旅途中，经过某座小城镇塔吉西镇的时候，发现到百代道馆馆主菜种的身影。看来，她正镇上的孩子们进行宝可梦对战普及推广活动。然後，火箭队出现了，在菜种的提议下，小智一行人以菜种和小次郎为对手进行双打对战。对战後，菜种对小次郎表明沙漠奈亚有变强的资质，却没有被发挥来的事实，提出要代为照顾的建议。小次郎在这件事影响下，和沙漠奈亚展开猛烈特训。即使全身伤痕累累，沙漠奈亚还是一心想继续练习。可是，因为一直没有成果，小次郎失去了自信。这时候，菜种再度出现在小次郎面前！

在旅途中经过的宝可梦中心里，小光他们与好久不见的小望重逢了。而且，也得到下次华丽大赛将在随意镇举办的情报。小光他们，为了参加华丽大赛而和小望一起练习。小光派出要在下次大会首度出场的泳气鼬和小望练习，一旁则是小智与小刚为了准备道馆战，正用长尾怪手与小火焰猴做练习。结果，长尾怪手与泳气鼬都因为在意对方的练习而无法专心进行训练。这时候，小望提议让长尾怪手与泳气鼬做交换。究竟小智和小光对於这个提案，会有怎样的回答呢？

小智与小光正为了下次大会努力进行特训时，泳气鼬的音爆打中了附近一座以石头堆砌而成的塔。然後，周遭天色突然变暗，落雷命中了其中一块被打飞的石头。而那颗石头竟然是楔石，封印宝可梦花岩怪从中现身了。惊险逃过花岩怪袭击的小智一行人前往附近的村落，并且从那里的村人口中听到古老的传说，内容是带著皮卡丘的波导使者，将为恶的花岩怪封印在石头建造的灵魂之塔中。小智一行人知道封印被解开後，认为自己需要负责，於是决心要封印花岩怪，但是...

小智一行人在前往随意镇的旅途中，遇见在跨越峡谷的石桥工地前争论的培育家石蘇小姐与设计师。看起来，好像是必须在三天内完工才能赶上桥梁开通典礼，但是工程却因为石桥建造大师闪到腰而中止了。虽然由设计师代替大师指挥建造石桥、石蘇小姐负责切割造桥用的石头，但是石头切割专家「水獭宝可梦」大尾狸却完全不肯工作，令人非常困扰。看到这状况的小智一行人决定帮忙切割石头，可是，工作从来不偷懒的大尾狸不愿意工作的原因到底是什麼？

持续旅行的小智一行人，在天冠山山麓遇见带著「罗盤宝可梦」朝北鼻的少年淳雄。接著，淳雄突然要求和小智进行宝可梦对战！面对淳雄的野性对战风格，小智也热血沸腾了！两人展开了令人喘不过气的激烈对战。然後，就在小智要往对岸的岩石去的时候，淳雄突然中断对战。询问之下，他才说出原因在於对岸不属於天冠山的范围，朝北鼻在那边无法进化成大朝北鼻。看来，淳雄的梦想是要以大朝北鼻挑战神奥联盟的样子。而小智对拥有相同目标的淳雄产生认同感，再度展开对战！究竟最後，朝北鼻能够进化成大朝北鼻吗？

旅途中，在森林里迷路的小智一行人，在找到地图上也没有记载的古城之後，决定去借宿一晚。他们在那里遇见了自称天才侦探的少女玛蓓儿与「眼光宝可梦」伦琴猫。听说是怪盗美女组要偷走城里的宝物「古代护身符」，而小智一行人因此被误认为怪盗了。这时城主马修出现，拜托大家帮忙冲动的玛蓓儿，但是...小智一行人能够平安无事的守住宝物吗！？美女组的真面目是什麼！？这时候，美女组的身影悄悄接近了！！

