宇宙艦隊は、クリンゴン帝国の総裁ガウロンが本当に流動体生物なのかどうかを確かめるため、シスコを派遣することを決めた。キラたちは困難な任務を思って呆然とする。ガウロンはタイゴコールに置かれているクリンゴン軍本部にいると見られ、ヤン・イスレスと呼ばれる護衛隊が身辺を守っていた。

シスコはダックス、オブライエン、ウォーフらを率いてガンマ宇宙域の無人惑星トーガ・フォーへ地質調査に出かける。ところが突然、ジェム・ハダーの戦艦が現われ、地表に激突した。中へ入ってみるとジェム・ハダーの戦士たち30人以上が全員、骨壊死ですでに死亡していた。そこへ新たに別のジェム・ハダーの戦艦が現れる。

DS9にクリンゴン帝国からグリルカがやって来る。グリルカはかつて一度、クワークと結婚したことのある仲であり、今回も一門の財政危機を救ってもらうためアドバイスを聞きにクワークを訪ねてやってきたのだ。エアロックを出てきたグリルカを見て一目惚れしてしまったウォーフは、仲がよいグリルカとクワークを見て苦々しい気持ちを隠せない。

DS9への帰路、クリンゴンに襲われたアジロン星からの救難信号をキャッチしたドクター・ベシアーとジェイクは応援に向かう。ベシアーを取材して記事を書こうとしていたジェイクは、これはいい記事になると内心ほくそ笑む。だが戦場の様子も病院の様子もそんな生やさしいものではなく……。

オブライエンの妻・ケイコが5日間のベイジョーの旅から帰ってくる。ケイコは「炎の洞窟」の植物調査に出かけていたのだ。ところがケイコは、迎えに出たオブライエンに、「私はケイコではない」と告げる。ケイコの肉体は何者かに乗っ取られてしまっていたのだ。オブライエンは、言うとおりにしなければケイコを殺すと脅される。

カーデシアから返還の申し出のあった「時間の発光体」を受け取ったシスコたちは、バリスと名乗る男の策略でディファイアントごと100年前に送られ、そこでカーク船長率いるエンタープライズ号に遭遇してしまう！

ウォーフとダックスは休暇を2人だけでライサで過ごそうと計画していた。ところがダックスがそのことを友人たちに喋ってしまったため、2人だけの旅行のはずが、なぜかベシアーやクワークたちが同行することになる。社交性が豊かで友人が大勢いるダックスたちを苦々しく思うウォーフは、「真・本質主義運動」の指導者と名乗るフラートンの思想に共鳴し……。

シスコはダックス、オドー、ガラックを伴ってベイジョーへ出張へ。DS9の留守を預かるのはウォーフである。無事会議も終わり、帰途についたシスコたちだったが、DS9へ帰途寸前にプラズマ嵐に巻き込まれアクシデントが発生。急ぎベシアーを伴ってシャトルへと乗り込んだウォーフが見たものは、死んでこそいないが、無意識のまま横たわるシスコたち4名だった。

ついにジェイクが独立することに。親友のノーグがDS9へ帰ってくるのを機会に2人で同居することになったのである。いざ同居が始まってみると、2人のライフスタイルの違いからいさかいが絶えない。結局2人は大喧嘩し、ノーグは部屋を出て行ってしまう。

シスコは、ベイジョーの伝説の古代都市バハラを探し出すべく調査を始める。その途中で事故に遭い、そのショックから、たびたび幻覚を見るようになる。その「預言者の導き」とも思われる幻覚を頼りに、ついにシスコはバハラの遺跡を発見する。だがその後もシスコは幻覚を見続けた。預言者が彼に何かを伝えようとしているのだが……。

司教のレイサが瞑想中に殺害された。レイサは元シャカール・レジスタンスのメンバーで、キラ少佐の仲間だった人物だ。報告を聞き、ショックを受けるキラの元に謎のメッセージが届く。犯人はレジスタンスに恨みを持つ人間ではないかというのがオドーの見解だ。そんな折、キラの友人ファラから通信が入る。ファラはかつてレジスタンス側でスパイ行為をしていたのだ。

ある日、クワークがオドーに、イリディアン人から買ったと言って、流動体生物の赤ん坊を持ってきた。オドー自身も赤ん坊時代にモーラ博士に拾われて育てられた。そのとき実験動物扱いされたことで、オドーは未だにモーラ博士を恨んでいた。この赤ん坊だけは自分のような辛い目に遭わせまいと決心したオドーは、モーラ博士の協力の申し出を断って自分一人で育てようとする。

シスコは、元部下で現在はマキの指導者となっているエディングトンの消息を聞くべく、マキ内部の情報提供者に会いに出かける。しかし提供者は現われず、シスコを待ち受けていたのはエディグトンその人だった。シスコは自分と艦隊を裏切ったエディングトンを8か月前から追跡していた。しかしエディングトンは常にシスコの一歩前を行き……。

DS9に飛び込んできた暗号を見せられたガラックは、ただちに旅支度をして飛び立とうとする。実はその暗号は、エナブラン・テインから発信されたものだった。カーデシアの秘密警察オブシディアン・オーダーの長だったテインは、かつてカーデシア・ロミュラン連合軍を率いガンマ宇宙域へ乗り込んだが、連合軍はドミニオンの反撃の前になすすべもなく敗北、テインの消息は分からなくなっていたのだ。

