今日のポケモンスクールは、体育館で劇の発表会。サトシとポケモンスクールの仲間たちは、緊張しながらみんなの家族の前で劇を披露していた。そこに、たまたまサトシが落とした劇の台本を拾ったロケット団が乱入してきて…。発表会は一体どうなってしまうのか！？

ある日のスイレンの家。ホウとスイが、おばけ屋敷に行きたいと言い出した。ポケモンスクールでスイレンがみんなにその話をすると、たまたまスクールに来ていたアセロラのアイデアで、ポケモンスクールにおばけ屋敷をつくることに！はたしてどんなお化け屋敷ができるかな！？

ヴェラ火山を中心に強烈な磁気異常が発生！それがウルトラオーラの探知に影響を与えるため、ルザミーネは、サトシたちウルトラガーディアンズに調査を依頼した。はたしてサトシたちは異変の原因を突き止めることができるのか！？

エーテルパラダイスにやってきたサトシたち。ちょうど同じタイミングで、偶然ロケット団もエーテルパラダイスに来ていた。ロケット団の目的は保護されているポケモンを全部まとめてゲットすること。そんな中、なぜかムサシになついて離れないヌイコグマが一匹…！？

メレメレ島の森の中でサトシは偶然しまキング・ハラの孫、ハウに出会う。ハウが大試練を受けるために特訓中だと知ったサトシは、早速バトルをしようと話しかけた。ハウのフクスローとサトシのモクロー、勝つのはどっちだ！

アローラで人気の探偵ドラマの撮影現場に来たサトシたち。そこでたまたまロトムが番組プロデューサーに気に入られて、そのまま番組の新キャラクターにならないかと誘われる。うれしいロトムだが…

浜辺でひとりできのみを食べているイーブイ。このイーブイ、誰かに会おうと街に出てきたみたい。でも意地悪なアローラペルシアンに追いかけられることに！はたしてイーブイの運命は！？

ある日サトシは、ポケモンスクールに向かう途中でアローラの守り神、カプ・コケコに再会した。早速バトルを挑むサトシ。ピカチュウとカプ・コケコの電撃が激しくぶつかり合ったその瞬間、目を覚ますとサトシとピカチュウは見知らぬ場所にいた…。そこで出会ったのは、一人の青年と、その青年とともにいるポケモン・ゼラオラだった！

ある出来事がきっかけで、見知らぬ場所に飛ばされたサトシとピカチュウ。その地は人影もなく、街は荒廃していた…。その原因はある強大なウルトラビーストだったことを知ったサトシとピカチュウは、ゼラオラたちとともに戦う決意をする！孤独に戦うゼラオラたちをサトシは救うことはできるのか！？

ポケモンスクールの授業後、タケシとカスミがサプライズでスクールにやってきた。はじめてアローラ地方に来た2人のため、スクールのみんなで観光案内をしてあげることに。はたしてどんな観光になるのかな？

タケシとカスミをアローラに迎えたサトシたち。今日はタケシの希望で、しまクイーン・ライチに会いにアーカラ島に行くことになった。ライチはタケシが元ジムリーダーだと知ると、タケシにバトルを挑む！熱いバトルの結末は果たして…

ポニ島へ自由研究にやってきたサトシたち。それぞれの研究課題を決め、頑張ることに。そこで出会った女の子・ハプウにサトシが大根泥棒だと疑われて…。さらにスカル団も登場して波乱の予感…！

ポニ島での自由研究に取り組むサトシたち。リーリエがポニ島のポケモンたちを観察していると、そこで出会ったのは兄のグラジオだった！ポニ島にいるグラジオの想いとは…？そして、サトシとグラジオはお互いのルガルガン同士でバトルをすることに！

デンヂムシをクワガノンに進化させたいマーマネは、不思議な力があると言われるポニ島の大峡谷に行くことに。果たしてマーマネのデンヂムシは進化することができるのか！？そして、師匠・イアとアシレーヌに出会ったスイレンとアシマリは師匠たちのワザを全部覚えると大張り切りで…

