Ezra, après avoir accumulé beaucoup de pouvoir, mène une mission pour libérer l'équipage de son vieil ami Hondo Ohnaka. Pendant ce temps, le Grand Amiral Thrawn, un grand stratège militaire au service de l'Empire Galactique jure d'anéantir la rébellion qui ne fait que croître...

Ezra et Kanan, à bord d'une corvette coréllienne, se rendent à un rendez-vous avec un ravitailleur mais, une fois sur place, ils trouvent le ravitailleur endommagé et dérivant dans l'espace. Ils apprennent par un rescapé qu'« une lame rouge » est à la poursuite de l'équipage du Ghost. Craignant la venue d'un nouvel Inquisiteur, Kanan contacte Hera et l'informe de la menace mais il est trop tard : la lame rouge n'est autre que Maul. Ce dernier souhaite récupérer l'Holocron Sith ainsi que l'Holocron Jedi de Kanan sinon il exécutera les rebelles prisonniers. Kanan accepte à contrecœur.

De retour sur Atollon, Kanan emmène Ezra dans la clairière où il a rencontré Bendu. Après avoir été encerclé par des araignées Krykna, Bendu apparaît. Ezra lui expose la situation et la créature comprend le plan de Maul : il veut réunir les deux Holocrons afin de pouvoir bénéficier du savoir infini. Bendu leur indiqua que l'Holocron se trouve dans la tanière des Kryknas. Kanan décide donc de laisser Ezra pénétrer dans les tunnels sans sabre laser et en le guidant via la Force depuis l'extérieur. Après que les communications soient coupés, Kanan rentra à son tour dans les tunnels et rejoignit Ezra. Ensemble, ils réussirent à récupérer l'Holocron Sith. En sortant, Bendu leur indique que le conflit intérieur de Kanan est terminé et il les met en garde sur la dangerosité de réunir les deux Holocrons.

Entre-temps, Maul tourmenta avec la Force l'esprit d'Hera pour qu'elle lui révèle l'emplacement de l'Holocron de Kanan. Il mit la main sur le précieux objet assez rapidement mais il n'arrivait pas pour autant à l'ouvrir, car seul un maître du côté lumineux le pouvait. Hera, Sabine, Zeb et Chopper profitèrent d'une occasion pour se libérer et attaquer le Zabrak mais ils furent tous maîtrisés, Maul se retenant de les tuer tant qu'ils lui seront utile.

Les deux Jedi arrivèrent au repaire de Maul et sont séparés par le Zabrak. L'ancien Sith tente une nouvelle fois de tuer Kanan en l'éjectant dans l'espace avant de rejoindre Ezra et d'ouvrir ensemble les Holocrons. Les droïdes sous les ordres de Maul reçoivent l'ordre de tuer l'équipage du Ghost mais ces derniers sont sauvés par Kanan, qui réussit à revenir dans la base. Il essaye alors de ramener Ezra à la raison, ce dernier étant aveuglé par le savoir infini. Au final, l'apprenti Jedi rompt la liaison entre les Holocrons et Maul en profite pour fuir.

L'épisode commence par la destruction totale d'un convoi rebelle par une escadre d'intercepteurs TIE. Après avoir été mis au courant de la perte du convoi, les rebelles ont reçu des informations importantes : des cadets de l'académie de pilotage Skystike seraient prêts à rejoindre la Rébellion. Sabine est alors envoyée sous couverture à l'académie. Ezra et Kanan restent en retrait non loin de l'académie, en cas d'extraction. Après plusieurs entraînements sur simulateur, Sabine finit par trouver les cadets en question : Rake Gahree, Derek « Hobbie » Klivian et Wedge Antilles. Pendant ce temps, l'agent Kallus et la gouverneur Pryce arrivent à l'école des TIE, eux-aussi au courant d'une désertion imminente de cadets. Pryce met alors au point un plan pour les démasquer.

Le lendemain, un exercice en situation est lancé. Sabine, Wedge, Rake et Hobbie, à bord de leur chasseur TIE, profite de l'intervention de la corvette rebelle d'Ezra et Kanan pour quitter la formation impériale. Ayant démasquer les traîtres, Pryce dévoila alors son plan : elle désactive les TIE rebelles et ordonne au capitaine Skerris, l'un des pilotes d'intercepteur TIE, de détruire l'un d'entre eux. Rake fut alors tué dans l'explosion de son vaisseau. L'intercepteur TIE attaqua ensuite le briseur de blocus rebelle, qui dut battre en retraite, abandonnant Sabine et les autres.

