Hijikata visita um ferreiro para consertar sua espada favorita. Ele ignora o conselho do ferreiro e vai embora com uma espada amaldiçoada. No caminho de volta à Delegacia do Shinsengumi, um grupo de samurais errantes compra briga com ele. Hijikata resolve testar a nova espada, mas assim que toma posse da espada, se transforma num frangote! Hijikata está preso numa situação perigosa, mas uma pessoa o salva. Kamotato Ito, o conselheiro do Shinsengumi que voltei a Edo depois de um ano ausente.

Um programa de debates coloca 100 otakus no ar. Shinpachi, o capitão do Fã Clube da Tsu Terakado, é um dos participantes. Conforme os ânimos esquentam no debate, um homem tem a coragem de enfrentar Shinpachi. Esse homem é HIjikata que foi afastado do Shinsengumi depois de se transformar num otaku graças à maldição da espada. Diante de um Hijikata totalmente diferente, Gintoki e os demais descobrem o temeroso passado da espada demoníaca. Enquanto isso, Ito ganha poder rapidamente dentro do Shinsengumi e os membros dos esquadrões começam a criar um clima hostil.

O plano de Ito de assumir o Shinsengumi dividiu seus membros. Kondo se vê numa posição difícil com Okita como seu único aliado. No ato final de seu plano, Ito começa a esquematizar planos para o assassinato de Kondo. Okita resolve defender Kondo que está encurralado num trem cheio de inimigos. Gintoki e os demais chegam a tempo, mas o HIjikata ainda está amaldiçoado!

Com a ajuda de Gintoki e dos demais, Hijikata finalmente se livra da maldição. Mas quando ele tenta interferir no assassinato de Kondo, Ito dispara em sua direção. Com a batalha final prestes a começar, Gintoki luta contra o feroz Bansai Kawakami do Kiheitai. Enquanto cruzam suas espadas, Bansai avisa a Gintoki que todaa luta foi planejada para destruir o Shinsengumi. Será possível que quem está por trás de tudo é o...

O Shinsengumi ficou totalmente abalado com o plano de tomada de poder do Ito. E a pessoa realmente por trás de todo o esquema é revelada! Ito descobre que ele só estava sendo manipulado e como Hijikata e Kondo realmente se sentem a seu respeito. E enquanto ele está deitado no chão morrendo por seus ferimentos, ele repensa sua vida e faz as pazes consigo mesmo. Conforme o Shinsengumi se digladia com os samurais errantes, a batalha letal entre Gintoki e Bansai Kawakami se aproxima de seu fim!

Amarao é o artilheiro do time de futebol Oedo FC. Sua partida de aposentadoria começa e ele vai todo empolgado para o vestiário aguardar com seus colegas. Mas ao abrir a porta, se depara com seus colegas no chão. O Faz Tudo estava fazendo um bico vendendo bebidas no estádio. Sem querer, eles deram uma bebida tóxica para os jogadores ao acharem que ela um energético. Assumindo a responsabilidade, Gintoki prontamente reúne jogadores para a partida. Ele reúne o bando de sempre, inclusive Katsura e Hasegawa!

Faz Tudo aceita um trabalho de Kaguzo, o chefe da gangue Mashiroi. O serviço se trata de fazer o que for necessário para arrastar o filho do Kaguzo,Utsuzo, que esteve num armazém há cinco anos, para fora. O trio do Faz Tudo tenta vários truques para persuadi-lo a sair, mas não têm o menor efeito em um cara tão recluso quando Utsuzo. O trio fica sem ideias e estão sob a pressão do cliente ser um chefe da yakuza. Kyojiro Nakamura, o tenente da gangue que Utsuzo adorava desde criança, contra a eles sobre o passado do filho do chefe. Ao descobrir isso, Gintoki...

