Enquanto viajava pela floresta, Ash e amigos descobrem um pequeno Pokémon verde na bolsa de Bonnie que o Pokédex não consegue identificar. Bonnie decide chamar o Pokémon de "Geleca", mas eles são logo interrompidos por uma equipe misteriosa com óculos estranhos, que parecem interessados em levar Geleca para si.

Enquanto a gangue continua sua viagem com seu novo amigo Pokémon, "Geleca", um Quilladin aparece e se apaixona por Eevee.

Ash e seus amigos encontram a enfermeira Joy, que está presa em uma fenda. Depois de ajudar ela a voltar para o Centro Pokémon, eles descobrem que ela e seu Audino nem sempre se dão bem e que a enfermeira Joy espera que a Mega Stone que ela encontrou ajude a criar um vínculo mais profundo entre os dois.

A turma encontra um Litleo discutindo com um Pyroar. Quando eles descobrem que é hora de Litleo se tornar independente, eles decidem assistir de longe. A Equipe Rocket, entretanto, tem outros planos.

Enquanto os heróis e a Equipe Rocket vão dormir, um Darkrai aparece e lança feitiços de sonho sobre eles, colocando Pikachu e Meowth nos sonhos de Geleca. Os dois começam a ver o passado e o futuro de Geleca e também do Pokémon da gangue.

A gangue se encontra com seu amigo ninja Sanpei, que os convida para um festival em sua aldeia, mas logo são interrompidos quando um exército ataca e sequestra o chefe da cidade.

Enquanto a gangue luta contra os ninjas do mal, a ajuda logo começa a subir quando o Greninja de Ash recupera um poder.

Serena se prepara para sua próxima apresentação no Pokémon Showcase e espera conseguir sua terceira e última Princess Key junto com seu Eevee.

Ash e sua gangue chegam a Terminus Cave, mas a Team Flare aparece e ataca a gangue na tentativa de recuperar o Zygarde Core.

Depois que Geleca foge durante a batalha na Caverna Terminus contra o Team Flare, Bonnie está preocupada com isso. Ash e a gangue a animam procurando por ele.

Noibat encontra um Breloom e acidentalmente bagunça suas flores, o que faz com que Breloom fique com raiva de Noibat. Noibat também encontra uma Floette, da qual se torna amigo rapidamente. No entanto, Breloom está mais furioso com Noibat, e os dois começam a brigar.

Ash luta com Sawyer novamente. Outro treinador chamado Alain, acompanhado por seu Mega Charizard, vê o poder único do Greninja de Ash e o desafia para uma batalha.

O Team Flare persegue outro Zygarde Core, que tem uma parte mais poderosa. No entanto, a Equipe Rocket também está perseguindo o outro Zygarde Core. Para capturar o outro Zygarde Core, o Team Flare recebe ajuda de Alain, o Mega Evolution Trainer.

Enquanto viajava pelo deserto de um vale, a gangue é confrontada por um garoto chamado Henny e um Chesnaught.

Serena se prepara para seu próximo Pokémon Showcase. Ela espera ganhar sua terceira e última Chave da Princesa necessária para a Master Class. No entanto, um novo Performer aparece e representa o maior teste das habilidades de desempenho de Serena. Enquanto isso, Palermo assiste a Serena no Pokémon Showcase.

A gangue viaja para as montanhas, onde um encontro com o lendário Pokémon Zapdos levou Noibat a evoluir para Noivern, a fim de provar seu valor salvando Hawlucha do Zapdos.

A gangue encontra um gerente de joalheria e um ladrão que compartilham o mesmo Pokémon conhecido como Binacle.

Serena e seu Pokémon estão prontos para atuar na Master Class para o primeiro lugar. Ela enfrenta um desafio mais difícil quando seus rivais, Miette, Shauna, Jessie e Nini também estão competindo na Master Class pelo primeiro lugar.

Depois de passar pela Master Class, passando por seus rivais, Serena descobre que precisa desafiar Aria para se tornar a futura Rainha Kalos.

Um novo amigo que se dá bem com Clemont faz Bonnie se sentir deixada de lado e com ciúme.

Ash cai com febre. Serena decide substituí-lo quando Jimmy, o guitarrista, desafia Ash para uma batalha de Pikachu contra Pikachu.

Alain encontra a gangue no Centro Pokémon. Ash e Alain mais uma vez têm uma batalha.

A gangue ajuda um Phantump de cores alternativas a encontrar o caminho de volta para casa depois que a Equipe Rocket o separa do outro Phantump.

A campeã Diantha visita Ash e seus amigos para discutir a profecia anunciada por Olympia. O Mega Gardevoir de Diantha leva Ash e Greninja ao seu limite.

Ash luta contra Sawyer mais uma vez, que ganhou todas as oito insígnias de ginásio.

Ash luta contra o líder do ginásio Wulfric de Snowbelle City. Ash usa Hawlucha, Talonflame e Greninja. Wulfric usa Abomasnow e Avalugg. No entanto, a batalha termina em uma perda desastrosa para Ash, que sai sozinho para responder às dúvidas em seu coração.

Ash se sente muito mal depois de perder para Wulfric. Enquanto seus amigos procuram por ele, um encontro com um certo Pokémon desperta uma memória do passado de Ash que reacende sua paixão.