La jeune rebelle et les deux cadets renégats sont amenés devant Pryce pour interrogatoire, où Wedge y révèle accidentellement l'identité de Sabine. Pendant que Kallus emmène les deux pilotes en cellule, Pryce continue l'interrogatoire de Sabine mais cette dernière finit par se libérer et neutralise la gouverneur. La Mandalorienne retourne délivrer Wedge et Hobbie et tout trois tentent de fuir les lieux, aidés par Kallus qui règle sa dette d'honneur envers Zeb. Les trois rebelles décollent de l'académie à bord d'un bombardier TIE mais sont pourchassés par Skerris. Le bombardier est sévèrement endommagé mais est sauvé de justesse par le Forceur de blocus d'Ezra, revenu les secourir. Ensuite, tous finirent par quitter le système. Sur Atollon, Sabine présente Wedge et Hobbie au commandant Sato, qui les accueille dans la Rébellion.

L'équipe du Ghost arrive sur Ryloth pour venir en aide à Cham Syndulla et son groupe. Les Twi'leks font face à un gain d'efficacité des forces impériales sur la planète. Cham pense qu'il a sous-estimé leur commandant, le Capitaine Slavin. Il indique aussi que la demeure familiale des Syndulla sert de Quartier général aux impériaux et que leur Kalikori, un fétiche transmis de génération en génération, s'y trouve encore. Hera décide donc de le récupérer.

Pendant que le reste des rebelles font diversion en occupant les impériaux, Hera, accompagnée par Ezra déguisé en Scout-Trooper et Chopper, rejoigne le QG de l'ennemi. Elle retrouve rapidement le fétiche mais est surpris par Slavin et son supérieur, celui responsable du regain "d'efficacité" impérial : Thrawn. Si Slavin ne sait pas qui est réellement Hera, Le Grand Amiral la démasque rapidement ainsi qu'Ezra.

Thrawn emmène le Kalikori avec lui tandis que Slavin demande aux rebelles un échange : Hera et Ezra contre Cham. Ce dernier accepte, ne voulant pas qu'il arrive du mal à sa fille. Pendant ce temps, Chopper, toujours en liberté, retrouve Hera et Ezra. La Twi'lek indique à Chopper de prendre les explosifs de l'armurerie et de les placer dans toute la maison. L'Echange commence quand Chopper arrive et fait sauté la maison. Les rebelles profitent de la pagaille pour fuir. Thrawn, regardant la scène depuis son croiseur, décide de les laisser partir.

Le Ghost se rend sur Agamar pour trouver des munitions. Ezra, Kanan, Zeb, Chopper et Rex se mettent à fouiller l'épave d'un transporteur séparatiste écrasé à la surface de la planète. Rex trouve des bombes à protons mais le groupe, à l'exception de Chopper, est capturé par des droïdes de combat encore actifs. Ces derniers sont conduits devant leur leader : Kalani, un super-droïde tacticien. Ce dernier avait anticipé l'ordre de désactivation comme une ruse de la République et propose un marché à Rex : finir la Guerre des Clones une bonne fois pour toute dans une dernière bataille. Rex, après avoir écouté Ezra, accepte. Pendant ce temps, Hera et Sabine, toujours à bord du Ghost en orbite, battent en retraite face à un Destroyer Impérial qui se rend sur Agamar, ayant intercepté un message de Chopper.

Le but de la bataille est que Kanan, Ezra et Rex, relâchés à l'entrée de l'épave, arrivent au centre de commandement du vaisseau et libèrent Zeb. Les Jedi et le clone neutralisent les vagues de droïdes de combat et de Droïdekas pour réussir finalement à atteindre la passerelle de commandement. Mais, au moment où Rex s'apprête à détruite Kalani, Ezra l'en empêche et les fait réfléchir sur qui est le vrai vainqueur de la guerre : l'Empire. À ce moment, le Destroyer est en approche de l'épave.

Après que des Stormtroopers aient attaqué des droïdes de combats, Kalani accepte les arguments d'Ezra et fait la paix avec ses anciens ennemis. Puis, ils mettent ensemble au point une stratégie : ils utiliseront les bombes à protons pour détruire les TB-TT et permettre de fuir avec les navettes que Chopper a trouvé dans le hangar. La stratégie fonctionne et tous quittent Agamar. Rex et Kalani admettent qu'ensemble, ils ont tous gagné la Guerre des Clones. Kalani décide alors de partir de son côté. Les Rebelles rejoignent ensuite le Ghost et annoncent à Hera qu'ils ont un nouveau Phantom.

Les Rebelles ont perdu le contact avec le groupe des Protecteurs sur Concord Dawn. Hera y envoie donc Sabine, Ezra, Chopper et Fenn Rau, retenu parmi les rebelles depuis sa capture, à bord du Phantom II. Dès leur arrivée, Rau tente de s'enfuir mais ils découvrent le camp des Protecteurs entièrement détruit. Pris de colère, Rau accuse Sabine et Erza d'être responsable du massacre de ses hommes.

Au même moment, un commando de l'Empire, composés de mandaloriens, approche de la base. ces derniers capturent Erza ainsi que Chopper et le chef du commando, Gar Saxon, commence à les interroger, le rebelle se faisant d'abord passer pour un pilleur d'épave du clan Ohnaka, puis pour Lando Calrissian, avant de révéler sa nature de Jedi pour sauver Chopper. Pendant ce temps, Rau espionne les mandaloriens et apprend de Gar Saxon que c'est son commando qui a tué les Protecteurs, au nom de L'Empire. Rau fait donc une paix temporaire avec Sabine. La mandalorienne récupère un Jet-pack sur un des commandos et libère Ezra et Chopper avant de voir Rau s'enfuir à bord du Phantom II.