小智一行人终於抵达随意镇了。就在为宝可梦华丽大赛‧随意大会进行特训的时候，小光的青梅竹马健悟出现了。健悟好像正要前往随意遗迹的样子。跟著他一起走的小智一行人，在祭祀帝牙卢卡与帕路奇犽的遗迹前展开对战。而在同一时间，遗迹内部正在进行某种可疑的仪式。接著突然之间，「象徵宝可梦」未知图腾开始暴动，遗迹发生了异变！而且，这个异变让小智一行人被关进遗迹里去了。究竟最後，小智一行人能够平安从遗迹当中逃脱吗？

明天终於要举行宝可梦华丽大赛‧随意大会了！

在宝可梦中心前的广场，小光与宝可梦们正为了做最终调整而努力训练。虽然小光准备得很顺利，但是这次，获得新伙伴斗笠菇而更加成长的青梅竹马健悟、靠难以想像的拼上全身绝招风靡观众的武藏莉娜等强敌齐聚一堂！上次在缘之大会第一次审查中落败的小光，活用了之前的反省重点，挑战雪耻战！最後小光，能够平安通过第一次审查、在这次大会中拿到第二个缎带勋章吗？

小智一行人在前往下一间道馆帷幕道馆的旅途中，在小刚的提议之下前往女仆咖啡厅「山中小屋」。在店里迎接他们的是女仆小春、小夏和小秋。小智一行人马上点了山中小屋名产「奶牛宝可梦」大奶罐的鲜奶，在店内农场喝过小春和小夏的大奶罐提供的现挤鲜奶後，感到非常满足！然而，就只有小秋的大奶罐因为个性任性完全不肯听话，让她很伤脑筋的样子。这时候，小刚的培育家之魂被点燃，决定帮小秋进行宝可梦抚养方法的特训。究竟大奶罐会不会变得听小秋的话呢？另一方面，在小秋与小刚进行特训时，小智与小光，还有宝可梦们到店里帮忙了！虽然店里变得很忙碌，但这样真的没问题吗？

小智一行人在旅途中，决定前往小光的儿时玩伴、汤红的老家经营的温泉！久违重逢的汤红与小光兴奋不已！大家马上就为了休息而冲进露天温泉，然而温泉的水量稀少，温度也很冷，完全不是可以泡汤的状态。询问原因之後，才听说由山上源泉引来的温泉，大约从上周开始就流不出温泉水了。因此，汤红打算使用「猪宝可梦」的三只小山猪来找出新的温泉。小智一行人决定帮忙，而他们马上就有所发现了！没想到，那里是个新超级渡假村的建设工地！可是，这里的温泉不知道为什麼，与汤红老家的温泉几乎一模一样！这到底是怎麼回事？

旅途中，小智一行人在某个绿意盎然的城镇，与草苗龟一起进行能源球的特训！结果突然之间，「牙蝎宝可梦」天蝎王与成群的「飞蝎宝可梦」天蝎跑来袭击他们！然後，这群宝可梦在把附近的树果与水果，甚至连小智他们的午饭都搜括一空後逃走了。这时候，君莎小姐与乔伊小姐出现。看来君莎小姐她们是想把迷路闯进城镇的天蝎王与天蝎群抓起来，送回原本居住的森林里去。小智一行人决定帮忙君莎小姐她们，但是...

究竟他们能不能平安让天蝎王与天蝎群回到森林呢？

在前往帷幕市的旅途中，来到广阔沙地的小智一行人，决定大家好好玩一玩。宝可梦们在沙地上兴奋玩乐的时候，沙地突然开始摇晃，脚底的沙子随著大片飞沙隆起。然後，「重量宝可梦」河马兽从沙中现身。好奇心旺盛的帕奇利兹爬到河马兽头上研究那张大嘴，结果竟然滑进嘴巴里去了！小智他们紧张万分的要去救帕奇利兹，但是河马兽又钻进沙地失去踪影，让大家束手无策。这时候，以前被小智一行人送回群体去的怪河马出现在他们面前！