Ash volta para a batalha de revanche contra Wulfric para obter sua oitava insígnia de ginásio Kalos. Ele tem um grande desafio pela frente, pois terá que lutar contra o Mega Abomasnow. Com a ajuda de Ash-Greninja, Ash derrota Wulfric e recebe sua oitava e última insígnia de ginásio Kalos.

A caminho da cidade de Luminia, Ash e seus amigos decidem passar pelos pântanos onde Goodra mora. Satoshi e os outros estão maravilhados em ver Goodra novamente, mas de repente o problema aparece! Inacreditavelmente, um único Carbink parece estar criando uma confusão nas zonas úmidas. Ash e seus amigos tentam parar Carbink junto com Goodra e o Pokémon Wetland, mas então a Equipe Rocket aparece.

Clemont convidou o resto de nossos heróis para vivenciar uma de suas verdadeiras paixões, enquanto um certo grupo de hóspedes indesejados acompanha o passeio!

Depois de se encontrar com velhos amigos, Ash começa a batalhar na Conferência Lumiose e enfrenta Alan como seu primeiro oponente.

Na Liga Kalos, Sawyer e Tierno lutam entre si. O vencedor batalhará nas semifinais contra Ash ou Allan.

Ash luta com Sawyer nas semifinais da Liga Kalos.

A batalha entre Ash e Sawyer continua com Pikachu enfrentando Aegislash e Noivern encarando Salamence; Greninja e Sceptile travam um confronto entre Ash-Greninja e Mega Sceptile, e a luta termina de forma surpreendente.

A rodada final da Liga Kalos está prestes a começar e há muita coisa acontecendo nos bastidores!

É hora das finais da Liga Kalos, e Ash contra Alain em sua batalha tão esperada!

Alan venceu Ash e a Liga Kalos. Enquanto isso, Flare-Dan se prepara para seguir em frente com seu plano de controlar Zygarde.

O plano de Fuladari e do Flare-Dan para um belo mundo novo finalmente começou. Todos, de Satoshi a Alan, são pegos no fogo cruzado e logo Ash é capturado por Fuladari. Enquanto isso, Puni-Chan se prepara para lutar contra Z-2, a fim de tirá-lo do controle do Flare-Dan.

Team Flare continua mudando o mundo e arruinando a cidade Luminous. Ash e seus amigos estão com problemas.

Como Ash e sua gangue estão separados, cada um está tentando ajudar os outros de maneiras diferentes.

A batalha para salvar Kalos começou, com todos os líderes do ginásio ajudando na batalha, mas assim que parece que eles venceram, Lysandre retorna, determinada a ter sucesso.

A hora da verdade chegou e nossos heróis devem encarar o desafio que vai decidir o destino do mundo!

Lumiose Gym passou por muita coisa, mas todos estão trabalhando juntos para colocá-la em funcionamento novamente. Clembot também está de volta, embora Clemont não tenha conseguido restaurar suas memórias. Quando alguém chega para desafiar o ginásio, Clembot vive sua primeira batalha Pokémon novamente - e adora cada minuto! Ele pede a Clemont para ensinar tudo sobre Pokémon, e ele está satisfeito em começar a reconstruir sua amizade. O resto de nossos heróis também está fazendo planos. Ash quer voltar para casa para um novo começo. Alain volta a trabalhar para o Professor Sycamore.

Lumiose City está quase de volta ao normal e Serena tem uma ideia para uma comemoração. Com a ajuda do Professor Sycamore, ela e Shauna fizeram uma apresentação especial para todos! Eles logo se juntaram a Jessilee, rival da Master Class, e o show é um grande sucesso! Serena quer continuar perseguindo seus objetivos de desempenho, mas ela não tem certeza sobre seu próximo passo. Com o apoio de Ash e sua mãe, ela finalmente decide recusar a oferta de Palermo para que possa continuar melhorando por conta própria. Mas Palermo tem uma resposta surpreendente: ela sugere que Serena viaje para a região de Hoenn.

Enquanto nossos heróis se preparam para tomar caminhos diferentes, eles encaram o retorno de um perigo que ainda não tinha sido derrotado.

Com sua jornada em Kalos finalmente terminada, Ash e seus amigos decidem se separar para trilhar seus respectivos caminhos. No aeroporto, o grupo promete se encontrar novamente algum dia, mas quando está quase na hora de embarcar, Dedenne foge porque não quer se separar de todos. Enquanto isso, o que a Equipe Rocket está fazendo?

Professor Sycamore e Alexa exploram algumas ruínas, onde descobrem uma estátua de pedra de uma mulher chamada Aila, e uma lenda surge. Uma coleção de registros de Kalos revela que o verdadeiro amor de Aila, Jan, tentou derrotar o Pokémon Destruição Yveltal. Quando ele falhou, toda a vida da terra foi drenada quando Yveltal se tornou um casulo e transformou Aila em pedra.

Cilan visita Kalos para ver os pontos turísticos e entra em uma competição de pesca. Clemont usa uma máquina de pesca e Cilan diz que é deplorável e o considera ignorante. Embora não impressionado com sua empresa, Cilan concorda em conhecer Lumiose com Clemont.