DS9にガンマ宇宙域を支配するドミニオンの危機が迫る。シスコはこのままドミニオンの襲撃を黙って待つよりも、ドミニオンと話し合い、惑星連邦にはドミニオンに対する敵意はないことを納得させるために、宇宙艦隊から借りてきた戦艦ディファイアントに乗って旅立つ。

ジェム・ハダーに攻撃を受けたシスコたちだったが、ダックスとオブライエンのおかげで無事DS9に帰還することを得る。しかしその間、惑星連邦はドミニオンと和平交渉を進め、ベイジョーをドミニオンに渡すことで協定を結ぼうとしていた。怒るシスコだったが……。

クワークの店で酒を飲んでいたコザックというクリンゴン人が、酔ったはずみの事故で、自分のナイフを自分で突き刺して死んでしまう。しかしクワークは集客のため、自分が正当防衛でコザックを殺したという嘘をついてしまう。オドーはコザックの遺族の復讐を心配して、クワークに本当のことを言うよう迫るが……。

シスコ父子が催したホーム・パーティで、ジェイクの楽器を見つけ、とあるメロディーを弾きだしたダックス。その時からダックスの様子がおかしくなった。いつも穏やかでにこやかだったのに、シスコとキラに対して喧嘩を売る。キラと喧嘩別れしたあと、ダックスは仮面をかぶった人々の幻覚を見る。

ベイジョーの公文書記録センターからキラに、エルムスパー飛行少年短期収容所に入っていたことがあるか、という問い合わせの通信が入る。もちろんキラにはそんな覚えはなかったが、記録にはたしかにそう残っていた。また当時、同室に入れられていた仲間もキラを覚えていた。キラは真実を探るためベイジョーへ赴くが……。

ある日クワークは、ボスリックから、ラチナム3本で難破船の残骸を買わされる。何か金目のものはあるかと見に行ってみると、赤ちゃんの泣き声が。シスコは久しぶりに抱いた赤ちゃんにジェイクが小さかった頃を思い出して感慨に浸る。翌日、なんと一日で例の赤ちゃんは8、9歳の少年へと成長を遂げていた。

オブライエンとジェイクが、かつてカーデシアが金属加工場として使っていた部屋を、デューテリアムの精製所に改造しようと、その部屋のコンピューターからカーデシアのファイルを消去していたとき、間違って自動警備プログラムを作動させてしまう。そのためコンピューターは、ベイジョー労働者の暴動が起きたと勘違いし、すぐに降伏しろと迫る。

ガンマ宇宙域へ探索に出かけたシスコたちの前で、いきなり宇宙空間から惑星メリディアンが出現した。メリディアンは異なる2つの次元を行き来している惑星で、こちらの次元にいる間は実体があるが、もう一つの次元のほうにいる間は実体がない、という不思議な惑星だった。

ある日、ウィル・ライカーがDS9を訪れる。キラはライカーの人柄に惹かれ、ステーションを案内しようと申し出る。ライカーはキラにディファイアントを見せてほしいと頼む。しかしディファイアントに乗り込んだとたん、ライカーはキラを撃ち、ディファイアントを奪って逃走してしまう。

DS9では、ベイジョーの感謝祭で皆が浮かれていた。ラクサナ・トロイも祭りに招かれて来訪し、オドーにモーションをかける。調査の仕事でベイジョーに派遣されていたケイコも、2ヵ月ぶりにオブライエンのもとに帰って来た。だが久し振りに会った夫婦はつまらない事でケンカになってしまう。

シスコら士官が地球のシンポジウムに招かれた。シスコ、ダックス、ベシアーの3人は転送機で降下するが、3人はなんと2024年の地球に降りてしまう。そしてシスコとベシアーは警察につかまり「保護区域A」に入れられる。その保護区域では、その後の地球の歴史を変えるある事件が数日後に起こるはずだった……。

21世紀サンフランシスコの保護区域で「ベル暴動」が起こる。失業者とホームレスの施設で発生した管理センター占拠事件だが、ここで人質を守り通さなければ、未来の歴史が変わってしまう。だが、その未来から来たシスコとベシアーのせいでキーパーソン、ベルが死んでしまった。