Le Commando Impérial encercle les rebelles et Saxon reconnais Sabine. Il lui rapporte le déshonneur qu'elle a jeté sur sa mère et son clan en rejoignant la Rébellion et lui demande prêter serment d’allégeance à lui pour éviter la mort d'Ezra. Sabine, avec l'aide de Chopper, réussit à les neutraliser temporairement et les trois rebelles fuient vers le vaisseau des mandaloriens, pourchassés par le commando dans une poursuite en jet-pack. Arrivés au vaisseau, Sabine et Ezra sont de nouveau vaincus mais, au moment où Saxon s'apprêtent à les tuer, Rau les sauve et détruit la navette mandalorienne, piégeant Saxon sur Concord Dawn. En repartant, Rau félicite Sabine de ne pas avoir oublié ses coutumes et décide de rejoindre à son tour la Rébellion.

Le Ghost escorte un convoi rebelle sur la planète Mykapo, où des sympathisants de la cause sont sous le feu des impériaux. À leur arrivée, ils virent un vieux cargo braver le feu des TIE et détruire un transport impérial en utilisant des containers piégés. Après que l'Empire se soit replié, l'équipage du cargo se présente comme étant l'Escadron Iron. Hera fait un rapport au Commandant Sato, qui lui apprend que l'Escadron Iron est commandé par son neveu, Mart. Sato demande alors à Hera de le mettre en sécurité. Pendant ce temps, Thrawn, mis au courant des combats au-dessus de la planète, y envoie l'Amiral Konstantine avec un croiseur léger.

Mart et le reste de l'Escadre Iron souhaite rester sur Mykapo pour combattre. Alors que le Ghost repart avec le convoi pour Atollon, Ezra, Sabine et Chopper reste sur place avec le Phantom II. Peu après, Konstantine sort de l'Hyperespace et attaque les rebelles. Malgré l'obstination de Mart, les rebelles embarquent le reste de l'Escadre, Gooti et Jonner, et leur droïde R3 sur leur navette. Mart tente de détruire le croiseur mais le cargo est immobilisé et le Phantom II est contraint de quitter le système.

Après avoir reçu un appel à l'aide de Mart, le Ghost retourne sur Mykapo et attire l'attention de l'Empire pendant que R3 et Chopper désactivent la magnéto-mine. une fois la mine accroché sur un container, le Ghost remorque le cargo, appuyé par Sato, tout juste arrivé à bord du Liberator. Mart largue la charge sur le croiseur qui est sévèrement endommagé. L'instant d'après, Le destroyer de Thrawn arrive et les rebelles quittent le système pour Atollon.

L'équipage du Ghost passe un marché avec Hondo et Azmorigan : Le Groupe récupère la Cargaison d'un transport de fret impérial en perdition sur la planète Wynhahthu et les Rebelles pourront garder les bombes à protons qui se trouve à bord. Avec l'aide d'AP-5, le Ghost approche du vaisseau et largue Zeb, Ezra, Hondo, Azmorigan et Chopper à son bord.

Après être tombé sur un des survivants de l'ancienne équipe de Hondo, il s'avère que le Pirate avait déjà attaqué le transport de fret mais qu'il avait été pris dans la tempête au-dessus de la planète et en avait perdu le contrôle. En arrivant dans la soute, l'Equipe commence la récupération des bombes à proton tandis qu'Hondo et Azorigan se disputent sur le partage des richesses de la cargaison. Azmorigan se sépare du groupe et disparaît. Zeb part à sa recherche et est capturé par un Droïde sentinelle impérial, qui l'emprisonne avec Azmorigan.

Alors que Sabine et Ezra continuent le chargement des bombes à protons sur le Ghost, Chopper perd le contrôle des stabilisateurs du vaisseau qui commence à s'enfoncer de plus en plus dans la tempête. Ezra retrouve Zeb et Azmorigan dans les geôles de l'appareil et commencent à repartir vers la soute. Après qu'Azmorigan ait tiré sur la Sentinelle, les autres Sentinelles s'activent et se mettent à attaquer les rebelles. Tandis que Zeb et Ezra retardent les Droïdes, Hondo, Azmorigan et Chopper remontent via les treuils à bord du Ghost. Lorsque les deux derniers rebelles font de même, les droïdes détruisent leur treuil, ce qui manque de faire plonger Zeb et Ezra dans le vide de la tempête. Heureusement, le Lasat attrape le câble et remonte à bord du vaisseau rebelle avec le jeune Jedi sur son dos. Après que Kanan ait coupé l'autre câble, le Transport disparaît dans la tempête de la planète, laissant le Ghost partir avec sa cargaison.