O filho recluso do chefe da gangue Mashiroi, detém um segredo chocante! Ao saber dos detalhes, Gintoki aponta sua espada para Nakamura. Ao ser atacado em retaliação pelos membros da gangue, Gintoki foge e se esconde. Kaguzo sucumbe à doença e em breve será anunciado o sucessor da gangue. Quando Nakamura está prestes a ser coroado o sucessor de Kaguzo, Gintoki invade o local...

Yamazaki recebe ordens para se disfarçar e tentar se infiltrar no esconderijo das Forças Contra a Entrada de Estrangeiros. Seu trabalho é descobrir que missões estão sendo dadas aos membros da facção e apreender Kotaro Katsura, "O Indomável", juntamente com todos os seus homens. Yamazaki usa sua esmagadora suavidade para penetrar sem levantar quaisquer suspeitas. Mas para se tornar um membro das Forças Contra a Entrada de Estrangeiros, ele precisa passar por uma entrevista com Katsura e por um teste escrito.

Katsura finalmente é capturado graças às ações de Yamazaki. O barco em que ele é colocado se dirige à Ilha Prisão, uma prisão impenetrável e o último lugar que qualquer bandido gostaria de ir. Em uma das celas da prisão, Suekichi vem tentando escapar passando seus últimos 15 anos cavando um buraco na sua cela. Ele acabou de terminar sua rota de fuga. Tudo que ele precisa é decidir em qual dia ele vai fugir. Suekichi já vigia o horário dos guardas há muitos anos e aguarda com cuidado por uma oportunidade. Mas quando Katsura é colocado na cela à sua frente, os planos de Suekichi começam a dar errado...

Talvez seja por causa da chuva, mas o Faz Tudo não tem recebido ofertas de trabalho por vários dias e começam a ficar cada vez mais irritados com o clima úmido. Shinpachi tenta animar as coisas convidando Gintoki e Kagura para passear por Edo na chuva. Mas quando eles passam por três garotas com guarda-chuvas de flores, o temperamento de Kagura piora. Ela fecha seu guarda-chuva de plástico e começa a andar se molhando toda pela chuva.

Tama, a empregada robô, começou a trabalhar no Bar da Otose. Ela ajuda recebendo o aluguel de Gintoki e dos demais. Otose fica feliz com o fato de ela ser tão esforçada e resolve lhe dar um dia de folga. Mas como empregada, tudo que Tama sabe fazer é trabalhar pelos outros. Ela não sabe como gastar seu tempo e dinheiro na folga. Gintoki resolve sair com a Tama para que ela se divirta, mas...

Okita e o primeiro esquadrão ficam responsáveis por uma semana pela limpeza dos banheiros do quartel do Shinsengumi. Todos ficam resmungando enquanto limpar. Mas um homem trabalha feliz sem reclamações. É Seizo Kumanaku, conhecido pelo Shinsengumi por ser obcecado por limpeza. Ele dá um sermão em seus colegas de esquadrão sobre a importância da limpeza dos banheiros, mas não consegue animar ninguém. Seizo fica irritado pela sujeita dos banheiros e sugere a Hijikata que eles façam uma revolução sanitária.

Matsudaira está furioso ao saber que os colegas de trabalho de sua filha Kuriko estão a paquerando. Ele leva a cabo um plano extremista para afastá-los dela. Kondo e Okita concordam com o plano e o ajudam. Mas a confusão apenas aumenta e sai de controle. Ao ver isso, HIjikata oferece ajuda para afastar os colega da Kuriko dela, mas...

O Faz Tudo aceita um trabalho como salva-vidas na praia. Gintoki e Shinpachi ignoram suas responsabilidades e se focam na observação de garotas. Kagura imediatamente encontra um ser suspeito chamado Kamenashi vestido de tartaruga e bate nele. Gintoki e o pessoal descobrem que Kamenashi estava filmando escondido as garotas da praia. Em desespero, Kamenashi inventa desculpas esfarrapadas, mas eles ninguém se deixa enganar. Kamenashi então diz que os levará ao Castelo do Dragão se eles deixarem passar.

