Ashoka demande aux Rebelles de rallier un héros de guerre à leur cause. Lorsqu’ils découvrent qu’il s’agit du Capitaine Rex, leurs doutes mettent la mission en péril.

Ezra et ses amis fraternisent avec le Capitaine Rex et ses compagnons et leur demandent de les aider pour contrer l’assaut de l’Agent Kallus.

Ezra, Sabine, Zed et Chopper explorent une antenne médicale abandonnée pour récupérer du matériel, mais ils sont interrompus par l'arrivée de deux Inquisiteurs.

Ezra et Chopper partent à bord du Fantôme pour répondre à un signal de détresse provenant d'un vaisseau de contrebandiers. Un fois à son bord, Ezra est tenté de s'associer avec Hondo Ohnaka.

Hera part pour une mission dangereuse afin de récupérer un nouveau vaisseau, le "B-Wing", dans le but d'enfoncer un blocus et de faire pencher la balance durant une bataille cruciale contre l'Empire.

En mission pour escorter un courrier transportant des informations secrètes à un point de rendez-vous, Sabine se retrouve face à face avec une ancienne connaissance qui fut sa coéquipière.

Un nouveau vaisseau Impérial capture Ezra, le Commandant Sato et son équipage, ce qui oblige Kanan et Rex à s’introduire déguisés en Stormtroopers pour libérer les rebelles.

Ezra et Kanan vont enquêter sur des « récupérations » opérées par les Inquisiteurs et découvrent que ceux-ci complotent afin de capturer des enfants réceptifs à la Force.

Ezra voit ses parents en vision et retourne sur Lothal avec Kanan pour mener l’enquête, pendant que la flotte rebelle échappe à une attaque Impériale sur Garel.

La princesse Leia Organa d'Alderaan arrive sur Lothal pour livrer de la nourriture pour la population sur les ordres du Sénat impérial. En réalité, elle se réunit en secret avec Kanan, déguisé en stormtrooper, et Ezra, déguisé en cadet Impérial, pour livrer ses trois vaisseaux. Le lieutenant Yogar Lyste, afin de fournir une plus grande sécurité à la princesse, met en place trois blocs de gravité sur les vaisseaux et appelle deux TB-TT. Par la suite, au camp de Rayder Azadi, des stormtroopers s’apprêtent à exécuter Azadi en tant que fugitif. Cependant, Hera intervient et le groupe parvient à sauver Azadi et à fuir, en mettant en scène un faux enlèvement de la princesse afin de convaincre les stormtroopers qu'elle n'est pas liée aux rebelles. Le groupe décide alors d'attaquer le camp et de libérer les trois vaisseaux de la princesse. Le premier vaisseau est libéré par Sabine et Azadi mais ils sont attaqués par l'un des TB-TT, qui est ensuite attaqué et endommagé par Hera. De leur côté, Kanan et Ezra combattent les stormtroopers puis Kanan endommage un des TB-TT en utilisant uniquement son sabre laser. Par la suite, Azadi neutralise astucieusement le deuxième TB-TT et Ezra tire sur Leia avec un rayon paralysant, toujours afin de convaincre l'Empire que la princesse n'est pas liée au rebelles, et le groupe s'échappe avec les trois vaisseaux.

