Depois de lutar com os Mestres do Terror formado por Besouro, Golias, e Soprano, os Vingadores reaprendem a trabalhar como uma equipe novamente, enquanto lutam com um novo e melhorado Superadaptoide, que foi desenvolvido pelo Cientista Supremo da I.M.A.. Os Superadaptoide foram desenvolvidos através de uma combinação da tecnologia Superadaptoide e um metal espacial desconhecido.

Depois de absorver os restos do metal espacial utilizado pelo Superadaptoide do Cientista Supremo, Ultron está de volta e com planos para substituir a humanidade por robôs, começando com duplicatas-robô dos Vingadores, conhecidos como Ultimates. Agora os Vingadores devem agir de uma maneira que possam derrotar os Ultimates e Ultron.

Homem de Ferro e Viúva Negra partem em uma busca ao Capitão América, depois que ele supostamente foi sequestrado na Torre dos Vingadores. Na Europa, o Capitão América luta para resgatar o Bucky, que foi capturado pelo Barão Heinrich Zemo. O que realmente está acontecendo é que o Capitão América foi hipnotizado pelo Barão Helmut Zemo, que planeja por ele encontrar o laboratório do seu pai, para que ele possa encontrar o soro de super-soldado que o pai aperfeiçoou.

Gavião Arqueiro deve defender a Torre dos Vingadores do Barão Zemo e os Mestres do Terror.

Os Vingadores lutam para parar as novas armas fabricadas por Justin Hammer, porém são ajudados e prejudicados ao mesmo tempo por uma nova equipe misteriosa de heróis conhecidos como os Thunderbolts.

Quando os Vingadores descobrem que os Thunderbolts são realmente os Mestres do Terror, eles devem decidir se eles podem confiar a equipe vilã para achar o seu líder, o Barão Zemo.

O Doutor Estranho pede a ajuda dos Vingadores quando o Dormammu rouba o Olho de Agamotto.

Um velho assistente de laboratório do Bruce Banner, Igor Drenkov, lidera seu grupo chamado SteelCorps em uma luta contra os Vingadores na Torre dos Vingadores, e usa uma arma que rouba a energia gama do Hulk. Agora sem poderes, Bruce tem que provar aos outros 'Vingadores' que ele ainda é necessário para a equipe e impedir Drenkov de usar a energia gama roubada.

Quando os habitantes da cidade Maple Falls estão assustados com o aparecimento súbito de Alfa-Primitivos vindo de uma nave acidentada, os Vingadores surgem para ajudá-los, mas colocaram-se em conflito com os Inumanos: Raio Negro, Medusa, Gorgon, Karnak, Dentinho e Seeker. Enquanto Hulk trabalha junto com Dentinho para achar o Cristal Terrigênese, para colocar em um dispositivo que vai ajudar a eliminar a névoa Terrigênese que deixou os Alfa-Primitivos loucos. Os Vingadores e Inumanos devem trabalhar em conjunto para lidar com o inumano recém-surgido chamado: Inferno.

Dentinho traz os Vingadores para Attilan, quando a maioria da família real dos Inumanos foram capturados. Os Vingadores e Raio Negro descobrem que Ultron está por trás da captura dos Inumanos. Ultron começa seu próximo plano para eliminar a humanidade, usando o Raio Negro como fonte de energia. Agora os Vingadores devem libertar os Inumanos e parar Ultron antes que ele usa a sua arma perigosa na Terra.

Capitão América e Homem de Ferro unem forças com Inferno e uma nova Inumana chamada Ms. Marvel, quando eles lutam contra um robô Ultron perdido. Inferno e Ms. Marvel dão um passeio pela Torre dos Vingadores, mas eles acabam lidando com o Fantasma, velho inimigo do Homem de Ferro cuja habilidades inumanas foram despertadas, e ele planeja roubar a S.E.X.T.A.F.E.I.R.A., e derrotar cada um dos Vingadores, um por um.

Os Vingadores tentar parar a I.M.A. de roubar armas de alta tecnologia do futuro, depois que eles descobriram que eles aprimoraram a tecnologia do Chicote Negro e Spymaster. Sua luta com a I.M.A. atrai a atenção do líder do século 30, Kang, o Conquistador, descobrindo que era a sua tecnologia que a I.M.A. usava.

Com a exceção de Thor, os Vingadores ficam presos no século 30 que Kang, o Conquistador rege. Com a ajuda de um Thor idoso, uma versão futura de Viúva Negra chamada Layla, e os rebeldes locais, os Vingadores tentam vencer os futuros robôs de Kang o Conquistador.

Barão Strucker e Viúva Escarlate sequestram Hulk para o Projeto Soldado Invernal.

Thor e Visão vão até Asgard, mas não esperavam que Ultron os acompanhasse.

Enquanto T'Challa fala diante de uma assembléia, o Capitão América protege a assembléia de Ossos Cruzados que foi contratado para assassinar T'Challa. Depois de ajudar o Capitão América a tirar Ossos Cruzados, T'Challa foge com o escudo do Capitão América, alegando que ele foi roubado de Wakanda.

Após sair dos Vingadores, o Homem Formiga virou diretor de cinema e fez com que o Cabeça-de-ovo se enfurecesse com ele.

O Barão Zemo traz o Barão Zemo de 1943 para o presente e acaba mandando Os Vingadores para o passado.

Um grupo de aprimorados conhecidos como Os Alienígenas são aliados da HIDRA e representam uma grande ameaça aos Vingadores, que estão sob pressão do governo.

Após a saída de Hulk dos Vingadores, o substituto Hulk Vermelho está causando problemas por não conhecer o significado de equipe.

As consequências das atitudes de Hulk Vermelho fizeram com que 'O Líder' o transformasse em uma arma descontrolada, e Hulk deve voltar para Os Vingadores para ajuda-los a deter-lo.

Quando Maximus ataca uma cidade inteira, Truman Marsh decide que todos os Inumanos sejam caçados e se registrem. Quando Maximus fica irritado, ele perde o controle de seus poderes e Attilan queima no chão. Os Vingadores então decidem ajudar a registrar todos os Inumanos enquanto trabalham para derrotar Maximus.

Quando os Vingadores deixam o inumano Isoescapar deles sem ser registrado, Truman Marsh fica irritado e os Vingadores param de trabalhar para ele. Truman Marsh então forma uma nova equipe de Avengers chamada Poderosos Vingadores (consistindo de Hulk Vermelho, Capitã Marvel, Visão , Ms. Marvel, Pantera Negra, Homem-Formiga e Songbird) para caçar os Inumanos enquanto também frustra a trama do Barão Strucker.

Os Vingadores são retirados da prisão pela Viúva Negra e eles são acompanhados por Raio Negro e Medusa. Mas tudo dá errado quando os discos de registro realmente colocam os Inumanos sob controle mental. Os Poderosos Vingadores decidem se juntar aos Vingadores originais quando um deles é forçado a se registrar. Os Poderosos Vingadores e os Vingadores originais resolvem tudo e enfrentam Truman Marsh, que se mostra ser Ultron disfarçado.

Ultron ataca Nova York e todos os Vingadores (novos e antigos) vão detê-lo. Ultron usa todos os Inumanos para atacar os humanos da Terra, para que apenas ele e seu exército de robôs sejam deixados. Os Vingadores vão se reagrupar no Sanctum Sanctorium do Doutor Estranho. Homem-Formiga e Homem de Ferro tem um jeito de desabilitar os discos de registro e alguns dos outros Vingadores vão lutar contra Ultron e os outros vão com Homem de Ferro e Homem-Formiga.