ある夜、サトシは不思議な夢を見る。翌朝の登校中に初めてみるポケモンと遭遇！サトシは夢の中でこのポケモンの面倒をみる、という約束をしたのだと思い出す。拾ったポケモンは、ロトム図鑑にもデータが載っていない謎のポケモン。どうお世話して良いか分からず、サトシはポケモンスクールの仲間たちと悪戦苦闘する。

拾った謎のポケモンに、ほしぐも、と名前をつけてお世話をすることにしたサトシ。しかしほしぐものお世話はとっても大変だ。クラスメートの協力をえてなんとかお世話をこなすサトシ。するとそこへ更に驚きの事実が判明、なんとほしぐもはテレポートが使えるというのだ！サトシたちは思いがけず大変な場所へテレポートしてしまい…

サトシたちは、リーリエの母、ルザミーネに招かれて、怪我をしたポケモンたちの保護施設、エーテルパラダイスへとやってきた。沢山のポケモンに出会い大興奮のサトシたち。ところがそこでトラブルが発生、メタモンが一匹逃げ出してしまったらしい。サトシたちはメタモンの捜索を手伝うことにしたのだが、中々見つからず…

ある日の昼下がり、サトシはひょんなことからリーリエの兄、グラジオと再会する。グラジオのもとには、初めてみるポケモンがいた。なんでもこのポケモンはあまり他人には見せたくないらしい。その理由は、グラジオとリーリエの過去に関係しているらしいのだが？

今日は楽しい楽しいお泊まり会、ポケモンスクールの皆がククイ博士の家にやってきた。飛び入り参加のバーネットとゴンベを加えた一同はゲームをしたり、みんなでご飯を食べたりとお泊まり会は大盛り上がり。皆が寝静まったあと、バーネットはリーリエが家を抜け出すのを目にする。

シルヴァディと対面し、ふたたびポケモンに触れることができなくなってしまったリーリエ。リーリエは忘れてしまった記憶を取り戻そうと、グラジオのもとへ向かおうとする。一方、エーテル財団のザオボーはリーリエの記憶が蘇ると、隠していた過去の失敗が知られてしまうと恐れ、リーリエの誘拐を画策する…

過去の記憶を取り戻したリーリエ。リーリエはとても充実した時間を過ごしていた。その裏で、かつての失敗が露呈し追い詰められたザオボーは、逆転の一手をこうじる。ほしぐもを騙しその力を利用してウルトラビーストを呼び出そうというのだ！！

エーテルパラダイスの事件がキッカケにほしぐもが動かなくなってしまった。心配するサトシたちだったがそこへさらなる問題が発生！なんとリーリエが兄のグラジオと共に家出してしまったのだという。相次ぐトラブルに困り果てたサトシは、島の有力者である、しまキングのハラに相談にのってもらうことにする。

ソルガレオの力によってウルトラホールをこえたサトシたち。たどり着いたのはウルトラビーストの住む世界だった！ルザミーネを助け出そうと試みるサトシたちだったが、その前にウルトラビーストによって操られたポケモンたちがたちはだかる！

ルザミーネを助け出すため、バトルを続けるサトシたち。なんとかルザミーネを追い詰めることに成功したのだが、ウルトラビーストに操られたルザミーネは抵抗をやめない。その上、一度倒したはずのルザミーネのポケモンたちが復活して大ピンチ！果たしてどうなる！？

ポケモンスクールのみんな、そして伝説のポケモン・ソルガレオと力を合わせてウルトラビーストの事件を解決したサトシ。アローラにも、かつての平和な日々が戻ってきていた。そんなある日、サトシはククイ博士から、とても大事な話があると告げられる…

ポケモンスクールでバトルの練習をしていると、そこへネッコアラがやってきた。トレーナーであるオーキド校長から、ネッコアラとの出会いを聞いていると、今度はそこへプリンがやってきた。ひょんなことからプリンを怒らせてしまったネッコアラ、サトシたちはプリンとネッコアラを仲直りさせようとする。

ポケモンスクールがお休みの日、ククイとバーネットとおでかけするサトシに留守番を任されたロトム。はりきるロトムだが、ひょんなことからウォッシュロトムにフォルムチェンジしてしまう。さらにスピンロトムやヒートロトムにフォルムチェンジを繰り返してしまうロトム…。はたしてロトムは無事にもとの姿に戻れるのか！？

ロケット団たちがショッピングをしているとヒドイデが昔片思いをしていたセンパイに！今のヒドイデはコジロウ一筋だが、それでもセンパイはヒドイデのことが好きだと言う。ヒドイデをかけてバトルをすることになったコジロウとセンパイ。この恋の行方は！？

ある日森で迷子になったホウとスイがなぞの大きなポケモンに助けられて帰ってきたという。その話を聞いて、マオとスイレンも小さいころ、“森のおじいちゃん”と呼んでいた同じポケモンに助けられたことを思い出す。そこでサトシたちは、お礼をするため森に行くことに！はたして“森のおじいちゃん”に会うことはできるのか…！？

