발신인도 없이 시간과 장소만 쓰여진 초대장을 받은 에이미와 로리, 리버 송 박사는 약속 장소인 유타 주에서 오랜만에 닥터를 본다. 닥터는 1969년 인류가 달에 처음 발을 디딘 뜻깊은 해에 뭔가 해야 할 일이 있다는 말을 남긴 채 갑자기 호수 속에서 나타난 이상한 우주비행사에게 살해당한다.

1969년 7월, 닥터는 네바다 주 은밀한 곳에 갇히고 미국 여러 주에 흩어져 쫓겨 다니던 에이미와 로리, 리버는 캔튼에 의해 비참한 최후를 맞는다. 그러나 이것은 캔튼과 닥터 일행이 미리 꾸며둔 계책이다.

조난 신호를 따라 닥터 일행이 찾아간 곳은 17세기의 어느 해적선. 바람으로 가는 이 해적선은 물결이 잔잔한 곳에 발이 묶인 채 바다의 요정 사이렌에게 공격을 당하는 중이었다. 사이렌은 몸에 상처가 있는 사람들을 노래로 홀려서 차례로 데려갔다.

우주 한가운데서 타임로드의 비상연락 시스템으로 구조 요청을 받은 닥터는 들뜬 마음에 우주 바깥쪽으로 향한다. 고철 더미로 가득한 그곳에는 삼촌과 이모, 조카, 그리고 정신이 나가 헛소리를 하는 이드리스가 있다. 그러나 그들의 배후에는 지각을 가진 소행성, '집'이 있었다.

닥터가 플레시에 접속한 이후 새로 탄생한 복제 닥터는 그동안 닥터가 겪어 왔던 재생성 과정을 겪으며 고통스러워한다. 두 닥터는 플레시와 인간 모두 같은 존재임을 주장하며 대치 상태에 있는 인간과 플레시를 모두 구하려고 애쓴다.

닥터는 납치된 에이미의 행방을 알아내기 위해서 제12 사이버 군단 전체를 폭파하는 대공세를 펼친다. 또한 이제껏 자신이 도움을 줬던 사람들을 차례로 방문하여 원군이 돼 주길 청한다. 에이미 납치범들을 응징하기 위한 전쟁을 작정한 것이다.

멜로디의 행방이 묘연한 채 닥터와도 연락이 끊기자 에이미와 로리는 자기들만의 방식으로 닥터를 호출한다. 그러나 에이미와 로리를 미행한 친구 멜스로 인해 예정에도 없던 여행을 하게 되고 '히틀러를 죽이자'는 화두 아래 1938년 베를린으로 불시착한다.

괴물로부터 구해달라는 한 어린애의 메시지가 닥터의 사이 킥 페이퍼로 날아든다. 메시지의 발원지는 영국, 70년대풍의 서민 아파트. 닥터는 그 아파트에서 뭐든지 다 무서워하는 만사 공포증 환자, 조지를 찾아낸다.

닥터는 로리와 에이미를 은하계 여행자들이 즐겨 찾는 파라다이스 행성, 아팔라푸치아로 데리고 간다. 그러나 예기치 못한 사태로 에이미와 서로 다른 방에 들어가게 되고 에이미가 있는 쪽 방에만 시간이 압축되어 매우 빠르게 흘러간다는 사실을 알게 된다.

닥터 일행은 지구의 80년대풍으로 꾸며진 괴이한 호텔에 예기치 않게 착륙한다. 이 호텔은 살아있는 유기체처럼 구조가 시시각각으로 바뀌어서, 출구를 찾을 수 없는 미로 같은 공간. 호텔 안에는 쥐같이 생긴 외계인 한 명과 인간 세 명이 붙잡혀 있었다.

인사차 크레이그 집에 들른 닥터는 전깃불이 깜빡이는 것과 신문에 난 조그만 기사를 보고 수상한 낌새를 차린다. 못 본 채 길을 가고자 했으나 발길이 떨어지지 않자 결국 문제의 근원지로 의심되는 상점에 남아 사건을 조사하기로 한다.

때는 2011년 4월 22일 오후 5시 2분. 시간은 멈췄고 과거의 역사에 일어났던 일들이 모두 동시에 벌어지고 있는 기현상이 일어나고 있다. 실렌시오 호수에서 리버송의 손에 죽음을 맞이하는 것이 닥터의 예정된 미래였지만 닥터를 사랑하는 리버송은 그 일이 일어나도록 내버려 둘 수 없었다.