Gintoki e o pessoal são jogados ao mar no caminho para o Castelo do Dragão e agora estão como náufragos numa desconhecida ilha deserta. Eles procuram pela ilha quaisquer materiais que os ajudem a sobreviver e se reencontram com Kamenashi. Por incrível que pareça, a ilha era o Castelo do Dragão. Enquanto isso, robôs gigantes em forma de tartaruga aparecem em Edo e o pessoal fica sabendo pelas notícias na TV. De acordo com o Kamenashi, Otohime, a dona do Castelo do Dragão, está executando um plano maléfico.

O grupo descobre sobre o passado oculto do Castelo do Dragão e o plano medonho da Otohime. E eles são os únicos capazes de impedi-la. Kamenashi sugere que eles se dividam e vão até ela. Enquanto se dividem em equipes, sentinelas os veem e eles ficam numa situação desesperadora. Enquanto isso, Otae, que fora capturada por Otohime, corre perigo!

O plano medonho da Otohimeque envolve toda Edo finalmente chega ao estágio final. Gintoki, Katsura, Shinpachi, Kagura e os demais fazem de tudo para frustras os planos dela... Como essa batalha vai terminar? E o que o futuro da Terra aguarda?

Fumar tornou-se um ato completamente banido dos arredores de Shinsengumi devido a sugestão do Okita. O Hijikata, um fumante fervoroso, resiste desesperadamente, porém a pressão a de seus colegas e relutância acabam por surtir efeito. Ele sai para fumar, porém é proibido em quase todo lugar… Os tempos mudaram e fumar tornou-se proibido por toda a Edo devido a sugestão do Matsudaira. O que o desesperado Hijikata fará?!

Hasegawa finalmente fica como responsável por um restaurante de sushi depois de um árduo treinamento. Ele convida Gintoki e os demais para vê-lo no trabalho. Estão todos animados ao saber que podem comer quanto quiserem, mas faltam habilidades essenciais a Hasegawa! Ao ver Hasegawa em dificuldades, todos resolvem ajudá-lo. Mas Gintoki e os demais são completos amadores. Eles se aproveitam das próprias habilidades para fazer sushi, mas...

Certo dia, Gintoki e a turma estão de preguiça como sempre quando percebem que o dedo do Shinpachi se transformou numa chave Phillips. Parece ser obra de um Amanto, mas Shinpachi está ocupado demais se desesperando. Logo eles descobrem que Kagura e Gintoki também tiveram seus corpos modificados. Os três tentam pegar os Amanto responsáveis por isso, mas a única pista que têm é um jogo online de sucesso. Os três começam a jogar imediatamente para rastrear os Amanto e exigir que eles façam seus corpos voltarem ao normal, mas...

Para fazer os corpos voltarem ao normal depois de se transformarem em chaves de fenda, Gintoki e a turma participam de um jogo online para ir atrás dos Amanto responsáveis pelas transformações. Assim que eles começam, causam tumultos no jogo e atraem um perigoso inimigo. Um certo caçador os salva dessa situação desesperadora. Esse jogador parece ser veterano, mas, na verdade, também foi transformado em chave de fenda como os demais. Logo o grupo encontra ainda mais gente que foi transformada em chave de fenda. Todos tentam reunir informações dos Amanto culpados dentro do jogo, mas...

Gintoki e o grupo perderam as pistas que tinham do jogador de Monkey Hunter. Eles se reúnem fora do jogo num restaurante e tentam bolar um plano, mas lhes faltam boas ideias. E Katsura apenas diz que "O que precisamos fazer agora é aprender a vivermos como chaves de fenda." Será que eles conseguirão voltar a ser como eram?!

Otsu superou os escândalos passados e se tornou a estrela número um de Edo. E a data de lançamento do seu single foi finalmente anunciada! Shinpachi e os demais fãs estão se rejubilando com a notícia. Mas surgem problemas às vésperas do lançamento. Tsunpo, o produtor musical da Otsu, está atrasado com o processo criativo e diz que o lançamento deve ser postergado. Otsu está determinada a não trair seus fãs e age por conta, mas...