ラナキラマウンテンにやってきたサトシたち。一面に広がる銀世界を見て、みんな大はしゃぎ。そこでサトシたちは、ポケゾリジャンプの有名人サーラと出会う。サーラの誘いで、サトシたちはポケゾリジャンプ大会に出ることに！はたして優勝するのは誰！？

メレメレの花園に突如現れたウルトラビースト！ルザミーネの指示のもと、ウルトラガーディアンズのメンバーとしてついに出動するサトシたち。目的はもちろん、ウルトラビーストを捕獲し、彼らの世界に帰してあげること！果たして初出動の結果は…！？

大事にとっておいたアイスをムサシに食べられた悲しさから、秘密基地を飛び出したニャース。そこで偶然、アローラ・ニャースに出会った。アローラ・ニャースはとても気が利くため、ムサシとコジロウはぜひ仲間にしたいと言う。だがニャースは大反対で…！？

アローラ伝統の4体同時バトル、バトルロイヤルをテレビで見たサトシは、参加したいと会場に行くことに。そこでサトシは、バトルロイヤルで無敗のロイヤルマスクにニャビーと挑むことになった。バトルに勝つのはどっちだ！

サトシとピカチュウが市場でおつかいをしていると、なにやら争っているナゲツケサルたちに出会った。どうやらアーカラ島とメレメレ島のナゲツケサルの中でボスを決める争いをしていて、メレメレ島側が負けたらしい。サトシは負けたメレメレ島のナゲツケサルたちを見て、彼らの力になろうとするが…

ある日のポケモンスクール、サトシたちがバトルの練習をしていると、卒業生のイリマがあらわれた。マオとマーマネによれば、イリマはポケモンスクール始まって以来の秀才で、数々の伝説の持ち主らしい。サトシたちは早速、その伝説を確かめるためイリマに会いに行くことに。はたしてどんな伝説が！？

今日のポケモンスクールの授業は、トレーナーとポケモンが一緒にピンポンするポケピンポン。特別講師にイリマを招いて、サトシたちもポケピンポンに挑戦！その後、サトシたちはイリマが出るポケピンポンの大会を見に行くことに。前回はその大会の決勝戦で敗れていたイリマ。今回は優勝なるか！？

ポケモンスクールの授業中、ピカチュウの前にナゾのポケモンが！？どうやら以前出会ったピカチュウのことが気になっているようで、ポケモンスクールの外に連れ出してしまう。ピカチュウがいないことに気がついたサトシは慌てて探すが、そこにロケット団も出てきて…

今日はポケモンスクールのみんなでポケモンセンターの職業体験日。ところがジョーイさんが風邪をひいてしまった。サトシたちはジョーイさんに代わってポケモンセンターのお仕事を頑張ることに！そこにスカル団が現れて…

ある日マーマネが家族とキャンプ中に、竹やぶで地面に埋まった謎の銀色の金属（？）のようなものを見つけた。トゲデマルたちといっしょに掘り出してみると、顔のようなものがあることに気づいたマーマネ。もしかすると自分が好きな昔話、「星舟カグヤ」に登場するカグヤではないかと予想するが、はたして…

カキの牧場にブルガンと名乗る男があらわれ、牧場を買い取りリゾートホテルを建てると言う。カキたちがその誘いを断ると、ブルガンは様々な方法でカキの牧場に嫌がらせをはじめた。怒ったカキはブルガンにバトルを挑むが…

メレメレ島のとある森の中。野生のシズクモが旅立ちの時を迎えて、自分の水場を探す旅に出た。外の世界ではじめて海を見たり、水場争いで他のシズクモに負けたり、いろいろな経験をするシズクモ。そんな中、偶然出会ったスイレンに、シズクモが恋をしてしまう！？

料理修業の旅に出ていたマオの兄、ウルがひさしぶりに実家のアイナ食堂に帰ってきた。ウルは、アローラで年に一度行われる「アローラ・パンフェスティバル」に出場するというが、その裏にはある思いがあって…。アイナ食堂に何かが起こる予感！？

ある日、ムサシたちはヒドイデがあくタイプのわざを覚えたのと、すでにアクＺをもっていたことから、何とかＺリングを手に入れたいと話し合っていた。そこにサカキから、ウラウラ島のしまキングならＺリングをくれるかもしれないという情報が。ロケット団、Ｚリングゲットだぜ！？

次の島めぐりに挑戦するサトシたちは、ウラウラ島にやってきていた。しかし、なかなかしまキングを見つけられない。島に住む少女アセロラの助けを借りて、やっとしまキング・クチナシのもとにたどりつくも、はたして大試練に挑戦なるか！？

サトシは、より強くなるために島の守り神カプ・ブルルに特訓してもらおうとする。アセロラの案内のおかげで無事にカプ・ブルルのもとにたどり着けたサトシだが、なかなかカプ・ブルルが相手をしてくれなくて…

Ｚワザを使えるようになったムサシたちは、今度こそピカチュウゲットと動き出した。クチナシの大試練に向けて、より強くなったサトシ＆ピカチュウに対して、Ｚリングを手に入れたムサシ＆ミミッキュの本気バトルがはじまることに！

