クワークはボスリックの貨物船の船長から、ベイジョー人のイヤリングを託される。船長はそのイヤリングをカーデシア・フォーの修理工から言付かったのだという。そのイヤリングをクワークから見せられたキラは驚く。それはかつてベイジョーのレジスタンス運動の最高指導者と称されたリー・ナラスのものだったからだ。

ベイジョー安定のため、かつてのレジスタンスの英雄リー・ナラスをカーデシアから奪還したキラだったが、ジャロ大臣からDS9の副官としての地位を剥奪される。一方、ベイジョーの過激派、サークルは、着々と武器をたくわえクーデターを画策していた。

サークルから、非ベイジョー人のDS9よりの完全撤退を迫られたシスコだったが、一般市民を撤退させたあと司令部スタッフはステーション残り徹底抗戦を決意する。一方、キラとダックスは、ジャロ大臣のクーデターにはカーデシアが武器を供給していた証拠をもって政府へと向かった。

DS9の近くでプラズマ嵐が発生、一般市民はステーションから避難し残っているのは数少ない司令部クルーのみ。そんなとき、プラズマ嵐に巻き込まれた船から救援を求める通信が入った。シスコはトラクター・ビームを使ってその船を救うが……。

ベシアーが、DS9で仕立屋を開いているカーデシア人のガラックとお茶を飲んでるところに、奇妙な親子連れが現われた。父親プロガはベイジョー人だが、息子のルーガルはカーデシア人。ルーガルは、カーデシア軍がベイジョーから撤退した時に取り残された戦争孤児の一人だった。

DS9へ連邦からメローラ・パズラー少尉が派遣されてきた。メローラはエレージアン人で、重力のほとんどない星に生まれ育っていた。そのためベシアーたちはメローラのため、車イスだの反重力装置だの、さまざまな装備を用意して到着を待ち受けていた。しかし勝気なメローラは特別扱いを嫌うあまり、人の好意を受け入れることが出来ない。

久しぶりにグランド・ネーガスであるゼクからクワークに連絡が入り、フェレンギ人はガンマ宇宙域に進出する事が決まった。ついてはクワークを主任に任命するというのである。クワークは、ガンマ宇宙域からやってきたドサイ人と交渉に臨む。

ベイジョー人の女性から仕事を頼まれたクワーク。彼女はカーデシア占領時代にステーションで薬局を開いていたバトリックの未亡人で、店の壁に箱が隠してあるからそれを取り出して持って来て欲しいというのである。クワークは承諾し、箱を見つけるが、中には8人のベイジョー人の名前が書かれた紙が一枚入っているだけだった。

DS9にテラフォーマー、セイエティク教授がやって来る。死んだ恒星を再び燃やし甦らせる実験をするためだ。セイエティクは非常に優秀な科学者だが常識も謙虚さもなく自己顕示欲が強いため、相手をするダックスはウンザリする。その頃、シスコはプロムナードで不思議な女性と出会う。

ある日、ワームホールから現われた船。シスコは生命維持装置が壊れたらしいその船から、ビーム転送で4人のスクリーア人を助け出す。4人のリーダーはハニークと名乗る女性。ハニークの話によれば、スクリーア人は今までテログラン人の支配を受けていたが、テログラン人がドミニオンに侵略を受けた隙に逃亡したという。

DS9にエル・オーリアン人のマータスが現われる。エル・オーリアン人の特技として、マータスは人の話に耳を傾けるのがうまく、自分を信用させて人の秘密を聞き出し、その情報をもとに詐欺を働くのである。オドーはマータスを逮捕し、拘置所に入れるが……。

チーフ・オブライエンとドクター・ベシアーは、タラニ人の船に出張中。タラニ族はケルラン族との長年の戦争に終止符をうち、遺伝子を破壊する最終兵器ハーベスターの解体するために、惑星連邦へ協力を頼んできた。ベシアーは首尾よくハーベスターの解体に成功。しかし最後のハーベスターを解体機に入れた時、2人のテロリストが現われ……。

近いうちにDS9で、パラダ政府と過激派との和平交渉がもたれることになった。オブライエンがパラダ星系からの出張から戻ってみると、なんとなくスタッフの様子がおかしい。疑問をもったオブライエンは、自分が留守の間に何があったのか調べ始める。