终於抵达帷幕市的小智一行人，在郊外的森林里，发现像格斗家的女孩在和「波导宝可梦」路卡利欧进行激烈对战，於是在一旁观摩。结果电击兽从树荫中冒出来对皮卡丘恶作剧还搞到大打出手！这时候出现了一位来找电击兽的抚养家青年，没想到他竟然是真司的哥哥雷司。接著，雷司向大家介绍，那个像格斗家的女孩就是帷幕道馆的馆主──阿李。小智立刻要求进行道馆战，但是却遭到拒绝。似乎是因为真司的缘故，让阿李失去了担任道馆馆主的自信。

将这个状况与自己的情况重叠的小光，对阿李提出某个提案！

为了让阿李找回自信，小光将要挑战第一次道馆对战赛。她在决战前以小智的皮卡丘及泳气鼬为对手，努力替波加曼它们进行对战赛的特训！而小智为了要让姆克鸟学会新绝招，在雷司抚养的「猛禽宝可梦」姆克鹰帮忙之下，持续进行训练！

此时，阿李正在道场般的木造道馆场地中，为了准备明天的对战赛，与路卡利欧进行精神统一。终於到了道馆对战赛当天！究竟阿李能不能重新振作起来呢？还有，阿李VS小光的道馆对战赛，结果将会如何？

多亏小光的帮忙，阿李找回遗忘掉的对战乐趣以及身为道馆馆主的自觉，并且接受了小智进行道馆战的要求！接著，帷幕道馆的道馆赛终於开始了！使用格斗系宝可梦的阿李，第一只派上场的宝可梦是「怪力宝可梦」豪力！相对於此，小智以正在进行新绝招特训的姆克鸟挑战对战赛！面对有著与路卡利欧的完美默契配合作为後盾的阿李，小智会展开什麼样的战斗呢？还有，对战赛的结果将会如何？

结束了帷幕道馆道馆战的小智一行人，在前往新目的地的前一晚，因为雷司说有东西想给大家看而跟著他出门。大家爬上通往郊外高台的石梯後，到达了一个被光线照耀得如梦似幻，有大小陨石发出光芒的公园。看到作为帷幕市象徵的陨石造就的不可思议景象，一行人大受感动，而他们面前出现了企图抢夺陨石的直升机部队...

小智一行人在帮天蝎进行对战特训的时候，听到不知从何传来的宝可梦叫声。那原来是铃当响的声音，而追著铃当响出现的人，是宝可梦魔法师??。她好像是和三只铃当响一边进行魔法秀一边旅行。虽然美丽的合声很重要，但是其中一只铃当响很爱撒娇，让她很伤脑筋的样子...

小智一行人在旅途中，遇见一只负伤的利欧路。虽然小智想要靠过去帮它疗伤，但严加警戒的利欧路在突然发出「波导弹」後逃走了。

小智一行人在旅途中，遇见一只负伤的利欧路。虽然小智想要靠过去帮它疗伤，但严加警戒的利欧路在突然发出「波导弹」後逃走了。这时候，正在追踪利欧路的宝可梦保育家创一出现了。与创一同行寻找利欧路的小智一行人，遭到宝可梦猎人们的袭击...

火箭队追著小智一行人来到位於湖畔的宝可梦中心。结果，武藏的毒粉蝶发现一只颜色不同的毒粉蝶，飞到湖上了。此时，自称大树的少年出现，对武藏表示「我的毒粉蝶与你的毒粉蝶看来是陷入了爱河的样子呢！」听说这个季节，受到映照於湖面的满月光辉导引，恋爱的毒粉蝶们会聚集到湖上，越过天冠山进行迁徙的样子。而且，今天正是那个满月之日！

知道毒粉蝶恋爱了，让武藏想起年少时期心酸的恋爱回忆。这时候，突来的落雷击毁湖边的岩石，使得湖水外流，这样下去会让毒粉蝶无法进行迁徙的！在这种状况下，武藏到底会采取什麼行动！？而毒粉蝶的恋情又会如何发展？