ベイジョーからの船が途中で事故を起こし、DS9に到着する。その船にはベイジョーの精神的指導者であるカイ・ウィンと、キラの恋人でもあるヴェデク・バライルが乗っていた。2人は、カーデシアと和平協定の交渉を極秘に進めるため、DS9へやってきたところだった。しかし、バライルは神経系にかなりの重症を負っていた。

キラとオドーはベイジョーの植民地「預言者の地」からの帰りに、リセピアン船がマキの船に襲われたのを探知、マキの船らしき方を追う。とある衛星に逃げ込んだマキのメンバーを探して洞窟をさまよううち、キラは足を「生長する水晶」にとられて動けなくなってしまう。

DS9にカーデシアの科学者チームがやって来る。今回、カーデシアの協力を得て、ガンマ宇宙域に亜空間通信中継機を設置することになったのだ。しかし、ベイジョーのヴェデク・ヤルカが古代の預言を引き合いに出し、プロジェクトの中止を求めてくる。

ある日突然、グラント・ネーガス・ゼクがDS9へやってきた。おかげでクワークは部屋を追い出され、弟のロムと同居する羽目に。一方ベシアーは、惑星連邦で最も権威のある医学賞、キャリントン賞にノミネートされてとまどう。

オブライエンがたびたびタイムスリップし、未来を垣間見るようになる。ある事故の結果、ブラックホールの出す時間変動波の影響を受けてこのような現象が起きているらしい。オブライエンの証言によれば、DS9を訪れているロミュランの使節団と、たまたま居合わせたクリンゴンの一行がいさかいを起こし、乱闘になるという。

シスコが勤務を終えて帰ろうとしたとき、手に銃を持ったオブライエンが現われた。といってもこのオブライエンは「DS9のオブライエン」ではない。この宇宙と平行した次元に存在する別の宇宙からやってきたオブライエンなのだ。

ガラックの店で爆発が発生。巧妙に事故に見せかけてはいたが、どうやらガラックの命を狙った破壊工作らしい。ガラックはかつて、カーデシアの秘密警察オブシディアン・オーダーのメンバーだった過去をもち、カーデシアから追放された人物であった。しかしガラックは、自分がなぜ狙われるのか検討もつかない、と言い張る。

かつてのカーデシアの秘密警察オブシディアン・オーダーの長として君臨し、ガラックの上司でもあったエナブラン・テイン率いる、カーデシアとロミュランの連合艦隊は、ガラックとオドーを旗艦に乗せたまま、ガンマ宇宙域の創設者たちの母星へと向かう……。

DS9にレキシントン号が立ち寄り、ベシアーが学生時代にライバルだったドクター・エリザベス・レンズがやってくる。一方シスコは、ベイジョーの古い帆船を自分の手で組み立て旅に出る。伝説ではその古代ベイジョー船が800年も前に、ベイジョー・カーデシア間の飛行に成功したというのだ。

クワークとロムの母親イシュカが商売に手を出し、クワークがフェレンギ会計監査局（FCA）に監督責任を問われる。フェレンギの女性はビジネスをするなどして金を稼いではいけないのだ。クワークはフェレンギ星に帰り、罪を認めて稼いだ金を返却するよう母親を説得するが、言う事を聞かない。

DS9にベイジョーから緊急通信が入った。ベイジョー政府を率いてきたケイレム・アプレン首相が亡くなったというのである。その後継者にカイ・ウィンが指名されたことを聞いて、キラは愕然とする。キラから見ればカイ・ウィンは、自らの保身に汲々とする権力欲のかたまりであった。

ダックスはシスコたち7人の友人を集めて、ジャンタラに協力してほしいという。ジャンタラとはトリルの儀式で、自分より以前の本体の記憶をそれぞれ独立させて、一時的に協力者に移し替えるというものだ。こうすることによって、過去の本体たちと向き合うことができるのである。

シスコは大佐に昇進し、皆の祝福を受ける。しかしその祝福の席にやってきたクラジェンスキー大使は、シスコにツェンケチでクーデターが起きたことを告げ、ディファイアントの出動を要請する。ディファイアントはツェンケチへ向かうが、途中で通信システムにトラブルが発生。修理に赴いたオブライエンとダックスが見たものは……。