カントー地方にあるどこかの森に、ひとりぼっちのピチューがいた。まだ幼いそのピチューは、ある出会いと別れを経験する。サトシと相棒のピカチュウが旅に出る、その少し前。アニメ「ポケットモンスター」すべてのはじまりの物語。

オーキド博士とともに、カントー地方のクチバシティに新しくオープンしたサクラギ研究所に向かうサトシとピカチュウ。その研究所で、クチバの港に伝説のポケモンが現れるとの情報を耳にする。バトルをするため、港へ走るサトシたち。同じ頃、クチバシティ出身の少年・ゴウも伝説のポケモンの正体を確信し、港へ向かっていた…！

カントー地方のクチバシティにあるサクラギ研究所のリサーチフェロー(特別研究員)となったサトシとゴウ。最初の仕事は、街で謎の大行進をしているフシギソウについて調査すること。早速、街に出てみると、フシギソウたちはとある場所に向かっていた。サトシとゴウがフシギダネ、フシギソウ、フシギバナの秘密に迫る！！

ガラル地方でポケモンが巨大化する現象があると聞いたサトシとゴウ。この不思議な現象を調査するため、二人はすぐさま、ガラル地方へ出発した。たどり着いたガラル地方・シュートシティの美しい街並みと名物のスコーンに夢中になる二人だったが、街でいたずらをする見慣れないポケモンたちと出会って…！？

ポケモンの巨大化現象を調査するため、ガラル地方へと来ているサトシとゴウ。のどかな草原が続くワイルドエリアで、ひときわ大きなカビゴンと出会う。一方、シュートシティで出会ったポケモン・ヒバニーも、ゴウを追ってワイルドエリアへやって来ていた…。

初めてのポケモン、ヒバニーをゲットしたゴウ。ポケモンゲットに目覚めたゴウは、さらなるゲットを目指し、サトシたちとクチバの森に向かう。はじめは苦戦したものの、キャタピーのゲットを皮切りに、次々とクチバの森のむしポケモンをゲットしていくゴウ。カントー地方のむしポケモンを全種類ゲット出来るのか！？

ホウエン地方で行われるバトル大会『バトルフロンティア・ビードロカップ』にエントリーしたサトシとゴウ。ポケモンバトル初挑戦のゴウの対戦相手はフエンタウンのホウジ。グラエナを繰り出してきたホウジに対し、ゴウは、タイプの相性が良いストライクで勝負を挑む！一方、連戦連勝の快進撃を見せるサトシ！大一番で繰り出したのは、まさかのあのポケモン！？

クチバシティの港で、げっそりとやつれたポッチャマに出会ったサトシとゴウ。研究所に連れ帰ると、ポッチャマのトレーナーのミサキから、行方を探しているという連絡を受ける。なんとポッチャマはシンオウ地方から泳いできたのだと言う。ポッチャマをミサキの元に返すため、サトシとゴウは、シンオウ地方へ向かう！

ジョウト地方のエンジュシティで伝説のポケモン・ホウオウの目撃情報が報告された。サトシとゴウがエンジュシティへ向かうと、早速ホウオウらしきポケモンを発見！しかし、それは少年クリオが仕立てた偽物のホウオウだった。クリオは祖父のジエイにどうしてもホウオウ見せてあげたいのだと言う。果たして本物のホウオウは現れるのか…！？

サクラギ博士から「カイリューたちが暮らす島があるらしい」という噂を聞いたサトシとゴウは、その島を探しに出かけることに。道中でゴウが捕まえたジュゴンに乗り、海に出たものの、突然の嵐に遭い、波にさらわれてしまった二人を救う影。とある島の海岸で目を覚ましたサトシたちの前に現れたのは、たくさんのカイリューたちだった！

サクラギ博士を父に持ちながら、ポケモンに対してクールなコハル。家にいるワンパチはコハルによくなついているものの、「ポケモン博士の娘だから、ポケモン好きで当然だろう」と決めつける周りの声が気になっていた。そんな中、サクラギ研究所に、みんなを困らせる謎のゲンガーが現れて…。