旅途中，在森林里享用午餐的小智他们，遇见带著「小鼠宝可梦」皮丘与「鼠宝可梦」雷丘的少年──阿庄。突然间，阿庄误以为小智的皮卡丘是野生的宝可梦，为了要收服它而打算以雷丘进行对战。阿庄好像是想要培育最强的皮丘、皮卡丘、雷丘进化组合的样子。

小智与皮卡丘在明白状况之後，与阿庄进行了对战，但是受到雷丘活用体格的「破坏死光」而被打败。随後，陷入濒死状态的皮卡丘在宝可梦中心接受治疗後，总算是恢复了意识，而他一醒来就拼命的向小智表达想与雷丘进行复仇战的意志。但是，认为保持现状无法赢过雷丘的小智，拿出了某样道具！

在前往湿原市的旅途中，小智一行人在某个城镇的宝可梦中心休息。正巧，交谊厅的萤幕上，播出了立志湖畔将举行宝可梦华丽大赛‧米可利杯的消息。没想到，是爬上丰缘地方冠军大师地位，现在已登峰造极取得华丽大赛大师这个不可动摇地位的米可利，要在神奥地方举行宝可梦华丽大赛。於是，连续在2场大会的第一次审查中落败而失去自信的小光，决心要以米可利杯做为复出战！这时候，得知米可利趁著休假来到附近的小智一行人，在附近的湖泊偶然看见「爱怜宝可梦」美纳斯与米可利的身影，但是…

小智一行人为了迎接某个人而来到立志湖畔附近的立志港。接著伴随著「好像好久不见了」的声音现身的人…竟然是小遥！小遥与小智等人因为久别重逢而欢欣不已。没想到，原来小遥也登记参加了米可利杯。而一行人前往小遥预约的立志湖畔人气NO.1餐馆「七星级七星饭店」用餐。不过，在这家饭店，必须要以双打对战赢过喜欢宝可梦对战的老板千秋以及他的未婚妻千夏，才能够吃得到料理。於是，小智与小刚、小光与小遥各自组成双打！究竟小智一行人，能不能吃到豪华料理呢？

小智一行人来到将连续三天举办宝可梦华丽大赛‧米可利杯的会场湖滨渡假村，就在那里，见到为了参加米可利杯而来的小望。这次大会在巨蛋中央特别设置了有著巨大水池的舞台，让会场观众也兴奋不已！接著，迎接评审委员米可利後，米可利杯终於开始了。不过，因为连续2次大会失败而失去自信的小光，在正式上场前显得紧张不安。小望带了新伙伴「飞鱼宝可梦」萤光鱼、小遥派出「龟宝可梦」卡咪龟，而小智则是以米可利建议的泳气鼬挑战华丽大赛！大家都在米可利杯成为劲敌。究竟最後，小光能够通过第一次审查吗？

平安通过米可利杯第一次审查的小智一行人，回到湖畔度假村的旅馆，回顾各自的旅行彼此交流。这时候，小智与皮卡丘到附近的湖边散步，而湖泊中心突然有什麼在发光，并出现有著类似生物姿态的影子。然而就在要靠过去的那一瞬间，影子消失了。遇上这种奇妙体验的小智回到旅馆，与小光他们针对湖的传说进行讨论。然後，终於要迎接米可利杯的第二天！确定在第二次审查打头阵的小光以卷卷耳挑战华丽大赛！另一方面，小智遭到使用「灯宝可梦」电灯怪的难缠协调训练家阻挡。小智、小光、小遥及小望各自的对战赛，到底会如何演变？

终於到了米可利杯的最後一天，赢得胜利晋级到准决赛的小光、小遥、小望，还有以些微差局击败小智的海斗等四位选手，展开了绚丽的华丽对战赛！！准决赛的对战分组是小光VS海斗、还有小遥VS小望。小光为了实现与小望在最终舞台战斗的约定，做好万全准备与波加曼共同迎接对战赛。对手海斗的宝可梦是「流氓宝可梦」铁螯龙虾。小光能击败海斗，晋级到最终舞台吗？还有，小望的魅力喵与小遥的「蝴蝶宝可梦」狩猎凤蝶展开激烈对战！究竟最後，称霸米可利杯拿下优胜的人到底会是谁！？