Kanan, Chopper et Ezra retournent sur Lothal à la demande de Ryder Azadi. Ce dernier a formé un groupe de rebelles, avec parmi eux de vieux amis d'Ezra, qui ont infiltré l'usine impériale de Lothal et produisent des véhicules défiants qui explosent. Les rebelles souhaitent entrer dans l'usine pour récupérer des infos sur le projet secret de l'Empire en vue du bombardement de l'usine.

Grâce à Mr Sumar, l'ami d'Ezra, les rebelles, en tenue d'ouvriers, entrent dans la chaîne de montage mais Le Grand Amiral Thrawn arrive dans l'usine pour enquêter sur les défiances des véhicules construits. Il fait tester un moto-speeder par Mr Sumar, qui finit par exploser, le tuant sur le coup. Kanan et Ezra en profitent pour s'éclipser, voler des uniformes et les plans de l'arme secrète. Durant leur fuite, ils rencontrent l'Agent Kallus, qui les aident, leur expliquant qu'il est un Fulcrum.

Avec l'aide de Kallus, Kanan contacte Ryder pour préparer leur sortie de l'usine. Après avoir assommé l'Agent du BSI, les Rebelles fuient avec un AT-DP, aidé par Ryder et son groupe de rebelles. Sur Atollon, Sabine décrypte les plans impériaux : un nouveau chasseur TIE équipé de boucliers déflecteurs. Kanan en profite pour révéler le changement d’allégeance de Kallus, Zeb expliquant qu'il a dut le recruter sur la lune de Geonosis "par accident". Pendant ce temps, Thrawn élabore un stratagème pour capturer la taupe dans les rangs impériaux.

Alors qu'Hera entame un briefing sur le bombardement de l'usine de Lothal, Ezra est en proie à des visions, voyant Maul se balader librement sur la base rebelle. Après un incident où le jeune Jedi a failli tuer un soldat rebelle qu'il prenait pour le Zabrak, Kanan l’emmène auprès de Bendu, qui comprend qu'Ezra a réuni les holocrons.

Ezra souhaite que ses visions cessent. Mais Maul est bel et bien sur Atollon et les retrouvent, alors que Bendu disparaît. Maul expliquent à Ezra que les informations des holocrons ont été mélangé et contenu dans leur deux cerveaux et souhaite que chacun découvre ce qui veut savoir. Ezra, malgré les réticences de Kanan, accepte et part avec Maul. Mais Kanan le suit à bord du Phantom II, avec l'aide de Sabine.

La navette de Maul se pose sur Dathomir, près du temple abandonné des Sœurs de la Nuit. Maul explique qu'il a réunit de nombreux objets de son passé, dont un sabre laser mandalorien. Grâce au pouvoir des Soeurs de la Nuit, Maul et Ezra réunissent leur informations et complètent leur savoir, mais ils réveillent les esprits des Sœurs qui réclament du Sang et de la Chair. Au même instant, Kanan et Sabine arrivent et se font envoûtés par les fantômes.

Après avoir échappés aux rebelles envoûtés, Maul tente à nouveaux de corrompre Ezra en l'insitant à abandonner ses amis pour le suivre. Le jeune Jedi refuse, laissant le Zabrak fuir la planète. Ezra affronte ensuite Sabine, qui utilise le Sabre Laser Noir, avant de la délivrer de l’envoûtement. Il retourne ensuite aider Kanan, apprenant que les Soeurs de la Nuit veulent utiliser son corps pour reformer leur Clan. Après avoir libéré Kanan, Ezra détruit l'autel d'invocation, anéantissant les esprits par la même occasion. Ezra apprend alors à Kanan ce qu'il sait : la clé pour détruire les Sith est Obi-Wan Kenobi mais que Maul est aussi à sa poursuite pour se venger. En repartant, Sabine récupère le Sabre Laser Noir.

Les rebelles sont envoyés, à la demande directe du Sénateur Bail Organa, sur Géonosis. Organa leur explique qu'un commando fut envoyé sur la planète pour enquêter sur la disparition totale de la population mais qu'ils n'ont plus donné signe de vie. Le Ghost atterrit en pleine tempête sur la dernière position connue du commando : l'entrée d'un réseau de tunnels géonosien dans lequel s'engouffre Kanan, Ezra, Chopper et Rex. Pendant ce temps, Sabine et Zeb tentent de trouver une source d'énergie proche.

Le Lasat et la Mandalorienne trouvent la source d'énergie, un générateur de bouclier, et tentent de ramener le noyau déflecteur sur le Ghost. Au même moment, Les deux Jedis et le clone tombent sur des casques appartenant au commando rebelle. Ils se retrouvent ensuite nez-à-nez avec des droïdes de combats. Le combat tourne à l'avantage des droïdes quand les rebelles sont sauvés par le chef du commando disparu : Saw Gerrera.