L'Empire resserrant son emprise autour de Lothal, les rebelles cherchent un nouvel itinéraire de contrebande. Hera et Sabine partent alors en tête pour le monde de Concord Dawn afin de demander le passage en toute sécurité aux Protecteurs, des guerriers Mandaloriens qui ont été écartés de Mandalore. Cependant, les Protecteurs révèlent qu'ils ont pris le parti de l'Empire et attaquent immédiatement les rebelles. Hera et Sabine parviennent à échapper, mais Hera est gravement blessée. Kanan et Sabine reviennent à Concord Dawn, avec Kanan toujours désireux de négocier avec les Protecteurs et Sabine qui veut venger Hera. Ils découvrent que le chef des Protecteurs, Fenn Rau, est soudoyé par l'Empire. Kanan rencontre Rau, révélant que Rau avait sauvé sa vie pendant la guerre des clones. Pendant ce temps, Sabine tente de saboter les vaisseaux des Protecteurs mais elle est attrapée. Elle révèle alors aux Protecteurs qu'elle vient de la Maison Vizsla et défie Rau en combat singulier où la rebelle finit gagnante. En travaillant ensemble, Kanan et Sabine capturent Rau et reviennent vers la flotte rebelle. Finalement, Rau donne son accord pour permettre le passage en toute sécurité des rebelles à travers Concord Dawn et décide de rejoindre la rébellion à contre-cœur, tandis qu'Hera se réveille.

À la suite d'une information d'Hondo, l'équipage du Ghost sauve deux Lasats de la garde impériale : Chava la Sage et Gron, qui tous deux reconnaissent Zeb en tant que capitaine de la Garde d'honneur Lasan. Chava et Gron expliquent qu'ils sont à la recherche du monde mythique de Lirasan où les Lasats survivants peuvent trouver refuge. Cependant, Zeb est réticent à les aider en raison de sa culpabilité ne pas avoir su protéger Lasan de l'Empire. Grâce aux encouragements d'Ezra, Zeb transforme son Bo-rifle dans sa vraie forme et le combine avec l'équipement de Chava, révélant alors l'emplacement de Lirasan dans un endroit inexploré au-delà de la bordure extérieure. Toutefois, ils se trouvent bloqués par un amas dense de trous noirs sur leur chemin tout en ayant le vaisseau de l'agent Kallus a leur poursuite. Confiant dans la sagesse de Chava, Zeb utilise l'énergie de son Bo-rifle pour créer un champ de protection autour du Ghost qui lui permet de naviguer dans l'amas stellaire du trou noir en toute sécurité. Pendant ce temps, l'agent Kalus est obligé de battre en retraite puisqu'il ne peut pas les suivre. De l'autre côté, les rebelles trouvent le monde de Lirasan, qui est la véritable planète d'origine des Lasats. Après avoir déposé Chava et Gron, Zeb décide de rester avec l'équipage du Ghost afin de trouver d'autres survivants Lasat et les guider vers Lirasan.

L'équipage du Ghost se retrouve en panne de carburant et est perdu dans une froide ceinture d'astéroïdes. Par la suite, ils sont rejoints par un groupe de Purrgills, des créatures sous forme de baleines avec des tentacules. Alors que l'équipage décide de les suivre, ils sont attaqués par deux chasseurs TIE jaunes modifiés, mais qui sont facilement détruits par les rebelles. Les Purrgills les amènent à un port spatial qui ravitaille l'Empire et est situé sur un astéroïde géant, sur lequel il y a de nombreux conteneurs de carburant et d'autres chasseurs TIE qui les avaient attaqués. Ezra, Kanan, Sabine et Chopper se lancent à partir du Ghost, se posent sur la piste de l'astroport et neutralisent les Rodiens qui protègent celui-ci. Sabine et Kanan veulent faire exploser le spatioport mais Ezra refuse, le gaz présent étant vital pour les Purrgills. Ils essayaient alors d'atteindre le carburant, mais sont attaqués par d'autres Rodiens. Pendant ce temps, Zeb charge le carburant à bord du Ghost.

Lors de la bataille, Ezra tombe de la plate-forme dans les nuages de gaz, au risque de mourir étouffé, mais est sauvé par un des Purrgill qui lui renvoie son casque. Dans un même temps, Kanan et les d'autres sont entourés par les Rodiens et leur chef Yushyn, mais l'arrivée inattendue d'Ezra avec un groupe de Purrgill permet de les sauver et de détruire les TIE tandis que le Ghost, ravitaillé, décolle. Yushyn, dans une tentative d'évasion, est pris par un Purrgill et est amené dans la brume de gaz où il meurt. Par la suite, les rebelles détruisent le spatioport et constatent que les Purrgills peuvent voyager dans l'hyperespace.