小智一行人在前往湿原市的旅途中，在某个池边遇到追著「薄翼宝可梦」阳阳玛的新人训练家大成。看样子，大成与他命名为恰比的波加曼才刚刚开始旅行。听说他为了收服第一只碰到的宝可梦，连续追踪了三天，但是却总是被阳阳玛给逃掉。知道状况後，小智一行人决定帮忙大成进行第一次收服。在接受对战建议的同时，终於成功击倒阳阳玛的大成正要投出精灵球的那一瞬间，有人从池底出现了！没想到、那竟然是企图抢夺阳阳玛的火箭队！

为了下一场道馆战进行特训的小智一行人遇见了真司。小智与真司果然一见面就因为彼此对宝可梦的看法不同争论起来。激动起来的小智要求进行对战，但是真司拒绝接受并准备离去。这时候，小火焰猴对真司提出对战的诉求。被小火焰猴打动而开始对战的真司，派出了圈圈熊…

终於抵达湿原市的小智一行人，马上前往道馆。虽然他们当场对道馆馆主吉宪提出进行道馆战的要求，却因为对方有事而遭到拒绝，反倒还陪著吉宪去处理事情。而一行人搭乘火车到达的地方，是湿原大溼地。走著走著，从一望无际的广阔草原中传来奇妙的叫声，还有无数的不良蛙随之出现。原来这天是一年一度，举办「不良蛙祭典」的日子…

小智与宝可梦们在道馆战之前进行最後调整。过程中，正在集中精神的泳气鼬被皮卡丘练习时发出的绝招命中，因此受了伤。这时候出现的人，是带著浮潜鼬出现的湿原道馆馆主吉宪…。在终於开始的道馆战中，面对吉宪派出的先锋暴鲤龙，小智决定以皮卡丘挑战。虽然团队合作留有不安因素，但是…

在前往缘之市的旅途中，小智一行人在草原遇见「星形宝可梦」皮宝宝与美丽的女仆莫妮卡。这时突然下起大雨，於是大家前往莫妮卡工作的宅第避雨。大方欢迎他们的屋主羡慕先生，平常会到各地去收集宝可梦，让它们在引以自豪的後院里玩耍，还对训练家及培育家开放後院。接著，一到点心时间，众多宝可梦就从後院聚集到宅第，高兴的开始吃点心。这时候，不知从哪里冒出来的「猪宝可梦」小山猪出现，把大家的面宝吃掉了。小光虽然为这只大胃王小山猪制作了面宝，但是…

小智一行人在旅途中吃午餐时，天蝎跑来向小智表示要做对战练习。感受到天蝎想要变强的心情，小智开始替它进行特训。但是，受到以前与真司的天蝎王对战产生的影响，对於对战有恐惧感的天蝎在面对泳气鼬及草苗龟时怕得逃跑了。这时候，他们与正要前往立志湖调查传说中宝可梦的劲敌小茂久违重逢，并且决定由他来当天蝎的练习对象。可是，即使有小茂的明确建议也无法克服恐惧感的天蝎，让小智很烦恼。突然间，小茂表示「使用这个的话恐惧感也会减轻吧」并且拿出某个道具。这该不会是…

抵达缘之市的小智一行人，前往缘之道馆挑战上次因为道馆馆主不在而无法进行的道馆赛。但是，这次又因为道馆训练家不在所以无法对战，让小智非常沮丧。这时候，偶像宝可梦风格设计师芭莉丝与「兔子宝可梦」长耳兔一同现身。接著，看到小光的卷卷耳之後，她建议小光去参加明天举行的缘之时装大会。缘之时装大会是开放给所有人参加的宝可梦手工流行饰品发表会，而且，赢得优胜的话还可以登上宝可梦流行杂志成为特写人物。结果小光要让卷卷耳参加，小智也不知怎麼的决定让皮卡丘出场，但是…到底会怎麼样呢？

