Jane e Lisbon continuam secretamente a missão perigosa de afunilar a lista dos sete suspeitos ao mesmo tempo em que investigam o assassinato de um homem que estava desaparecido nos últimos dois anos.

Jane descobre uma importante pista dos métodos de Red John enquanto o time bate de frente com quatro dos suspeitos. Para completar, a CBI investiga o caso de um engenheiro de softwares morto em um ataque.

Jane coloca o CBI envolvido em um caso em Napa para poder focar sua atenção no xerife McAllister, enquanto Van Pelt e Rigsby caminham pelo altar.

Quando um membro proeminente da Visualize é misteriosamente assassinado, Jane investiga o caso na esperança de conseguir uma pista que o leve a Red John.

Com a pista final em mãos, Jane tenta juntar todos os suspeitos restantes em um mesmo local para finalmente revelar a identidade do Red John.

Depois dos eventos chocantes na casa de Jane, a lista da identidade de Red John fica ainda menor, o que faz com que a CBI coloque os suspeitos restantes como prioridade.

Patrick Jane finalmente fica frente a frente com Red John, o assassino em série por quem Jane procura desde quando o criminoso matou sua mulher e filha. Por 10 anos, Jane caçou seu inimigo em sua busca por justiça.

Dois anos depois do fechamento do caso de Red John, Jane recebe uma surpreendente oferta de trabalho que pode mudar sua vida.

O FBI, relutantemente, recruta Jane para ajudar a encontra um programador desaparecido, mas ele não ajudará a não ser que Lisbon seja trazida a bordo também.

O FBI recebe a tarefa de encontrar o assassino de vários agentes da Narcóticos, e Jane sai em um encontro com uma linda mulher associada com o caso.

Jane e o FBI investigar o assassinato de um cartógrafo high-tech que pode ter encontrado uma célula espiã antes de sua morte. Enquanto isso, Ribsy e Van Pelt se veem na investigação de uma conspiração alarmante.

A investigação de Jane o leva a se juntar a uma comunidade separatista, depois que uma advogada americana é encontrada morta no México, embora não haja registros de que ela tenha cruzado a fronteira. Além disso, Rigsby e Van Pelt convencem J.J. LaRoche a ajudá-los a descobrir quem está perseguindo antigos membros da CBI.

Jane e Fischer investigam um assassinato em uma estação de petróleo, enquanto Rigsby e Van Pelt viajam para Austin para ajudar a investigar suspeitos em uma série de ataques a antigos membros da CBI.

Grace é sequestrada pelo assassino que está caçando antigos membros da CBI, mas, quando o principal suspeito parece ter um álibi sólido, Jane deve confiar em suas habilidades para localizá-la antes que seja tarde demais.

Jane pede a ajuda dos colegas em uma perigosa operação para pegar uma equipe letal de ladrões de arte. Enquanto isso, faíscas voam entre Lisbon e um agente do esquadrão de arte do FBI.

Jane e a equipe do FBI lidam com o caso de um preso condenado à morte que tem apenas dois dias para provar sua inocência antes da sentença ser cumprida.

Uma mulher é encontrada morte perto de um clube masculino. Agora, Jane precisa encontrar uma forma de conseguir entrar no grupo para encontrar o criminoso.

Um encontro com um indivíduo suspeito leva Jane e Lisbon a descobrir um vasto cartel de contrabando de pessoas. Ao mesmo tempo, Lisbon analisa a oferta de Pike de mudar para Washington com ela.

A liberdade de Jane fica em risco quando um juri é selecionado para decidir se ele deve ser julgado pela morte de Red John. Enquanto isso, Lisbon tenta descobrir como Jane se sente sobre a possibilidade dela deixar a cidade com Pike. Para completar, Cho e Abbott seguem uma nova pista sobre a rede criminosa recentemente descoberta.

Com o tempo se esgotando para salvar as vítimas que foram raptadas e estão prestes a serem enviadas para fora do país, Jane e Lisbon se aproximam da mente criminosa responsável. Ao mesmo tempo, Lisbon decide se vai ou não seguir para D.C. junto com Pike.

Uma nova pista em um caso já encerrado leva Lisbon a atrasar seus planos de deixar Washington, o que dá a Jane mais tempo para finalmente lidar com seus sentimentos por ela e decidir o que fazer.