O anime de Gintama finalmente chega á metade do terceiro ano de transmissão. Shinpachi explica o propósito do episódio e quer rever as antigas aventuras para dar saudades. Ao saber que o capítulo final não é o fim e que a série vai continuar por mais seis meses, Gintoki e Kagura perdem o entusiasmo. Então toca o encerramento da série. O episódio vai mesmo terminar depois de apenas seis minutos?

Os membros do fã clube da estrela número um de Edo, Tsu Terakado, estão na praia treinando a coreografia de um show. Mas Takachin percebe que os membros não estão muito entusiasmados. Um dos oficiais do fã clube está trocando mensagens com uma garota que conheceu num blog. Shinpachi fica furioso com o fato de um oficial ter descumprido uma das regras do clube. Como capitão, ele dá uma bronca neles, mas...

Embora achem que as cartas sejam provenientes de Okita, a resposta do Shinpachi acaba sendo um grande sucesso. Urara fica feliz por sua irmã mais velha ter recebido uma resposta. Mas a irmã mais velha confessa que mandou a foto da Urara com a carta. E parece que tanto o Shinpachi quanto a Urara mandaram fotos de outras pessoas com as cartas!

A irmã mais velha da Urara descobre que Shinpachi mandou a foto do Okita com suas cartas. Shinpachi tenta pedir desculpas do fundo da alma, mas ela diz que vai ajudá-lo a se aproximar da Urara. Depois disso, Gintoki e os demais se encontram com Urara e Okita. Eles tentam chamar a atenção de Urara, mas ela só está interessada no Okita. Sua irmã mais velha não consegue fazer nada a respeito e foge arrependida. Shinpachi fica preocupado e vai atrás dela, mas...

Preocupada com a queda repentina de apetite de seu bichinho, Kagura leva Sadaharu a um veterinário. Por acaso Katsura também está lá e explica que Elizabeth não está com boa saúde e que foi internada para fazer uma cirurgia. Felizmente, a condição de Sadaharu não é séria, mas ele passará a noite no hospital por precaução. Ao mesmo tempo, um velho cão também é internado para dar seus últimos suspiros. Parece que o dono dele está em situação crítica e com a morte aguardando os dois, Kagura resolve levar o cão a seu dono.

Para que Kintaro, o cão moribundo, possa ver seu dono uma última vez, Kagura e Katsura saem de fininho do hospital... e se veem envolvidos na guerra entre os Comedores de Planetas (cachorros) e Vomitadores de Planetas (gatos) com o destino da Terra em jogo. Fugindo dos Vomitadores que estão atrás do Kintaro, os dois vão ao hospital onde o velho dono está internado. Enquanto isso, o velho, que deveria estar em situação crítica, desaparece. O filho do velho pede pelos serviços de Gintoki, mas ao chegar ao hospital...

Otose consegue arranjar uma viagem às termas para Gintoki e sua turma. Ansiosos por um banho nas termas, eles ficam com altas expectativas, mas chegam numa pousada em pedaços. Não havendo nenhum ônibus para voltar a Edo, a única alternativa deles é se hospedar lá. A gerente da pousada os recebe, mas Gintoki e Shinpachi percebem um ser transparentes às suas costas!

A pousada na qual o pessoal está é, no fim, uma pousada fantasma na qual Stands (fantasmas) se reúnem, sem conseguirem ir ao céu pelo apego ao mundo dos vivos! Gintoki se vê sozinho depois que Shinpachi, Kagura e Otae são possuídos por Stands. A gerente explica que estava atrás de alguém com energia o suficiente para ajudá-la a cuidar da pousada. Obrigado a trabalhar, Gintoki deve se unir à sua colega de trabalho Rei para receber os clientes Stands...

