オブライエンの妻・ケイコが5日間のベイジョーの旅から帰ってくる。ケイコは「炎の洞窟」の植物調査に出かけていたのだ。ところがケイコは、迎えに出たオブライエンに、「私はケイコではない」と告げる。ケイコの肉体は何者かに乗っ取られてしまっていたのだ。オブライエンは、言うとおりにしなければケイコを殺すと脅される。

ついにジェイクが独立することに。親友のノーグがDS9へ帰ってくるのを機会に2人で同居することになったのである。いざ同居が始まってみると、2人のライフスタイルの違いからいさかいが絶えない。結局2人は大喧嘩し、ノーグは部屋を出て行ってしまう。

ガンマ宇宙域の調整を終えてDS9へ帰還中のディファイアント。ダックスがエネルギー・バリアに包まれた奇妙な惑星ガイアを見つける。バリアを通り抜けて地表に降りたシスコたちを出迎えた住民の代表2人はそれぞれ「ミランダ・オブライエン」「イェドリン・ダックス」と名乗り、シスコたちを待ち受けていたと言う。

ドミニオンはアルファ宇宙域へ次々に軍隊を派遣。ドミニオンの侵攻はもう時間の問題であった。連邦の不利と見てとったロミュラン等はドミニオンと相互不可侵条約を結び、連邦は窮地に追い込まれつつあった。連邦からの援軍も期待できくなったシスコは、断腸の思いで、ベイジョーにもドミニオンと不可侵条約を結ぶことを勧める。シスコは「選ばれし者」としてベイジョーを滅亡させたくなかったのだ。

DS9はドミニオンと組んだカーデシアに占領された。ドミニオンからはウェイユン、カーデシアからはデュカットがやってきてDS9を統治することになる。惑星連邦の者は全員退去した。キラとオドーはDS9に残り、そしてジャーナリストとなったジェイクも連邦市民としてただ一人残り、占領下の取材を続けていた。一方シスコたちはジェム・ハダーとの戦いを続けていたが、戦況は思わしくなく……。

DS9奪還に向けての艦隊とドミニオンとの決戦が始まる。しかし、ドミニオンの大艦隊は数では圧倒的に有利だ。しかもデュカットらによるワーム・ホールの機雷除去準備も着々と進んでおり、機雷が除去されればさらなるドミニオンの軍勢がアルファ宇宙域にやってくる。残された時間はあとわずかだった……。

ドミニオンとの戦闘から小休止し、久しぶりの科学調査に出かけたシスコたち。宇宙空間に不思議な空間圧縮現象が見られるため、ダックス、ベシアー、オブライエンを小型船ルビコンで現象内へ送るのだ。空間の圧縮に伴い、ルビコン自体もオモチャの飛行機ほどに縮むことに。

ドクター・ベシアーは自分のホログラム（60年代地球のラスヴェガス）にクルーたちを招待、シナトラばりの歌手ヴィックを皆に紹介する。ヴィックはホログラムである事を自覚し、人の心もわかる特別なホログラムで、ベシアーは彼に恋愛相談までしていた。キラがシャカールに会いに行くと知り、心を乱されていたオドーは悩んだ末思い切ってヴィックに悩みを打ち明けようと決意する。

オブライエン夫妻は八歳の娘モーリーと十四ヶ月の息子ヨシを連れて惑星ゴラーナへピクニックに行くが、モーリーが古代文明の残した“時の入口”に落ちて三百年前に戻ってしまう。三百年前のゴラーナは無人の惑星であった。やがてモーリーは救出されるが、戻ってきたのは十八歳に成長したモーリーだった。

宇宙艦隊はついにドミニオン侵攻を決定、シスコが作戦のリーダーに抜擢される。その後、預言者からカーデシアに行くべきではない、危険だという啓示を受けるが、シスコは『選ばれし者』より『司令官』を優先させカーデシア行きを決意、宇宙艦隊はクリンゴン、ロミュランと手を組み出発する。

DS9では、武器を配備したロミュランを阻止しようと、キラが防御ブロックを強化する。一方ウォーフ、オブライエン、ベシアーとクワークは自分たちのミッションの準備をしていた。それはクリンゴン艦でドミニオンの造船所を破壊するというものだった。

クリンゴンの英雄コールがウォーフを訪ねてDS9にやってきた。年老いたとはいえ、コールはドミニオン戦争に参加し、戦士として死にたいと望んでいる。ところがコールの存在はクリンゴン帝国では過去のものとなり、彼が戦争に参加する方法はなかった。コールは戦闘の指揮をとらせてほしいと、ウォーフに願い出たのである。

連邦はドミニオンとの戦争を終わらせるため、いよいよ総攻撃に出ることとなった。クルーらはそれぞれ最後になるかもしれない時を過ごし、お互い生きて戻ることを誓う。そして彼らはディファイアントに乗り込み、全艦隊でカーデシア領域に向かう。