Kosmonautka Molly Woodsová se po návratu z třináctiměsíční mise ve vesmíru snaží opět navázat vztah se svým manželem Johnem a svým synem Ethanem. Mollyina tajemná zkušenost z kosmu však vede k událostem, které mohou nezvratně změnit běh lidských dějin.

Poté, co Molly zkolabuje a zažije znovu vizi onoho zvláštního setkání ze stanice Serafim, Sam souhlasí s tím, že provede ultrazvukové vyšetření jejího tajemného plodu. Molly pak najde Krygera a odhalí některá znepokojivá fakta o Krygerově vlastní individuální misi; fakta, která se Mezinárodní agentura pro výzkum vesmíru raději snažila utajit.

Molly se musí rozhodnout, jestli prozradí své těhotenství Johnovi nebo ne, poté co se s ním pohádá o její odměřené náladě. Mezitím John a Molly čelí rodičům, kteří jsou nedůvěřiví k Ethanovi, když jde poprvé do školy.

Poté, co se Sparks snaží dostat Molly do karantény, ona společně s rodinou najde útočiště na odlehlém ostrově s jejím odcizeným otcem. Když se agentura přiblíží k jejich místu pobytu, Ethan je vystaven velkému nebezpečí. Mezitím Yasamuto experimentuje se zvláštní a smrtící látkou.

Když je pravdivost Mollyina těhotenství zpochybněna, John začne nedůvěřovat jejímu duševnímu stavu. Mezitím Ethan utrpí vážný neúspěch a John s Julie se pohádají o tom, jak se o něj starat.

Molly odhalí záběry, které jí mohou pomoci zjistit pravou příčinu toho, proč ISEA vybrala právě ji na solo misi. Mezitím Ethan zažívá svůj první sen, nepředvídaný pokrok na který nebyl naprogramován. Julie je vyrušena při práci záhadným mužem, kterého potkala v tělocvičně.

S přesvědčením, že agentura schovává její dítě je Molly odhodlaná, zjistit kde. Mezitím John objevuje nové a překvapivé pokroky v Ethanově naprogramování. Kern drží Krygera jako rukojmího ve snaze získat zpět usvědčující videa, která ukradl z ISEA.

Když se Molly dozví, že je její dítě naživu, rozhodne se s Kernem a Krygerem přijít na plán, jak získat dítě předtím, než ho Sparks a Yasumoto přemístí. Mezitím se John snaží udržet krok s rychlým vývojem Ethana.

Jak se Molly dostává blíže k nalezení svého potomka, John zjistí, že Yasumoto možná nemá s jeho rodinou ty nejlepší úmysly. Sparks se snaží udělat vše pro to, aby udržel potomka naživu a uchoval si vize jeho mrtvé dcery.

Tím, jak síla potomka roste, se Molly dozví o Yasumotově bolestivé cestě k nesmrtelnosti. Když Sparks začne o misi pochybovat, Anya převezme velení. Mezitím se Odin snaží tajně se dostat k Ethanovým obvodům.

Molly se konečně setká tváří v tvář svému potomkovi a uvědomí si, že může být jediná, kdo má moc zastavit nebezpečí, které všem hrozí. Julie zjistí určité velmi vážné skutečnosti o Odinovi.

Molly se vrací zpátky do Vesmíru, aby odvrátila Seraphim z jeho kursu k Zemi a tím ochránila lidstvo od smrtících spór. John zjistí více o Odinově plánu a o tom, jak tento plán vystavuje Ethana hroznému nebezpečí.

Molly si velmi oddechne, když zjistí, že generál měl neprůstřelnou vestu a její střelu odnesl jen několika zlomenými žebry. Doma si pečlivě kontroluje nové zámky a zabezpečení… Ethan s Lucy, která prokazuje stále menší chuť podřizovat se příkazům, a to od kohokoli, jsou v péči Charlieho. Julie si přeje, aby byl Lucy změněn limitér autority, což dívka odmítá. Shepherd nařizuje intenzivní bádání, které by pomohlo vyvinout virus zabíjející pouze mimozemšťany, nikoli běžné obyvatelstvo. Přes námitky doktorky Dowlingové zařazuje do svého týmu i Molly, vynikající odbornici, která se ihned pustí do práce. Jejím spolupracovníkem se stává Nat Malone.