Cansado da tirania da Oiwa, Gintoki resolve fechar a pousada se unindo com a Rei. Ele pretende usar Nobunaga, Hideyoshi e Mitsuhide para acabar com a reputação da pousada, mas a gerente o impede. Embora sobrepujado de início pelo Stand mais poderoso da gerente, Gintoki ainda assim consegue exorcizar os clientes da pousada com a ajuda de Shinpachi e os demais, que agora são Stands vivos. Com o destino da pousada e de si mesmo em jogo, Gintoki finalmente encara uma luta contra Oiwa.

Oiwa permite que Tagosaku a possua. Motivada por raiva e tristeza, sua onda de ataques encurrala Gintoki aos poucos. Mas no último instante, Gintoki se deixa possuir pelos Stands. Para fechar a pousada degradada, Gintoki arrisca tudo para derrotar Oiwa!

Em certo momento, o mangá Gintaman ganhou enorme sucesso na Jump e até teve sua série animada graças aos conselhos aleatórios do Gintoki. Desde então, Ofuji assumiu do Konishi a edição de Gintaman... Mas agora o sucesso do mangá está decaindo! Sob essas condições desesperadoras, Gintoki é convocado novamente para consertar o problema! Há grandes críticas e um debate animado entre Ofuji, Konishi e Amachi, assim como o convidado especial deles. No fim, que solução avassaladora eles bolam?

Como de praxe, o Hasegawa, se desocupa de sua vida. Enquanto fala no telefone com a sua estranha mulher, a Hatsu, ele acaba a convidando para a sua casa. Só que graças a uma desgraça em sua vida, sua casa é agora uma caixa de papelão num parque!! Ao ficar sabendo que a Hatsu vive num lugar muito bom, ele pede procura a ajuda do Gintoki para encontrar um lugar para viver…

Sendo negligenciada por tanto tempo, apesar de seu grande amor por Gintoki, Sachan finalmente resolve partir para cima. Ela tenta conquistar o coração de Gintoki com um bolo. Obviamente seu plano não funciona. É então que Kondo aparece por acaso. Assim como Sachan, os sentimentos de Kondo por Otae não são correspondidos e ele é prontamente ignorado (ou melhor, usado para fazer pequenas tarefas para ela). Eles discutem para decidir quem recebe mais amor. Depois de um debate acalorado, eles acabam trabalhando de cupido um para o outro...

A mesma situação de sempre no Faz Tudo Gin. Shinpachi e Kagura estão limpando o lugar quando eles vêm uma foto cair de trás de um quadro da parede. Para sua surpresa, eles vêm que a foto é de Gintoki com uma mulher misteriosa! Será que ela foi alguma amante do passado dele? Enquanto os dois discutem sobre a identidade da mulher, Gintoki volta com as compras e conta uma verdade surpreendente: a mulher na fota era uma "semi-oficial" do antigo Faz Tudo Gin. Pela primeira vez, a história de quando Gintoki começou o Faz Tudo, antes mesmo de Shinpachi e Kagura entrarem, é revelada...

Seita é um garoto que sobrevive batendo carteira. Certo dia, Seita rouba a carteira de Gintoki, a encontra praticamente vazia e descobre que teve a própria carteira roubada. No fim, Seita acaba pagando um parfait para Gintoki ao ser pego com a mão na massa. Levado para o Bar da Otose para ser interrogado, Seita causa um choque em todos ao revelar que precisa de dinheiro para comprar uma mulher de Yoshiwara.

Seita batia carteiras para conseguir se encontrar com Hinowa, a cortesã de mais alta classe de Yoshiwara, onde as leis comuns não se aplicam. Mas ele só o fazia para ver a mãe de quem foi separado ainda jovem. Para permitir que Seita se encontrasse com Hinowa, Gintoki e o pessoal rumam a Yoshiwara onde recebem as boas-vindas de Tsukuyo, a chefe da Hyakka, a força paramilitar de Yoshiwara.

O irmãos mais velho da Kagura, Kamui, chega a Yoshiwara. Como capitão da Sétima Divisão dos Piratas Espaciais Harusame, Kamui veio falar com o ex-capitão da divisão, o Rei da Noite, Hosen. No começo, tudo parece correr bem, mas logo a situação fica tensa... Enquanto isso, tendo escapado de Kamui e do ataque de seus homens, Gintoki e o pessoal se refugiam no esconderijo da Tsukuyo.