サクラギ博士から、世界最強のポケモントレーナーを決める大会『ポケモンワールドチャンピオンシップス』決勝戦のチケットをもらったサトシとゴウ。この一戦を見届けるため、スタジアムのあるガラル地方に向かった！注目の決勝戦のカードはカントー地方の四天王杯を制したワタルと、ガラル地方で無敗記録を伸ばし続けるスーパースター・ダンデ。無敗の男・ダンデの実力とは！？

世界最強のトレーナーを決める大会『ポケモンワールドチャンピオンシップス』を観戦するためにガラル地方に来ているサトシとゴウ。ワタルとダンデによる決勝戦の興奮が冷めやらないスタジアムで、突如、カジリガメがダイマックスしてしまった！巨大なカジリガメに立ち向かうサトシとゴウ。そんな時、サトシのピカチュウを赤い光が包み込み…！？

イッシュ地方リゾートデザートで発見された「巨神の遺跡」。その謎を解き明かすため、サトシとゴウは調査に乗り出した！砂漠を越え、なんとかたどり着いた遺跡。その中で待ち受けていたのはトラップの数々！これは「巨神に近づくな」というメッセージなのか！？果たして2人は、無事に遺跡の謎を解き明かすことが出来るのか！？

サクラギ研究所のシステムトラブルで、久々に両親と祖母の待つ家に帰ることになったゴウ。久々に再会出来ると喜んだのもつかの間、両親は急な仕事で帰りが遅くなってしまうという。いつものことだからと諦め顔のゴウだが…。そして、家の近所の公園でマンキーに襲われているカラカラを見かけ、ヒバニーといっしょに助けに入ったものの、カラカラが大切にしているホネを持っていかれてしまった。ゴウとポケモンたちは協力してホネを探してあげることに！

最近、サクラギ研究所では物が壊れたり、部屋が荒らされたりと不思議な現象が起こっていた。その犯人は、なんと以前研究所に現れたゲンガー。サトシとゴウは今度こそとゲットに燃えていた。そんな中、階段から落ちそうになったり、間違えて花瓶の水を飲みそうになったり、サトシの様子が突然おかしくなってしまった！もしかして…ゲンガーの呪い、なのか…！？

サクラギパークでバトルの練習をしているサトシとゴウ。そこへヒヒダルマがやってきて、ヒバニーに、ほのおタイプのわざを出してみろと挑発する。ヒバニーは『ひのこ』をくり出すが、うまくできず、ヒヒダルマに馬鹿にされてしまう。悔しくて何度も練習するヒバニー。一方『ひのこ』が出せなくても今できるわざでバトルすればいいと考えるゴウ。二人の想いはすれ違い、いつしかケンカになってしまう。

ダンデとのバトルを目指して『ポケモンワールドチャンピオンシップス』への挑戦を決めたサトシ。記念すべき初戦の相手はクチバジムのジムリーダー・マチスから留守を預かる、でんきタイプの使い手ジムリーダー代理のビスケス。2対2のポケモンバトル。まずはビスケスのライチュウVSサトシのピカチュウ。果たして勝負の行方は！？

女優・ムサシを売り込むため、映画の撮影所にやってきたロケット団。そこにはうまく変身出来ず監督に怒られスランプに陥っているメタモンがいた。撮影所から逃げ出したメタモンはいつの間にかムサシのバックに紛れ込み、ロケット団のアジトへ。女優としてメタモンを鍛えなおすと宣言するムサシ。その頃、サトシとゴウはいなくなったメタモンを探していた！

サクラギ研究所で開催される『ポケモンオリエンテーリング』でリーダー役をつとめることになったサトシとゴウ。参加者の子どもたちと一緒に、ポケモンバトルや、ポケモンゲットの楽しさに触れた二人は、改めてそれぞれの見果てぬ『夢』を再確認する。そこにまさかのルギアが現れて…！？

まだまだ謎が多いと言われるポケモンのタマゴ。サトシとゴウは、実際にタマゴを見るために探しに行くが、そう簡単には見つからない。そんな中、立ち寄ったポケモンセンターで、長い間かえらない不思議なタマゴと出会う。ジョーイさんからタマゴを預かり、お世話することになったサトシ。タマゴは無事にかえるのか？