シスコはオブライエンを連れて、ワームホールの近くで植民地を建設するのによさそうな惑星を調査に出かける。2人はオリエウス星系で良さそうな星を見つけ、ビーム転送で地表に降りるが、そこで先住民たちにとらえられてしまう。彼らは10年前、入植地へ向かう途中で不時着し、そのままこの星から出られなくなってしまった一行であった。

ワームホールの向こう側に異常な分子界を発見し、ダックス科学仕官とオドーが調査に向かう。惑星に接近したダックスはこれが物質と反物質が反応して出来たオミクロン分子界であることを知り、オドーと共に上陸する。一見すると平和な村のようだったが、実は最近、理由もなく忽然と村人が蒸発する事件が続発していた。

ダックス大尉は、同胞トリル族の共生生物合体候補生アージンを迎える。アージンはダックスを教官として、これから実習に挑むのだ。ダックスはアージンとワームホールへ向かい、亜空間インターフェーズ・ポケットから出てきた何物かに衝突、その物体をDS9へ持ち帰る。

DS9にナティマ教授と2人の教え子、ホーグとルケランがやって来た。3人は、現在のような軍部に支配されたカーデシアではなく、自由で開かれた社会を目指す反体制活動家であった。しかし、ナティマはかつてクワークと深く愛し合った仲だった。

DS9にカーンたち3人の年老いたクリンゴン人が現われる。彼らとクルゾン・ダックスは、かつて「血の誓い」を立てた仲だった。3人はかつて、クリンゴン帝国植民地を襲う略奪団を討伐する任務に就いていたが、略奪団の首領であったアルバイノ人は逃げおおせ、復讐としてカーンたち3人の最初の子供を殺したのである。

DS9を発進したカーデシア船が突然、爆発した。調査の結果、サミュエルズという地球人が爆破装置を仕掛けたらしいことがわかる。実はカーデシアと連邦が和平協定を結んで以来、非武装化されたはずの地帯では、カーデシア植民地の入植者と、連邦の植民地の入植者の間で、争いが続いていたのだ。

自殺したサミュエルズの報復のため、カーデシア人ガル・デュカットを誘拐した連邦の植民地の入植者たちは、自分たちのグループを「マキ」と名乗った。カーデシアとの戦争を避けるべく、シスコはキラとベシアーを連れ、容疑者を追跡するが……。

週に一度、ランチを一緒にする習慣のベシアーとガラック。ところがベシアーの前でガラックが苦しみだした。どうやらガラックの脳に埋め込まれたインプラントの故障が原因らしい。ベシアーはガラックを救うため、自らカーデシアへ乗り込む。

キラとベシアーはガンマ宇宙域からの帰りにワームホールを通るが、シャトルがプラズマ漏れを起こし、そのせいで別の次元の世界へとクロスオーバーしてしまった。その世界では、クリンゴンとカーデシアが「同盟」を結んでおり、ベイジョーもその同盟の一員で、テラン（地球）は同盟に支配されていた。そして、DS9を支配していたのはキラ司令官だった。

ベイジョー国民の精神的指導者であるカイを選ぶ選挙が、二日後にせまっていた。候補者の最右翼はキラの恋人でもあるヴェデク・バライルだった。しかし、同じヴェデクであり、かつてバライルの失脚を画策したウィンもまた、カイの地位を狙っていた。ウィンはバライルを追い落とすため、バライルの過去を探る。

オブライエンは妻ケイコを連れて5年ぶりの休暇に出発するが、いきなりカーデシア船が現われ、オブライエンを逮捕、拉致する。シスコの調査の結果、DS9から光子魚雷の弾頭が24個盗まれていること、弾頭がしまってある武器ロッカーの扉を開けたのがオブライエンの声であったことがわかる。

シスコは息子ジェイクとノーグ、クワークと共にガンマ宇宙域での惑星の調査をすることに。しかし、ノーグとジェイクがそばを離れたときに、シスコとクワークの前に一人の女性が現われる。この女性エリスは、ジェム・ハダーに追われている身だった。シスコとクワークはエリスと共にジェム・ハダーにつかまってしまう。