Molly je zděšená faktem, že aniž by to mohla ovládnout, poslala muže pod kola automobilu. Domnívá se, že její DNA se zkombinovala a z ní se stal jakýsi mezidruhový kříženec. Stalo se to v kosmu, nebo se na ni něco přeneslo z dítěte? Přijde jí na mysl jev nazývaný fetální mikrochimérismus a pochopí, že do jejího těla pronikly buňky plodu, což zásadně změnilo její DNA. Jak ale změny, které se v ní odehrávají, zvrátit? Potřebuje DNA Adhua, svého vesmírného syna. Richtera mezitím požádá, aby jí odebral kostní dřeň a ukáže se, že v sobě má skutečně velké množství buněk, které normálně do lidského těla nepatří. Pak se společně vydávají Adhua hledat. Předtím si ale Molly vyžádá rozhovor s Ethanem a upozorní ho, že jejich společný život bude muset počkat: teď je nemocná, zatím se o něj postará Julie. Lucy mezitím generálovi a dalším členům vnitřní bezpečnosti GSI vypráví, jak dokáže podle změny tělesné teploty rozeznat hybridy, z nichž už jednoho zabila.

Když se generál Shepherd chystá opustit GSI, v jeho autě na něj čeká JD Richter a odváží ho za Molly… Jedna z hybridy oplodněných žen – Mei Fong – zjišťuje, že se s jejím tělem cosi děje. Její chlapec, který vyrostl neobyčejně rychle a pak od ní odešel, na ni ještě jako plod v děloze přes placentu přenesl buňky a došlo k mikrochimérismu, podobně jako v případě Molly… Když se Shepherd setká s Molly, ta ho prosí, aby hybridy ušetřil, už nejsou pro lidstvo nebezpeční. Prošli vývojem, už nezabíjejí. Chce svolat mírovou konferenci ještě předtím, než se GSI rozhodne vypustit smrtící virus. Shepherd odjíždí, ale jakmile se ocitne v budově GSI, prohlásí před svolanou radou, že přání Molly nelze vyslyšet, protože i ona se teď postavila na stranu nepřátel…

Po odjezdu JD Richtera zůstává Molly ve vesnici humaniků ve společnosti Terry. Je smutná. Pak se náhle objeví ve vzduchu vrtulníky a Molly poznává síly GSI. Chce evakuaci, ale Ares se postaví proti: jsou přece silnější než lidé! Ovšem muži, kteří na ně zaútočí, jsou humanikové-vojáci, na které schopnosti androidů nepůsobí. Chladnokrevně střílí a pobíjejí androidy. Lucy v jejich čele hledá Molly a snaží se ji zabít. Molly zase hledá Terru a Lucy ji postřelí. Chystá se k poslední ráně, ale vtom na ni vystřelí JD… Adhu oznamuje zraněné Molly, že je mnoho obětí. Náhle zakašle a vytryskne mu z úst krev. Molly s hrůzou pochopí, že generál skutečně nechal vojáky vypustit virus, který sama vyrobila. Ares a Terry nejsou k nalezení… Lucy je rychle dopravena do laboratoře, kde se ji Charlie s Julií chystají opravit. Stačí ale ještě říci Ethanovi, že jí ublížila Molly a že lidem nesmí věřit…

Molly dostává druhou šanci na život a spolu s Ethanem, JD a Terrou se ukrývá na bezpečném místě, zatímco GSC si myslí, že je mrtvá.

Molly s ostatními musí zastavit nebezpečné humaniky, které chce ministryně vyslat do všech kontinentů, aby vyhubili hybridy...

Zabijáčtí humanikové se hrozivě množí a chystají se roznést po světě virus, který tentokrát zabíjí nejen hybridy, ale i obyčejné lidi...

Zatímco nebezpeční humanikové vyrobí identickou Molly, která bojuje na jejich straně, schyluje se k poslední etapě boje. Pravá Molly musí s pomocí amuletu vypnout TAALR a zlikvidovat humaniky, kteří se chystají vyhubit lidstvo...