とうとうクチナシの大試練に挑むサトシ。ウラウラ島の大試練は、1匹のポケモンでクチナシのポケモン3匹を連続で倒すこと。クチナシが最初に出したのは、ワルビアル。はたしてサトシとルガルガンは特訓の成果を発揮し、大試練を突破できるのか！？

メレメレ島の花火大会に行ったサトシたち。そこで偶然、プログラムにない謎の歩く花火（？）を見た。翌日、ポケモンスクールでサトシたちがその話をしていると、ウルトラガーディアンズに緊急出動の指令が。謎の花火と関係があるようだが、はたして…

今日はポケモンスクールのみんなで宿泊学習の日。ホクラニ天文台で、ながれぼしポケモン・メテノの観察をしている。そこでサトシたちは、たまたま地上に落ちているメテノに出会う。そのメテノと仲良くなっていくサトシたちだが、実はメテノというポケモンにはある秘密があった…

メレメレ島に帰ろうとしていたサトシたちは、近道だと思った洞窟で迷子になり、リーリエたちとはぐれてしまう。そこでリーリエはアローラサンドたちに出会う。アローラサンドたちは、どうやら勝ちたい相手がいるらしい。その力になりたいと思うリーリエは…。そしてサトシたちは、無事洞窟から出られるのか！？

アローラで大流行の、バトルロイヤルで活躍するロイヤルマスクをテレビで見て興奮したサトシは、ククイ博士やバーネット博士たちと会場に試合を観に行くことに。ロイヤルマスクの対戦相手が卑怯な手を使ってきたことにがまんができないサトシがニャヒートとリングに上がることに！？

ある日のポケモンスクール。クラスメートのみんなで、トレーナーが考えたダンスをポケモンが踊る「ポケダンス」を発表しあうことになった。みんなそれぞれ、自分たちのパートナーポケモンの持ち味を引き出すダンスを考えるが、はたしてどんな発表会になるのか！？

今日のポケモンスクールの授業は、エーテルパラダイスのザオボーが特別講師に。科学に興味をもってもらおうと、ザオボーが用意したのはどんな巨大なものでもスイッチひとつで小さくなるマシン。早速ザオボーが実演してみせようとするが、マシンがうまく動かない。やっと動いたと思ったらサトシたちが小さくなってしまい…

ある日の夕暮れ。市場に来たサトシは、素敵な絵を描く女性に出会う。彼女の名前はマツリカといい、ポケモンの心を感じとることができるらしい。早速ベベノムを見て、絵を描くのが好きなことを感じとる。マツリカはベベノムに、さらになにかを感じとるが…。はたしてベベノムの気持ちとは！？

ポケモンスクールのグラウンドに、巨大な跳び箱のようなものがあらわれた。サトシたちはそれをククイ博士が授業のために用意したものだと思い、早速跳ぼうとしていると…。ウルトラガーディアンズに緊急出動要請が！一体どこにどんなウルトラビーストがあらわれたのか…！？

ポケモンのためのリゾートスパ、「ポケモンパラダイスリゾート」にやってきたサトシとポケモンスクールの仲間たち。しばらくウルトラガーディアンズの出動が続いたため、ルザミーネがみんなに休みを取ってもらおうと手配してくれたのだ。しかし、そこにサトシたちのポケモンを狙うロケット団があらわれて…

ある日の朝、サトシはククイ博士とバーネット博士がいつもの元気がないことに気づく。アローラではめずらしい曇空の下、サトシがスクールに着き、仲間たちと話したところ、みんなのお父さんお母さんも元気がなかったようだ。この謎を調査すべく、ルザミーネの司令で出動したサトシたちウルトラガーディアンズ。そこに新たなメンバーが！？

突如ウルトラガーディアンズの目の前に現れたルナアーラともう一体の謎のポケモン。ルナアーラたちが激しいバトルを繰り広げていると、その2体を狙いロケット団の特殊部隊が！さらにそこにソルガレオが現れて…！果たしてアローラはどうなってしまうのか！？

アローラの危機を救うため、ウルトラホールの向こう側に出動したサトシたちウルトラガーディアンズ。その先でサトシたちを待ち構えていたのは…。そして、ロケット団の真の目的とは一体！？アローラの異変を巡って、それぞれの思いが交錯する！！

ついにかがやきさまの伝説に迫るサトシたち。しかし、どうすればアローラの危機を救えるのかわからない…。サトシたちが悩んでいると、その時カプ・コケコが！みんなの力を合わせ、アローラの平和を取り戻すのだ！行け、サトシ！行け、ウルトラガーディアンズ！！

ピカチュウがたくさん住む「ピカチュウのたに」にやってきたサトシたち。そこでピカーラというピカチュウのことが大好きでちょっと不思議な女性と出会う。ピカーラや谷のピカチュウたちに歓迎され、仲良くなっていくサトシたちだったが、そこにピカチュウゲットを狙うロケット団があらわれて…

ロイヤルドーム最強のロイヤルマスクがメレメレ島で握手会をすることに！それを知ったサトシとバーネット博士は、握手会に行きたいとククイ博士に相談する。ロイヤルマスクの正体が実は自分だと明かしたくないククイ博士、このピンチをどうする！？