W pierwszym odcinku szóstego sezonu Jane i Lisbon prowadzą śledztwo w sprawie zabójstwa mężczyzny, który był zaginiony od dwóch lat. Jednocześnie kontynuują swoją niebezpieczną misję, próbując zawęzić listę siedmiu podejrzanych o bycie Red Johnem. Są na niej Bret Stiles, Gale Bertram, Ray Haffner, Reede Smith, Robert Kirkland, Brett Partridge i szeryf Thomas McAllister.

Jane odkrywa ważny trop odnośnie metod działania Red Johna, gdy załoga spotyka się z czterema osobami z listy podejrzanych – są to Gale Bertram, Reede Smith, Ray Haffner i szeryf McAllister. Jednocześnie Kalifornijskie Biuro Śledcze bada sprawę programisty zabitego za pomocą drona.

Jane angażuje Kalifornijskie Biuro Śledcze do postępowania w Napa, żeby skupić się na osobie szeryfa McAllistera. Tymczasem Van Pelt i Rigsby w końcu stają na ślubnym kobiercu.

Jane odkrywa, że podłożona przez niego fałszywa lista podejrzanych o bycie Red Johnem została skradziona. Ekipa Kalifornijskiego Biura Śledczego zdaje sobie sprawę, że umieszczeni na niej mężczyźni znajdują się w niebezpieczeństwie.

Kiedy ważny członek sekty Visualize zostaje zabity w tajemniczych okolicznościach, Jane rozpoczyna śledztwo w nadziei, że dzięki tej sprawie zdobędzie dowody, które naprowadzą go na ślad Red Johna.

Po zdobyciu ostatniej poszlaki, Jane próbuje zebrać w jednym miejscu pozostałych podejrzanych o bycie Red Johnem, licząc że w końcu odkryje jego tożsamość. Czy okaże się nim Gale Bertram, Bret Stiles, Reede Smith, Ray Haffner, a może Tom McAllister?

W wyniku szokujących wydarzeń w domu Jane'a, lista podejrzanych o bycie Red Johnem zawęża się jeszcze bardziej, a priorytetem dla Kalifornijskiego Biura Śledczego jest przyjrzenie się każdemu z nich.

Patrick Jane wreszcie staje twarzą w twarz z Red Johnem, seryjnym zabójcą, którego próbował złapać, odkąd szaleniec zamordował jego żonę i córkę. Przez dziesięć lat wytrwale tropił swojego wroga, chcąc wymierzyć mu sprawiedliwość.

Dwa lata po zamknięciu sprawy Red Johna, spokój Jane'a przerywa zaskakująca oferta pracy, która może zmienić wszystko.

FBI otrzymuje zadanie znalezienia zabójcy kilku agentów policji antynarkotykowej, a Jane idzie na randkę z kobietą, która jest powiązana z tą sprawą.

Jane i FBI prowadzą śledztwo w sprawie zabójstwa korzystającego z najnowszych technologii kartografa, który przed swoją śmiercią mógł odkryć istnienie siatki szpiegowskiej. Rigsby i Van Pelt trafiają na trop niepokojącej teorii spiskowej.

Jane przenika do społeczności separatystów, żeby zbadać sprawę śmierci amerykańskiej prawniczki, której ciało znaleziono w Meksyku, chociaż nigdzie nie zarejestrowano jej wyjazdu za granicę. Tymczasem Rigsby i Van Pelt przekonują J.J. LaRoche'a, żeby pomógł im w wykryciu, kto śledzi byłych pracowników Kalifornijskiego Biura Śledczego.

Jane i Fischer prowadzą śledztwo w sprawie zabójstwa w miejscu odwiertów gazu łupkowego, a Rigsby i Van Pelt jadą do Austin, żeby spotkać się z dawnymi członkami ekipy i namierzyć podejrzanych o ataki na byłych pracowników Kalifornijskiego Biura Śledczego.

Kiedy Grace zostaje porwana przez zabójcę, który atakował byłych pracowników Kalifornijskiego Biura Śledczego, a główny podejrzany ma żelazne alibi, Jane musi wykorzystać swoje wszystkie umiejętności, żeby odnaleźć Van Pelt, zanim będzie za późno.

Jane angażuje swoich współpracowników do udziału w niebezpiecznej prowokacji policyjnej, żeby złapać śmiertelnie groźny gang złodziei dzieł sztuki. Tymczasem między Lisbon a agentem FBI Marcusem Pikiem zaczyna wyraźnie iskrzyć.

Jane i FBI zajmują się sprawą skazanego na śmierć, który ma tylko dwa dni na udowodnienie swojej niewinności, bo wyznaczono już datę egzekucji. Czy uda im się rozwiązać tę zagadkę sprzed lat, zanim będzie za późno?

Kiedy ciało zamordowanej kobiety zostaje znalezione niedaleko siedziby klubu towarzyskiego dla mężczyzn, Jane musi znaleźć sposób, żeby przeniknąć do zamkniętej społeczności bogatych i wpływowych osobistości i schwytać zabójcę.

Przypadkowe spotkanie z podejrzanie wyglądającym człowiekiem prowadzi Jane'a i Lisbon do wykrycia mafii, zajmującej się handlem ludźmi. Tymczasem Lisbon poważnie rozważa propozycję wyjazdu do Waszyngtonu, którą złożył jej agent Marcus Pike

Jane może stracić wolność, kiedy ława przysięgłych zbiera się, żeby podjąć decyzję, czy powinien odpowiedzieć za zabójstwo Red Johna. Tymczasem Lisbon próbuje się dowiedzieć, co Jane myśli na temat jej ewentualnego wyjazdu z Austin z agentem Pikiem, a Cho i Abbott trafiają na nowe tropy w sprawie mafii, zajmującej się handlem ludźmi.

Pozostaje coraz mniej czasu na uratowanie ofiar porwania, zanim zostaną wywiezione za granicę. Jane i Lisbon starają się namierzyć człowieka, będącego mózgiem tej operacji. Tymczasem Lisbon podejmuje decyzję na temat wyprowadzki do Waszyngtonu z agentem Pikiem.

W finale szóstego sezonu nowy trop w nierozwiązanej dotąd sprawie zmusza Lisbon do opóźnienia jej przeprowadzki do Waszyngtonu z Marcusem Pikiem. Dzięki temu Jane zyskuje szansę, żeby w końcu zastanowić się, co do niej czuje i podjąć odpowiednie działania.