ポニ島の守り神であるカプ・レヒレに会いたいサトシとカキは、二人でひがんの遺跡でバトルをする。しかし、その神聖な地でのバトルはカプ・レヒレを怒らせてしまい、サトシが捕まってしまった！サトシを助けるには、タイムリミットまでにカキがカプ・テテフの鱗粉を持って来なくてはいけない。果たして、サトシとカキの運命は！？

グラジオがポニ島に来ていたのはひがんの遺跡の守り神・カプ・レヒレに会うためだった。カプ・レヒレにはどうやらこの世にいない人に会わせてくれる不思議な力があるらしい。そして、それを聞いたマオの想いとは…

ひがんの遺跡での儀式を終え、ポニ島のしまクイーンになったハプウ。ついに、サトシはハプウの大試練を受けることに！ハプウのバンバドロに挑戦する、サトシのパートナーは！？そして、サトシは大試練を突破できるのか！？

アローラで人気のポケモンと一緒にプレイするスポーツ、ポケゴルフ。ある日有名なプロゴルファーのカヒリとパートナーのドデカバシのカツオと出会ったサトシたちは、ポケモンスクールの授業で一緒にポケゴルフをすることに！

サトシたちがポニ島から帰ってくる時に、一緒に船に乗っていた不思議な生物…？ロケット団の秘密基地でコジロウの大切なコレクションを食べたり、ポケモンスクールで工具を食べたりと大騒ぎ！果たして、新種のポケモンなのか！？

サトシがオーキド博士に調査をお願いした結果、不思議な生き物は新種のポケモンということが分かり、メルタンと名付けられた！しかし、早速ロケット団に捕まりそうになり大ピンチ！果たしてどうなる！？

クイズ番組に出演するマーマネの応援にテレビ局に来たサトシたち。「アローラ探偵ラキ」のプロデューサーに再会したサトシたちは、ドラマの撮影を見学することに。そこにいたのは、天才子役のコイキング「コイちゃん」。しかし、コイちゃんの様子がおかしいみたいで…

とある夜、Ｚクリスタルを持つトレーナーばかりが襲われる事件が発生した！その事件の犯人は、ウルトラビーストのフェローチェだった！フェローチェはＺクリスタルを集めているようで…？そして、ニャースがフェローチェに恋をした！？

ククイ博士から重大な発表があると、エーテルパラダイス特設ステージに集められたサトシたち。発表されたのは「アローラ・ポケモンリーグ」の開催だった！盛り上がるアローラの人々。その中継をテレビで見ていたスカル団のボス・グズマがポケモンスクールに乗り込んできた！どうやらククイ博士と因縁があるようで…

リーリエとグラジオの父・モーンが生きているはずだと信じる二人は、ザオボーの研究室でモーンの研究資料を探していた。その姿を見た母・ルザミーネは二人をモーンの部屋に連れて行くことに。そして、リーリエたちがそこで見つけたものとは！？

ウラウラ島のマリエシティに遊びに来たサトシたち。ニンジャのガイド、アナアキ・チクワに案内され、観光を楽しむことに。そんな中、風で飛ばされたマオの髪かざりを追って、シェイミ・ナギサ・メルタンが迷子になった！ロケット団に遭遇したシェイミたちは大ピンチ！無事にマオたちのところに帰ることができるのか！？

マリエシティにあるカントー地方のジムをモデルに作られた、ジムオブカントーにやってきたサトシたち。そこにはなぜか忍者の格好をしたジムトレーナーたちが！各フロアーにいるジムトレーナーに勝つと、最上階で頭領とポケモンバトルができるのだ。果たして最上階にたどり着くのは誰だ！？

クワガノンレースに出場することになったマーマネ。優勝賞品の“ムシＺ”をゲットするため猛特訓！大会当日、ライバルのハヤテと遭遇し、火花を散らす二人だが、ロケット団がレース中のクワガノンたちをゲットしようと悪だくみをしていて…

無人島へやってきたサトシたち。みんなで海で遊んでいると突然現れた伝説のポケモン・カイオーガ！しかし、カイオーガは元気がないようで…！？そこに、カイオーガを狙うハンターが！サトシたちはカイオーガを守ることができるのか！？