Conforme o pessoal avança para o covil de Hosen, eles se deparam com Abuto, um dos subordinados de Kamui, e são sobrepujados pela incrível força de luta do clã Yato. A pedido de Shinpachi e Kagura, Gintoki vai enfrentar Hosen sozinho. Os dois que ficam para trás lutam desesperadamente contra Abuto e são dominado pela enorme diferença de poder. No meio dessa batalha feroz, Kagura renova seus sentimentos por seu irmão mais velho e os motivos de sua luta. Mas com a vida de Shinpachi em jogo, Kagura passa por uma transformação drástica...

No meio da batalha sangrenta, Kagura desperta seus instintos Yato e derrota Abuto. Graças ao pedido desesperado de Shinpachi, Kagura consegue recobrar os sentidos e eles vão em direção a Hosen. Enquanto isso, Kamui leva Seita para Hinowa, que está presa em seus aposentos. "Mãe, vamos juntos para casa!", Seita grita para sua amada mãe. No entanto, palavras inesperadas saem da boca de Hinowa...

Gintoki aparece diante de Hosen em cima da hora. Para recuperar os laços entre mão e filho que foram rompidos pela cidade da noite eterna, Gintoki enfrenta Hosen com uma determinação inabalável. Mas diante dos poderes incríveis do Rei da Noite, Gintoki vira um saco de pancadas até beijar o chão. "Venha para o mundo da superfície com sua mãe..." Levando a sério as palavras de Gintoki, Seita tenta escapar de Yoshiwara com Hinowa, mas...

A única forma de derrotar Hosen é fazer o sol raiar novamente em Yoshiwara, a cidade da noite eterna. Seita vai para a sala de controle para abrir a compota de ferro que cobre a cidade. Enquanto isso, Gintoki e a Hyakka, liderada por Tsukuyo, tentam desesperadamente conter o ataque de Hosen. Mas apesar de seus maiores esforços, eles não conseguem impedir a chacina do Rei da Noite...

Finalmente o sol raia em Yoshiwara, a cidade da noite eterna. No fim da batalha sangrenta, Hosen finalmente revela seus verdadeiros sentimentos a Hinowa e morre. Observando a luta de longe, Kamui recebe os cumprimentos de Kagura e Shinpachi. Kagura está enraivecida com seu irmão, mas Kamui vai embora depois de "declarar guerra" contra Gintoki.

Passou pouco tempo desde a batalha de Yoshiwara. Shinpachi e Kagura enfrentaram inimigos poderosos e estão treinando por perceberem como são fracos. Os dois avisam a Gintoki que estão determinados a ficarem fortes. Mas Gintoki recusa o convite de se envolver dizendo que é um pé no saco. Sabendo da situação, Otae e Hasegawa compartilham seus segredos de treinamento, mas...

Durante o patrulhamento noturno de rotina, Hijikata e Okita são sequestrados por um meliante não identificado. Quando acordam, se veem acorrentados e presos num prédio abandonado. Conforme os dois percebem a situação horrível em que se encontram, um homem medonho fala com eles pelo monitor. O homem que se chama de Jigzaw revela que colocou uma bomba no Shinsengumi e que a única forma de Hijikata e Okita escaparem é matando um ao outro.

Mesmo com a proximidade do bombardeio do Shinsengumi, Hijikata e Okita não conseguem escapar. Só há uma chave capaz de desacorrentá-los. Mas se a chave for usada, uma bomba é ativada matando o outro. A regra do diabo começa a atiçar a desconfiança entre os dois. Embora ele os elogie por não se traírem, Jigzaw os pressiona a tomarem uma decisão final mostrando um certo item.

O trio do Faz Tudo está de conversa fiada como sempre quando um homem de tapa-olho aparece e começa a dar ordens. O "poder" do homem é tanto que eles se veem incapazes de desafiar tais ordens...