Dehors, la tempête se calme. Saw expliquent à Rex et aux autres que le générateur et les droïdes ont été maintenus en état par un géonosien et qu'il doit savoir ce qu'il s'est passé sur la planète. Le groupe retrouve la trace de ce géonosien qui, pour ce défendre, active une section de Droïdekas encerclant Sabine et Zeb. Ces derniers activent le noyau du bouclier pour se protéger. Ezra, Chopper et Saw finissent, après une course-poursuite dans les tunnels, à désactiver les droïdes et à capturer le géonosien.

Ezra, Kanan et Rex empêchent Saw de torturer le Géonosien, Ezra tente même de parler avec lui et le nomme Klic-Klac. ensemble, ils trouvent l'atelier de réparation et Saw le fouille avec violence. Pendant ce temps, un croiseur léger impérial approche de Geonosis.

Les impériaux envoient deux bombardiers TIE attaquer le Ghost, ensablé par la tempête et qui réplique en détruisant les vaisseaux. Hera engage ensuite son vaisseau dans le puits d’aération du réseau de tunnels pour se protéger du croiseur en approche. À l'atelier, Saw met la main sur un œuf de reine géonosien. En revenant sur le Ghost, Hera informe Kanan de la réputation « extrémiste » de Saw. Au même moment, ce dernier tente de s'emparer du Géonosien, n'hésitant pas à braquer son arme sur l’œuf, mais Rex calme la situation.

Une escouade de Rocket-troopers s'aventure dans le puits et attaque le vaisseau rebelle, défendu par Kanan, Ezra, Saw et Zeb sur celui-ci ainsi que Rex à la tourelle supérieure et Sabine avec son jetpack. L'escouade impériale est éliminée et le Ghost atteint le fond du puits, où les rebelles relachent Klic-Klac et où ils trouvent deux cuves contenant un poison impérial, probablement utilisé pour exterminer les Géonosiens. Les rebelles récupèrent les cuves et sortent du puits, explosant le croiseur à sa sortie mais en y perdant les cuves lors de la fuite. Une fois en hyperespace, les rebelles font leur rapport à Organa et Sato.

L'Empire envoie des unités d'infiltration droïdes sur plusieurs planètes. L'une d'elles atterrit sur Atollon et se rapproche de la base rebelle mais finit par être attaquée par des araignées Krykna. Pendant ce temps, le Ghost et le reste de l'escadron Phoenix partent en exercice, Hera laissant la sécurité de la base à Zeb tandis que AP-5 et Chopper commencent l'inventaire des munitions.

Au poste de commandement, Zeb est informé d'une brèche dans le périmètre et décide d'y aller lui-même avec Chopper. Une fois sur place, le Lasat découvre le droïde infiltrateur endommagé et, sans savoir qu'il est un droïde impérial, le ramène à la base rebelle. Tandis que AP-5 le restaure et lui montre la base avec Chopper, Zeb retourne au PC. Là, il reçoit une communication de Fulcrum l'informant sur les droïdes impériaux infiltrés. Zeb, découvrant son erreur, retrouve les trois droïdes dans le dépôt de munitions. Malheureusement, le droïde passe en mode combat et attaque les rebelles avant de fuir, endommagé par le Lasat.

Traquant l'intrus, Zeb, AP-5 et Chopper découvrent qu'il vampirise d'autres droïdes pour mettre la main sur des composants clés. Après un long combat, Zeb et AP-5 le désactive mais découvrent qu'il a démarrer le compte à rebours d'auto-destruction. Aussitôt, Chopper gèle l'ogive à proton de la bombe, laissant à Zeb le temps de le ramener dans sa capsule spatiale. Le droïde, une fois réactivé, repart vers le destroyer impérial mais une fois à bord le compte à rebours reprend et explose dans le vaisseau. Sur Atollon, l'équipage du Ghost, revenu à la demande de Zeb, apprend de la part de Fulcrum l'explosion du destroyer. Pendant ce temps, Thrawn ressert l'étau sur l'emplacement de la base rebelle.

Kanan convoque Fenn Rau pour lui présenter le sabre laser que Sabine a ramené de Dathomir. Rau l'informe qu'il s'agit du Sabre Noir, un antique sabre laser mandalorien et haut symbole de la Maison Vizsla. Il explique aussi que si Sabine se sert de ce sabre, elle peut unir tous les mandaloriens et les rallier à la cause des rebelles. D'abord réticente à l'utiliser, la jeune mandalorienne finit par accepter de se faire entraîner au combat au sabre par Kanan et Ezra.

Kanan, Ezra et Sabine partent pour l'entraînement dans la clairière laissée vide par Bendu. Ezra commence par enseigner les formes de base à Sabine avec des bâtons en bois. Plusieurs jours s'écoulent et Sabine s'améliore lentement, notamment grâce aux nouveaux gantelets mandaloriens que Fenn Rau lui rapporte avec le ravitaillement. Elle réussit à vaincre Ezra mais, dans l'enthousiasme de l'action, elle provoque Kanan qui la remet brutalement à sa place.