小智一行人在前往神和镇的途中，在深谷中唯一的道路上遇见三只可达鸭。想要通过这条路的小智一行人，不明究理地碰上可达鸭们一起攻击挡道的路霸行为。想要设法通过的小智一行人挑战对战，却对可达鸭们的合力攻击毫无招架之力。考量到可达鸭当路霸或许是有什麼原因，小智一行人将要…

小智一行人在旅途中，决定要到天冠山山麓去参加山梨博士主办的宝可梦暑期讲座。暑期讲座是个聚集由四面八方而来的训练家，让大家在一周内共同生活，与众多宝可梦接触学习的地方。而且各个训练家会分为红组、蓝组与绿组进行班级对抗，竞争得分。第一天的课程兼具自我介绍的功用，是让每个人从山梨研究所管理的精灵球当中选出一颗，与当中的宝可梦培养感情後，再彼此进行宝可梦对战！！但是会选到哪种宝可梦当伙伴，都要看选到的精灵球。小智选到的精灵球是…？

宝可梦暑期讲座第三天的课程是观察宝可梦。大家要与在讲座附近的湖泊里的水系宝可梦接触交流，并且依照班别向老师报告观察结果。小智一行人立刻前往湖边，以素描或是一起游泳的方式观察自己选择的水系宝可梦。然後突然间，湖泊远处有青色光芒在闪烁，而小智一行人发现小葵的小猫怪不见了。这时候，分在蓝组却一起跟来的考平，告诉大家这座湖有著传说，内容是「当不可思议的青色光芒闪烁之时，宝可梦就会消失不见」。究竟小猫怪身在何方？还有，青色光芒的真面目到底是什麼？

宝可梦暑期讲座第五天的课程，是学习与幽灵系宝可梦的正确接触方式。规则是各班同学两两分组，取得放在附近山上遗迹的课程奖牌并带回校区，换句话说就是试胆大会。於是，小智与小葵一组，小光和小刚则分别与班上同学一组。另一方面，蓝组的考平不知道为什麼，受到应该没有参加讲座的小女孩邀约搭档。活动当中，以遗迹为目标前进的小光，目击到据说会把人带往灵界的「握爪宝可梦」夜黑魔人袭击考平的场面。但是，应该与考平同行的小女孩却不见踪影。这到底是怎麼一回事？

宝可梦暑期讲座最後一天的课程是暑期讲座最大的活动──宝可梦铁人三项。这是活用在一周内学到的事物与经验，与宝可梦合作越过三道难关抵达终点的竞赛。首先是在起跑地点选择讲座所准备的精灵球，与当中的宝可梦共同穿月森林前往湖泊。然後在湖边选择下一颗精灵球，与水系宝可梦渡过湖泊，最後是要与自己平时搭档的宝可梦一起通过终点。追在考平的蓝组之後，排名第二的小智他们红组，企图靠这场宝可梦铁人三项反败为胜。究竟最後，赢得优胜的到底会是哪一班呢。

以神和镇为目标的小智一行人在旅途中，带著特训过度累倒的波加曼前往宝可梦中心。此时，在宝可梦暑期讲座度过悠哉生活，又靠充足打工薪资维持三餐不缺还睡午觉的富足生活的火箭队，正在爬坡追踪小智一行人。但是，一下就累的他们决定到附近的餐厅吃豪华午餐。这一去，让武藏发现喵喵的异变，它头上的「金币」竟然被赘肉埋起来了！而且还发现武藏与小次郎也胖到圆嘟嘟的。这种情况下，朝著「犀利、冷酷而且饥饿的恶人中的恶人」这个火箭队原始形象，决心回归原点的武藏他们开始进行特训，但是…。究竟火箭队能不能抓到小智的皮卡丘呢！？