ホウエン地方のミシロタウンに、1年の中でも限られた期間にしか見られないという『アゲハントの渡り』を調査しにやって来たサトシとゴウ。調査の途中、ゴウはケムッソをゲットしようとラビフットに声をかけるが、ラビフットは無関心。そんなラビフットにショックを受けるゴウ。その晩、宿泊先のポケモンセンターを抜け出すラビフット。一体どこへ…？

何やら騒がしいサクラギパーク。あげたはずの食べ物がいつの間にかなくなり、お腹を空かせたポケモンたちがケンカを始める！サトシとゴウはその犯人を突き止めるため、サクラギパークに泊まり込むことに！一層激しくなるポケモンたちのケンカ。そんな中、マユルドたちに進化の兆しが…？騒動からマユルドたちを守ろうとするゴルーグの胸の刻印が外れ、暴走、パークは大パニック状態になってしまう！！

ボスであるサカキから、休暇を取るように命令されたロケット団。シンオウ地方のリゾートエリアでのんびりしていると、偶然サトシとゴウが調査にやってきた！ピカチュウゲットのチャンス！と盛り上がるが、ここで仕事をしたら命令違反。もどかしい思いを抱えながら、休暇に徹することに。そんな時、サカキの秘書・マトリ率いるロケット団精鋭部隊が現れ、エリア内のポケモンを根こそぎ奪っていく。ロケット団は身分を隠し、サトシたちに協力することに！

カロス地方で行われるバトル大会「バトルフェス」に参加することにしたサトシ。この大会は、ポケモンワールドチャンピオンシップスの参加者が多数集まり、順位を上げる絶好の機会だ！順調に勝ち進んだサトシがスーパークラスへのランクアップを賭けて対戦するのは、かつてカロス地方で戦ったジムリーダー・コルニ。コルニのメガルカリオにサトシはどう立ち向かうのか！？

コイキング・ハイジャンプ大会にエントリーしたゴウ。しかし、ゴウのコイキングは丸々と太っていて、とても優勝できそうにない。そこでゴウは大会の絶対王者・カスキングの筋トレ動画でコイキングと特訓をすることに！／ヤドンの島にやってきたサトシとゴウ。見渡す限り、ヤドンだらけ。さらにヤドキングも現れ、サトシに謎の変化が！！

ポケモンワールドチャンピオンシップスの公式戦を観戦するためにガラル地方にやってきたサトシとゴウ。上位8名の属する「マスタークラス」同士のバトルにウキウキの２人。注目の対戦カードは、サトシの目標でもある最強王者・ダンデVSダンデのライバルでガラル地方のドラゴンジムのジムリーダー・キバナ！熱い男たちのバトルが今、はじまる！！

引き続きガラル地方に来ているサトシとゴウ。そこで出会ったのは、臆病で泣き虫なポケモン、メッソンだった。おびえて泣いてしまうメッソン。その涙に含まれる成分で、一同は涙が止まらなくなってしまう。さらに、水に触れると姿が消えるメッソンは、自分の涙でも消えてしまうらしく、姿を見失ってしまう。そんな中、ロケット団もガラル地方にやって来て…。

家族で朝ごはんを食べているサクラギ家。いつもと変わらない日常だ。…そんな時、事件が起こる。一家のポケモンであるワンパチが、ケガをした、こばとポケモンのマメパトを発見し、連れて来たのだ。コハルと弟のソウタは、マメパトの看病をするうちに、その可愛さに夢中になる。ワンパチは、それが気に入らない様で…？

ポケモンワールドチャンピオンシップスの公式バトルに勝利し絶好調のリオル。サトシはそんなリオルの特訓に夢中になり、ピカチュウは少し不満顔。その後も全くかまってくれないサトシに、ついにピカチュウの我慢は限界、サクラギ研究所を飛び出してしまう！引き留めようとバリヤードも追いかけるが、ピカチュウの決意は固い。2体の珍道中、その行先は…マサラタウン！？