ドミニオンの収容所にとらわれたガラックたちは、互いに協力し合い、なんとかして脱出しようとする。一方、ジェム・ハダーの襲撃が迫ったことを知ったシスコは、窮余の策としてワームホールを破壊することにする。ところがベシアーの偽者の破壊工作のせいで、ワームホール破壊作戦は失敗。呆然とするシスコたちの目の前に、ジェム・ハダーの大軍団が現われる。

ある日、DS9にドクター・ジマーマンがベシアーを訪ねてくる。なんとジマーマンはベシアーをモデルにして救急医療ホログラム・プログラムを作ろうとしていた。このプログラムは、宇宙の辺鄙なところにある観測基地や亜空間通信ステーション等、生命維持装置や移住スペースが限られているところで、生身の医師ではなく、ホログラムによる医師に医療行為をおこなわせようというものであった。

オドーはある日、クワークのバーで美しい女性アリッサと出会う。アリッサから「セクシーな目をしている」と言われたオドーは、アリッサを意識するようになる。アリッサがDS9にやって来たのは、トービッド・レムというアイダニアン人と接触するためだった。アリッサはオリオン・シンジケートのドレイムという男の部下として働いていたが、もう足を洗おうと決心し、逃げてきたのだ。

クワークは、鉱山の発見による物価の急落で経済的窮地に立たされる。そこへ、いとこのゲイラがうまい儲け話を持ってくる。ホロスウィートを利用して法の目をくぐり、武器売買を行おうというのだ。クワークは迷いながらもその話を受け、短気な武器商人ハガスと組み、ビジネスを始める。そこへパロマー星の総督代理が商談に訪れたのだが……。

DS9にテケニー・ゲモール評議員が訪ねてきた。ゲモールとキラは旧知の仲だった。かつてキラは誘拐されてゲモールの娘イリアナそっくりに整形されたことがあり、その縁でゲモールはキラを実の娘のように愛していたのである。キラはカーデシア・ドミニオン連合に対して反対運動を起こすのには、リーダーにゲモールを担ぐのが一番いいと考えていた。しかし……。

クワークは元気がない。バーにネズミが出没し、その駆除のため休業を余儀なくされてしまったのだ。それでなくてもこの一年、悪いことが続いていたクワークはすっかり打ちひしがれてしまい、フェレンギ星の母イシュカの元へと帰省する。ところが帰省したクワークはびっくり。なんとイシュカはグランド・ネーガスのゼクと恋愛関係にあるというではないか。

DS9に駐在するクリンゴン軍の指揮官であるマートクに任務が課せられた。カーデシアとの境界付近でパトロールに当たっていて消息を絶ったクリンゴン戦艦バモスを、戦艦ロンタンを率いて救出せよという命令が下ったのだ。マートクは、副官としてウォーフを、科学士官としてダックスを同行させる。ロンタンは最近、戦いに勝利を収めていなかったため、クルーの中には不満と自信喪失が渦巻いており……。

ガンマ宇宙域の調整を終えてDS9へ帰還中のディファイアント。ダックスがエネルギー・バリアに包まれた奇妙な惑星ガイアを見つける。バリアを通り抜けて地表に降りたシスコたちを出迎えた住民の代表2人はそれぞれ「ミランダ・オブライエン」「イェドリン・ダックス」と名乗り、シスコたちを待ち受けていたと言う。

カーデシアとの国境にパトロールに出ていたマートクが暗号通信を傍受した。その通信は、かつて艦隊士官でありながらマキに参加し、今は逮捕されて服役中のマイケル・エディングトンにあてられたもので、内容は「カーデシアへ報復ミサイルを打ち込んだ、13日後にカーデシアは破滅する」というものであった。

ノーグはチーフ・オブライエンのもとで研修を積むことになった。そんな折り、プラズマ分配マニホルドが故障する。DS9はもともとカーデシアのステーションだったので、レプリケーターで複製することができない。スペアのマニホルドを得るため、オブライエンたちはカーデシア人のガラックを伴い、今は使われていないカーデシアのステーション、エムポック・ノールへと向かう。

ドミニオンの脅威が迫るDS9。多くの人々がDS9を脱出し、司令部スタッフの間には暗いムードが漂っていた。そんな父を見てジェイクは心を痛め、なんとかして父を励まそうとする。そんな折り、クワークの店で開かれるオークションにベースボール・カードが出品されることを知ったジェイクは、ノーグから金を借り、野球好きの父のためにそのカードを手に入れようとする。

ドミニオンはアルファ宇宙域へ次々に軍隊を派遣。ドミニオンの侵攻はもう時間の問題であった。連邦の不利と見てとったロミュラン等はドミニオンと相互不可侵条約を結び、連邦は窮地に追い込まれつつあった。連邦からの援軍も期待できくなったシスコは、断腸の思いで、ベイジョーにもドミニオンと不可侵条約を結ぶことを勧める。シスコは「選ばれし者」としてベイジョーを滅亡させたくなかったのだ。