旅途中，前往某个城镇的宝可梦中心时，小智一行人与正和陌生对手进行华丽对战赛的小望重逢、并且开始观战。但是小望毫无招架之力的败在使用梦妖魔的训练家手下了。原来，她的对手正是缘之道馆的道馆训练家梅丽莎。梅丽莎是为了以训练家的身分收服宝可梦、累积对战经验并创造专属对战风格而旅行。曾以协调训练家身分有活跃表现的她追求的是，华丽大赛的美感！以及道馆战的激烈！集两者於一身的原创对战风格。面对如此表态的梅丽莎，小智要求进行宝可梦对战，小光则是华丽对战赛，但是…

在前往神和镇的旅途中，小智一行人在山中小屋休息。这时候，得知附近药铺评价不错的小刚，在将整理好的照顾事项清单交给小智後就出去采买了。依据记事内容，首先要帮宝可梦冲澡。小智与小光很快就分工把宝可梦们打理乾净。再来是午餐时间。小光亲自下厨做松饼给大家吃，顺利的处理好这项工作。这时，小智与小光发现帕奇利兹因为发高烧而难过不已。但是，在附近没有宝可梦中心，小刚又不在的情况下，不安的两人开始互相指责「都是小智用冷水去冲它！」「是小光的松饼害它吃坏肚子！」就此大吵一架。帕奇利兹到底会怎麼样呢！？

抵达神和镇的小光一行人，在华丽大赛前与小光的母亲彩子通电话，谈到她以前的劲敌百合。百合是20年前，连战连胜的协调训练家彩子初次输掉的对手，目前已从协调训练家界引退，以帮训练家及宝可梦做风格设计的顶尖宝可梦风格师身分走遍世界。小光得知百合的店在附近於是去拜访，却因为人不在而扑空，只好直接前往华丽大赛会场。接著，宝可梦华丽大赛‧神和大会开始了！小光和卷卷耳在休息室等待参加第一次审查，这时休息室的萤幕上显示出第一次审查的首位协调训练家。没想到，那竟是睽违20年後复活的，带著「樱花宝可梦」樱花儿的百合！

华丽大赛结束後，小智一行人正要出发前往缘之市。这时候电视上播出临时新闻插播，内容是「从百代市送往神和镇历史研究所的传说中的宝玉『金刚玉魂』，遭到银河队袭击抢夺」。同时得知冠军‧竹兰来到历史研究所的小智一行人决定去见她。久违重逢的竹兰，将她担任研究所馆长的祖母芥子兰与研究神奥时空神话的赤日介绍给大家认识。在赤日的提议下，芥子兰让小智一行人观看研究所保管的另一颗宝玉「白玉魂」。突然间，激烈的晃动伴著研究所外的爆炸声一起出现。原来，这都是银河队搞的鬼！

想夺走传说中宝玉「白玉魂」的银河队突然出现在小智一行人面前，对手有指挥作战的镇星、带著「山猫宝可梦」东施喵的夥星，以及无数的大嘴蝠。为了从银河团手中保护宝玉，竹兰派出烈咬陆鲨与「海牛宝可梦」海牛兽，小智一行人也和宝可梦们合力对抗。於是，「白玉魂」争夺战越加激烈。突然间，协助研究所警备工作的警官抢走「白玉魂」打算逃跑，而他们竟然是变装成警官的火箭队。究竟最後「白玉魂」的去向如何？还有，高呼「创造新世界」口号的银河队目的为何？现在，被称为神的宝可梦帝牙卢卡与帕路奇犽，以及两颗宝玉的关系即将揭晓！！

小智一行人在前往缘之市的旅途中，决定拜访小葵在随意镇经营「抚养屋」的老家。为久别重逢欣喜不已的小智一行人，向小葵询问在路上听说的「随意镇出现围巾怪物」的谣言，得到了那只是谣言的否定。然而，就在小智说出「在森林里看到类似身影」的那瞬间，小葵就想到有急事要办而冲出门。觉得担心的小智一行人决定跟过去，结果发现站在小洞窟入口前的小葵。看来在双亲出门这段时间，小葵以抚养家身分受托照顾的宝可梦就在这个洞窟里，而那与传言中的围巾怪物似乎有关系…这到底怎麼回事！？