3年前、家族旅行でジョウト地方のヒワダタウンにやってきたゴウは、幻のポケモン・セレビィを探す少年、トキオと出会った。意気投合した2人は、一緒にセレビィを探すことにするが、そう簡単には見つからず、「明日も一緒に探そう」と約束をして別れる。だが、次の日トキオは待ち合わせの場所に現れなかった…。そして現在、再びヒワダタウンを訪れたゴウが出会ったのは…！？

クチバシティのポケモンセンターで開催中の「ポケモン交換イベント」にやってきたサトシとゴウ。そこでカイロスを欲しがるトレーナー、自称シンオウのむしポケクイーンこと、コロミと出会う。自分のカイロスを手放せないゴウは、交換する代わりに野生のカイロス探しを手伝うことにする。コロミは特製のあまいミツでカイロスをおびき寄せる作戦に出るが、おびき寄せられたのはカイロスではなく、アイツらで！？

サトシとゴウは、ポケモンワールドチャンピオンシップスの次なる対戦者を求めヤマブキシティの格闘道場を訪れた。道場の主、空手大王に挑もうとするサトシだったが、すでに別の挑戦者とバトル中とのこと。その様子を見に行った２人が目にしたのは、空手大王が敗れる姿だった！挑戦者は、ガラル地方のかくとうタイプのジムリーダー・サイトウと、パートナーのポケモン・オトスパス。サトシはサイトウにバトルを挑む！！

サトシとピカチュウを眺めながら、ふと自分もピカチュウをゲットしたいと思い立つゴウ。サクラギ所長から、とある場所でピカチュウが大量発生しているという情報を聞きつけ、早速向かうことにする。そこで出会ったのは、世話好きのメスのピカチュウをはじめとする、たくさんのピカチュウたち。ピカチュウたちは岩場から「かみなりのいし」を掘り起こし、その力でライチュウに進化しようとしているのだった。そんな中、サトシのピカチュウも進化の光を放ち…！？

サトシは、サイトウとのバトル以来、公式バトルでの不調が続いていた…。そんな中、ホウエン地方のキンセツシティで奇妙な巨大砂嵐が発生。その砂嵐は、美しい歌声で人々を中へ誘うのだという。未知のポケモンの仕業なのかを確かめるため、サトシとゴウは調査に向かう。砂嵐の謎に挑む２人は、やがて強力なポケモン・フライゴンとバトルすることに。フライゴンのスピードに翻弄されるサトシ。一方、ゴウは驚きの戦法に打って出た！！

サトシとゴウは、“アローラのすがた”のナッシーをゲットするべく、アローラ地方メレメレ島にやってきた！ククイ博士やサトシが以前通っていたポケモンスクールのみんな、ポケモンたちと再会を果たすサトシ。ゴウにとっては全員初対面で、少し緊張気味の様子。ポケモンスクールで２人の歓迎パーティが開かれる中、クラスメイトのカキはゴウに対し「サトシのライバルにふさわしい奴か見極める！」と、ポケモンバトルを挑んでくる。ゴウはその勝負、受けて立つことに！！

ニビシティの科学博物館で開催中の「大化石ポケモン展」にやってきたサトシとゴウ。スクールの自由研究もかねて、コハルも一緒だ。そこで3人は、状態の良い化石を発掘すればポケモンに復元してもらえるという、ロマンあふれる「化石堀り体験」をすることに。かせきポケモンゲットのため、夢中で探すゴウが発掘したのは、古代ポケモンの遺伝子が閉じ込められているという「ひみつのコハク」だった。一体どんなポケモンが蘇るのか！？

サトシは、ポケモンワールドチャンピオンシップスの公式バトルで完敗した、ガラル地方のジムリーダー・サイトウと再戦するべく、彼女が修行で訪れているジョウト地方タンバジムへやってきた。サイトウは挑戦を受け、ゴウ、そしてタンバジムのジムリーダー・シジマが見守る中、バトルスタート！リベンジに燃えるサトシとリオルは、前回完敗したオトスパスの「たこがため」に対し、とある攻略法を試すのだが…。果たして勝負の行方は！？