アイナ食堂のおつかいでおおきなキノコをもらいに、ヤレユータンのお店にやってきたマオ。お店はポケモンたちがたくさんいて、大盛況！そして、マオもお手伝いをすることに！ポケモンたちの好みに合わせてジュースや料理を出していると、そこに突如現れたカプ・コケコ！マオはカプ・コケコの満足する料理を作れるのか！？

ロケット団のムサシたちは、サカキからの連絡でキテルグマをゲットした、とつい嘘をついてしまう。どうしようかとあたふたしているロケット団のところに、本部からマトリがキテルグマを連れにやってきた！果たしてムサシたちの運命は！？

アローラ・ポケモンリーグに向けて、Ｚワザの特訓をすることになったポケモンスクールの仲間たち。サトシとマーマネはカキの家で特訓をすることに。バクガメスは、クワガノンと特訓したり、やんちゃなガラガラをなだめたり、まるでみんなのお兄ちゃんみたい。そんなバクガメスとカキの出会いとは…

ヌイコグマ流星群が大接近しているある日、アローラで様々なものが切られてしまう事件が発生した！その犯人は、ウルトラビーストのカミツルギ！ウルトラガーディアンズとして出動するサトシたち。無事にウルトラホールに帰すことができるのか！？そして、さらにとてつもない事件が発生して…

ある日、ククイ博士の子どもの頃の写真を発見したバーネット。そこには、ポケモン超ワザ図鑑を抱え、ニャビーと一緒にククイ博士が写っていた。その頃、森で特訓をしていたサトシたちのところに、幻のポケモン・セレビィがやってくる。セレビィの“ときわたり”によって過去に飛ばされてしまう、サトシとニャヒート。そこで出会ったのは…

セレビィの“ときわたり”によって過去に飛ばされてしまったサトシとニャヒート。無事に過去から戻ってきて、ピカチュウやモクローたちと再会した。しかし、ピカチュウたちはなんだかボロボロで…？サトシとニャヒートが過去に行っている間、ピカチュウたちに何があったのか！？

リーリエはＺワザを成功させるため、サトシたちに家に集まってもらっていた。そこでリーリエはサトシたちになぜか動かない幻のポケモン・マギアナを紹介する。リーリエはどうにかマギアナを動かしたいと思っているようだが果たして…。一方、グラジオがメレメレ島の森の中で出会ったのは…！？

ついに、アローラポケモンリーグ開催の地、マナーロ・スタジアムにやってきたサトシたち。バトルフィールドを見に行ったり、ショッピングをしたり、思い思いに過ごしているが、ロケット団やスカル団も現れて波乱の予感！？そして明らかになる、ククイ博士とグズマの過去とは…？

アローラポケモンリーグの予選バトルロイヤルがはじまった！151組のポケモンとトレーナーが戦い、勝ち残った16組が決勝トーナメントへ行けるサバイバルマッチ！！強豪選手たちが出場する中、サトシたちは決勝トーナメント進出を決められるのか！？

アローラポケモンリーグの決勝トーナメントがはじまった！1回戦の第1試合はサトシVSザオボー！ザオボーの策略にサトシはどう立ち向かうのか！？第2試合はイリマとグズマが激突！第3試合はハウVSオーキド校長！そして第4試合、マオVSスイレンの友情を超えた熱いバトルが今、はじまる！！

決勝トーナメント1回戦の第5試合はマーマネVSマツリカ！なんと第6試合はムサジーナ（ムサシ）VSデコジロー（コジロウ）のロケット団対決に！ソーナンスとヒドイデ、果たして勝つのはどっちだ！？第7試合はカキVSアセロラ！第8試合はリーリエVSグラジオの兄妹対決！

ハウとの決勝トーナメント2回戦に向けて特訓をするサトシとモクロー。そこへ、ドデカバシとツツケラがやってきて、“フェザーダンス”を教わることに！ジュナイパー相手に不利なモクローは“フェザーダンス”を切り札にできるのか！？ハウのジュナイパーとの勝負がはじまる！