L'escadron Phoenix subit plus de pertes qu'il n'arrive à remplacer ces pilotes. L'équipage du Ghost décide donc de voler un transporteur de vaisseaux impérial en orbite autour de Ryloth. Les rebelles seront aidés dans leur mission par un groupe de Twi'leks mené par le général Cham Syndulla, le père d'Hera. Kanan est très enthousiaste de pouvoir côtoyer un héros de la guerre des clones mais Hera ne partage pas son enthousiasme.

L'infiltration du transporteur se passe normalement mais, une fois à bord, les Twi'leks utilisent des rayons paralysant sur les rebelles. Cham a un autre objectif pour le vaisseau impérial : il compte le détruire pour envoyer un message de ralliement au peuple de Ryloth. Une fois réveillés, Hera, Kanan, Ezra et Chopper s'emparent du pont de commandement tandis que Sabine et Zeb tentent d'arrêter les Twi'lek. Ezra utilise la persuasion mentale Jedi sur l'officier de pont pour faire évacuer le transporteur. Les rebelles réussissent à capturer les deux combattants de Cham, Numa et Gobi, et Hera tente de faire entendre raison à son père. Le groupe finit par se réconcilier au moment où les Impériaux envoient des renforts. Tandis qu'Hera pilote le vaisseau pour fuir, les autres rebelles utilisent les tourelles de défenses pour abattre les chasseurs et bombardiers TIE en approche. Le groupe finit même par détruire le croiseur d'escorte qui plonge en feu dans le ciel de Ryloth : Cham Syndulla a réussit à faire passer son message de ralliement. De retour auprès de l'escadron Phoenix, Cham confie à Hera qu'il est fière d'elle avant de repartir pour Ryloth.

L'équipage du Ghost reçoit des renseignements rebelles à propos d'une activité Impériale autour de la planète Géonosis et découvre que la planète est dépourvue de vie et qu'une grande arme a été construite en orbite. Lorsque l'équipage va sur un des modules de construction abandonnés, ils sont pris en embuscade par l'Agent Kallus. La plupart de l'équipage est en mesure de s'échapper vers le vaisseau, mais Zeb est forcé de prendre une capsule de sauvetage. Kallus poursuit Zeb dans la capsule, qui est endommagée au cours de leur lutte, et se crash sur l'une des lunes glacées de Géonosis. Durant l'accident, Kallus est blessé à la jambe et Zeb et lui sont forcés de travailler ensemble pour survivre au froid, repousser des monstres hostiles et escalader la caverne dans laquelle ils sont piégés. Pendant ce temps, Kallus admet à Zeb qu'il respecte les Lasats comme des guerriers, mais qu'il a une aversion pour eux en raison du massacre de sa première unité par un Lasat. Il avoue également ne pas avoir été d'accord avec la décision de l'Empire d'exterminer les Lasats. En arrivant à la surface, ils activent leur transpondeur d'urgence. Après un moment de respect entre le rebelle et Kallus, le Ghost arrive pour sauver Zeb. De son coté, Kallus veut tenter sa chance et attendre les secours Impériaux plutôt que de suivre Zeb et finit par rentrer sur le croiseur Impérial où il réfléchit à la situation qu'il vient de vivre.

Après un énième échec de trouver un emplacement sûr afin d'établir une base, Kanan et Ezra contactent Ahsoka pour chercher des conseils. Tous les trois partent pour le temple Jedi sur Lothal. Alors qu'ils tentent d'ouvrir le passage, une seconde porte s'ouvre, menant à une autre galerie. Dans la salle principale, les trois adeptes de la Force entrent en méditation et empruntent chacun une voie différente. Kanan se retrouve face à trois gardes du temple qui le provoquent en duel dont l'un d'entre eux explique à Kanan qu'il ne peut protéger son apprenti. Après un long duel, le garde le sacre Chevalier Jedi avant de dévoiler son identité : le Grand Inquisiteur. Pendant ce temps, Ezra entre en contact avec Yoda, débattant sur la nécessité pour les Jedi de se battre. Enfin, Ahsoka entre en connexion avec l'esprit d'Anakin Skywalker, confirmant ses soupçons sur l'identité de Dark Vador.

