran zu hindern, die Powerpuff Girls zu erschaffen. Doch glücklicherweise geht der Schuss nach hinten los …

Die Powerpuff Girls bekommen erstmals zu spüren, dass es nicht immer von Vorteil ist, ein Mädchen zu sein. Als sie sich um Aufnahme in die ‚Allianz der Supermänner‘ bemühen, werden sie von den Helden nur ausgelacht. Mädchen haben keinen Zutritt zu dem Club. Doch dann kommt den Powerpuff Girls unerwartet ein Monster zu Hilfe. Es bedroht die Supermänner – und nur Blossom, Buttercup und Bubbles gelingt es, das Untier zu besiegen. Da plötzlich wollen alle Supermänner in den ‚Club der Powerpuffs‘ aufgenommen werden.

Townsville wird von gefährlichen Mini-Robotern, den Nanobots, bedroht. Sie schaffen es innerhalb kürzester Zeit, die Gebäude der Stadt zu zerstören. Damit die Powerpuff Girls Townsville retten können, muss der Professor sie schrumpfen …

Nach einem langen, anstrengenden Einsatz fallen Bubbles, Blossom und Buttercup in einen tiefen Schlaf. Aber Bösewicht Mojo Jojo hat sich währenddessen schon die nächste Gemeinheit ausgedacht.

Während eines Ausflugs in den Wald retten die Powerpuff Girls ein kleines Eichhörnchen. Da das Tier sehr krank ist, beschließt Bubbles, ihm eine kleine Portion der Chemikalie X zu geben. Und siehe da, schon bald wird aus dem kleinen Eichhörnchen das Supereichhörnchen, das auf den Namen Bullet getauft wird. Zusammen mit den Powerpuff Girls geht Bullet auf Verbrecherjagd, aber schon bald stellt sich heraus, dass Bullet eigentlich lieber im Wald leben würde bei seinen Tierfreunden. Schweren Herzens nehmen die Mädchen von ihrem neuesten Mitglied Abschied.

Professor Dick ist zu Besuch. Er macht den Powerpuff Girls klar, er brauche dringend die Chemikalie X, um die Welt zu retten. Die Mädchen glauben dem alten Freund ihres Professors und besorgen ihm die gewünschte Chemikalie. Doch dann stellen sie fest, dass Dick nur Kopien von ihnen herstellt, um Banken auszurauben. Natürlich machen sie ihm einen Strich durch die Rechnung.

Bubbles, Blossom und Buttercup freunden sich mit Robin an, einem Nachbarmädchen, das gerade nach Townsville gezogen ist. Doch die Freundschaft mit den Powerpuff Girls ist nicht ganz unproblematisch. Zu oft versetzen die drei Robin, weil sie Townsville retten müssen. Da hat Princess eine böse Idee, wie sie mit Robins Hilfe endlich auch ein Powerpuff Girl werden könnte …