实习医生玛莎琼斯在上班途中偶遇博士，博士突如其来在她面前解下领带，使她感觉意外，但在玛莎进医院随指导医生访视病人时再度遇上博士躺在病床上，当玛莎告诫博士病人不可随意出外时，却让博士感觉莫名其妙，因为他大半天都待在医院里并未出去，更令玛莎吃惊的是，她在听诊胸腔时，发现博士居然有两颗心脏，由于迟迟没能诊断，使玛莎遭受指导教授的训斥。

不但医院实习不顺利，玛莎同时也操烦著晚上弟弟的生日宴会，因为离婚的父母一旦再会，极可能又因为老爸的新女友吵架，当玛莎和姐姐商量到一半时，医院大楼上方开始下起雨来，最诡异的是这阵雨竟是由下往上飘飞，旋即医院大楼一阵摇动，众人惊魂稍定后再度讶异发现整栋医院已经被搬到月球。

玛莎四处奔走安抚受惊的病人，而早察觉怪异的博士也离开病床展开一贯的调查工作，两人遂结伴同行，也发现在医院外部包围着一层隔膜，确保医院所有人不至于失去空气，没过多久隶属于影子同盟的犀牛人便堂而皇之登陆月球，并进入医院进行搜索，对医院内的人类展开辨识处理，博士也在这时自揭外星人的身份，令玛莎不敢置信。与之同时，犀牛人真正的目标等离子魔已经吸食了玛莎指导教授的血液，扮成人类蒙混过关。

为了拯救全医院的人类性命，博士让玛莎去招来犀牛人，同时假装是人类跑到等离子魔面前引诱她来吸自己的血，使犀牛人及时发现等离子魔并将她消灭。不料，等离子魔临死前已经把医院内的核磁共振设施改装成炸弹，奄奄一息的博士赶紧让玛莎帮手启动他第二颗心脏的活力，及时以音速起子拆除炸弹。

在犀牛人把医院送回地球后，博士随之失踪，令玛莎顿感失落，但更麻烦的是晚上在弟弟的宴会里父母果然大吵一场，当玛莎带着一身疲惫要回家时，意外再逢博士，原来博士为感谢玛莎的帮助，决定带她共游一段时间当酬谢，本来玛莎还顾虑自己实习未完，当博士搭乘时空机回到早晨解开领带，证实他具有穿越时间的能力，玛莎毅然抛去所有顾虑登上时空机，开启属于她和博士的奇幻故事......

博士带着玛莎来到1599年观赏莎士比亚的舞台剧，却意外听见莎士比亚在演出完毕后宣布明日将演出新戏"爱的胜利"，使博士面露疑色，因为这出戏并不存在于后代的纪录中，只单单保留了剧名，因此决定留下一探究竟。当博士携同玛莎前往拜会莎士比亚时，正好遇见舞台总监放话要封杀莎士比亚明晚的演出，在玛莎以为"爱的胜利"即因此消失时，博士却不以为然。

没多久，舞台总监便遇上一名前来挑逗诱惑的侍女，被她伺机拔下几根头发，然后这侍女以巫术把系有头发的稻草人淹入水里，使舞台总监在平地上被淹死。身为实习医生的玛莎听见舞台总监的叫唤后，赶紧跟博士出外查探，意外发现舞台总监死于溺水。为防众人以为巫术作祟，博士顺口掰了体液流失的理由搪塞，但在玛莎的追问下，坦言舞台总监确实死于巫术。

原来形似女巫的三名凯力奥人正暗中利用莎士比亚，写出她们希望的文字，好释放其他被禁锢的同伴，并在旅店老板娘发现她们行踪时再度用巫术杀死老板娘。女巫骑着扫把飞扬天空的背影，让莎士比亚想起建造的环球剧场的朋友彼得也曾谈论过有关女巫的事，因此在博士的请托下，于隔日带他跟玛莎前往精神病院探视已经发疯的彼得。

当博士用简易的催眠术让彼得说出女巫控制他建造14边形的环球剧场后，一名发现博士调查行动的凯力奥人现身于精神病院杀死了彼得，当她要对博士施予毒手时，博士已经认出她们来历，反而喊出她们的名字，借由“点名”的魔力逼走凯力奥人。博士透过莎士比亚所言的剧本内容跟环球剧场的形状，推断出凯力奥人的图谋，因此和莎士比亚、玛莎分头前进，阻止"爱的胜利"上演。

但莎士比亚先被凯力奥人弄晕，而博士和玛莎也遭受狙击，所幸玛莎因为是时空穿越者巫术无法将她杀死，而博士的心跳虽然也被凯力奥人用巫术停止，但拥有两个心脏的博士在玛莎的帮助下很快恢复过来，飞奔至环球剧场。但博士和玛莎受这一阻，赶到时"爱的胜利"已经演到最终幕，大量的凯力奥人获得释放在空中飞舞。

面对这等危险，博士推断出既然凯力奥人是利用莎士比亚将同伴放出，反过来莎士比亚同样拥有再度风印她们的能力，因此让莎士比亚即兴创作一段文字，而在莎士比亚词穷之际，玛莎也急中生智补上哈利波特里的缴械咒---去去，武器走，这才成功封印了凯力奥人。