アローラポケモンリーグ決勝トーナメント2回戦、サトシとハウの白熱した試合が続く。ハウのジュナイパーのZワザを危機一髪でかわしたサトシのモクロー。モクローは特訓中の“フェザーダンス”を出せるのか！？モクローVSジュナイパー決着！そして、カキVSマーマネ、闘志を燃やす決勝トーナメント2回戦第3試合がはじまる！

アローラポケモンリーグ決勝トーナメント2回戦、第3試合。カキのバトルを徹底的に研究してきたマーマネとクワガノンに苦戦する、カキとリザードン。ゼンリョク勝負の行方は！？そして、第4試合のスイレンとスカル団のボス・グズマの試合もはじまって…。ついに決勝トーナメントベスト４が決まる！

カキを応援しにマナーロ・スタジアムにやって来た妹のホシ。そこにスカル団が現われて、大ピンチのところを救ったのは準決勝のカキの対戦相手・グラジオだった！ホシに幼い頃のリーリエを重ねるグラジオ。準決勝第1試合、カキＶＳグラジオ、妹を持つ兄同士の熱いバトルがはじまる！！

アローラポケモンリーグ準決勝第1試合カキVSグラジオ、ついに決着！そして、ポケモンリーグを潰そうとするスカル団のボス・グズマとサトシの準決勝第2試合。無敗伝説を誇るグズマに今、サトシが挑む！

準決勝第2試合、グソクムシャの“ききかいひ”によって、突然バトルすることになったハッサムがニャヒートに負けてしまう。勝手なことをしたグソクムシャに激昂するグズマ。ここまで有利にバトルをしてきたが、サトシのまっすぐな目に若き日のライバル・ククイを重ね、徐々にペースを乱していき…

アローラポケモンリーグ決勝戦への切符を手にしたのは、サトシとグラジオ！それぞれの家族や友人、大勢の観客の応援を受け、熱いライバル対決の火ぶたが切って落とされる！！果たしてアローラ初のポケモンリーグチャンピオンの栄冠はどちらの手に！？

ついにはじまったアローラポケモンリーグ決勝戦、サトシVSグラジオ。サトシのメルメタルがシルヴァディに敗れ、次に出てきたピカチュウがシルヴァディを倒し、ピカチュウとゾロアークのバトルが始まった！　果たして初代アローラポケモンリーグ・チャンピオンに輝くのはどっちだ！？

アローラポケモンリーグの初代チャンピオンの表彰式。そこに突如ウルトラビースト・アクジキングが現れた！会場を破壊するアクジキングに対し、サトシたちやロイヤルマスク、しまキングたちが立ち向かう！

アクジキングをウルトラホールに帰すことに成功したサトシたち！そして、ロイヤルマスクの正体がククイ博士だと発覚！！会場が驚きと興奮に包まれる中、サトシとククイ博士のエキシビションマッチがはじまった！6対６のフルバトルの行方は…？

白熱するサトシとククイ博士のエキシビションマッチ！サトシのルガルガンはウォーグルの“いわなだれ”をかわすことができるのか！？そして、ククイ博士のフシギバナに対するはモクロー。果たして勝つのは！？

サトシVSククイ博士のエキシビションマッチは、アーゴヨンVSルカリオの対決に！ぶつかり合う、アーゴヨンのシザークロスとルカリオのインファイト！そして、勝負はニャヒートVSガオガエン。果たしてニャヒートはこれまで一度も勝ったことがないガオガエンにリベンジすることができるのか！？

ククイ博士の6匹目のパートナーとしてエキシビションマッチに急遽参戦することになったカプ・コケコ。そして、ラストバトルはピカチュウVSカプ・コケコの因縁の対決に。Ｚワザが激しくぶつかり合うバトルフィールド。エキシビションマッチの激闘を制するのは！？

アローラポケモンリーグが終わり、日常が戻ってきたサトシたち。ポケモンスクールでは、ククイ博士が今度の長期休みの予定をみんなに聞いていた。みんなの予定と、その先の夢を聞いたサトシは、あることを決心する。

マサラタウンに帰ることを決意したサトシ。しかし、それを中々みんなに言い出せず…。そして、ロケット団にもミミッキュたちとの別れの時が迫っていた。