青い空、白い雲、のいい天気。サクラギ研究所でかき氷を楽しむサトシたちに、突然巨大な雷雲が迫る。強い生体エネルギーが感知され、なんと伝説のポケモン・サンダーが近くに来ている可能性があることがわかる！サクラギ研究所周辺が停電をくり返す中、ゴウの“ひらめき”で向かったとある場所で、サンダーと出くわすことに成功する。早速バトルを挑むが、歯が立たない2人。そこに居合わせた思わぬ「助っ人」と協力して、レイドバトルをすることに！！

風邪で寝込んでしまったロケット団のニャース。ムサシとコジロウは、この機会に、ニャースの通訳に頼りきっていた「サトシのピカチュウが何を話しているのか？」を、自分たちも理解できるように特訓することを決意！その方法とは、ピカチュウの隠し撮り映像を見ながらセリフをアテレコすること！？／ サトシとゴウは、雨上がりの森で地面に埋まって動けなくなってしまったヌマクローと出会う。何とか助けようとしていると、ルンパッパが現れ！？

ある日の夜、サトシはダンデにもらったダイマックスバンドが自然に光りだすのを発見する。一方その頃、ガラル地方では、本来は不可能な場所でポケモンがダイマックスする現象が発生していた…。ダイマックスの謎を解き明かすべく、サトシとゴウはガラル地方を訪れ、ダイマックス研究の第一人者・マグノリア博士に会いに行くことに。しかしその道中、濃い霧に包まれた森で二人は離れ離れになり、不思議なポケモンたちと遭遇する…。

ガラル地方で別行動中のサトシとゴウ。サトシはダンデとともに、鉱山で暴れるキョダイマックスしたセキタンザンを止めることに成功、視察に来ていたマクロコスモス社の社長・ローズと出会う。サトシはローズに夕食に誘われ、シュートシティへ向かうことに。一方ゴウは、ガラル地方の英雄伝説の謎を探るソニアと偶然再会し、ブラッシータウンに住むマグノリア博士のもとへ向かう。ソニアの祖母でもある博士から語られたのは、ダイマックスの秘密だった！！

英雄伝説の謎を解き明かそうとラテラルタウンの遺跡へと向かったゴウとソニアは、怪しげな男たちに襲撃される。ダイマックスバトルを繰り広げる中、その衝撃で崩れた壁画の奥に、とあるポケモンの石像を発見する。ゴウはサトシに電話し、英雄伝説の新事実を話すが、その途中、ナックルシティから大きな衝撃と赤い光が発生！ローズが復活させようと暗躍していた伝説のポケモン・ムゲンダイナが、格納庫を破って外へ飛び出したのだった！！

伝説のポケモン・ムゲンダイナのもとへと向かうサトシとゴウだったが、サトシはローズに、ゴウは秘書のオリーヴに行く手を阻まれ、バトルに突入する。ピンチに陥ったその時、サトシのリオル、ゴウのラビフットに変化が起こり…！？一方、一足早くムゲンダイナと対峙したダンデは、激しいバトルを繰り広げていた。やがて最終形態へパワーアップを果たすムゲンダイナ。絶体絶命のサトシとゴウのもとに、あのポケモンたちが現れる！！

絶海の孤島・セロアイランドで、ミュウのものと思われるサイコエネルギーが確認された！サトシとゴウは期待に胸を膨らませ、調査に向かう。ミュウを求め、ポケモンたちと協力しながら過酷な島を進んでいく2人。冒険の果てに出会ったのはミュウ…ではなく、ミュウツーだった！サトシとゴウの「夢」をかけたバトルがはじまる！！

クチバシティの「ポケモン大食い大会」に出場することになったゴウとホシガリス。前回優勝のカビゴンや、世界を股にかける大食い界のレジェンド・バシャーモなど強敵が集う中、ゴウは驚きの作戦で優勝を目指す！しかし、運営スタッフとして紛れ込んでいたロケット団が何やら悪だくみをしていて…！？

イッシュ地方・ヒウンシティにやって来たサトシとゴウ。ピカチュウをゲットするために、こっそり先回りしていたロケット団は、ピカチュウにそっくりな秘蔵メカ「ほぼほぼピカチュウ」を使い、ピカチュウとのすり替えを目論む。その現場を目撃したエースバーンとルカリオ。ロケット団を追いかけ、2匹の珍道中が始まって…！？