Après que Sabine se soit isolée un moment, elle finit par revenir vers Kanan, qui se met à l'entraîner avec le Sabre Noir, sous les yeux de Fenn et d'Ezra. Tout en l'affrontant, le Jedi libère la colère de la jeune mandalorienne qui finit par révéler la raison pour laquelle elle a fui sa famille : Sabine avait crée des armes que l'Empire a ensuite utilisé pour asservir le peuple de Mandalore. Elle a voulu se dresser pour arrêter les impériaux mais sa famille a choisi de soutenir l'ennemi. Sabine finit par vaincre Kanan, qui la calme. À ce moment, Fenn Rau lui dit qu'il la suivra n'importe où, tout comme Ezra et Kanan.

Sabine, Kanan, Ezra, Fenn Rau et Chopper se rendent sur Krownest, la planète où siègent les membres du Clan Wren. Mais dès leur approche, le Phantom II se pose en catastrophe à la surface. Très rapidement, un groupe de Mandaloriens, un membre des Commando Impériaux à leur tête, encercle les rebelles. Le Commando s'avère être Tristan Wren, le frère de Sabine, et décide d’emmener les rebelles devant son chef, à l'exception de Rau et Chopper qui se sont cachés dans l'appareil.

Sabine et les Jedi sont présentés devant Ursa Wren, Comtesse du Clan Wren et mère de la jeune rebelle. Sabine présente le Sabre Noir, et la Comtesse accepte de la recevoir à condition que les Jedi laissent leurs armes aux Mandaloriens. Les négociations se déroulent difficilement, Ursa expliquant que le clan Wren est mal vu par les autres clans depuis la "trahison" de Sabine. Tristan a même dû rejoindre les commandos de Gar Saxon afin de prouver sa loyauté. Peu après, Ursa et Sabine se parlent en privé et la jeune femme apprend que son père est retenu prisonnier sur Mandalore. Elle explique à sa mère comment elle a eu le Sabre Noir et le lui remet.

Pendant ce temps, Fenn Rau s'infiltre dans la demeure des Wren et espionne une conversation entre Ursa et Gar Saxon. Le Mandalorien accepte d'épargner le Clan Wren à condition que les Jedi lui soient remis. Peu après, alors que Sabine et Tristan s’entraînent ensemble, Saxon et ses commandos arrivent sur Krownest. Le Gouverneur de Mandalore récupère le Sabre Noir et accuse le Clan Wren de trahison contre l'Empire. L'affrontement entre Mandaloriens commence, Fenn Rau arrivant pour rendre leurs sabres aux Jedi. Ezra lance son arme à Sabine qui défie Gar Saxon en duel. Après un long affrontement, la rebelle finit par vaincre le Gouverneur de Mandalore. Il tente de lui tirer dans le dos, mais Ursa l'abat d'un tir en plein cœur.

Alors que le Phantom II s'apprête à partir, Sabine et Rau décident de rester parmi les Mandaloriens, car Sabine souhaite d'abord libérer son père et trouver un vrai leader pour Mandalore. Ezra, Kanan et Chopper repartent donc vers Atollon après un au revoir à Sabine.

Le croiseur de l'agent Kallus intercepte une navette volée sur Lothal. Le lieutenant Lyste, présent à bord, décide d'emprisonner le chasseur de prime quand Kallus le reconnait : Erza Bridger, accompagné de Chopper et AP-5. Kallus emmène le garçon donc dans les cellules, afin d'être seuls. Ezra l'informe que sa situation de Fulcrum pourrait être compromise et qu'il est là pour le sortir d'ici. Soudain, Lyste entre dans la cellule et informe Kallus que Thrawn, dont la flotte vient d'arriver, réclame leur présence ainsi que celle du prisonnier. Ils décident aussi de prendre avec eux les droïdes.

À bord du Chimera, le destroyer personnel de Thrawn, Ezra est emmené dans les cellules tandis que Kallus et Lyste se dirigent vers le bureau de l'amiral. Kallus y retrouve l'amiral Konstantine et son mentor au BSI, le colonel Wullf Yularen. Thrawn les a convoqué afin trouver le Fulcrum car il est sur le point de trouver l'emplacement de la base rebelle. Kallus manipule Lyste afin de le faire croire que la gouverneure Pryce est Fulcrum et en profite pour échanger leur clé de données. Peu après, Kallus rejoint Ezra dans les cellules et l'avertit de la situation. Ezra et Kallus s'introduisent avec Chopper dans le bureau de Thrawn pour envoyer des codes d'identification à la navette d'évacuation et modifier la carte de Thrawn pour cacher Atollon.

