닥터는 재생성으로 인한 충격이 아직 가시지 않은 채 꼬마, 아멜리아가 사는 집 마당에 불시착한다. 옷이 다 찢어져서 마치 누더기를 걸친 것 같은 해괴한 모습의 닥터가 경찰 박스에서 나오자, 아멜리아는 반가워한다. 자기 침실 벽에 이상한 금이 생겨서 도움이 필요했던 것이다.

에이미와 닥터의 첫 번째 여행지는 29세기 어느 우주선! 이 우주선의 이름은 '스타쉽 영국'으로 태양 폭발 때문에 지구에서 살 수 없게 된 영국민들이 새로운 삶터를 찾아 우주를 떠돌고 있는 대형우주선이다. 그런데 이 우주선에서는 뭔가 알 수 없는 감시의 눈초리가 느껴진다.

닥터는 영국 수상 윈스턴 처칠의 전화를 받고 2차 세계 대전 한복판으로 달려간다. 처칠은 나치를 물리칠 비밀 병기라면서 브레이스웰이란 교수가 발명했다는 신무기를 보여주는데 그건 놀랍게도 달렉이었다.

박물관을 찾은 닥터와 에이미는 전시물에서 어떤 메시지를 발견하고 급히 51세기의 우주로 떠난다. 그리고 우주선 비잔티움 호에서 떨어지는 닥터의 미래의 아내인 리버 송을 구출하지만 비잔티움 호는 추락한다.

우주선 비잔티움 호로 올라온 닥터 일행은 부조종실로 피신한다. 그러나 부조종실까지 쫓아온 천사들이 금방이라도 문을 부수고 들어올 기세이자 우주선 안의 숲속으로 들어간다. 숲의 반대편에 있는 주조종실까지 서둘러 가야 하는 상황이다.

닥터는 에이미와 그녀의 약혼자, 로리를 낭만의 도시 베니스에 보내준다. 때는 1580년, 유럽 전체에 흑사병이 돌던 시절. 닥터는 베니스의 최고 귀족인 칼비에리 가의 마님, 로자나가 흑사병을 구실 삼아 베니스 사람들의 외부 출입을 막고 있다는 걸 이상하게 여긴다.

한적한 시골 마을, 로리는 의사가 됐고 에이미는 로리의 아이를 임신했다. 오랜만에 이들을 찾아온 닥터는 에이미, 로리와 함께 마을 구경을 하던 중 동시에 벤치에서 잠이 들고 눈을 떠보니 타디스 안이다. 세 사람이 똑같은 꿈을 꿨다고 생각하는 순간, 또 잠이 든다.

리오를 가려다가 실수로 2020년 남 웨일즈의 어느 시골 마을에 떨어진 닥터는 땅을 디디는 느낌이 뭔가 이상하다는 것과 마을에 커다란 시추 기계가 설치돼 있는 걸 보고 잠시 머물기로 한다. 한편, 사상 최초로 땅속 21Km까지 파 내려가는 데에 성공한 토니는 기쁨에 들뜬다.

호모 렙틸리아 종족의 최고 지도자, 엘데인을 만난 닥터는 에이미와 네즈린을 인간 대표로 세워서 평화 회담을 시작하게 한다. 호모 렙틸리아들이 지하로 들어간 것은, 행성과 충돌해서 지구가 멸망할 거라는 학자들의 잘못된 예보 때문이었다.

파리의 오르세 미술관에서 빈센트 반 고흐의 작품을 구경하던 닥터와 에이미는 불길한 부분을 발견하고 반 고흐가 스스로 목숨을 끊기 몇 달 전인 1890년 프랑스 오베르로 찾아간다. 그의 작품 와 똑같이 생긴 카페에서 반 고흐를 만난다.

타디스가 이상을 일으켜 에이미만 태운 채 사라지고 닥터는 영국 에섹스에 혼자 떨어지게 된다. 결국 닥터는 독신남 크레이그의 집에 방을 얻어 지내면서 요리 솜씨도 발휘하고 축구연습도 따라다니면서 평범한 지구인처럼 생활한다.

닥터를 기다리고 있던 리버 송은 그에게 타디스가 폭발하는 그림을 보여준다. 예지력이 있었던 반 고흐가 유작으로 남겼다는 이 그림의 제목은 판도리카 열리다. 판도리카는 우주에서 가장 무서운 괴물을 가뒀다고 전해져 오는 전설상의 상자 감옥이다.

로리의 도움으로 판도리카에서 나온 닥터는 터키모를 쓴 닥터가 미래의 자신임을 깨닫는다. 리버의 볼텍스 조정기가 옆에 있었던 것. 닥터는 에이미를 살리기 위해 그녀를 판도리카에 넣고, 2천 년 후로 간다. 2천 년 후의 세상은 우주에 지구와 달밖엔 없는 새로운 버전의 우주이다.