博士和玛莎来到五十亿零五十三年后的新地球的第十五纽约，却只看到地下城的贫民窟和一望无际停滞的车流，玛莎被其中一辆车劫走，博士为救玛莎也搭上了某辆车。Boe之脸为了拯救城市，将自己最后的生命转化为能量，临终前Boe之脸告诉博士他最大的秘密——You Are Not Alone（你并不孤单）。【Boe之脸第三次出现并死亡】

博士和玛莎回到了大萧条时期的美国，看到了帝国大厦正在建筑中，旁边的公园则住满了失业的人群，有人说公园里的人不断减少，每天都有人失踪。博士决定一探究竟，没想到又是戴立克的一个阴谋。

戴立克成功的与人类融合，而且还拥有了人类的感情，博士就想和人型戴立克合作，改造戴立克一族。但是其他戴立克却杀死了人型戴立克。最后博士和玛莎以及一名英勇的美国人合力瓦解了戴立克的阴谋。

英国的一名教授从蝎子体内提取了一些令他返老还童的物质和一套机器，成功从70多岁的老人变成一个20、30多岁的年轻人。但变异正在教授的体内发生，他变成了一只巨大的蝎子，杀死了自己的合作伙伴。后来在约会玛莎的妹妹的时候再次变身，还失去理智到处杀人，最终被博士阻止。

博士和玛莎在太空旅行的途中误上了一艘无证采矿船，而船再过42分钟后就会坠入太阳。在船上有两个人不知何故体温不断提高，并且变得极度凶残危险。后来博士才发现原来太阳上存在一种生命体，由于采矿人员采矿时实际上是捉了他们的族人，所以它要报复船上的人。最后船上的人打开仓库丢弃所有太阳物质后终于脱险。

博士为了躲避宇宙中的一个嗜血家族而令自己变成人类，将所有记忆和力量隐藏在一只怀表里，化名John Smith在英国的一所大学当老师，玛莎则成了他的黑人女仆，博士还和学校里的护士长坠入爱河。然而外星人还是追来了，学校附近不断有人被抓去做这个家族的寄生者，而被外星人控制的稻草人四处攻击学生，更严重的是怀表丢了。

博士的身份暴露了，然而人类博士却不敢面对，他放不下约翰·史密斯的生活和爱情。后来一名学生把怀表交给博士，博士终于打开怀表，释放自己的一切记忆与能量。最终博士制裁了嗜血家族的四名人员：父亲推进异空间，母亲被锁进了废弃的白矮星的核心，妹妹被放到了镜子中的世界，而哥哥则变成了一个稻草人，至今仍在守望英国的土地。而且他们四个都得到了他们所想要的——永生。这时家族才明白，其实博士完全有能力对付他们，原先的逃跑躲避只因博士太仁慈，不想伤害他们。

一名女生Sally Sparrow在一所“鬼屋”探险时撕开墙纸，发现墙上竟然有她的名字，还写着“快逃，小心石像”。当她第二天与朋友一同再来，她听见门铃响去开门，而她的朋友却突然消失了。这时门外进来一位自称是她的朋友的孙子的人给了她一封信，信上说“你看到这封信的时候我刚刚消失了，到楼上拿走天使手中的钥匙，小心石像……”她赶紧报案...Sally再次来到鬼屋，四个天使穷追不舍。最后她在博士的指导下，终于把塔迪斯送到了过去，同时让天使成为了真正的石像。

【哭泣天使首次出场】（本集获2008年雨果奖最佳戏剧表现短片）

博士和玛莎把塔迪斯停到了卡迪夫的时间裂缝上补充能量，一直在卡迪夫等着博士的杰克·哈克尼斯在博士离开的前一刻出现牢牢抓住塔迪斯，并被带去了宇宙末日。杰克用博士被砍下的旧手（见第一季特别篇）追踪博士......原来他竟然是博士以前的族人法师Master，法师抢走了Tardis，把博士一行人留在了宇宙末日。博士无法可施，只能在最后一刻锁定塔迪斯的坐标和时间，使它只能往返于21世纪的地球和宇宙末日。【法师正式回归】

玛莎用一年的时间走遍了世界，说是要拿走为了防止时间族威胁地球而制造的4种化学药剂，据说混合后可以杀死时间族并且令他们不再复活。然而最后一种药剂尚未得到，玛莎却被捉住了。在法师为宇宙大战的爆发倒数时，所有人类一起高呼：博士！博士！博士！人类心灵的力量，加上大天使网络，让博士重获新生。博士原谅了法师，而法师的夫人向他开了一枪。法师将死时博士紧紧抱住他道：“快重生，我们是最后的时间领主，别留下我一个！”可是法师却说：“我猜你并不十分了解我，我还是赢了。”随后拒绝重生而死。最后博士火葬了法师。当他再次邀请玛莎一起旅行，玛莎婉拒了他。Boe之脸的真正身份在这集揭晓。