Thrawn revient dans son bureau plus vite que prévu. Tandis qu'Ezra et Chopper restent caché, Kallus reprogramme des droïdes assassins pour attaquer le Chiss. Pendant le combat, Ezra et Chopper en profitent pour fuir, Thrawn croyant voir Lyste étant donné le porte d'un uniforme impérial. La navette d'évacuation, pilotée par Kanan et Rex, se pose dans le hangar. Cependant, Pryce les intercepte, neutralise Kanan et est sur le point de tirer sur Rex quand Lyste l'assomme, croyant qu'elle est toujours la traîtresse. Yularen observe la scène depuis la passerelle du hangar et comprend que Lyste est Fulcrum. Peu après, Kallus assomme Lyste et rééchange les clés de données, et décide de rester infiltré dans l'Empire, laissant les rebelles repartir. Une fois les rebelles enfuis, Kallus accuse Lyste d'être Fulcrum et le fait arrêter.

Dans le bureau de Thrawn, ce dernier, Yularen, Kallus, Konstantine et Pryce font un compte-rendu de la situation. Une fois, Yularen et Thrawn seuls, ils tombent d'accord sur le fait que Lyste était incapable de commettre ses actions et Thrawn en conclut que Fulcrum n'est autre que Kallus.

Alors qu'ils attendent pour ravitailler un vaisseau allié à un point de rendez-vous, Hera, Ezra, Zeb et Chopper, à bord du Ghost, sont repérés par un droïde EXD-9 qui révèle leur position. Peu après la destruction du droïde, un escadron de Y-Wing et un cargo rebelle émergent de l’hyperespace.

Durant le ravitaillement d'un des Y-Wings, Hera accueille le chef de l'expédition, Erskin Semaj, et Gold Leader, le capitaine Vander. Ils informent l'équipage qu'ils transportent une « cargaison secrète » très importante pour la Rébellion. Soudain, le convoi rebelle est attaquée par un croiseur impérial. La pilote, Gold Deux, est assommée et Ezra prend les commandes du bombardier. Alors que le cargo est en perdition, Hera accueille à bord la « cargaison secrète » : la sénatrice de Chandrilla Mon Mothma. Les impériaux sont vaincus et les rebelles sautent dans l'hyperespace. Mon Mothma explique à Hera qu'elle se dirige à une réunion sur Dantooine afin de réunir toutes les cellules rebelles de la galaxie et former une « Alliance Rebelle ». Pendant ce temps, le Grand Amiral Thrawn et la gouverneur Pryce analysent la situation et anticipent le mouvement d'Hera, consistant à passer près de la nébuleuse de l'Archéon pour éviter les patrouilles impériales dans ce secteur.

Dès leur arrivée à la nébuleuse, les rebelles tombent nez-à-nez avec un TIE Defender, piloté par Vult Skerris de l'académie Skystrike. Hera, Ezra et Vander, après un cuisant revers face au TIE, traversent la nébuleuse, qui épuise toute l'énergie du Ghost. alors que les deux derniers Y-Wings tentent d'éliminer Skerris, le Ghost tombe face à deux destroyers impériaux, commandés par Pryce et l'amiral Konstantine. La gouverneure active alors les rayons tracteurs sur le vaisseau mal en point. Grâce à un tir précis de canon à ion, les Y-Wings finissent par neutraliser le TIE Defender, qui part à la dérive. Les deux bombardiers se rapprochent des destroyers et larguent leurs torpilles à proton sur la nébuleuse. Les explosions créent une énorme déflagration qui endommage gravement les destroyers, libérant le Ghost des rayons tracteurs. Le convoi repart alors en vitesse lumière.

Une fois en orbite au-dessus de Dantooine, Mon Mothma prononce un brillant discours incitant les rebelles à la rejoindre. Après un court instant, une immense flotte de vaisseaux rebelles se présente devant le Ghost.

Chopper et AP-5, accompagné par Wedge, s'infiltrent dans une avant-poste du BSI sur la planète Killun. Cependant, après qu'ils aient passé un portique de sécurité, une alarme s'active et attire l'attention d'un croiseur de surveillance impérial en orbite. Le contrôleur repère immédiatement Chopper comme un infiltré à partir d'images de surveillance.

Chopper se connecte à un terminal et se fait sonder sa mémoire par le contrôleur. Après n'avoir rien trouvé d'intéressant, il décide de prendre le contrôle du droïde rebelle. Pendant ce temps, AP-5 se rend au centre de stockage de données et récupère tous les codes d'autorisation de Lothal. En revenant vers le Ghost, le droïde d'inventaire remarque le changement de comportement de l'astromécano et tente de prévenir Wedge mais Chopper, sous contrôle impérial, décrédibilise AP-5.

Une fois le Ghost, Chopper récupère les codes d'activation que AP-5 avait dérobé plus tôt. Cependant, Hera remarque aussi le changement de comportement et prévient Wedge, Zeb et Ezra. Tout le groupe cherche Chopper et se retrouve piégé dans la soute par celui-ci. Le droïde, toujours sous contrôle impérial, en profite pour implanter une clé de chargement afin de récupérer les coordonnées d'Atollon. Le contrôleur décide aussi d'ouvrir la porte de la soute, manquant de peu d'aspirer les rebelles dans le vide sidéral. Mais Hera referme la soute rapidement. La Twi'lek décide d'envoyer AP-5 déverrouiller le vaisseau depuis un panneau à l'extérieur. Il réussit mais est éjecté du Ghost par Chopper.