小智一行人在旅途中经过的城镇，莫名聚集了大批人潮，原来是四天王中的阿柳要进行公开练习！观摩之後，小智一行人因缘际会的受邀前往阿柳的训练中心。那里的虫系宝可梦们都过著悠闲地生活。参观时，小光发现一张照片，在上面的是还很年幼的阿柳与「芋虫宝可梦」刺尾虫。据说那是阿柳初次收服的对象，如挚友一般的宝可梦。但是，周围怎麼看都没有像是那只刺尾虫的宝可梦。面对询问刺尾虫去向的小智一行人，阿柳也只是含糊应对。难以启齿的四天王的过去，那到底是怎麼一回事呢？

为了观赏冠军大师防卫战，绕到某间宝可梦中心的小智一行人遇上好久不见的真司。可是，为了小火焰猴吵起来的两人，决定进行对战！小智以草苗龟挑战真司的「老大宝可梦」乌鸦头头！而对战一开始，面对乌鸦头头的强力绝招，小智这方逐渐被逼入绝境。这时候，接下乌鸦头头攻击的草苗龟，竟然进化成树林龟！虽然想一口气发动攻势，树林龟不如以往俐落的动作却令小智困惑。但是，一旁有个冷静看著那样的树林龟的身影。那是真司的土台龟…

为了这次一定要和梅丽莎进行道馆战，小智一行人再度来到缘之市。此时突然有个陌生训练家撞了过来！但是，那个训练家撞到人还毫无歉意，叫著「在搞什麼啊！」就跑走了。一时目瞪口呆的小智他们也记起「目的是道馆战！」而重新鼓起斗志，结果却又白跑！因为挑战一再受阻而失望的走在路上时，又再度与人相撞了！抬头一看就发现眼熟的身影。他的名字叫阿驯，看来是与搭挡帝王拿波一起以成为世界上最强的训练家为目标，而且还说崇拜的对象是真司！？小智到底要怎麼办呢？

小智终於要迎接与缘之道馆的道馆训练家梅丽莎的道馆赛！梅丽莎派出的第一只是「影子宝可梦」的耿鬼，小智则选择了泳气鼬。虽然泳气鼬自负在对战时有绝对的自信，却因为耿鬼那幽灵系特有的动作而陷入严峻苦战！更雪上加霜的是，梅丽莎的宝可梦使出最擅长的绝招「催眠术」！为了防堵这个战术而再三特训的小智与宝可梦们，终於面临测试秘密计策的时刻，但是…。究竟最後，小智能不能从梅丽莎手中取得胜利，拿到第五个徽章呢？

经过飞行船航程，小智一行人抵达水脉市。可是，埋伏在那的火箭队的圈套，让小智一行人和手边的宝可梦都走散了。想著「先找到就能收服！」的武藏、小次郎为这大好良机而狂冲！小智等人也急忙追赶上去！另一方面，在小智等人正在搜寻的皮卡丘面前出现的，是火箭队的喵喵。虽然理所当然的警戒，但喵喵的样子和平常不同：？它竟然说要退出火箭队，成为小智一行人的同伴！於是，皮卡丘它们和喵喵一起行动。究竟喵喵的真实心意为何？皮卡丘它们能够平安回到小智一行人身边吗？

水脉市由众多岛屿组成，小智一行人造访了其中设有水脉道馆的岛屿。虽然提出道馆战的要求，但现身的人却是有严重黑眼圈的道馆弟子。告诉小智一行人道馆训练家不在的弟子，甚至在打了个大呵欠之後就直接站著睡著了！正当大家感到不可思议开始观察的时候，对方却突然发出惨叫惊醒、然後跑走了。不明所以的小智一行人，到镇上的警局去问询问君莎小姐才知道，这座岛上的人似乎都因为每晚做恶梦导致睡眠不足。而且，询问缘由後更听到了惊人的答案！原因竟然是「暗黑宝可梦」…