Alors que tout trois terminent leurs méditations, le Cinquième Frère et la Septième Sœur pénètrent dans le temple. Ils tombent alors nez-à-nez avec les gardes du Temple, le Grand inquisiteur à leur tête, qui les affrontent pour permettre aux rebelles de fuir vers le Phantom et Chopper. Ezra indique alors que Yoda lui a demandé de trouver Malachor et Ahsoka révèle peu de temps après qu'il s'agit d'une planète. Au même instant, Vador entre dans le temple Jedi pour féliciter les inquisiteurs.

La flotte est à la recherche de carburant pour atteindre une nouvelle destination. L'équipe du Ghost se rend sur une planète de ravitaillement de l'Empire pour y dérober ce carburant. Chopper devant garder le vaisseau est distrait par une négociation avec un commerçant possédant une « jambe » de rechange. L'équipe du Ghost repart sans lui poursuivi par des Stomtroopers qui prennent aussi en chasse Chopper qui s'échappe dans un cargo de l'Empire. Dans ce cargo, Chopper rencontrera un ami précieux en la personne d'un ancien droïde, nommé AP-5, ayant servi pour la République et « reconditionné » par l'Empire. Celui-ci l'aidera à s'emparer du cargo de l'Empire que Chopper s'empressera de ramener auprès de la flotte rebelle. Celle-ci est à ce moment prise sous le feu des croiseurs Impériaux en attente de carburant et grâce à l'équipe du Ghost et à Chopper et son nouvel ami, la flotte rebelle parvient à échapper à l'Empire.

La flotte rebelle réussit à s'établir sur une planète désertique. Cependant, Hera est anxieuse quant au futur départ de Kanan et d'Ezra, qui veulent affronter les Inquisiteurs. Quand une pilote est portée disparue, Sabine et Rex partent à sa recherche. Ils tombent alors sur des araignées géantes, dont la coque résistent aux blasters, et emmènent Rex dans leur grotte. L'équipe du Ghost décide de le récupérer. Au cours de l'exploration, Ezra tente d'établir un lien mental avec une des créatures mais c'est un échec. Les rebelles réussissent à retrouver Rex et repartent vers le Ghost. Mais les araignées clouent le vaisseaux au sol avec leur toile. Finalement, Sabine réussit à les éloigner grâce à un capteur de proximité installé par la pilote disparue tandis que les deux Jedi libèrent le Ghost.

Les capteurs sont ré-utilisés comme une barrière autour de la base. Kanan promet alors à Hera de revenir. De son côté, Ezra tente encore de se lier mentalement avec une araignée mais il n'y arrive toujours pas. Ahsoka arrive, lui expliquant que la Force est loin d'être connue avant de lui annoncer leur départ.

Sur le conseil de maître Yoda, Ezra, Ahsoka et Kanan partent sur Malachor, un monde Sith dévasté et longtemps interdit aux Jedi, pour trouver la voie qui les amèneront vers la destruction des Sith et des Inquisiteurs. Ils pénètrent dans un temple Sith et arrivent sur un ancien champ de bataille entre les Sith et les Jedi où ils sont attaqués par un nouvel Inquisiteur, le Huitième Frère, qui chasse un mystérieux ermite qui se fait appeler le « vieux maître », où ils se retrouvent peu après séparés. Rejoint par la Septième Sœur et le Cinquième Frère, un combat débute alors entre Ahsoka avec Kanan contre les trois Inquisiteurs, tandis qu'Ezra se retrouve dans les profondeurs du temple. Celui-ci fait la connaissance de l'ermite, qui se révèle être l'ancien guerrier Sith Dark Maul.