L'astromécano est finalement désactivé par Zeb. Hera neutralise la clé de chargement et en profite pour remonter et surcharger les commandes du contrôleur, détruisant le croiseur de surveillance. Chopper revient peu à peu à lui et les rebelles partent récupérer AP-5 qui continuait à dériver dans l'espace.

Sur Tatooine, Maul est perdu dans les étendues désertiques. Il décide donc d'utiliser un morceau de l'holocron Sith qu'il garde depuis qu'il les a réunis avec Ezra.

Sur Atollon, Ezra est réveillé par l'activation des deux holocrons , voyant l'hologramme de maître Kenobi et entendant la voix de Maul. Il en déduit que le maître Jedi est en danger. Seulement, personne ne veut le croire, pas même Rex. Ezra décide donc de voler un A-Wing et de se rendre sur Tatooine lui-même. Une fois en orbite au-dessus de la planète de sables, le jeune rebelle se rend compte que Chopper est monté avec lui dans le chasseur. Se servant d'un morceau de chaque holocron comme une boussole, Ezra cherche la position du maître Jedi et se pose dans les montagnes rocheuses. Soudain, une fois sortis du vaisseau, les deux rebelles sont attaqués par des pillards Tuskens. Le A-Wing explose et les Tuskens disparaissent, tués par Maul.

Plus tard, Ezra continue à se diriger avec les morceaux d'holocron, allant jusqu'à traverser une tempête en plein désert. Les deux rebelles finissent par s'arrêter, Chopper par manque d'énergie et Ezra par épuisement, se mettant à halluciner. C'est alors qu'un homme encapuchonné apparaît auprès d'eux. Ezra se réveille la nuit, près d'un feu avec cet homme face à lui. Il s'agit d'Obi-Wan « Ben » Kenobi. Le vieux maître lui explique qu'il a été manipulé par les holocrons, sous le contrôle de Maul, et qu'il doit repartir auprès de ses amis. Ezra et Chopper partent au moment où le Zabrak arrive. Ce dernier se met à l'interroger sur le but de sa cachette sur Tatooine. Comprenant qu'il est sur le point de découvrir la vérité, il dégaine son sabre laser. Un bref combat s'engagent entre les vieux ennemis et Obi-Wan finit par tuer Maul. Avant de mourir, il demande si celui qu'il protège est l'Élu et le Jedi acquiesce.

Ezra et Chopper retournent sur Attolon avec le vaisseau de Maul et le jeune Jedi informe les rebelles que Maul ne sera plus un problème. Pendant ce temps, sur Tatooine, le vieux Ben surveille une maison où on entend une femme appeler un certain « Luke ».

Le Grand Amiral Thrawn arrive sur Lothal pour un compte-rendu avec l'amiral Konstantine, La gouverneure Pryce et le Grand Moff Tarkin. L'agent Kallus espionne la réunion et découvre que Thrawn compte sur la réunification des cellules du commandant Sato et du général Dodonna, en vue de l'attaque sur l'usine de Lothal, pour les exterminer.

Alors que les deux cellules rebelles se rejoignent sur Atollon, Kallus tente de prévenir l'escadron Phoenix mais Thrawn le capture et réussit à localiser la position d'Atollon. Hera reçoit l'avertissement du Fulcrum juste à temps pour alerter la flotte rebelle. Au même moment, La 7e flotte rebelle arrive en orbite. Deux croiseurs Interdictor empêchent les rebelles de fuir. Hera propose alors de distraire la flotte impériale pour permettre à Ezra, Kanan et Chopper, à bord du Gauntlet, le vaisseau de Maul. Cependant, Kanan décide de laisser Ezra et part chercher de l'aide ailleurs.

Le Ghost rejoint les vaisseaux rebelles et Sato engage la bataille. Le Grand Amiral anticipe ses manœuvres en mettant en retrait les Interdictors. La flotte rebelle subit de lourdes pertes. Pendant ce temps, Kanan retourne à la clairière, où se trouve Bendu. Ce dernier est en colère car les rebelles ont apporté la guerre sur son monde. Kanan tente alors de le convaincre. En orbite, le groupe du général Dodonna évacue ses croiseurs, trop affaibli. Le commandant Sato fait alors évacuer son vaisseau-transporteur et se sacrifie en se faisant s'écraser sur le croiseur Interdictor de l'amiral Konstantine, libérant un passage pour le Gauntlet qui saute dans l'hyperespace.

Thrawn force alors les rebelles à retourner sur Atollon. À la surface, Kanan échoue à convaincre Bendu de se battre et le traite de lâche. Enragé, Bendu déclenche alors une tempête de rage. Pendant ce temps, Ezra contacte la sénatrice Mon Mothma, qui s'excuse de ne pouvoir lui envoyer des renforts. Ezra décide donc d'aller trouver de l'aide chez une autre alliée : Sabine Wren.